Candida krusei klinik izolatlarının genomik DNA restriksiyon enzim analizi ve polimeraz zincir reaksiyonu ile tiplendirilmesi

Menemenlioğlu, Dilek; AYDIN, Gürkan Nazlı; ARIKAN, Sevtap; Ergüven, Sibel; SANCAK, Banu

Candida krusei klinik izolatlarının genomik DNA restriksiyon enzim analizi ve polimeraz zincir reaksiyonu ile tiplendirilmesi

Banu SANCAK, (Hacettepe Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Ankara, Türkiye)

Dilek MENEMENLİOĞLU, (Hacettepe Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Ankara, Türkiye)

Gürkan Nazlı AYDIN, (Hacettepe Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Ankara, Türkiye)

Sibel ERGÜVEN, (Hacettepe Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Ankara, Türkiye)

Sevtap ARIKAN (Hacettepe Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Ankara, Türkiye)

Mikrobiyoloji Bülteni

7 0

Yıl: 2008 Cilt: 42 Sayı: 4 Sayfa Aralığı: 635 - 644 Metin Dili: Türkçe İndeks Tarihi: 29-07-2022

Candida krusei klinik izolatlarının genomik DNA restriksiyon enzim analizi ve polimeraz zincir reaksiyonu ile tiplendirilmesi

Öz:

Candida krusei, flukonazole doğal dirençli bir mayadır ve özellikle hematolojik malignansili hastalarda önemli bir hastane kaynaklı kandidoz etkenidir. C.krusei enfeksiyonlarının giderek artan önemine karşın bu mikroorganizmanın genetik farklılıkları ve moleküler epidemiyolojisi ile ilgili bilinenler sınırlıdır. Dolayısıyla, C.krusei izolatlarının birbirinden ayırımı, bu mikroorganizmanın epidemiyolojisinin, bulaş yollarının ve patogenezinin aydınlatılması için büyük önem taşımaktadır. Bu çalışma, klinik örneklerden izole edilen 56 C.krusei izolatının, Arnol ve Arno2 primerlerinin kullanıldığı polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) ve Hinfl enziminin kullanıldığı genomik DNA restriksiyon enzim analizi (restriction endonuclease analysis of genomic DNA; REAG) yöntemleriyle moleküler düzeyde tiplendirilmesi ve C.krusei enfeksiyonlarının moleküler epidemiyolojisinin aydınlatılması amacıyla planlanmıştır. REAG yöntemiyle 10 farklı genotip (A-J) saptanmıştır. Elde edilen bant sayısı 12 ile 15 arasında değişirken, bant büyüklükleri 2 ile 6.2 kb arasında ölçülmüştür. Hastaların %71.4'ü üç ana patern (D, F, H) altında toplanmıştır. PCR analizi sonucunda büyüklükleri yaklaşık 1-2 kb olan farklı PCR ürünleri elde edilmiş ve 13 farklı DNA paterni (a-m) saptanmıştır. Hastaların %58.9'u dört ana patern (d, f, h, k) altında toplanmıştır. Elli altı izolatın 43'ünde hem REAG hem de PCR ile elde edilen genotipler aynı bulunmuştur. İzole edilen suşların çoğunun bant pa-ternlerinin benzer çıkması ve belli başlı paternler altında toplanmış olması, çalışma kapsamındaki C.krusei izolatlarının etken olduğu enfeksiyonların ekzojen kaynaklı olabileceğini düşündürmüştür. Tiplendir-mede kullanılan her iki yöntem de C.krusei izolatlarının genotiplendirilmesinde başarılı bulunmakla birlikte PCR yöntemi, uygulanmasının basit olması ve hızlı sonuç vermesi nedeniyle tercih edilebilir. Sonuç olarak, yöntemlerin güvenilirliğinin ve ayırım gücünün aydınlatılabilmesi için farklı moleküler yöntemlerle karşılaştırmalı ve kapsamlı çalışmalara gereksinim vardır.

Anahtar Kelime: Deoksiribonükleazlar, tip II bölgeye özel Genetik varyasyon Genotip Polimeraz zincir reaksiyonu Kandidiyaz Candida Çapraz enfeksiyon Restrüksiyon haritası

Konular: Mikrobiyoloji Biyoteknoloji ve Uygulamalı Mikrobiyoloji

Molecular typing of clinical Candida krusei isolates by using restriction endonuclease analysis of genomic DNA and polymerase chain reaction

Öz:

Candida krusei is inherently resistant to fluconazole and is an important pathogen responsible for nosocomial candidiasis especially in patients with hematological malignancy. Despite the growing clinical importance of C. krusei infections, little is known of its genetic diversity and molecular epidemiology. Therefore, differentiating between C. krusei isolates is of importance for a better understanding of the epidemiology, mode of transmission and pathogenesis of the organism. We investigated the use of two different methods (restriction endonuclease analysis of genomic DNA (REAG) with Hinfl and polymerase chain reaction by using Arno1 and Arno2 primers) for molecular typing of 56 C. krusei isolates from 56 patients. Ten different types (A-J) were determined by REAG. Depending on the patterns of isolates, the number of the bands varied from 12 to 15 and the size of the fragments varied from 2.0 kb to 6.2 kb. Of the isolates 71.4% were gathered under three major patterns (D, F, H). In the second method, PCR amplified different sizes of fragments varied approximately from 1 kb to 2 kb, which yielded 13 types (a-m) from 56 patients. Four major patterns (d, f, h, k) were observed for 58.9% of the isolates. The genotypes detected by REAG and PCR methods were found to be same in 43 isolates out of 56. As the banding patterns of the isolates were found to be similar in this study, it was thought that an exogenous origin could be the source of infections caused by C. krusei isolates. Both REA of genomic DNA and PCR analysis seem to be useful for the typing of C. krusei, however PCR assay can be preferred as it is a simple and rapid method. As a result, further studies are required for the validation of reproducibility and discriminatory power of these methods.

Anahtar Kelime: Cross Infection Restriction Mapping Deoxyribonucleases, Type II Site-Specific Genetic Variation Genotype Polymerase Chain Reaction Candidiasis Candida

Konular: Mikrobiyoloji Biyoteknoloji ve Uygulamalı Mikrobiyoloji

Belge Türü: Makale Makale Türü: Araştırma Makalesi Erişim Türü: Bibliyografik

1.Abbas J, Bodey CP, Hanna HA, et al. Candida krusei fungemia. An escalating serious infection in immunocompromised patients. Arch Intern Med 2000; 160: 2659-64.
2.Akova M, Akalin HE, Uzun O, Gür D. Emergence of Candida krusei infections after therapy of oropharyngeal candidiasis with fluconazole. Eur J Clin Microbiol Infect Dis 1991; 10: 598-9.
3.Merz WG, Karp JE, Schron D, Saral R. Increased incidence of fungemia caused by Candida krusei. J Clin Microbiol 1986; 24:581-4.
4.Wingard JR, Merz WG, Rinaldi MG, Johnson TR, Karp )E, Saral R. Increase in Candida krusei infection among patients with bone marrow transplantation and neutropenia treated prophylactically with fluconazole. N Engl J Med 1991; 325: 1274-7.
5.Pfaller MA, Diekema DJ, Gibbs DL, et al; Global Antifungal Surveillance Group. Candida krusei, a multidrug-resistant opportunistic fungal pathogen: geographic and temporal trends from the ARTEMIS DISK Antifungal Surveillance Program, 2001 to 2005. ) Clin Microbiol 2008; 46: 515-21.
6.Quindos G, Sânchez-Vargas LO, Villar-Vidal M, Eraso E, Alkorta M, Hernândez-Almaraz )L. Activities of fluconazole and voriconazole against bloodstream isolates of Candida glabrata and Candida krusei: a 14-year study in a Spanish tertiary medical centre. Int) Antimicrob Agents 2008; 31: 266-71.
7. Kahn JN, Garcia-Effron G, Hsu MJ, Park S, Marr KA, Perlin DS. Acquired echinocandin resistance in a Candi-da krusei isolate due to modification of glucan synthase. Antimicrob Agents Chemother 2007; 51: 1876-8 *
8 Fleck R, Dietz A, Hof H. In vitro susceptibility of Candida species to five antifungal agents in a German university hospital assessed by the reference broth microdilution method and Etest. J Antimicrob Chemother 2007; 59: 767-71.
9.Ghannoum MA, Okogbule-Wonodi I, Bhat N, Sanati H. Antifungal activity of voriconazole (UK-109,496) fluconazole and amphotericin B against hematogenous Candida krusei infection in neutropenic guinea pig model. J Chemother 1999; 11: 34-9.
10.Pemân J, Jarque I, Bosch M, et al. Spondylodiscitis caused by Candida krusei: case report and susceptibility patterns. J Clin Microbiol 2006; 44: 1912-4.
11.Berrouane YF, Hollis RJ, Pfaller MA. Strain variation among and antifungal susceptibilities of isolates of Candida krusei. J Clin Microbiol 1996; 34: 1856-8.
12.Noskin GA, Lee J, Hacek DM, et al. Molecular typing for investigating an outbreak of Candida krusei. Diagn Microbiol Infect Dis 1996; 26: 117-23.
13.Sancak B, Rex JH, Chen E, Marr K. Comparison of PCR- and Hinfl restriction endonuclease-based methods for typing of Candida krusei isolates. J Clin Microbiol 2004; 42: 5889-91.
14.Samaranayake Y, Samaranayake LP. Candida krusei: biology, epidemiology, pathogenicity and clinical manifestations of an emerging pathogen. J Med Microbiol 1994; 41: 295-310.
15.Carlotti A, Grillot R, Couble A, Villard J. Typing of Candida krusei clinical isolates by restriction endonucle-ase analysis and hybridization with CkF1,2 DNA probe. J Clin Microbiol 1994; 32: 1691-9.
16.Carlotti A, Chaib F, Couble A, Bourgeois N, Blanchard V, Villard j. Rapid identification and fingerprinting of Candida krusei by PCR-based amplification of the species-specific repetitive polymorphic sequence CKRS-1. j Clin Microbiol 1997; 35: 1337-43.
17.Dassanayake RS, Samaranayake YH, Samaranayake LP. Genomic diversity of oral Candida krusei isolates as revealed by DNA fingerprinting and electrophoretic karyotyping. APMIS 2000; 108: 697-704.
18.Jacobsen MD, Gow NA, Maiden MC, Shaw DJ, Odds FC. Strain typing and determination of population structure of Candida krusei by multilocus sequence typing. ] Clin Microbiol 2007; 45: 317-23.
19.Agirbasli H, Otlu B, Bilgen H, Durmaz R, Gedikoglu G. Epidemiological characteristics of fatal Candida krusei fungemia in immunocompromised febrile neutropenic children. Infection 2008; 36: 88-91.
20.Larone DH. Medically Important Fungi. A Guide to Identification. 1995, 3rd ed. ASM Press, Washington, D.C.
21.Scherer S, Stevens DA. Application of DNA typing methods to epidemiology and taxonomy of Candida species. J Clin Microbiol 1987; 25: 675-9.
22.Pappas PG. Invasive candidiasis. Infect Dis Clin North Am 2006; 20: 485-506.
23.Pfaller MA, Diekema DJ. Epidemiology of invasive candidiasis: a persistent public health problem. Clin Microbiol Rev 2007; 20: 1 33-63.
24.van Asbeck EC, Huang YC, Markham AN, Clemons KV, Stevens DA. Candida parapsilosis fungemia in neonates: genotyping results suggest healthcare workers hands as source, and review of published studies. Mycopathologia 2007; 164: 287-93.
25.Hautala T, Ikâheimo I, Husu H, et al. A cluster of Candida krusei infections in a haematological unit. BMC Infect Dis 2007; 7: 97.
26.Vos MC, Endtz HP, Horst-Kreft D, et al. Candida krusei transmission among hematology patients resolved by adapted antifungal prophylaxis and infection control measures, J Clin Microbiol 2006; 44: 1111-4.

APA	SANCAK B, Menemenlioğlu D, AYDIN G, Ergüven S, ARIKAN S (2008). Candida krusei klinik izolatlarının genomik DNA restriksiyon enzim analizi ve polimeraz zincir reaksiyonu ile tiplendirilmesi. , 635 - 644.
Chicago	SANCAK Banu,Menemenlioğlu Dilek,AYDIN Gürkan Nazlı,Ergüven Sibel,ARIKAN Sevtap Candida krusei klinik izolatlarının genomik DNA restriksiyon enzim analizi ve polimeraz zincir reaksiyonu ile tiplendirilmesi. (2008): 635 - 644.
MLA	SANCAK Banu,Menemenlioğlu Dilek,AYDIN Gürkan Nazlı,Ergüven Sibel,ARIKAN Sevtap Candida krusei klinik izolatlarının genomik DNA restriksiyon enzim analizi ve polimeraz zincir reaksiyonu ile tiplendirilmesi. , 2008, ss.635 - 644.
AMA	SANCAK B,Menemenlioğlu D,AYDIN G,Ergüven S,ARIKAN S Candida krusei klinik izolatlarının genomik DNA restriksiyon enzim analizi ve polimeraz zincir reaksiyonu ile tiplendirilmesi. . 2008; 635 - 644.
Vancouver	SANCAK B,Menemenlioğlu D,AYDIN G,Ergüven S,ARIKAN S Candida krusei klinik izolatlarının genomik DNA restriksiyon enzim analizi ve polimeraz zincir reaksiyonu ile tiplendirilmesi. . 2008; 635 - 644.
IEEE	SANCAK B,Menemenlioğlu D,AYDIN G,Ergüven S,ARIKAN S "Candida krusei klinik izolatlarının genomik DNA restriksiyon enzim analizi ve polimeraz zincir reaksiyonu ile tiplendirilmesi." , ss.635 - 644, 2008.
ISNAD	SANCAK, Banu vd. "Candida krusei klinik izolatlarının genomik DNA restriksiyon enzim analizi ve polimeraz zincir reaksiyonu ile tiplendirilmesi". (2008), 635-644.

APA	SANCAK B, Menemenlioğlu D, AYDIN G, Ergüven S, ARIKAN S (2008). Candida krusei klinik izolatlarının genomik DNA restriksiyon enzim analizi ve polimeraz zincir reaksiyonu ile tiplendirilmesi. Mikrobiyoloji Bülteni, 42(4), 635 - 644.
Chicago	SANCAK Banu,Menemenlioğlu Dilek,AYDIN Gürkan Nazlı,Ergüven Sibel,ARIKAN Sevtap Candida krusei klinik izolatlarının genomik DNA restriksiyon enzim analizi ve polimeraz zincir reaksiyonu ile tiplendirilmesi. Mikrobiyoloji Bülteni 42, no.4 (2008): 635 - 644.
MLA	SANCAK Banu,Menemenlioğlu Dilek,AYDIN Gürkan Nazlı,Ergüven Sibel,ARIKAN Sevtap Candida krusei klinik izolatlarının genomik DNA restriksiyon enzim analizi ve polimeraz zincir reaksiyonu ile tiplendirilmesi. Mikrobiyoloji Bülteni, vol.42, no.4, 2008, ss.635 - 644.
AMA	SANCAK B,Menemenlioğlu D,AYDIN G,Ergüven S,ARIKAN S Candida krusei klinik izolatlarının genomik DNA restriksiyon enzim analizi ve polimeraz zincir reaksiyonu ile tiplendirilmesi. Mikrobiyoloji Bülteni. 2008; 42(4): 635 - 644.
Vancouver	SANCAK B,Menemenlioğlu D,AYDIN G,Ergüven S,ARIKAN S Candida krusei klinik izolatlarının genomik DNA restriksiyon enzim analizi ve polimeraz zincir reaksiyonu ile tiplendirilmesi. Mikrobiyoloji Bülteni. 2008; 42(4): 635 - 644.
IEEE	SANCAK B,Menemenlioğlu D,AYDIN G,Ergüven S,ARIKAN S "Candida krusei klinik izolatlarının genomik DNA restriksiyon enzim analizi ve polimeraz zincir reaksiyonu ile tiplendirilmesi." Mikrobiyoloji Bülteni, 42, ss.635 - 644, 2008.
ISNAD	SANCAK, Banu vd. "Candida krusei klinik izolatlarının genomik DNA restriksiyon enzim analizi ve polimeraz zincir reaksiyonu ile tiplendirilmesi". Mikrobiyoloji Bülteni 42/4 (2008), 635-644.