Çanakkale Boğazında dip çökel dağılımı, kanal geometrisi ve akıntı durumu etkileşiminin eseridir. Deniz tabanında yüksek enerjili ortamlarda kum boyutundaki çökeller, nispeten düşük enerjili ortamlarda ise ince taneli çökeller hakimdir. Kum fasiyesi her iki yakadaki kıyılar boyunea dar bir şerit halinde ve ayrıea Çanakkale ve Nara önlerinde Boğaz'ın daraldığı yerlerde dağılım göstermekte ve yanal olarak siltli kum fasiyesine geçiş yapmaktadır. Siltli kum fasiyesi de, Boğaz'ın her iki yakasına paralel bir şekilde yer yer daralıp genişleyerek devam etmektedir. Kum ve siltli kum su çamurlu kum ve kumlu çamura tedrici geçiş yapmaktadır. Terijen çamur boğaz kanalının dip akıntılarının zayıf olduğu geniş ve derin olan bölümünü kaplamaktadır. Boğaz'da yapılan sığ sismik çalışmalar birbirlerinden bir erozyon düzlemi ile ayrılan iki temel sismik tortul birimin varlığını göstermektedir; geç Kuvaterner çökelleri ve akustik temel. Geç Kuvatemer çökelleri en az üç alt birimden oluşmaktadır ve bu alt birimler Holosen transgresyon sonrası denizel çökelleri (A1,), Würm buzul çağında çökelmiş basen yönünde ilerleyen deltaik çökeller (A2) ve muhtemelen Tyrrhenian denizel çökellerinden oluşan transgressif çökeller (A3) olarak yorumlanabilir. Sismik kesitlerde gözlenilen akustik temel, boğaz kıyılarında geniş dağılımlar veren Miyosen klastik çökellerin deniz altındaki devamı olarak yorumlanmıştır. Geç Kuvaterner çökellerinin alttaki iki alt birimi boğaz kanalının genişlediği bölgelerde yerel olarak gaz içermektedir. Gazın kaynağı yeterince bilinmemesine rağmen A3 alt biriminin erken diyajenezi sırasında oluşan fermantasyon reaksiyonları olabilir. Boğaz kanalı genellikle kıyıya paralel uzanım gösteren faylar tarafından kontrol edilmektedir. Geç Kuvaterner çökellerini kesen bazı faylar halen aktiftir.