Beta-2 adrenerjik reseptör proteinin dinamik yapısının araştırılması ve bilgisayar destekli ilaç tasarımındaki önemi

AKDOĞAN, Ebru Demet; DORUKER, Pemra

Beta-2 adrenerjik reseptör proteinin dinamik yapısının araştırılması ve bilgisayar destekli ilaç tasarımındaki önemi

Yürütücü

Ebru Demet AKDOĞAN (Kadir Has Üniversitesi, Mühendislik ve Doğa Bilimleri Fakültesi, İstanbul, Türkiye)

Araştırmacı(lar)

Pemra DORUKER (Kadir Has Üniversitesi, Mühendislik ve Doğa Bilimleri Fakültesi, İstanbul, Türkiye)

1 1

Proje Grubu: MAG Sayfa Sayısı: 77 Proje No: 109M281 Proje Bitiş Tarihi: 15.10.2012 Metin Dili: Türkçe İndeks Tarihi: 29-07-2022

Beta-2 adrenerjik reseptör proteinin dinamik yapısının araştırılması ve bilgisayar destekli ilaç tasarımındaki önemi

Öz:

Anahtar Kelime:

Erişim Türü: Erişime Açık

AMADEI,A., Linsen,A.B.M.,Berendsen, H.J.C.,Proteins, 17, 412-425, (1993)
ANGERS, S., Salahpour, A,. Joley, E., Hilairet, S., Chelsky, D., Dennis, M., Bouvier, M., PNAS, 97, 3684-3689, (2000)
BAHAR, I. and Rader, A.J., Curr. Opin. Str. Biol., 15(5), 586,(2005)
BAHAR, I., Atilgan, A.R., Demirel, M.C., Phys Rev Lett, 80(12), 2733-2736,(1998)
BOKOCHet al., Nature, 463(7277), 108-112, (2010)
CHE, S., Lin, F., Xu, M., Riek, R.P., Novotny, J., Graham, R.M., Biochemistry, 41, 6045-6053, (2002)
CHEREZOV, V., Rosenbaum, D.M., Hanson, M.A., Rasmussen, S.G., Thian, F.S., Kobilka, T.S., Choi, H.J., Kuhn, P., Weis, W.I., Kobilka, B.K., and Stevens, R.C., Science, 318, 1258-1265,(2007).
DANIEL,R.M., Dunn,R.V., Finney,J.L., Smith,J.C. Ann Rev of Biophys Biomol Struct 32, 69-92, (2003)
DROR, R.O., Arlow, D.H., Borhani, D.W., Jensen, M.O., Piana, S., Shaw, D.E., PNAS, 106, 4689-4694, (2009)
EISENMESSER,E.Z., Millet,O, Labeikovsky,W, Korzhnev,D.M., Wolf-Watz,M., Bosco,D.A., Skalicky,J.J., Kay,L.E., Kern,D. Nature,438, 117-121,(2005)
FEIG, M. J., Karanicolas, J.,Brooks, C. L., Journal of Molecular Graphics and Modelling, 22, 377-395, (2004).
FETLER,L., Kantrowitz EZ, Vachette P.,Proc Natl Acad Sci,104, 495-500,(2007)
FUNG, J.J., Xavier, D., Pardo, L., Yao, X.J., Velez-Ruiz, G.A., DeVree, B.T., Sunahara, R.K. and Kobilka, B.K., EMBO J, 28, 3315–3328, (2009)
GEORGE, S.R., O’Dowd, B.F., Lee, S.P., Nature Rev Drug Discov,1, 808-820, (2002)
GOHLKE, H., Hendlich, M., Klebe, G.,J. Mol. Biol., 295, 337-356, (2000)
GOODFORD,P.J.,J Med Chem,28, 849-857,(1985).
HANSON, M.A, Cherezov, V., Griffith, M.T., Roth, C.B., Jaakola, V.P., Chien, E.Y., Velasquez, J., Kuhn, P., Stevens, R.C., Structure, 16(6), 897-905, (2008)
HEBERT, T.E., Moffett, S., Morello, J.P., Loisel, T.P., Bichet, D.G., Barret, C., Bouvier, M., J Biol Chem, 271(72), 16384-16392, (1996)
HETENYI, C., van der Spoel, D.,Protein Science, 11(7), 1729-1737,(2002)
HUMPHREY,Q., Dalke,A., Schulten,K., J MolGraph,14,: 33-38, (1996)
IRWIN,Shoichet,J. Chem. Inf. Model.,45(1), 177-82, (2005)
LOMIZE,M.A., Lomize,A.L., Pogozheva,I.D., Mosberg,H.I., Bioinformatics,22 (5), 623-625, (2006)
ISIN, B., Estiu, G., Wiest, O., and Oltvai, Z. N., PLoS One, 7(12):e50186, (2012)
KOHLAND, DE. Proc Natl Acad Sci, 44, 98-104 (1958)
LIGGETT, S. B., Caron, M. G., Lefkowitz, R. J., and Hnatowich, M., J. Biol. Chem. 266, 4816-4821, (1991)
MA, J., Structure, 13, 373,(2005)
MARRINK,S.J., de Vries, A.H., Mark, A.E., J. Phys. Chem. B, 108, 750-760, (2004)
MARRINK,S.J., Risselada, H.J., Yefimov, S., Tieleman, D.P., de Vries, A.H., J. Phys. Chem. B, 111, 7812-7824, (2007)
MORRIS,G.M., Goodsell,D.S., Halliday,R.S., Huey,R., Hart,W.E., Belew,R.K., Olson,A.J.,J Comp Chem,19,1639-1662,(1998).
NEMOTO, W., Toh, H., PROTEINS: Structure, Function, and Bioinformatics,58, 644-660,(2005)
O'DOWD, B. F., Hnatowich, M., Regan, J. W., Leader, W. M., Caron, M. G., and Lefkowitz, R. J., J. Biol. Chem. 263, 15985-15992, (1988)OKUNO, Y., Yang, J., Taneishi, K., Yabuuchi, H., Tsujimoto, G., Nucleic Acids Res.,34(DataBase Issue), D673-D677, (2006)
PALCZEWSKI, K., Kumasaka, T., Hori, T., Behnke, C.A., Motoshima, H., Fox, B.A., Le, T.I., Teller, D.C., Okada, T., Stenkamp, R.E.,et al. Science, 289, 739, (2000)
PHILLIPS,J.C., Braun,R., Wang,W., Gumbart,J., Tajkhorshid, .E, Villa,E., Chipot,C.,Skeel, R.D., Kale, L., Schulten, K.J., J Comput Chem,26, 1781-1802, (2005)
PIEPER,U., Eswar,N., Webb,B.M., Eramian,D., Kelly,L., Barkan,D.T., Carter,H., Mankoo,P., Karchin,R., Marti-Renom,M.A., Davis,F.P., Sali,A., Nucleic Acids Res, 37, No: Database issue, (2009)
PIERCE, B., WENG, Z., PROTEINS: Structure, Function, and Bioinformatics,67, 1078-1086,(2007)
RASMUSSEN, S.G.F., et al., Nature, 477, 549-555, (2011)
RASMUSSEN, S.G.F., Jensen, A.D., Liapakis, G., Ghanouni, P., Javitch, J.A., Gether, U., Mol Pharmacol, 56, 175-184, (1999)
ROSENBAUM, D. M., Cherezov, V., Hanson, M. A., Rasmussen, S. G., Thian, F. S., Kobilka, T. S., Choi, H. J., Yao, X. J., Weis, W. I., Stevens, R. C., and Kobilka, B. K. Science,318, 1266-1273, (2007)
ROSENBAUM, D.M., Zhang, C.,Lyons, J.A.,Holl, R.,Aragao, D.,Arlow, D.H., Rasmussen, S.G.F.,Choi, H.J.,Devree, B.T., Sunahara, R.K.; et al. Nature, 469, 236, (2011)
SALAHPOUR et al.,J. Biol Chem, 279(32), 33390-33397,(2004)
SENESet al., Proc Natl Acad Sci USA,98, 9056-9061,(2001)
SHIH,A.Y., Arkhipov,A,.Freddolino,P.L., Schulten,K., J Phys Chem B, 110, 3674-3684, (2006).
SIMPSON et al., Proteins, 79, 1441-1457, (2011)
SWETS, John A.,Signal detection theory and ROC analysis in psychology and diagnostics: collected papers, Lawrence Erlbaum Associates, Mahwah, NJ, (1996)
TOBI, D., and Bahar, I., Proc. Natl. Ac. Sci. U.S.A., 102, 18908,(2005)
WOLBER, G., Langer, T.,J. Chem. Inf. Model,45(1),160-169,(2005)

APA	AKDOĞAN E, DORUKER P (2012). Beta-2 adrenerjik reseptör proteinin dinamik yapısının araştırılması ve bilgisayar destekli ilaç tasarımındaki önemi. , 1 - 77.
Chicago	AKDOĞAN Ebru Demet,DORUKER Pemra Beta-2 adrenerjik reseptör proteinin dinamik yapısının araştırılması ve bilgisayar destekli ilaç tasarımındaki önemi. (2012): 1 - 77.
MLA	AKDOĞAN Ebru Demet,DORUKER Pemra Beta-2 adrenerjik reseptör proteinin dinamik yapısının araştırılması ve bilgisayar destekli ilaç tasarımındaki önemi. , 2012, ss.1 - 77.
AMA	AKDOĞAN E,DORUKER P Beta-2 adrenerjik reseptör proteinin dinamik yapısının araştırılması ve bilgisayar destekli ilaç tasarımındaki önemi. . 2012; 1 - 77.
Vancouver	AKDOĞAN E,DORUKER P Beta-2 adrenerjik reseptör proteinin dinamik yapısının araştırılması ve bilgisayar destekli ilaç tasarımındaki önemi. . 2012; 1 - 77.
IEEE	AKDOĞAN E,DORUKER P "Beta-2 adrenerjik reseptör proteinin dinamik yapısının araştırılması ve bilgisayar destekli ilaç tasarımındaki önemi." , ss.1 - 77, 2012.
ISNAD	AKDOĞAN, Ebru Demet - DORUKER, Pemra. "Beta-2 adrenerjik reseptör proteinin dinamik yapısının araştırılması ve bilgisayar destekli ilaç tasarımındaki önemi". (2012), 1-77.

APA	AKDOĞAN E, DORUKER P (2012). Beta-2 adrenerjik reseptör proteinin dinamik yapısının araştırılması ve bilgisayar destekli ilaç tasarımındaki önemi. , 1 - 77.
Chicago	AKDOĞAN Ebru Demet,DORUKER Pemra Beta-2 adrenerjik reseptör proteinin dinamik yapısının araştırılması ve bilgisayar destekli ilaç tasarımındaki önemi. (2012): 1 - 77.
MLA	AKDOĞAN Ebru Demet,DORUKER Pemra Beta-2 adrenerjik reseptör proteinin dinamik yapısının araştırılması ve bilgisayar destekli ilaç tasarımındaki önemi. , 2012, ss.1 - 77.
AMA	AKDOĞAN E,DORUKER P Beta-2 adrenerjik reseptör proteinin dinamik yapısının araştırılması ve bilgisayar destekli ilaç tasarımındaki önemi. . 2012; 1 - 77.
Vancouver	AKDOĞAN E,DORUKER P Beta-2 adrenerjik reseptör proteinin dinamik yapısının araştırılması ve bilgisayar destekli ilaç tasarımındaki önemi. . 2012; 1 - 77.
IEEE	AKDOĞAN E,DORUKER P "Beta-2 adrenerjik reseptör proteinin dinamik yapısının araştırılması ve bilgisayar destekli ilaç tasarımındaki önemi." , ss.1 - 77, 2012.
ISNAD	AKDOĞAN, Ebru Demet - DORUKER, Pemra. "Beta-2 adrenerjik reseptör proteinin dinamik yapısının araştırılması ve bilgisayar destekli ilaç tasarımındaki önemi". (2012), 1-77.