Göz ve Saç Rengini Tahmininde Kullanılan HIrisPlex Panelinin Optimizasyonu ve Validasyonu
Yıl: 2021 Cilt: 18 Sayı: 1 Sayfa Aralığı: 10 - 20 Metin Dili: Türkçe DOI: 10.5336/forensic.2020-79686 İndeks Tarihi: 11-06-2022
Göz ve Saç Rengini Tahmininde Kullanılan HIrisPlex Panelinin Optimizasyonu ve Validasyonu
Öz: Amaç: Günümüzde olay yerinden gelen biyolojik örneklerin kimliklendirilmesinde,
şüphelilerin bulunamadığı vakalarda veya toplu felaket
kurbanlarının kimliklerinin belirlenmesinde, biyolojik kalıntılardan
kişilerin fiziksel karakterini belirlemek mümkün hâle gelmiştir. Tek nükleotid
polimorfizmi [single nucleotide polymorphism (SNP)] belirteçleri
ile kişinin dış görünüşüne ait bazı fiziksel özellikleri [Externally visible
characteristics (EVCs)] (göz, saç, ten rengi gibi) belirlenebilmektedir.
Walsh ve ark. tarafından geliştirilen 24 SNP lokusu içeren HIrisPlex paneli
ile göz ve saç rengini yüksek olasılıkla tahmin etmek mümkündür.
Bu çalışmanın amacı, HIrisPlex panelinin mini sekanslama (SNaPshot)
yöntemiyle optimizasyon ve validasyon çalışmasını yaparak laboratuvarımızda
çalışılmasını sağlamaktır. Gereç ve Yöntemler: Optimizasyon
ve validasyon çalışmalarında pozitif kontrol DNA örnekleri ve 6 bireye ait
DNA örnekleri kullanıldı. HIrisPlex panelinin SNP belirteçlerinin belirlenmesi
için mini sekanslama yönteminde SNaPshot kiti (Thermo Fisher
Scientific) uygulandı. Örnekler ABI 310 Genetik Analizör cihazında yürütüldü
ve analiz edildi. HIrisPlex panelinin validasyonunda analiz eşiği,
hassasiyet, tekrarlanabilirlik ve tekrar üretilebilirlik parametreleri çalışıldı.
Çalışmamızda yeni nesil sekanslama [next generation sequencing
(NGS)] yönteminden ve kapiller elektroforezden elde edilen genotip sonuçların
karşılaştırılması yapıldı. Saç ve göz rengi tahmininde, multinominal
lojistik regresyon modeli (https://hirisplex.erasmusmc.nl/)
kullanıldı. Bulgular: Çalışmanın validasyonunda hassasiyet limiti 0,25
ng ve 110 rölatif floresan ünitesi olarak belirlendi (LOD). Tekrarlanabilirlik,
tekrar üretilebilirlik çalışmalarının sonuçlarında aynı genotipler
elde edildi. İki farklı kapiller elektroforez cihazında (ABI 310 ve ABI
3130) gözlenen alellerin uzunlukları arasındaki farklar belirlendi. NGS
yöntemi ile kapiller elektroforez sonucu elde edilen genotipler arasında
farklılık saptanmadı. Çalışılan örneklerin bilinen göz ve saç renkleri ile
bu çalışma sonucunda yapılan tahminlerinin XY5 örneği haricinde
uyumlu olduğu görüldü. Sonuç: Araştırma sonucunda, HIrisPlex panelinin
optimizasyon ve validasyon çalışması başarı ile gerçekleştirilerek
laboratuvarımızda en uygun çalışma koşulları belirlenmiştir.
Anahtar Kelime: Optimization and Validation of HIrisPlex Panel for Predicting of the Eye and Hair Color
Öz: Objective: Today, it is possible to predict the physical
characteristics of the individuals from their biological remains found
in the crime scene, in cases where suspects are absent, or in the identification
of the mass disaster victims. Externally visible characteristics
(such as eye, hair, skin color) (EVCs) can be determined using SNP
(Single Nucleotide Polymorphism) markers. HIrisPlex panel by Walsh
et al., contains 24 SNP loci, can be used to predict eye and hair color
with high probabilities. The aim of this study is to perform optimization
and validation studies of the HirisPlex panel using the minisequencing
(SnaPshot) method for its application in our laboratory. Material and
Methods: The positive control DNA samples, and DNA samples belonging
to six individuals are included in the optimization and validation
studies. The SNaPshot kit (Thermo Fisher Scientific)
minisequencing method is applied for the detection of the HIrisPlex
panel SNPs. Samples were run and analyzed on the ABI 310 Genetic
Analyzer instrument. In the validation of the HIrisPlex panel, the analysis
threshold, sensitivity, repeatability, and reproducibility were studied.
We also compared the genotype results obtained from the next
generation sequencing (NGS) and capillary electrophoresis. The multinominal
logistic regression model (https://hirisplex.erasmusmc.nl/) is
used for hair and eye color prediction. Results: In the validation of the
study, the sensitivity limit is determined as 0.25 ng and 110 RFU
(LOD). The same genotypes were obtained from the reproducibility
and reproducibility studies. The observed allele sizes varied on two capillary
electrophoresis devices (ABI 310 and ABI 3130). No genotypes
difference detected between NGS and capillary electrophoresis methods.
The predicted eye and hair color of the study samples are compatible
with the known eye and hair colors except XY5. Conclusion:
Optimization and validation studies of HIrisPlex panel have been successfully
carried out under the most favorable working conditions in
our laboratory.
Anahtar Kelime: Belge Türü: Makale Makale Türü: Araştırma Makalesi Erişim Türü: Erişime Açık
- 1. Kayser M. Forensic DNA phenotyping: predicting human appearance from crime scene material for investigative purposes. Forensic Sci Int Genet. 2015;18:33-48.[Crossref] [pubMed]
- 2. Walsh S, Chaitanya L, Clarisse L, Wirken L, Draus-Barini J, Kovatsi L, et al. Developmental validation of the HIrisplex system: DNAbased eye and hair colour prediction for forensic and anthropological usage. Forensic Sci Int Genet. 2014;9:150-61.[Crossref] [pubMed]
- 3. Kayser M, Schneider pM. DNA-based prediction of human externally visible characteristics in forensics: motivations, scientific challenges, and ethical considerations. Forensic Sci Int Genet. 2009;3(3):154-61.[Crossref] [pubMed]
- 4. Sulem p, Gudbjartsson DF, Stacey SN, Helgason A, Rafnar T, Magnusson Kp, et al. Genetic determinants of hair, eye and skin pigmentation in Europeans. Nat Genet. 2007;39(12):1443-52.[Crossref] [pubMed]
- 5. White D, Rabago-Smith M. Genotype-phenotype associations and human eye color. J Hum Genet. 2011;56(1):5-7.[Crossref] [pubMed]
- 6. Meyer OS, Børstin C, Andersen JD. perception of blue and brown eye colours for forensic DNA phenotyping. Forensic Science International: Genetics Supplement Series. 2019;7(1):476-7.[Crossref]
- 7. Walsh S, Liu F, Ballantyne KN, van Oven M, Lao O, Kayser M. Irisplex: a sensitive DNA tool for accurate prediction of blue and brown eye colour in the absence of ancestry information. Forensic Sci Int Genet. 2011;5(3):170- 80.[Crossref] [pubMed]
- 8. Walsh S, Lindenbergh A, zuniga SB, Sijen T, de Knijff p, Kayser M, et al. Developmental validation of the Irisplex system: determination of blue and brown iris colour for forensic intelligence. Forensic Sci Int Genet. 2011;5(5):464- 71.[Crossref] [pubMed]
- 9. Liu F, van Duijn K, Vingerling JR, Hofman A, uitterlinden AG, Janssens AC, et al. Eye color and the prediction of complex phenotypes from genotypes. Curr Biol. 2009;19(5):R192- 3.[Crossref] [pubMed]
- 10. Bulbul O, Filoglu G, Altuncul H, Aradas AF, Ruiz Y, Fondevila M, et al. A SNp multiplex for the simultaneous prediction of biogeographic ancestry and pigmentation type. Forensic Science International: Genetics Supplement Series. 2011;3(1):500-1.[Crossref]
- 11. Bulbul O, zorlu T, Filoglu G. prediction of human eye colour using highly informative phenotype SNps (pISNps). Australian Journal of Forensic Sciences. 2020;52(1):27- 37.[Crossref]
- 12. Grimes EA, Noake pJ, Dixon L, urquhart A. Sequence polymorphism in the human melanocortin 1 receptor gene as an indicator of the red hair phenotype. Forensic Sci Int. 2001;122(2-3):124-9.[Crossref] [pubMed]
- 13. Walsh S, Liu F, Wollstein A, Kovatsi L, Ralf A, Kosiniak-Kamysz A, et al. The HIrisplex system for simultaneous prediction of hair and eye colour from DNA. Forensic Sci Int Genet. 2013;7(1):98-115.[Crossref] [pubMed]
- 14. Walsh S, Kayser M. A practical guide to the HIrisplex System: simultaneous prediction of eye and hair color from DNA. Methods Mol Biol. 2016;1420:213-31. [Crossref] [pubMed]
- 15. Bulbul O, Filoglu G. Development of a SNp panel for predicting biogeographical ancestry and phenotype using massively parallel sequencing. Electrophoresis. 2018;39(21):2743- 51.[Crossref] [pubMed]
- 16. Kayser M, de Knijff p. Improving human forensics through advances in genetics, genomics and molecular biology. Nat Rev Genet. 2011;12(3):179-92.[Crossref] [pubMed]
- 17. Ruiz Y, phillips C, Gomez-Tato A, Alvarez-Dios J, Casares de Cal M, Cruz R, et al. Further development of forensic eye color predictive tests. Forensic Sci Int Genet. 2013;7(1):28- 40.[Crossref] [pubMed]
- 18. pulker H, Lareu MV, phillips C, Carracedo A. Finding genes that underlie physical traits of forensic interest using genetic tools. Forensic Sci Int Genet. 2007;1(2):100-4.[Crossref] [pubMed]
- 19. Bülbül Ö, Argaç D, Shahzad MS, Filoğlu G. Altunçul H. [Determination of autosomal SNp loci for the ıdentification and paternity test]. Turkiye Klinikleri J Foren Med. 2013;10(1):7- 13. [Link]
- 20. Sanchez JJ, Børsting C, Hallenberg C, Buchard A, Hernandez A, Morling N. Multiplex pCR and minisequencing of SNps--a model with 35 Y chromosome SNps. Forensic Sci Int. 2003;137(1):74-84.[Crossref] [pubMed]
- 21. Bulbul O, phillips C, Argac D, Shahzad MS, Fondevilla M, Acar E, et al. Internal validation of 29 autosomal SNp multiplex using a ABI 310 genetic analyser. Forensic Science International: Genetics Supplement Series. 2009; 2(1):129-30. [Crossref]
APA | Sarı O İ, Simsek S, Sapan V, Arslan C, ASICIOGLU F, Filoglu G, Bülbül O (2021). Göz ve Saç Rengini Tahmininde Kullanılan HIrisPlex Panelinin Optimizasyonu ve Validasyonu. , 10 - 20. 10.5336/forensic.2020-79686 |
Chicago | Sarı O İlksen,Simsek Sumeyye Zulal,Sapan Veysel,Arslan Cemaleddin,ASICIOGLU FARUK,Filoglu Gonul,Bülbül Ozlem Göz ve Saç Rengini Tahmininde Kullanılan HIrisPlex Panelinin Optimizasyonu ve Validasyonu. (2021): 10 - 20. 10.5336/forensic.2020-79686 |
MLA | Sarı O İlksen,Simsek Sumeyye Zulal,Sapan Veysel,Arslan Cemaleddin,ASICIOGLU FARUK,Filoglu Gonul,Bülbül Ozlem Göz ve Saç Rengini Tahmininde Kullanılan HIrisPlex Panelinin Optimizasyonu ve Validasyonu. , 2021, ss.10 - 20. 10.5336/forensic.2020-79686 |
AMA | Sarı O İ,Simsek S,Sapan V,Arslan C,ASICIOGLU F,Filoglu G,Bülbül O Göz ve Saç Rengini Tahmininde Kullanılan HIrisPlex Panelinin Optimizasyonu ve Validasyonu. . 2021; 10 - 20. 10.5336/forensic.2020-79686 |
Vancouver | Sarı O İ,Simsek S,Sapan V,Arslan C,ASICIOGLU F,Filoglu G,Bülbül O Göz ve Saç Rengini Tahmininde Kullanılan HIrisPlex Panelinin Optimizasyonu ve Validasyonu. . 2021; 10 - 20. 10.5336/forensic.2020-79686 |
IEEE | Sarı O İ,Simsek S,Sapan V,Arslan C,ASICIOGLU F,Filoglu G,Bülbül O "Göz ve Saç Rengini Tahmininde Kullanılan HIrisPlex Panelinin Optimizasyonu ve Validasyonu." , ss.10 - 20, 2021. 10.5336/forensic.2020-79686 |
ISNAD | Sarı O, İlksen vd. "Göz ve Saç Rengini Tahmininde Kullanılan HIrisPlex Panelinin Optimizasyonu ve Validasyonu". (2021), 10-20. https://doi.org/10.5336/forensic.2020-79686 |
APA | Sarı O İ, Simsek S, Sapan V, Arslan C, ASICIOGLU F, Filoglu G, Bülbül O (2021). Göz ve Saç Rengini Tahmininde Kullanılan HIrisPlex Panelinin Optimizasyonu ve Validasyonu. Türkiye Klinikleri Adli Tıp ve Adli Bilimler Dergisi, 18(1), 10 - 20. 10.5336/forensic.2020-79686 |
Chicago | Sarı O İlksen,Simsek Sumeyye Zulal,Sapan Veysel,Arslan Cemaleddin,ASICIOGLU FARUK,Filoglu Gonul,Bülbül Ozlem Göz ve Saç Rengini Tahmininde Kullanılan HIrisPlex Panelinin Optimizasyonu ve Validasyonu. Türkiye Klinikleri Adli Tıp ve Adli Bilimler Dergisi 18, no.1 (2021): 10 - 20. 10.5336/forensic.2020-79686 |
MLA | Sarı O İlksen,Simsek Sumeyye Zulal,Sapan Veysel,Arslan Cemaleddin,ASICIOGLU FARUK,Filoglu Gonul,Bülbül Ozlem Göz ve Saç Rengini Tahmininde Kullanılan HIrisPlex Panelinin Optimizasyonu ve Validasyonu. Türkiye Klinikleri Adli Tıp ve Adli Bilimler Dergisi, vol.18, no.1, 2021, ss.10 - 20. 10.5336/forensic.2020-79686 |
AMA | Sarı O İ,Simsek S,Sapan V,Arslan C,ASICIOGLU F,Filoglu G,Bülbül O Göz ve Saç Rengini Tahmininde Kullanılan HIrisPlex Panelinin Optimizasyonu ve Validasyonu. Türkiye Klinikleri Adli Tıp ve Adli Bilimler Dergisi. 2021; 18(1): 10 - 20. 10.5336/forensic.2020-79686 |
Vancouver | Sarı O İ,Simsek S,Sapan V,Arslan C,ASICIOGLU F,Filoglu G,Bülbül O Göz ve Saç Rengini Tahmininde Kullanılan HIrisPlex Panelinin Optimizasyonu ve Validasyonu. Türkiye Klinikleri Adli Tıp ve Adli Bilimler Dergisi. 2021; 18(1): 10 - 20. 10.5336/forensic.2020-79686 |
IEEE | Sarı O İ,Simsek S,Sapan V,Arslan C,ASICIOGLU F,Filoglu G,Bülbül O "Göz ve Saç Rengini Tahmininde Kullanılan HIrisPlex Panelinin Optimizasyonu ve Validasyonu." Türkiye Klinikleri Adli Tıp ve Adli Bilimler Dergisi, 18, ss.10 - 20, 2021. 10.5336/forensic.2020-79686 |
ISNAD | Sarı O, İlksen vd. "Göz ve Saç Rengini Tahmininde Kullanılan HIrisPlex Panelinin Optimizasyonu ve Validasyonu". Türkiye Klinikleri Adli Tıp ve Adli Bilimler Dergisi 18/1 (2021), 10-20. https://doi.org/10.5336/forensic.2020-79686 |