Konvansiyonel ve moleküler yöntemler ile idrar örneklerinden Mycobacterium tuberculosıs izolasyonu ve tanımlanması

ASLAN, GÖNÜL; DURMAZ, RIZA; EMEKDAŞ, Gürol; DORUK, Erdal; BAYRAM ABİHA, GÜL; DİREKEL, ŞAHİN; SERİN, M. Sami

Konvansiyonel ve moleküler yöntemler ile idrar örneklerinden Mycobacterium tuberculosıs izolasyonu ve tanımlanması

Gönül ASLAN, (Mersin Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Mersin, Türkiye)

Erdal DORUK, (Mersin Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Üroloji Anabilim Dalı, Mersin, Türkiye)

Gürol EMEKDAŞ, (Mersin Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Mersin, Türkiye)

M. Sami SERİN, (Mersin Üniversitesi, Eczacılık Fakültesi, Farmasötik Anabilim Dalı, Mersin, Türkiye)

Şahin DİREKEL, (Mersin Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Mersin, Türkiye)

GÜL BAYRAM ABİHA, (Mersin Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Mersin, Türkiye)

Rıza DURMAZ (İnönü Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Malatya, Türkiye)

Mikrobiyoloji Bülteni

0 0

Yıl: 2007 Cilt: 41 Sayı: 2 Sayfa Aralığı: 185 - 192 Metin Dili: Türkçe İndeks Tarihi: 29-07-2022

Konvansiyonel ve moleküler yöntemler ile idrar örneklerinden Mycobacterium tuberculosıs izolasyonu ve tanımlanması

Öz:

Genitoüriner sistem tüberkülozunda, klinik ve radyolojik bulgulardaki çeşitlilik, eksik ya da yetersiz öykü ve basilin izolasyonundaki zorluklar nedeniyle tanı ve tedavi gecikebilmektedir. Bu çalışmada, üriner tüberküloz şüphesi ile laboratuvarımıza gönderilen örneklerden Mycobacterium tuberculosis'n Ehrlich-Ziehl-Neelsen (EZN), kültür ve polimeraz zincir reaksiyonu ve restriksiyon analiz (PCR-RFLP) yöntemleri ile izolasyonu ve tanımlanması amaçlanmıştır. Ocak 2004-Temmuz 2006 tarihleri arasında 437 hastaya ait 1004 idrar örneği dekontaminasyon sonrası Lövvenstein-Jensen (LJ) ve/veya BACTEC 12B (Becton Dickinson, USA) besiyerlerine inoküle edilmiş ve hazırlanan preparatlar EZN yöntemi ile boyanarak değerlendirilmiştir. M.tuberculosis kompleks (MTC) ve tüberküloz dışı mikobakterilerin (MOTT) ayırımı nitro-alfa-asetilamino-beta-hidroksipropiofen (NAP) testi ile yapılmış, MTC izolatlarının primer antitüberküloz ilaçlara karşı duyarlılıkları BACTEC 460 TB (Becton Dickinson, USA) kültür sistemi ile araştırılmıştır. Kültürde Mycobacterium spp. izolasyonu yapıldığında, tanımlama için PCR-RFLP yöntemi kullanılmıştır. Hastaların 22'sinde (%5) konvansiyonel yöntemlerden (EZN, LJ ve/veya BACTEC) herhangi birisi ile pozitif sonuç alınmıştır. EZN boyama yöntemi ile 15 olguda aside dirençli basil (ARB) pozitifliği belirlenmiş, 17 örnekte ise kültürde üreme saptanmıştır. Bu hastaların 10'u her iki yöntemle de pozitif bulunurken, yedi hastada kültür pozitif EZN negatif, beş hastada da kültür negatif EZN pozitif olarak saptanmıştır. Bu beş hastanın mesane tümörü nedeniyle BCG tedavisi almakta olduğu belirlenmiştir. Kültürden izole edilen 17 susun 12'si (%70.5) MTC, beşi (%29.4) ise M.fortuitum olarak tanımlanmıştır. MTC izolatlarından sekizi (%66.7) tüm primer antitüberküloz ilaçlara karşı duyarlı, biri izoniazid (INH) ve etambutole (ETB), biri INH ve rifampisine (RIF), ikisi ise sadece INH'e karşı dirençli olarak tespit edilmiştir. Sonuç olarak, izole edilen mikobakterilerin tiplendirilebilmesi ve antitüberküloz duyarlılığın belirlenebilmesi için, kültürün mutlaka yapılmasının bir kez daha vurgulanması gerektiği kanısına varılmıştır.

Anahtar Kelime: Kültür teknikleri Mikrobiyal duyarlılık testleri Polimeraz zincir reaksiyonu Antitüberküler ajanlar Tüberküloz, ürogenital Polimorfizm, kesim parçacığı uzunluk Mycobacterium tuberculosis

Konular: Mikrobiyoloji Hematoloji Biyoteknoloji ve Uygulamalı Mikrobiyoloji

Isolation and identification of Mycobacterium tuberculosis from the urine samples by conventional and molecular methods

Öz:

Genitourinary tuberculosis presents a challenge in diagnosis and treatment due to variations in clinical and radiological signs, insufficient patient history and difficulty in the isolation of the bacilli. The aim of this study was to isolate and identify Mycobacterium tuberculosis from the urine samples obtained from patients with suspected urinary tuberculosis admitted to our hospital by using Ehrlich-Ziehl-Neelsen (EZN), culture and polymerase chain reaction-restriction analysis (PCR-RFLP) methods. A total of 1004 urine samples collected from 437 patients who were admitted to our hospital between January 2004- July 2006, were inoculated on Lowenstein-Jensen (LJ) and/or BACTEC 12B (Becton Dickinson, USA) after decontamination and, direct preparations stained with EZN method were evaluated microscopically. M.tuberculosis complex (MTC) and mycobacteria other than tuberculosis (MOTT) were differentiated by nitro-alpha-acetylamino-beta-hydroxypropiophenone (NAP) test and the susceptibility testing for the MTC strains to primary antituberculosis drugs were performed by BACTEC 460 TB (Becton Dickinson, USA) system. PCR-RFLP method was performed for the identification of Mycobacterium spp. Twenty-two (5%) patients have yielded positive results by at least one of the conventional methods (EZN, LJ and/or BACTEC). Fifteen samples were positive for acido-resistant bacilli (ARB) by EZN method, and 17 samples were positive for mycobacterial growth in the cultures. Ten of 22 patients were found positive by both of the methods, while seven were culture positive but ARB negative and five were culture negative but ARB positive. These five patients received BCG treatment because of the presence of bladder tumor. Twelve (70.5%) of 17 strains isolated from culture were identified as MTC, while five (29.4%) were identified as M.fortuitum. Of 12 MTC isolates, eight (66.7%) were found susceptible to all of the antituberculosis agents, while one was found resistant to isoniazide (INH) and ethambutole (ETB), one was resistant to INH and rifampicin (RIF), and two were resistant to only INH. It is concluded that, in order to identify mycobacteria and to perform antituberculous susceptibility tests, cultivation of mycobacteria is a prerequisite.

Anahtar Kelime: Mycobacterium tuberculosis Culture Techniques Microbial Sensitivity Tests Polymerase Chain Reaction Antitubercular Agents Tuberculosis, Urogenital Polymorphism, Restriction Fragment Length

Konular: Mikrobiyoloji Hematoloji Biyoteknoloji ve Uygulamalı Mikrobiyoloji

Belge Türü: Makale Makale Türü: Araştırma Makalesi Erişim Türü: Bibliyografik

1.Yılmaz A, Bayramgürler B, Akkaya E, Sarıbaş E, Karakurt Z, Baran R. Tüberkülozlu hasta populasyonunda üriner sistem tüberkülozu sıklığı. Solunum 2001; 3: 23-6.
2.Cek M, Lenk S, Naber KG, et al. EAU guidelines for the management of genitourinary tuberculosis. Eur Urol 2005; 48: 353-62.
3.Matos MJ, Bacelar MT, Pinto P, Ramos I. Genitourinary tuberculosis. Eur J Radiol 2005; 55: 181-7.
4.Hernandez EH, Alberu J, Michaca LG, Valle MB, Rotter RC, Osornio JS. Screening for tuberculosis in the study of the living renal donor in a developing country. Transplantation 2006; 81: 290-2.
5.Rebollo MJ, Garrido RSJ, Folgueira D, et al. Blood and urine samples as useful sources for the direct detection of tuberculosis by polymerase chain reaction. Diagn Microbiol Infect Dis 2006; 56: 141-6.
6.Takahashi S, Hashimoto K, Miyamoto S, Takeyama K, Takagi Y, Tsukamoto T. Clinical relevance of nucleic acid amplification test for patients with urinary tuberculosis during antituberculosis treatment. J Infect Chemother 2005; 11: 300-2.
7.Nightingale SL. From the Food and Drug Administration: new tuberculosis test approved. JAMA 1996; 275: 585.
8.Piersimoni C, Scarparo C. Relevance of commercial amplification methods for direct detection of Mycobacterium tuberculosis complex in clinical samples. J Clin Microbiol 2003; 41: 5355-65.
9.Centers for Disease Control and Prevention (CDC). Mycobacterium tuberculosis: Assesing your laboratory, 1995. [http://www.phppo.cdc.gov/mpep/pdf/mtb/tb-ayl.pdf]
10.Lutz B. Identification tests for mycobacteria, 3.12.1-3.12.28. In: Isenberg HD (ed), Clinical Microbiology Procedure Handbook. 1992. ASM Pres, Washington DC.
11.Sajduda A, Brzostek A, Poplawska M, et al. Molecular characterization of rifampin and isoniazide resistant Mycobacterium tuberculosis strains isolated in Poland. J Clin Microbiol 2004; 42: 2425-31.
12.Telenti A, Marchesi F, Balz M, Bally F, Böttger EC, Bodmer T. Rapid identification of mycobacteria to the species level by polymerase chain reaction and restriction enzyme analysis. J Clin Microbiol 1993; 31: 171-8.
13.Ergin A, Kocagöz T, Us AD, Günalp A. Polimeraz zincir reaksiyonu-restriksiyon enzim analizi ile mikobakterilerin tür düzeyinde tanımlanması. Mikrobiyol Bült 1999; 33: 251-61.
14.Muttarak M, ChiangMai WN, Lojanapiwat B. Tuberculosis of the genitourinary tract: imaging features with pathological correlation. Singapore Med J 2005; 46: 568-75.
15.Tonbul HZ, Altıntepe L, Selçuk Y ve ark. Üriner tüberkülozlu 24 olguya ait klinik özellikler. Türk Nefroloji Diyaliz ve Transplantasyon Dergisi 2002; II: 218-22.
16.Gökçe G, Kılıçarslan H, Ayan S, et al. Genitourinary tuberculosis: A review of 174 cases. Scand J Infect Dis 2002; 34: 338-40.
17.Lenk S, Schroeder J. Genitourinary tuberculosis. Curr Opin Urol 2001; 11: 93-8.
18.Tatlışen A. Ürogenital mikobakteri infeksiyonları. Türk Mikrobiol Cem Derg 2002; 32: 290-4.

APA	ASLAN G, DORUK E, EMEKDAŞ G, SERİN M, DİREKEL Ş, BAYRAM ABİHA G, DURMAZ R (2007). Konvansiyonel ve moleküler yöntemler ile idrar örneklerinden Mycobacterium tuberculosıs izolasyonu ve tanımlanması. , 185 - 192.
Chicago	ASLAN GÖNÜL,DORUK Erdal,EMEKDAŞ Gürol,SERİN M. Sami,DİREKEL ŞAHİN,BAYRAM ABİHA GÜL,DURMAZ RIZA Konvansiyonel ve moleküler yöntemler ile idrar örneklerinden Mycobacterium tuberculosıs izolasyonu ve tanımlanması. (2007): 185 - 192.
MLA	ASLAN GÖNÜL,DORUK Erdal,EMEKDAŞ Gürol,SERİN M. Sami,DİREKEL ŞAHİN,BAYRAM ABİHA GÜL,DURMAZ RIZA Konvansiyonel ve moleküler yöntemler ile idrar örneklerinden Mycobacterium tuberculosıs izolasyonu ve tanımlanması. , 2007, ss.185 - 192.
AMA	ASLAN G,DORUK E,EMEKDAŞ G,SERİN M,DİREKEL Ş,BAYRAM ABİHA G,DURMAZ R Konvansiyonel ve moleküler yöntemler ile idrar örneklerinden Mycobacterium tuberculosıs izolasyonu ve tanımlanması. . 2007; 185 - 192.
Vancouver	ASLAN G,DORUK E,EMEKDAŞ G,SERİN M,DİREKEL Ş,BAYRAM ABİHA G,DURMAZ R Konvansiyonel ve moleküler yöntemler ile idrar örneklerinden Mycobacterium tuberculosıs izolasyonu ve tanımlanması. . 2007; 185 - 192.
IEEE	ASLAN G,DORUK E,EMEKDAŞ G,SERİN M,DİREKEL Ş,BAYRAM ABİHA G,DURMAZ R "Konvansiyonel ve moleküler yöntemler ile idrar örneklerinden Mycobacterium tuberculosıs izolasyonu ve tanımlanması." , ss.185 - 192, 2007.
ISNAD	ASLAN, GÖNÜL vd. "Konvansiyonel ve moleküler yöntemler ile idrar örneklerinden Mycobacterium tuberculosıs izolasyonu ve tanımlanması". (2007), 185-192.

APA	ASLAN G, DORUK E, EMEKDAŞ G, SERİN M, DİREKEL Ş, BAYRAM ABİHA G, DURMAZ R (2007). Konvansiyonel ve moleküler yöntemler ile idrar örneklerinden Mycobacterium tuberculosıs izolasyonu ve tanımlanması. Mikrobiyoloji Bülteni, 41(2), 185 - 192.
Chicago	ASLAN GÖNÜL,DORUK Erdal,EMEKDAŞ Gürol,SERİN M. Sami,DİREKEL ŞAHİN,BAYRAM ABİHA GÜL,DURMAZ RIZA Konvansiyonel ve moleküler yöntemler ile idrar örneklerinden Mycobacterium tuberculosıs izolasyonu ve tanımlanması. Mikrobiyoloji Bülteni 41, no.2 (2007): 185 - 192.
MLA	ASLAN GÖNÜL,DORUK Erdal,EMEKDAŞ Gürol,SERİN M. Sami,DİREKEL ŞAHİN,BAYRAM ABİHA GÜL,DURMAZ RIZA Konvansiyonel ve moleküler yöntemler ile idrar örneklerinden Mycobacterium tuberculosıs izolasyonu ve tanımlanması. Mikrobiyoloji Bülteni, vol.41, no.2, 2007, ss.185 - 192.
AMA	ASLAN G,DORUK E,EMEKDAŞ G,SERİN M,DİREKEL Ş,BAYRAM ABİHA G,DURMAZ R Konvansiyonel ve moleküler yöntemler ile idrar örneklerinden Mycobacterium tuberculosıs izolasyonu ve tanımlanması. Mikrobiyoloji Bülteni. 2007; 41(2): 185 - 192.
Vancouver	ASLAN G,DORUK E,EMEKDAŞ G,SERİN M,DİREKEL Ş,BAYRAM ABİHA G,DURMAZ R Konvansiyonel ve moleküler yöntemler ile idrar örneklerinden Mycobacterium tuberculosıs izolasyonu ve tanımlanması. Mikrobiyoloji Bülteni. 2007; 41(2): 185 - 192.
IEEE	ASLAN G,DORUK E,EMEKDAŞ G,SERİN M,DİREKEL Ş,BAYRAM ABİHA G,DURMAZ R "Konvansiyonel ve moleküler yöntemler ile idrar örneklerinden Mycobacterium tuberculosıs izolasyonu ve tanımlanması." Mikrobiyoloji Bülteni, 41, ss.185 - 192, 2007.
ISNAD	ASLAN, GÖNÜL vd. "Konvansiyonel ve moleküler yöntemler ile idrar örneklerinden Mycobacterium tuberculosıs izolasyonu ve tanımlanması". Mikrobiyoloji Bülteni 41/2 (2007), 185-192.