Hepatit B ve C virus nükleik asit testlerinde NEQAS uluslararası dış kalite kontrol değerlendirme programı sonuçlarının analizi

ETİLER, Nilay; SAYAN, Murat; MERİÇ KOÇ, MELİHA; WILLKE, Ayşe

Hepatit B ve C virus nükleik asit testlerinde NEQAS uluslararası dış kalite kontrol değerlendirme programı sonuçlarının analizi

Murat SAYAN, (Kocaeli Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Hastanesi, Kocaeli, Türkiye)

Ayşe WILLKE, (Kocaeli Üniversitesi, Tıp Fakültesi, İnfeksiyon Hastalıkları Anabilim Dalı, Kocaeli, Türkiye)

MELİHA MERİÇ KOÇ, (Kocaeli Üniversitesi, Tıp Fakültesi, İnfeksiyon Hastalıkları Anabilim Dalı, Kocaeli, Türkiye)

Nilay ETİLER (Kocaeli Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Halk Sağlığı Anabilim Dalı, Kocaeli, Türkiye)

Mikrobiyoloji Bülteni

1 0

Yıl: 2009 Cilt: 43 Sayı: 1 Sayfa Aralığı: 103 - 114 Metin Dili: Türkçe İndeks Tarihi: 29-07-2022

Hepatit B ve C virus nükleik asit testlerinde NEQAS uluslararası dış kalite kontrol değerlendirme programı sonuçlarının analizi

Öz:

Dış kalite kontrol uygulaması, rutin PCR tanı laboratuvarlarında uluslararası akreditasyon sağlamada kritik öneme sahiptir. Bu çalışmada, NEQAS (United Kingdom National External Quality Assessment Scheme for Microbiology) dış kalite kontrol programı kapsamında rutin PCR laboratuvarımıza HBV-DNA kantitasyonu ve HCV-PCR saptanması amacıyla gönderilen örneklerden alınan sonuçların analizinin yapılması ve laboratuvarımızın performansının değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Nisan 2006-0cak 2008 tarihleri arasında NEQAS tarafından laboratuvarımıza 4 ayrı dağıtımda, HBV-PCR için 16 serum, HCV-PCR için 6 plazma örneği gönderilmiştir. HBV-DNA ve HCV-RNA testleri, gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) platformunda (iCycler IQ, v3.0a-BioRad Laboratories, ABD), Fluorion HBV QNP v2.0 ve Fluori- on HCV QNP v2.1 (lontek AŞ, Türkiye) kitleri kullanılarak çalışılmıştır. Viral nükleik asit ekstraksiyon metodu olarak manyetik partikül teknolojisi (NucliSENS-easyMAG, bioMerieux, Hollanda) kullanılmıştır. HBV-DNA kantitasyonunda elde edilen tüm sonuçlarda NEQAS skorları 2 (çok uygun sonucu ifade eden en yüksek skor) olarak elde edilmiş; lineer regresyon analizi yapıldığında HBV-DNA kantitasyonunda elde edilen değerlerin (log10) beklenen değerlerle güçlü korelasyon (r= 0.987) gösterdiği saptanmıştır. HCV- PCR testinde NEQAS skorları, yalancı negatif olarak saptanan bir örnek dışında (ki bu örnek viral yük değerinin çok düşük -yaklaşık 79 lU/ml-olması nedeniyle NEQAS tarafından skorlanmamıştır) 2 olarak elde edilmiştir. Yapılan değerlendirmede, HBV örneklerinde tanımlama oranı %100 (16/16), HCV örneklerinde ise %83.3 (5/6) olarak belirlenmiştir. Çalışma verilerinin analizi, HBV viral yük testlerinin yüksek doğrulukta sonuçlar verdiğini, ancak HCV-PCR testinde kullanılan kitin analitik duyarlılığın daha da artırılması gerektiğini göstermiştir. Sonuç olarak, rutin PCR laboratuvarların, kullandıkları kitleri ve laboratuvar koşullarını denetleyebilmek için, dış kalite kontrol değerlendirme programlarına katılmalarının önemli bir gereklilik olduğunun bir kez daha vurgulanmasının uygun olacağı düşünülmüştür.

Anahtar Kelime: Duyarlılık ve özgüllük Hepacivirus Hepatit B virüsü Polimeraz zincir reaksiyonu Laboratuvarlar Kalite kontrol DNA, viral RNA, viral Kalite güvenilirliği, sağlık bakımı

Konular: Biyoloji

Analysis of the results of NEQAS international external quality assessment programme for hepatitis B and C virus nucleic acid tests

Öz:

External quality assessment (EQA) has been playing an increasingly important role in the implementation of nucleic acid amplification techniques (PCR) for clinical diagnosis. In this study, the results of HBV-DNA quantification and HCV-RNA detection tests evaluated by United Kingdom National External Quality Assessment Scheme for Microbiology (NEQAS) were analysed and the performance of our laboratory was evaluated. Between April 2006-January 2008, in four different distribution panels including 16 freeze-dried serum and six plasma specimens for HBV-DNA and HCV-RNA testing, respectively, were received. Viral nucleic acids were extracted by magnetic particle technology (NucliSENS-easyMAG, bioMérieux, Boxtel, Holland). HBV-DNA and HCV-RNA tests were performed by Fluorion HBV quantitative v2.0 and Fluorion HCV quantitative v2.1 (lontek AS, Istanbul, Turkey) kits in real-time PCR (iCycler IQ v3.0a - BioRad Laboratories, Hercules, CA, USA) platform. The performance scores of all the quantification tests of HBV-DNA were 2 (completely correct result) and a strong correlation (r= 0.987) between the quantitative HBV data and the target values was found by linear regression analysis. The NEQAS scores of HCV-RNA testing, except for a false negative result (since the viral load in this specimen was very low--79 IU/ml--it was not scored by NEQAS), were 2 in all specimens. The evaluation of the data revealed 100% detection in HBV-DNA and 83.3% detection in HCV-RNA. In conclusion, the results of this study showed high accuracy of HBV quantification in the samples of HBV infected patients under antiviral therapy. However, the analytical sensitivity of HCV-RNA quantitative kit should be improved for the purpose of reliable HCV-RNA results. External quality control panels are important tools for monitoring the quality of diagnostic laboratory tests. Therefore, PCR laboratories should always have EQA in routine procedures.

Anahtar Kelime: Laboratories Quality Control DNA, Viral RNA, Viral Quality Assurance, Health Care Sensitivity and Specificity Hepacivirus Hepatitis B virus Polymerase Chain Reaction

Konular: Biyoloji

Belge Türü: Makale Makale Türü: Araştırma Makalesi Erişim Türü: Bibliyografik

1. Radström P, Knutsson R, Wolffs P, Lövenklev M, Löfström C. Pre-PCR processing strategies to generate PCR- compatible samples. Mol Biotechnol 2004; 26: 133-46.
2. Thon EV. Quality control in nucleic acid testing - where do we stand? J Clin Virol 2002; 25: 13-21.
3. Ramsden SC, Daly S, Geilenkeuser WJ, et al. EQUAL-quant: an international external quality assessment scheme for real-time PCR. Clin Chem 2006; 52: 1584-91.
4. Schloss L, van Loon AM, Cinque P. An international external quality assessment of nucleic acid amplification of herpes simplex virus. J Clin Virol 2003; 28: 175-85.
5. Barbeau JM, Goforth J, Caliendo AM, Nolte FS. Performance characteristics of a quantitative TaqMan hepatitis C virus RNA analyte-specific reagent. J Clin Microbiol 2004; 42: 3739-46.
6. Elbeik T, Surtihadi J, Destree M, et al. Multicenter evaluation of the performance characteristics of the Bayer VERSANT HCV RNA 3.0 Assay (bDNA). J Clin Microbiol 2004; 42: 563-69.
7. Howerton D, Anderson N, Bosse D, Granade S, Westbrook G. Good laboratory practices for waived testing sites. MMWR 2005; 54: 1-25.
8. Sâbato MF, Shiffman ML, Langley MR, Wilkinson DS, Gonzalez AF. Comparison of performance characte¬ristics of three real-time reverse transcription-PCR test systems for detection and quantification of hepatitis C virus, J Clin Microbiol 2007; 45: 2529-36.
9. Sayıner AA. QCMD HBV, HCV panellerinde sonuçlar, s:110. 3. Ulusal Viroloji Kongresi. 9-13 Aralık 2007, Kongre Özet Kitabı, Uludağ, Bursa.
10. Tuncel P. Kaliteyi sağlamada ana bileşenler, s: 107. 3. Ulusal Viroloji Kongresi. 9-13 Aralık 2007, Kongre Özet Kitabı, Uludağ, Bursa.
11. Libeer JC. Role of external quality assurance schemes in assessing and improving quality in medical laboratories. Clin Chim Acta 2001; 309: 173-7.
12. Orta Mira N, Guna Serrano MR, Perez JL, Gimeno Cardona C. Quality assessment programme of the Spanish Society of Infectious Diseases and Clinical Microbiology. Analysis of results. 2005. Enferm Infec Micro¬biol Clin 2006; 24:1-7.
13. Snell JJ, De Mello jV, Gardner PS. The United Kingdom national microbiological quality assessment scheme. J Clin Pathol 1982; 35: 82-93.
14. Sciacovelli L, Zardo L, Secchiero S, Zaninotto M, Plebani M. Interpretative comments and reference ranges in EQA programs as a tool for improving laboratory appropriateness and effectiveness. Clin Chim Acta 2003;333:209-19.
15. Mancini C, Pisani G, Azzi A, et al. Inter-laboratory comparison of qualitative and quantitative detection of hepatitis C (HCV) virus RNA in diagnostic virology: a multicentre study (MS) in Italy. J Clin Virol 2004; 30: 313-9.
16. Thon EV, Van Loon AM, Schirm J, Reid J, Klapper PE, Cleator GM. European proficiency testing program for molecular detection and quantitation of hepatitis B virus DNA. J Clin Microbiol 2001; 39: 4407-12.
17. Gentili G, Pisani G, Saldanha J, et al. High proficiency in detecting the six major hepatitis C virus genotypes of laboratories involved in testing plasma by nucleic acid amplification technology. Vox Sang 2003; 85: 114-6.
18. Vaughan H, Chalker Vj, Mee Z, Rossouw A, James V. Stability of lyophilised specimens for the molecular detection of viral DNA/RNA.) Clin Virol 2006; 35: 135-40.
19. Noordhoek GT, Mulder S, Wallace P, van Loon AM. Multicentre quality control study for detection of Myco-bacterium tuberculosis in clinical samples by nucleic amplification methods. Clin Microbiol Infect 2004; 10: 295-301.
20. Patton SJ, Wallace AJ, Elles R. Benchmark for evaluating the quality of DNA sequencing: proposal from an international external quality assessment scheme. Clin Chem 2006; 52: 728-36.
21. Schirm J, van Loon AM, Thon VE, Klapper PE, Reid J, Cleator GM. External quality assessment programme for qualitative and quantitative detection of hepatitis C virus RNA in diagnostic virology. J Clin Microbiol 2002; 40: 2973-80.
22. Chalker VJ, Vaughan H, Patel P, et al. External quality assessment for detection of Chlamydia trachomatis. J Clin Microbiol 2005; 43: 1341-7.
23. White LO. UK NEQAS in antibiotic assays. J Clin Pathol 2000; 53: 829-34.
24. Walton C, Hawkey PM, James VL. Examination of specimens for mycobacteria in clinical laboratories in 21 countries: a 10-year review of the UK National Quality Assessment Scheme for Mycobacteria Culture. Clin Microbiol Infect 2005; 11: 1016-21.
25. James V. External quality assessment programmes for molecular testing in clinical diagnostic microbiology laboratories. Uydu Sempozyumu. 1 .Ulusal Viroloji Kongresi, 21 -25 Eylül 2003, Kuşadası, Aydın.
26. Chalker VJ, Rossouw A, Mee Z, Patel P, Vaughan H, James VL. External quality assessment for the molecular detection of hepatitis C virus, J Clin Virol 2007; 39: 141-4.
27. M0İler J, Henriksen CM. The end-users' perspective; European Committee for External Quality Assurance Programmes in Laboratory Medicine (EQALM). IFCC Symposium. June 7th, 2007, Amsterdam, Holland.
28. Nejad PA, Beineke AD, Pfeiffer U, et al. Methodologic European External Quality Assurance for DNA sequencing: The EQUALseq Program. Clin Chem 2006; 52: 716-27.
29. Bakker E. Is the DNA sequence the gold standard in genetic testing? Quality of molecular genetic tests assessed. Clin Chem 2006; 52: 557-8.
30. Francis), Barrett SP, Ogilvie MM, Sutherland S. Best Practice No 175. Guidelines for virological and non-viral serological examination of specimens in routine diagnostic microbiological laboratories. J Clin Pathol 2004;57:1-5.
31. Wallace P. Improving the molecular detection of pathogens international external quality assessment schemes, s: 109. 3. Ulusal Viroloji Kongresi. 9-13 Aralık 2007, Kongre Özet Kitabı. Uludağ, Bursa.

APA	SAYAN M, WILLKE A, MERİÇ KOÇ M, ETİLER N (2009). Hepatit B ve C virus nükleik asit testlerinde NEQAS uluslararası dış kalite kontrol değerlendirme programı sonuçlarının analizi. , 103 - 114.
Chicago	SAYAN Murat,WILLKE Ayşe,MERİÇ KOÇ MELİHA,ETİLER Nilay Hepatit B ve C virus nükleik asit testlerinde NEQAS uluslararası dış kalite kontrol değerlendirme programı sonuçlarının analizi. (2009): 103 - 114.
MLA	SAYAN Murat,WILLKE Ayşe,MERİÇ KOÇ MELİHA,ETİLER Nilay Hepatit B ve C virus nükleik asit testlerinde NEQAS uluslararası dış kalite kontrol değerlendirme programı sonuçlarının analizi. , 2009, ss.103 - 114.
AMA	SAYAN M,WILLKE A,MERİÇ KOÇ M,ETİLER N Hepatit B ve C virus nükleik asit testlerinde NEQAS uluslararası dış kalite kontrol değerlendirme programı sonuçlarının analizi. . 2009; 103 - 114.
Vancouver	SAYAN M,WILLKE A,MERİÇ KOÇ M,ETİLER N Hepatit B ve C virus nükleik asit testlerinde NEQAS uluslararası dış kalite kontrol değerlendirme programı sonuçlarının analizi. . 2009; 103 - 114.
IEEE	SAYAN M,WILLKE A,MERİÇ KOÇ M,ETİLER N "Hepatit B ve C virus nükleik asit testlerinde NEQAS uluslararası dış kalite kontrol değerlendirme programı sonuçlarının analizi." , ss.103 - 114, 2009.
ISNAD	SAYAN, Murat vd. "Hepatit B ve C virus nükleik asit testlerinde NEQAS uluslararası dış kalite kontrol değerlendirme programı sonuçlarının analizi". (2009), 103-114.

APA	SAYAN M, WILLKE A, MERİÇ KOÇ M, ETİLER N (2009). Hepatit B ve C virus nükleik asit testlerinde NEQAS uluslararası dış kalite kontrol değerlendirme programı sonuçlarının analizi. Mikrobiyoloji Bülteni, 43(1), 103 - 114.
Chicago	SAYAN Murat,WILLKE Ayşe,MERİÇ KOÇ MELİHA,ETİLER Nilay Hepatit B ve C virus nükleik asit testlerinde NEQAS uluslararası dış kalite kontrol değerlendirme programı sonuçlarının analizi. Mikrobiyoloji Bülteni 43, no.1 (2009): 103 - 114.
MLA	SAYAN Murat,WILLKE Ayşe,MERİÇ KOÇ MELİHA,ETİLER Nilay Hepatit B ve C virus nükleik asit testlerinde NEQAS uluslararası dış kalite kontrol değerlendirme programı sonuçlarının analizi. Mikrobiyoloji Bülteni, vol.43, no.1, 2009, ss.103 - 114.
AMA	SAYAN M,WILLKE A,MERİÇ KOÇ M,ETİLER N Hepatit B ve C virus nükleik asit testlerinde NEQAS uluslararası dış kalite kontrol değerlendirme programı sonuçlarının analizi. Mikrobiyoloji Bülteni. 2009; 43(1): 103 - 114.
Vancouver	SAYAN M,WILLKE A,MERİÇ KOÇ M,ETİLER N Hepatit B ve C virus nükleik asit testlerinde NEQAS uluslararası dış kalite kontrol değerlendirme programı sonuçlarının analizi. Mikrobiyoloji Bülteni. 2009; 43(1): 103 - 114.
IEEE	SAYAN M,WILLKE A,MERİÇ KOÇ M,ETİLER N "Hepatit B ve C virus nükleik asit testlerinde NEQAS uluslararası dış kalite kontrol değerlendirme programı sonuçlarının analizi." Mikrobiyoloji Bülteni, 43, ss.103 - 114, 2009.
ISNAD	SAYAN, Murat vd. "Hepatit B ve C virus nükleik asit testlerinde NEQAS uluslararası dış kalite kontrol değerlendirme programı sonuçlarının analizi". Mikrobiyoloji Bülteni 43/1 (2009), 103-114.