Çeşitli Klinik Örneklerden İzole Edilen Vankomisine Direçli Enterokok (VRE) Suşlarının Fenotipik ve Genotipik Değerlendirilmesi
Yıl: 2021 Cilt: 51 Sayı: 2 Sayfa Aralığı: 143 - 149 Metin Dili: Türkçe DOI: 10.5222/TMCD.2021.50023 İndeks Tarihi: 20-05-2022
Çeşitli Klinik Örneklerden İzole Edilen Vankomisine Direçli Enterokok (VRE) Suşlarının Fenotipik ve Genotipik Değerlendirilmesi
Öz: Amaç: Enterokoklar, bircok antibiyotiğe doğal dirençli olmaları, özellikle glikopeptitlere (vankomisin, teikoplanin) karşı oluşturdukları kazanılmış direnç mekanizmaları nedeniyle dünya genelinde önemli mikroorganizma grubu içerisinde yer alır. Bu çalışmada, çeşitli klinik örneklerden elde edilen Vankomisine dirençli Enterokok suşlarında fenotipik olarak vankomisin ile teikoplanin direnci belirlenmiş ve moleküler yöntemlerle VanA, VanB ve VanC varlığı araştırılmıştır. Yöntem: 2015-2018 yılları arasında Van Yüzüncü Yıl Üniversitesi, Tıp Fakültesi Hastanesi, Mikrobiyoloji Laboratuvarı’nda çeşitli klinik örneklerden izole edilen 30 adet Vankomisine dirençli Enterococcus ssp. suşu çalışmaya dâhil edilmiştir. Suşların identifikasyonu ve antibiyotik duyarlılık sonuçlarının belirlenmesi için MicroScan WalkAway 96 Plus (Beckman Coulter, ABD) otomatize sistem kullanılmıştır. Vankomisin ve teikoplanin direnci ayrıca gradient test yöntemi ile çalışılmıştır. Direnç genleri, uygun primerler kullanılarak in-house PCR yöntemi ile araştırılmıştır. PCR testleri İnönü Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Moleküler Laboratuvarı’nda yürütülmüştür. Bulgular: İdentifikasyon testleri sonucunda suşların 29’u Enterococcus faecium, bir tanesi Enterococcus faecalis olarak tanımlanmıştır. Otomatize identifikasyon sistemi ile suşların tümü vankomisin ve teikoplanine karşı dirençli bulunurken gradient test yöntemi izolatların üç tanesi her iki antibiyotiğe de duyarlı olarak bulunmuştur. Bu üç suşta VanA, VanB ve VanC genlerinin hiçbirisine rastlanmamıştır. Moleküler yöntemle 27 suşta VanA, bir suşta VanB geni saptanırken, hiçbir suşta VanC genine rastlanmamıştır. Enterokok izolatlarında glikopeptit direncinin belirlenmesinde gradient test yöntemi ile moleküler yöntemin %100 uyumlu olduğu görülmüştür. Sonuç: Gradient test yöntemi, klinik mikrobiyoloji laboratuvarında enterokok izolatlarının glikopeptit direncini saptamada güvenilir sonuç vermektedir.
Anahtar Kelime: Phenotypic and Genotypic Evaluation of Vancomycin-Resistant Enterococcus (VRE) Strains Isolated from Various Clinical Specimens
Öz: Objective: Enterococci are among the important microorganism group worldwide due to their natural resistance to many antibiotics, especially their acquired resistance mechanisms against glycopeptides (vancomycin, teicoplanin). In this study, vancomycin and teicoplanin resistance were phenotypically determined in Vancomycin-resistant Enterococci strains obtained from various clinical specimens, and the presence of VanA, VanB and VanC was investigated by molecular methods. Method: A total of 30 VRE strains isolated from various clinical specimens at Microbiology Laboratory of Van Yuzuncu Yil University Faculty of Medicine Hospital between 2015 and 2018 were included in the study. MicroScan WalkAway 96 Plus (Beckman Coulter, USA) automated system was used for the identification of strains and determination of antibiotic resistance. Antimicrobial resistance to vancomycin and teicoplanin were also determined by gradient test method. Resistance genes were investigated by in-house PCR method performed in Inonu University Faculty of Medicine, Molecular Diagnostics Laboratory of The Department of Medical Microbiology using appropriate primers. Results: Identification tests revealed 29 strains as Enterococcus faecium and 1 as Enterococcus faecalis. While all strains were resistant to vancomycin and teicoplanin in the automated identification system, three isolates tested by gradient test method were found to be susceptible to these antibiotics. Molecular method of these three strains showed that there were no VanA, VanB and VanC genes. While VanA gene was detected in 27 strains, VanB gene was detected in one strain, and VanC gene was not detected. Resistance detection by gradient test and molecular method were found to be 100% compatible in the identification of vancomycinresistance in enterococci isolates. Conclusion: Gradient test method is reliable in determining glycopeptide resistance of enterococcal isolates in clinical microbiology laboratory.
Anahtar Kelime: Belge Türü: Makale Makale Türü: Araştırma Makalesi Erişim Türü: Erişime Açık
- 1. Başustaoğlu A. Enterokoklarda antibakteriyel direnç mekanizmaları ve direnç sorunu. Ulusoy S, Usluer G, Ünal S (Eds). Gram Pozitif Bakteri enfeksiyonları. Ankara: Bilimsel Tıp Yayınevi, 5. Baskı, 2002:141-58.
- 2. Aktepe OC, Aşık G, Çiftçi İH, Çetinkaya Z. Klinik örneklerden izole edilen enterokok suşlarının antibiyotik direnç oranları. Turk Mikrobiyol Cemiy Derg. 2011;41(2):86-90. https://doi.org/10.5222/TMCD.2011.086
- 3. Güldemir D, Karagöz A, Dal T, Tekin A, Özekinci T, Durmaz R. Hastane kaynaklı enterokok izolatlarının pulsed-field jel elektroforezis yöntemiyle moleküler tiplendirilmesi. Turk Hij Den Biyol Derg. 2015;72(1):1-10. https://doi.org/10.5505/TurkHijyen.2015.94695
- 4. Herman DJ, Gerding DN. Antimicrobial resistance among enterococci. Antimicrob Agents Chemother. 1991;35(1):1-4. https://doi.org/10.1128/aac.35.1.1
- 5. Courvalin P. Vancomiycin resistance in gram positive cocci. Clin Infect Dis. 2006;42(Suppl1): S25-34. https://doi.org/10.1086/491711
- 6. Robert C, Moellering RC. Enterococcus species bovis and Leuconostoc species. Principles and Practise of Infectious Disease; Churchill-Livingstone; 5th edition. 2000;2147-53.
- 7. Uttley AH, Collins CH, Naidoo J. George RC. Vancomycin resistant enterococci. Lancet. 1988;1(8575-6):57-8. https://doi.org/10.1016/s0140-6736(88)91037-9
- 8. Leclercq R, Derlot E, Duval J, Courvalin P. Plasmidmediated resistance to vancomycin and teicoplanin in Enterococcus faecium. N Engl J Med. 1988;319(3):157- 61. https://doi.org/10.1056/NEJM198807213190307
- 9. Vural T, Şekercioğlu AS, Öğünç D. Vankomisine dirençli Enterococcus faecium suşu. Ankem Derg. 1999;13(1):1-4.
- 10. Ural O. Nozokomiyal enterokok bakteriyemisi. Hastane İnfeks Derg. 1998;2(4):217-23.
- 11. Ulusoy S. Çoğul Dirençli Gram Pozitif Bakteriler. In: Doğanay M, Ünal S (Eds) Hastane Enfeksiyonları. Ankara: Bilimsel Tıp Kitapevi, 2003:247-67.
- 12. Demirtürk N, Demirdal T. Antibiyotiklerde direnç sorunu. Kocatepe Tıp Derg. 2004;5(2):17-21.
- 13. Ergani-Özcan A, Naas T, Özhak Baysan B, et al. Nosocomial outbreak of vancomycin-resistant Enterococcus faecium in a pediatric unit at a Turkish university hospital. J Antimicrob Chemother. 2008;61(5):1033-9. https://doi.org/10.1093/jac/dkn066
- 14. Aktaş G, Derbentli Ş. Vankomisine dirençli enterokokların önemi ve epidemiyolojik özellikleri. Infeks Derg. 2009;23(4):201-9.
- 15. Çelik C, Uysal EB, Gözel MG, Bakıcı MZ, Elaldı N. Kan dolaşımı enfeksiyonlarından izole edilen Enterococcus faecalis ve Enterococcus faecium bakterilerinin antimikrobiyal direnç paterni. Flora. 2013;18(2):83-9.
- 16. Annual report of the European Antimicrobial Resistance Surveillance Network (EARS-Net). Surveillance of antimicrobial resistance in Europe. 2017. [https:// www.ecdc.europa.eu/sites/portal/files/documents/ EARS-Net-report-2017-update-jan-2019.pdf]. (Erişim Tarihi: 04.01.2020)
- 17. Rudy M, Zientara M, Bek T. Occurrence of antibiotic resistant enterococci in clinical specimens from a pediatric hospital. Pol J Microbiol. 2005;54(1):77-80.
- 18. Aygün H, Memikoğlu OK, Tekeli A, Azap A, Yörük F. Hastanede yatan riskli hasta gruplarında vankomisine dirençli enterokok kolonizasyonunun sürveyansı. Turk Anest Rean Der. 2008;36(3):168-73.
- 19. Kılıç A, Şenses Z, Aydoğan H, Başustaoğlu A. Klinik örneklerden izole edilen vankomisin dirençli enterokokların moleküler analizi. Mikrobiyol Bul. 2006;40(4):295-9.
- 20. Bourdon N, Fines-Guyon M, Thiolet JM, et al. Changing trends in vancomycin resistant enterococci in French hospitals. J Antimicrob Chemother. 2011;66(4):713- 21. https://doi.org/10.1093/jac/dkq524
- 21. Dombrádi Z, Bihari Z, Horváth KI, Szabó J. Comparison of the VITEK 2 system with the E-test for the determination of glycopeptide susceptibility of VanA and VanC positive enterococci. Acta Microbiol Immunol Hung. 2010;57(3):157-63. https://doi.org/ 10.1556/AMicr.57.2010.3.1
- 22. Uludağ Altun H, Ataman Hatipoğlu Ç, Bulut C, Köseoğlu Eser Ö, Demiröz AP. Vankomisine dirençli enterokokların sürveyansında GeneXpert® VanA/VanB PCR sistemi ile kültür yönteminin karşılaştırılması. Mikrobiyol Bul. 2014;48(4):538-44. https://doi.org/10.5578/mb.8848
- 23. Etiz P, Kibar F, Ekenoğlu Y, Yaman A. İdrar kültüründen izole edilen enterokok türlerinin antibiyotik direnç profillerinin değerlendirilmesi. Turk Mikrobiyol Cemiy Derg. 2014;44(3):107-13. https://doi.org/10.5222/TMCD.2014.107
- 24. Shalaby MM, Eshra KA, El-Naghy WS, El-Sharaby RM. Comparative study between molecular and nonmolecular methods used for detection of Vancomycin Resistant Enterococci in Tanta University Hospitals, Egypt. Life Scien J. 2016;13(1):71-8. https://doi.org/10.7537/marslsj1301s1608
APA | bilen s, Parlak M, YAKUPOGULLARI Y, Guducuoglu H, BAYRAM Y, RAGBETLİ C, UYANIK PARLAK A, İrden Ş (2021). Çeşitli Klinik Örneklerden İzole Edilen Vankomisine Direçli Enterokok (VRE) Suşlarının Fenotipik ve Genotipik Değerlendirilmesi. , 143 - 149. 10.5222/TMCD.2021.50023 |
Chicago | bilen semra,Parlak Mehmet,YAKUPOGULLARI YUSUF,Guducuoglu Huseyin,BAYRAM YASEMIN,RAGBETLİ CENNET,UYANIK PARLAK ARZU,İrden Şevin Çeşitli Klinik Örneklerden İzole Edilen Vankomisine Direçli Enterokok (VRE) Suşlarının Fenotipik ve Genotipik Değerlendirilmesi. (2021): 143 - 149. 10.5222/TMCD.2021.50023 |
MLA | bilen semra,Parlak Mehmet,YAKUPOGULLARI YUSUF,Guducuoglu Huseyin,BAYRAM YASEMIN,RAGBETLİ CENNET,UYANIK PARLAK ARZU,İrden Şevin Çeşitli Klinik Örneklerden İzole Edilen Vankomisine Direçli Enterokok (VRE) Suşlarının Fenotipik ve Genotipik Değerlendirilmesi. , 2021, ss.143 - 149. 10.5222/TMCD.2021.50023 |
AMA | bilen s,Parlak M,YAKUPOGULLARI Y,Guducuoglu H,BAYRAM Y,RAGBETLİ C,UYANIK PARLAK A,İrden Ş Çeşitli Klinik Örneklerden İzole Edilen Vankomisine Direçli Enterokok (VRE) Suşlarının Fenotipik ve Genotipik Değerlendirilmesi. . 2021; 143 - 149. 10.5222/TMCD.2021.50023 |
Vancouver | bilen s,Parlak M,YAKUPOGULLARI Y,Guducuoglu H,BAYRAM Y,RAGBETLİ C,UYANIK PARLAK A,İrden Ş Çeşitli Klinik Örneklerden İzole Edilen Vankomisine Direçli Enterokok (VRE) Suşlarının Fenotipik ve Genotipik Değerlendirilmesi. . 2021; 143 - 149. 10.5222/TMCD.2021.50023 |
IEEE | bilen s,Parlak M,YAKUPOGULLARI Y,Guducuoglu H,BAYRAM Y,RAGBETLİ C,UYANIK PARLAK A,İrden Ş "Çeşitli Klinik Örneklerden İzole Edilen Vankomisine Direçli Enterokok (VRE) Suşlarının Fenotipik ve Genotipik Değerlendirilmesi." , ss.143 - 149, 2021. 10.5222/TMCD.2021.50023 |
ISNAD | bilen, semra vd. "Çeşitli Klinik Örneklerden İzole Edilen Vankomisine Direçli Enterokok (VRE) Suşlarının Fenotipik ve Genotipik Değerlendirilmesi". (2021), 143-149. https://doi.org/10.5222/TMCD.2021.50023 |
APA | bilen s, Parlak M, YAKUPOGULLARI Y, Guducuoglu H, BAYRAM Y, RAGBETLİ C, UYANIK PARLAK A, İrden Ş (2021). Çeşitli Klinik Örneklerden İzole Edilen Vankomisine Direçli Enterokok (VRE) Suşlarının Fenotipik ve Genotipik Değerlendirilmesi. Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti Dergisi, 51(2), 143 - 149. 10.5222/TMCD.2021.50023 |
Chicago | bilen semra,Parlak Mehmet,YAKUPOGULLARI YUSUF,Guducuoglu Huseyin,BAYRAM YASEMIN,RAGBETLİ CENNET,UYANIK PARLAK ARZU,İrden Şevin Çeşitli Klinik Örneklerden İzole Edilen Vankomisine Direçli Enterokok (VRE) Suşlarının Fenotipik ve Genotipik Değerlendirilmesi. Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti Dergisi 51, no.2 (2021): 143 - 149. 10.5222/TMCD.2021.50023 |
MLA | bilen semra,Parlak Mehmet,YAKUPOGULLARI YUSUF,Guducuoglu Huseyin,BAYRAM YASEMIN,RAGBETLİ CENNET,UYANIK PARLAK ARZU,İrden Şevin Çeşitli Klinik Örneklerden İzole Edilen Vankomisine Direçli Enterokok (VRE) Suşlarının Fenotipik ve Genotipik Değerlendirilmesi. Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti Dergisi, vol.51, no.2, 2021, ss.143 - 149. 10.5222/TMCD.2021.50023 |
AMA | bilen s,Parlak M,YAKUPOGULLARI Y,Guducuoglu H,BAYRAM Y,RAGBETLİ C,UYANIK PARLAK A,İrden Ş Çeşitli Klinik Örneklerden İzole Edilen Vankomisine Direçli Enterokok (VRE) Suşlarının Fenotipik ve Genotipik Değerlendirilmesi. Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti Dergisi. 2021; 51(2): 143 - 149. 10.5222/TMCD.2021.50023 |
Vancouver | bilen s,Parlak M,YAKUPOGULLARI Y,Guducuoglu H,BAYRAM Y,RAGBETLİ C,UYANIK PARLAK A,İrden Ş Çeşitli Klinik Örneklerden İzole Edilen Vankomisine Direçli Enterokok (VRE) Suşlarının Fenotipik ve Genotipik Değerlendirilmesi. Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti Dergisi. 2021; 51(2): 143 - 149. 10.5222/TMCD.2021.50023 |
IEEE | bilen s,Parlak M,YAKUPOGULLARI Y,Guducuoglu H,BAYRAM Y,RAGBETLİ C,UYANIK PARLAK A,İrden Ş "Çeşitli Klinik Örneklerden İzole Edilen Vankomisine Direçli Enterokok (VRE) Suşlarının Fenotipik ve Genotipik Değerlendirilmesi." Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti Dergisi, 51, ss.143 - 149, 2021. 10.5222/TMCD.2021.50023 |
ISNAD | bilen, semra vd. "Çeşitli Klinik Örneklerden İzole Edilen Vankomisine Direçli Enterokok (VRE) Suşlarının Fenotipik ve Genotipik Değerlendirilmesi". Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti Dergisi 51/2 (2021), 143-149. https://doi.org/10.5222/TMCD.2021.50023 |