Moleküler modelleme yöntemleri ile toksin peptitlerinden ilaç tasarımı

KUYUCAK, Serdar; BİÇEN, Merve; TUNA, Onur; BAŞTUĞ, Turgut

Moleküler modelleme yöntemleri ile toksin peptitlerinden ilaç tasarımı

Yürütücü

Turgut BAŞTUĞ (TOBB Ekonomi ve Teknoloji Üniversitesi, Mühendislik Fakültesi, Malzeme Bilimi ve Nanoteknoloji Mühendisliği Bölümü, Ankara, Türkiye)

Araştırmacı(lar)

Serdar KUYUCAK, (TOBB Ekonomi ve Teknoloji Üniversitesi, Mühendislik Fakültesi, Malzeme Bilimi ve Nanoteknoloji Mühendisliği Bölümü, Ankara, Türkiye)

Merve BİÇEN, (TOBB Ekonomi ve Teknoloji Üniversitesi, Mühendislik Fakültesi, Malzeme Bilimi ve Nanoteknoloji Mühendisliği Bölümü, Ankara, Türkiye)

Onur TUNA (TOBB Ekonomi ve Teknoloji Üniversitesi, Mühendislik Fakültesi, Malzeme Bilimi ve Nanoteknoloji Mühendisliği Bölümü, Ankara, Türkiye)

2 4

Proje Grubu: TBAG Sayfa Sayısı: 58 Proje No: 110T138 Proje Bitiş Tarihi: 01.05.2014 Metin Dili: Türkçe İndeks Tarihi: 29-07-2022

Moleküler modelleme yöntemleri ile toksin peptitlerinden ilaç tasarımı

Öz:

Anahtar Kelime:

Erişim Türü: Erişime Açık

[1] Ashcroft, F.M. 2000. Ion Channels and Disease: Channelopathies, Academic Press, San Diego.
[2] Lewis, R.J. and M.L. Garcia. 2003. Nature Rev. Drug Disc. 2:790–802.
[3] Selisko B., Garcia C., Becerril B., Gómez-Lagunas F., Garay C., Possani LD (Jun 1998). "Cobatoxins 1 and 2 from Centruroides noxius Hoffmann constitute a subfamily of potassium-channel-blocking scorpion toxins". Eur J Biochem. 254 (3): 468–79.
[4] Jouirou B., Mosbah A., Visan V., et al. (Jan 2004). "Cobatoxin 1 from Centruroides noxius scorpion venom: chemical synthesis, three-dimensional structure in solution, pharmacology and docking on K+ channels". Biochem J. 377 (1): 37–49..
[5] Rangaraju, S., V. Chi, M.W. Pennington, and K.G. Chandy. 2009. Expert Opin. Ther. Targets 13:909–924.
[6] Terlau, H. and B.M. Olivera. 2004. Physiol. Rev. 84:41–68.
[7] Daly, N.L. and D.J. Craik. 2009. IUBMB Life 61:144–150.
[8] Gayler, K., D. Sandall, D. Greening et al. 2005. IEEE Eng. Med. Biol. 2:79–84.
[9] Stix, G. 2005. Sci. Am. 292:88–93.
[10] Hille, B. 2001. Ionic Channels of Excitable Membranes, 3rd ed. Sinauer Assoc., Sunderland, MA.
[11] Doyle, D.A., J.M. Cabral, R.A. Pfuetzner et al. 1998. Science 280:69–77.
[12] MacKinnon, R. 2004. Angew. Chem. Int. Ed. 43:4265–4277.
[13] Jiang, Y., A. Lee, J. Chen, V. Ruta, M. Cadane, B.T. Chait, and R. MacKinnon. 2003. Nature 423:33–41.
[14] Long, S.B., E.B. Campbell, and R. MacKinnon. 2005. Science 309:897–903.
[15] Unwin, N. 1995. Nature 373:37–43.
[16] Miyazawa, A., Y. Fujiyoshi, and N. Unwin. 2003. Nature 423:949–955.
[17] Brejc, K., W.J. van Dijk, R.W. Klaassen et al. 2001. Nature 411:269–276.
[18] Celie, P.H.N., I.E. Kasheverov, D.Y. Mordvintsev et al. 2005. Nat. Struct. Mol. Biol. 12:582–588.
[19] Duterte, S., A. Nicke, J.D.A. Tyndall, and R.J. Lewis. 2004. J. Mol. Recognit. 17:339– 347.
[20] Corry, B. 2006. Biophys. J. 90:799–810.
[21] Norton, S.R. 2009. Toxicon 54:1075–1088.
[22] Armishaw, C.J. and P.F. Alewood. 2005. Curr. Prot. Pep. Sci. 6:221–240.
[23] Millard, E.L., N.L. Daly, and D.J. Craik. 2004. Eur. J. Biochem. 271:2320–2326.
[24] Loughnan, M.L. and P.F. Alewood. 2004. Eur. J. Biochem. 271:2294–2304.
[25] Clark, R.J., H. Fischer, L. Dempster et al. 2005. Proc. Nat. Acad. Sci. USA 39:13767– 13772.
[26] Tudor, J.E., P.K. Pallaghy, M.W. Pennington, and S.R. Norton. 1996. Nat. Struct. Mol. Biol. 3:317–320.
[27] Kalman, K., M.W. Pennington, M.D. Lanigan et al. 1998. J. Biol. Chem. 273:32697– 32707.
[28] Beeton, C., M.W. Pennington, H. Wulff et al. 2005. Mol. Pharmacol. 67:1369–1381.
[29] Pennington, M.W., C. Beeton, C.A. Galea et al. 2009. Mol. Pharmacol. 75:762–773.
[30] Terlau, H., K.J. Shon, M. Grilley et al. 1996. Nature 381:148–151.
[31] Scanlon, M.J., D. Naranjo, L. Thomas et al. 1997. Structure 5:1585–1597.
[32] Savarin, P., M. Guenneugues, B. Gilquin et al. 1998. Biochemistry 37:5407–5416.
[33] Jacobsen, R.B., E.D. Koch, B. Lange-Malecki et al. 2000. J. Biol. Chem. 275: 24639– 24644.
[34] Al-Sabi, A., D. Lennartz, M. Ferber et al. 2004. Bichemistry 43:8625–8653.
[35] Janes, R.W. 2005. Curr. Opin. Phamacol. 5:280–292.
[36] Jensen, A.A., B. Frolund, T. Liljefors, and P. Krogsgaard-Larsen. 2005. J. Med. Chem. 48:4705–4745.
[37] Nicke, A., S. Wonnacott, and R.J. Lewis. 2004. Eur. J. Biochem. 271:2305–2319.
[38] Halai, R., R.J. Clark, S.T. Nevin et al. 2009. J. Biol. Chem. 284:20275–20284.
[39] Kuyucak, S., O.S. Andersen, and S.H. Chung. 2001. Rep. Prog. Phys. 64:1427–1472.
[40] Tieleman, D.P., P.C. Biggin, G.R. Smith, and M.S.P. Sansom. 2001. Q. Rev. Biophys. 34:473–561.
[41] Roux, B., T. Allen, S. Berneche, and W. Im. 2004. Q. Rev. Biophys. 37:15–103.
[42] Eriksson, M.A.L. and B. Roux. 2002. Biophys. J. 83:2595–2609.
[43] Grottesi, A. and M.S.P. Sansom. 2003. FEBS 535:29–33.
[44] Yu, K.Q., W. Fu, H. Liu et al. 2004. Biophys. J. 86:3542–3555.
[45] Jouirou, B., S. Mouhat, N. Andreotti, M. de Waard, and J.M. Sabatier. 2004. Toxicon 43:909–914.
[46] Huang, X., F. Dong and H.X. Zhou. 2005. J. Am. Chem. Soc. 127:6836–6849.
[47] Luzhkov, V.B. and J. Aqvist. 2005. Biochim. Biophys. Acta 1747:109–120.
[48] Ander, M., V. B. Luzhkov, and J. Aqvist. 2008. Biophys. J. 94:820–831.
[49] Yi, H., S. Qiu, Z.J. Cao, Y.L. Wu, and W.X. Li. 2008. Proteins 70:844–854.
[50] Chen, P.C., and S. Kuyucak. 2009. Biophys. J. 96:2577–2588.
[51] Alonso, H., A.A. Bliznyuk, and J.E. Gready. 2006. Med. Res. Rev. 26:531–568.
[52] Morris, G.M., D.S. Goodsell, R.S. Halliday et al. 1998. J. Comp. Chem. 19:1639–1662.
[53] Patra, M.P., T. Bastug, and S. Kuyucak. 2007. J. Phys. Chem. B 111:11303–11311.
[54] Yu, L.P., C.H. Sun, D.Y. Song et al. 2005. Biochemistry 44:15834–15841.
[55] Chen R., L. Li, and Z.P. Weng. 2003. Proteins 52:80–87.
[56] van Dijk, A.D.J., S.J. de Vries, C. Dominguez et al. 2005. Proteins 60:232–238.
[57] Bastug T. and S. Kuyucak. 2006. Biophys. J. 90:3941–3950.
[58] MacKerell Jr., A.D., D. Bashford, R.L. Bellott et al. 1998. J. Phys. Chem. B 102:3586– 3616.
[59] Frisch, M.J. et al. 1998. Gaussian 98. Gaussian Inc., Pittsburgh, PA.
[60] Thompson, J.D., D.J. Higgins, and T.J. Gibson. 1994. Nucl. Acid Res. 22:4673–4680.
[61] Kale, L., R. Skeel, M. Bhandarkar et al. 1999. J. Comp. Phys. 151:283–312.
[62] Allen, T.W., T. Bastug, S. Kuyucak, and S.H. Chung. 2003. Biophys. J. 84:2159–2168.
[63] Bastug T., P.C. Chen, S.M. Patra, and S. Kuyucak. 2008. J. Chem. Phys. 128:155104.
[64] Chris Bladen, Miyase Gözde Gündüz, Rahime Şimşek, Cihat Şafak, Gerald W. Zamponi 2013, Pflugers Arch - Eur J 466: 1355-1363
[65] Karlin A. 1993. Current Opinion in Neurobiology 3:299-309
[66] Colquhoun D. et. al. 2003. Burger’s Medicinal Chem. and Drug Dicsovery
[67] Zafaralla C. G. et. al. 1988. Biochemistry 27:7102-7105
[68] Zhong W. et. al. 1998. PNAS 95:12088-12093
[69] Dougherty DA, Stauffer DA 1990. Science 250:1558-1560
[70] Hibbs E. R., Gouaux E., 2011. Nature 474:54-60
[71] Unwin N., J. of Mole. Bio. 2005. 346:967-989

APA	BAŞTUĞ T, KUYUCAK S, BİÇEN M, TUNA O (2014). Moleküler modelleme yöntemleri ile toksin peptitlerinden ilaç tasarımı. , 1 - 58.
Chicago	BAŞTUĞ Turgut,KUYUCAK Serdar,BİÇEN Merve,TUNA Onur Moleküler modelleme yöntemleri ile toksin peptitlerinden ilaç tasarımı. (2014): 1 - 58.
MLA	BAŞTUĞ Turgut,KUYUCAK Serdar,BİÇEN Merve,TUNA Onur Moleküler modelleme yöntemleri ile toksin peptitlerinden ilaç tasarımı. , 2014, ss.1 - 58.
AMA	BAŞTUĞ T,KUYUCAK S,BİÇEN M,TUNA O Moleküler modelleme yöntemleri ile toksin peptitlerinden ilaç tasarımı. . 2014; 1 - 58.
Vancouver	BAŞTUĞ T,KUYUCAK S,BİÇEN M,TUNA O Moleküler modelleme yöntemleri ile toksin peptitlerinden ilaç tasarımı. . 2014; 1 - 58.
IEEE	BAŞTUĞ T,KUYUCAK S,BİÇEN M,TUNA O "Moleküler modelleme yöntemleri ile toksin peptitlerinden ilaç tasarımı." , ss.1 - 58, 2014.
ISNAD	BAŞTUĞ, Turgut vd. "Moleküler modelleme yöntemleri ile toksin peptitlerinden ilaç tasarımı". (2014), 1-58.

APA	BAŞTUĞ T, KUYUCAK S, BİÇEN M, TUNA O (2014). Moleküler modelleme yöntemleri ile toksin peptitlerinden ilaç tasarımı. , 1 - 58.
Chicago	BAŞTUĞ Turgut,KUYUCAK Serdar,BİÇEN Merve,TUNA Onur Moleküler modelleme yöntemleri ile toksin peptitlerinden ilaç tasarımı. (2014): 1 - 58.
MLA	BAŞTUĞ Turgut,KUYUCAK Serdar,BİÇEN Merve,TUNA Onur Moleküler modelleme yöntemleri ile toksin peptitlerinden ilaç tasarımı. , 2014, ss.1 - 58.
AMA	BAŞTUĞ T,KUYUCAK S,BİÇEN M,TUNA O Moleküler modelleme yöntemleri ile toksin peptitlerinden ilaç tasarımı. . 2014; 1 - 58.
Vancouver	BAŞTUĞ T,KUYUCAK S,BİÇEN M,TUNA O Moleküler modelleme yöntemleri ile toksin peptitlerinden ilaç tasarımı. . 2014; 1 - 58.
IEEE	BAŞTUĞ T,KUYUCAK S,BİÇEN M,TUNA O "Moleküler modelleme yöntemleri ile toksin peptitlerinden ilaç tasarımı." , ss.1 - 58, 2014.
ISNAD	BAŞTUĞ, Turgut vd. "Moleküler modelleme yöntemleri ile toksin peptitlerinden ilaç tasarımı". (2014), 1-58.