Acınetobacter baumannı,escherichia coli ve klebsiella türlerinin moleküler tiplendirmesinde kullanılabilecek kısa süreli "pulsed-field gel" elektroforez( PFGE) protokolü

GÜRSOY, Nafia; Otlu, Baris; DURMAZ, Rıza; Çalışkan, Ahmet

Acınetobacter baumannı,escherichia coli ve klebsiella türlerinin moleküler tiplendirmesinde kullanılabilecek kısa süreli "pulsed-field gel" elektroforez( PFGE) protokolü

Rıza DURMAZ, (İnönü Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Malatya, Türkiye)

Barış OTLU, (İnönü Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Malatya, Türkiye)

Ahmet ÇALIŞKAN, (İnönü Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Malatya, Türkiye)

Nafia GÜRSOY (İnönü Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Malatya, Türkiye)

ANKEM Dergisi

10 2

Yıl: 2007 Cilt: 21 Sayı: 2 Sayfa Aralığı: 113 - 117 Metin Dili: Türkçe İndeks Tarihi: 29-07-2022

Acınetobacter baumannı,escherichia coli ve klebsiella türlerinin moleküler tiplendirmesinde kullanılabilecek kısa süreli "pulsed-field gel" elektroforez( PFGE) protokolü

Öz:

Bu yazıda birçok hastanedeki hastane infeksiyonlarından sıklıkla izole edilen Acinetobacter baumannii, Escherichia coli ve Klebsiella türlerinin alttiplendirmesinde kullanılmak üzere optimize edilmiş, hızlı ve ortak bir “pulsed-field” jel eletroforez (PFGE) protokolü sunulmuştur. Optimize edilen yöntem basit, tekrarlanabilir ve farklı bakteriler için kullanıma uygun bulunmuştur. Ayrıca süreyi kısaltması, kullanılan çözelti ve enzimlerin düşük hacimleriyle çalışılabilmesi nedeniyle, ekonomik olarak değerlendirilmiştir. Çalışılan bakterilere bağlı salgınları değerlendirme ve hastane infeksiyonlarının yaygınlık derecesi hakkında yararlı bilgiler sunma potansiyeli vardır. Optimize edilen bu protokol, farklı merkezlere ait PFGE sonuçlarının birbirleriyle karşılaştırmasına olanak sağlayabilir.

Anahtar Kelime:

Konular: Biyoloji Mikrobiyoloji Biyoteknoloji ve Uygulamalı Mikrobiyoloji

A Rapid pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) protocol developed for subtyping acinetobacter baumannii, escherichia coli, and klebsiella spp.

Öz:

This paper provided information about a rapid pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) protocol optimized for subtyping of Acinetobacter baumannii, Escherichia coli, and Klebsiealla spp. which are commonly isolated from nosocomial infections in many hospitals. The procedure was simple, reproducible and versatile. Furhermore it is likely cost-effective because of reducing time, reagent volumes and enzymes. It has potential to identify outbreaks and follow spreading degree of nosocomial infections caused by the tested bacterial strains. This optimized protocol can allow PFGE fingerprinting profiles of the isolates from different settings to be compared.

Anahtar Kelime:

Konular: Biyoloji Mikrobiyoloji Biyoteknoloji ve Uygulamalı Mikrobiyoloji

Belge Türü: Makale Makale Türü: Araştırma Makalesi Erişim Türü: Erişime Açık

1. Bagattini M, Crivaro V, Di Popolo A et al: Molecular epidemiology of extended-spectrum betalactamase-producing Klebsiella pneumoniae in a neonatal intensive care unit, J Antimicrob Chemother 2006;57(5):979-82.
2. Centers for Disease Control and Prevention: Standardized laboratory protocol for molecular subtyping of Escherichia coli 0157:H7, non-typhoidal Salmonella serotypes, and Shigella sonnei by pulsed-field gel electrophoresis (PFGE),http://www.cdc.gov/pulsenet/protocols/ecoli_salmonella_shigella_protocols.pdf.
3. Guducuoglu H, Durmaz R, Yaman G, Cizmeci Z,Berktas M, Durmaz B: Spread of a single clone Acinetobacter baumannii strain in an intensive care unit of a teaching hospital in Turkey, New Microbiol 2005;28(4):337-43.
4. Mamlouk K, Boutiba-Ben Boubaker I, Gautier V et al: Emergence and outbreaks of CTX-M beta-lactamase- producing Escherichia coli and Klebsiella pneumoniae strains in a Tunisian hospital, J Clin Microbiol 2006;44(11):4049-56.
5. Maslow JN, Glaze T, Adams P, Lataillade M: Concurrent outbreak of multidrug-resistant and susceptible subclones of Acinetobacter baumannii affecting different wards of a single hospital, Infect Control Hosp Epidemiol 2005;26(1):69-75.
6. Maslow JN, Slutsky AM, Arbeit RD: Application of pulsed-field gel electrophoresis to molecular epidemiology, “Persing HD, Smith TF, Tenover FC, White TJ (eds): Diagnostic Molecular Microbiology: Principles and Applications” kitabında s.563-72, ASM Press, Washington DC (1993).
7. Naseer U, Natas OB, Haldorsen BC et al: Nosocomial outbreak of CTX-M-15-producing E.coli in Norway, APMIS 2007;115(2):120-6.
8. Ribot EM, Fitzgerald C, Kubota K, Swaminathan B, Barrett TJ: Rapid pulsed-field gel electrophoresis protocol for subtyping of Campylobacter jejuni, J Clin Microbiol 2001;39(5):1889-94.
9. Rodriguez-Bano J, Navarro MD, Romero L et al:Clinical and molecular epidemiology of extended-spectrum beta-lactamase-producing Escherichia coli as a cause of nosocomial infection or colonization:implications for control, Clin Infect Dis 2006;42(1):37-45.
10. Seifert H, Dolzani L, Bressan R et al: Standardization and interlaboratory reproducibility assessment of pulsed-field gel electrophoresis-generated fingerprints of Acinetobacter baumannii, J Clin Microbiol 2005;43(9):4328-35.
11. Seifert H, Gerner-Smidt P: Comparison of ribotyping and pulsed-field gel electrophoresis for molecular typing of Acinetobacter isolates, J Clin Microbiol 1995;33(5):1402-7.
12. Stephens C, Francis SJ, Abell V, DiPersio JR, Wells P: Emergence of resistant Acinetobacter baumannii in critically ill patients within an acute care teaching hospital and a long-term acute care hospital, Am J Infect Control 2007;35(4):212-5.
13. Tenover FC, Arbeit RD, Goering RV: How to select and interpret molecular strain typing methods for epidemiological studies of bacterial infections: a review for healthcare epidemiologists.Molecular Typing Working Group of the Society for Healthcare Epidemiology of America, Infect Control Hosp Epidemiol 1997;18(6):426-39.
14. Turabelidze D, Kotetishvili M, Kreger A, Morris JG Jr, Sulakvelidze A: Improved pulsed-field gel electrophoresis for typing vancomycin-resistant enterococci, J Clin Microbiol 2000;38(11):4242-5.
15. Zarrilli R, Casillo R, Di Popolo A et al: Molecular epidemiology of a clonal outbreak of multidrugresistant Acinetobacter baumannii in a university hospital in Italy, Clin Microbiol Infect 2007;13(5):481-9.

APA	DURMAZ R, Otlu B, Çalışkan A, GÜRSOY N (2007). Acınetobacter baumannı,escherichia coli ve klebsiella türlerinin moleküler tiplendirmesinde kullanılabilecek kısa süreli "pulsed-field gel" elektroforez( PFGE) protokolü. , 113 - 117.
Chicago	DURMAZ Rıza,Otlu Baris,Çalışkan Ahmet,GÜRSOY Nafia Acınetobacter baumannı,escherichia coli ve klebsiella türlerinin moleküler tiplendirmesinde kullanılabilecek kısa süreli "pulsed-field gel" elektroforez( PFGE) protokolü. (2007): 113 - 117.
MLA	DURMAZ Rıza,Otlu Baris,Çalışkan Ahmet,GÜRSOY Nafia Acınetobacter baumannı,escherichia coli ve klebsiella türlerinin moleküler tiplendirmesinde kullanılabilecek kısa süreli "pulsed-field gel" elektroforez( PFGE) protokolü. , 2007, ss.113 - 117.
AMA	DURMAZ R,Otlu B,Çalışkan A,GÜRSOY N Acınetobacter baumannı,escherichia coli ve klebsiella türlerinin moleküler tiplendirmesinde kullanılabilecek kısa süreli "pulsed-field gel" elektroforez( PFGE) protokolü. . 2007; 113 - 117.
Vancouver	DURMAZ R,Otlu B,Çalışkan A,GÜRSOY N Acınetobacter baumannı,escherichia coli ve klebsiella türlerinin moleküler tiplendirmesinde kullanılabilecek kısa süreli "pulsed-field gel" elektroforez( PFGE) protokolü. . 2007; 113 - 117.
IEEE	DURMAZ R,Otlu B,Çalışkan A,GÜRSOY N "Acınetobacter baumannı,escherichia coli ve klebsiella türlerinin moleküler tiplendirmesinde kullanılabilecek kısa süreli "pulsed-field gel" elektroforez( PFGE) protokolü." , ss.113 - 117, 2007.
ISNAD	DURMAZ, Rıza vd. "Acınetobacter baumannı,escherichia coli ve klebsiella türlerinin moleküler tiplendirmesinde kullanılabilecek kısa süreli "pulsed-field gel" elektroforez( PFGE) protokolü". (2007), 113-117.

APA	DURMAZ R, Otlu B, Çalışkan A, GÜRSOY N (2007). Acınetobacter baumannı,escherichia coli ve klebsiella türlerinin moleküler tiplendirmesinde kullanılabilecek kısa süreli "pulsed-field gel" elektroforez( PFGE) protokolü. ANKEM Dergisi, 21(2), 113 - 117.
Chicago	DURMAZ Rıza,Otlu Baris,Çalışkan Ahmet,GÜRSOY Nafia Acınetobacter baumannı,escherichia coli ve klebsiella türlerinin moleküler tiplendirmesinde kullanılabilecek kısa süreli "pulsed-field gel" elektroforez( PFGE) protokolü. ANKEM Dergisi 21, no.2 (2007): 113 - 117.
MLA	DURMAZ Rıza,Otlu Baris,Çalışkan Ahmet,GÜRSOY Nafia Acınetobacter baumannı,escherichia coli ve klebsiella türlerinin moleküler tiplendirmesinde kullanılabilecek kısa süreli "pulsed-field gel" elektroforez( PFGE) protokolü. ANKEM Dergisi, vol.21, no.2, 2007, ss.113 - 117.
AMA	DURMAZ R,Otlu B,Çalışkan A,GÜRSOY N Acınetobacter baumannı,escherichia coli ve klebsiella türlerinin moleküler tiplendirmesinde kullanılabilecek kısa süreli "pulsed-field gel" elektroforez( PFGE) protokolü. ANKEM Dergisi. 2007; 21(2): 113 - 117.
Vancouver	DURMAZ R,Otlu B,Çalışkan A,GÜRSOY N Acınetobacter baumannı,escherichia coli ve klebsiella türlerinin moleküler tiplendirmesinde kullanılabilecek kısa süreli "pulsed-field gel" elektroforez( PFGE) protokolü. ANKEM Dergisi. 2007; 21(2): 113 - 117.
IEEE	DURMAZ R,Otlu B,Çalışkan A,GÜRSOY N "Acınetobacter baumannı,escherichia coli ve klebsiella türlerinin moleküler tiplendirmesinde kullanılabilecek kısa süreli "pulsed-field gel" elektroforez( PFGE) protokolü." ANKEM Dergisi, 21, ss.113 - 117, 2007.
ISNAD	DURMAZ, Rıza vd. "Acınetobacter baumannı,escherichia coli ve klebsiella türlerinin moleküler tiplendirmesinde kullanılabilecek kısa süreli "pulsed-field gel" elektroforez( PFGE) protokolü". ANKEM Dergisi 21/2 (2007), 113-117.