Basit Tekrar Sekansları Polimorfızmi {BTSP) olarak ta bilinen mikrosateiitler pamuk genetiği ve genomiğinde son yıllarda büyük rol oynamaktadır. Hem kodominant hem de multiallelik olması, mikrosatelitleri yüksek düzeyde tekrarlanabilir ve bilgi veren genetik markırlar yapmaktadır. Bu çalışmanın asıl amacı; BTSP kullanarak pamuk çeşitlerinin genetik saflığını belirlemek, spesifik özellik veya özellikler bakımından açılma gösteren ya da karışıklığı olan çeşitleri tanımlamak ve ayrıca bu araştırmada kullanılan bitki materyalini gelecekteki ıslah ve moleküler çalışmalar için toplamak ve muhafaza etmektir. Başlangıçta Araştırma Enstitüleri, Özel sektörden ve Üniversitelerden 36 pamuk çeşidi tohumları toplanmıştır. Çeşitler 2003 yetiştirme döneminde Batı Akdeniz Tarımsal Araştırma Enstitüsü deneme alanlarında yetiştirilmiştir. DNA extraksiyonu için yaprak örnekleri alınmasından önce ve sonra bitkiler bitkide koza sayısı, bitki şekli, çenette çiğit sayısı, çiçeklenme gün sayısı, % 50 koza açma gün sayısı, yaprak şekli, koza şekli, koza ucu şekli, polen rengi, gossypol nektarlarının ve glandların varlığı, hav durumu, hav rengi, taç yaprak rengi, çenet sayısı, iif rengi ve bitki boyu özellikleri yönünden gözlemlemler yapılmıştır. DNA ekstraksiyonu için tesadüfi olarak seçilen 10 bitkiden toplam 10 yaprak örneği kullanılmıştır. Toplam 25 BTSP primer çifti yüksek sıcaklık profilli touchdown-PZR işlemine tabi tutulmuştur. Bitki karakterleri ve BTSP tekniğinin sonuçlarına dayanarak Türk pamuk çeşitlerinin genetik temellerinin oldukça dar olduğu, çeşitlerde fiziksel ve genetik karışım bulunduğu anlaşılmıştır.