Detection of point mutations on 23S rRNA of Helicobacter pylori and resistance to clarithromycin with PCR-RFLP in gastric biopsy specimens in Mersin, Turkey

Sezgin, Orhan; ALTINTAS, ENGIN; TEZCAN ÜLGER, Seda; SERIN, MEHMET SAMI; ASLAN, GÖNÜL; EMKDAŞ, Gürol

Detection of point mutations on 23S rRNA of Helicobacter pylori and resistance to clarithromycin with PCR-RFLP in gastric biopsy specimens in Mersin, Turkey

Orhan SEZGİN, (Mersin Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Gastroenteroloji Anabilim Dalı, Mersin, Türkiye)

Gönül ASLAN, (Mersin Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Mersin, Türkiye)

Engin ALTINTAŞ, (Mersin Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Gastroenteroloji Anabilim Dalı, Mersin, Türkiye)

Seda TEZCAN ÜLGER, (Mersin Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Mersin, Türkiye)

Mehmet Sami SERİN, (Mersin Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Mersin, Türkiye)

Gürol EMKDAŞ (Mersin Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Mersin, Türkiye)

Turkish Journal of Gastroenterology

7 3

Yıl: 2008 Cilt: 19 Sayı: 3 Sayfa Aralığı: 163 - 167 Metin Dili: Türkçe İndeks Tarihi: 29-07-2022

Detection of point mutations on 23S rRNA of Helicobacter pylori and resistance to clarithromycin with PCR-RFLP in gastric biopsy specimens in Mersin, Turkey

Öz:

Amaç: Helikobakter pilori infeksiyonu ülkemizde yüksek prevalansa sahip olup önemli bir sağlık sorunudur. Maalesef, Helikobakter pilori eradikasyonu için en azından ülkemizde halen etkin bir tedavi bulunamamıştır. Helikobakter pilori eradikasyonu için önerilen standart tedaviler bölgemizde ve ülkemizde başarılı olmamıştır. Standart üçlü tedavi ile ilimizde Helikobakter pilori eradikasyon başarısı %45’te kalmıştır. Bu Helikobakter pilori’nin antibiyotiklere karşı dirençli olmasına bağlı olabilir. Bu amaçla Mersin’de klaritromisine karşı gelişen direnç oranını saptamayı amaçladık. Yöntem: Mersin Üniversitesi Tıp Fakültesi Gastroenteroloji Bilim Dalında dispeptik yakı nmalar nedeniyle endoskopi yapılan 92 hastadan alınan mide biyopsi örneklerinde Helikobakter pilori varlığı ve klaritromisin direnci araştırıldı. Bu çalışmada A2143G ve A2144G mutasyonu ve buna bağlı olarak ortaya çıkan klaritromisin direncinin sıklığını, polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism ile inceledik. Bulgular: Doksaniki örneğin 37 (%40.2) tanesinde Helikobakter pilori DNA’sı tespit edildi. Bu 37 Helikobakter pilori PCR örneğinden 11’inde (%29.7) nükleotid 2144’te ve 4’ünde (%10.8) 2143’te olmak üzere toplam 15 (%40.5) hastada nokta mutasyonu saptandı. Sonuç: Bölgemizdeki eradikasyon tedavi yetersizliğini göz önüne aldığımızda, %40.5 gibi yüksek oranda saptadığımız Helikobakter pilori klaritromisin direnci beklendiği gibi yüksek çıkmı ş ve klaritromisin direncinin eradikasyon başarısızlığını açıklayabilecek önemli bir bulgu olduğunu göstermiştir.

Anahtar Kelime: İlaç direnci, bakteriyel Biyopsi Anti-bakteriyel ajanlar RNA, bakteriyel Polimeraz zincir reaksiyonu Helicobacter enfeksiyonları Polimorfizm, kesim parçacığı uzunluk Klaritromisin Helicobacter pylori İlaç tedavisi, kombinasyon RNA, ribozomal Nokta mutasyonu

Konular: Cerrahi

Mersin’de mide biyopsi örneklerindeki Helikobakter pilori’nin 23S rRNA’sında nokta mutasyonu ve klaritromisin direncinin PCR-RFLP analizi ile gösterilmesi

Öz:

Background/aims: Helicobacter pylori infection has a high prevalence and is considered an important health problem in Turkey. Unfortunately, an effective treatment has not yet been found for the eradication of Helicobacter pylori infection, at least in our country. Standard therapies recommended for the eradication of Helicobacter pylori have failed in the province of Mersin, Turkey. The rate of eradication with the standard triple treatment was only 45% in the province of Mersin. It may be that Helicobacter pylori has become resistant to antibiotics. Therefore, we aimed to determine the rate of resistance to clarithromycin in the province of Mersin. Methods: The study included 92 patients presenting with dyspepsia to the Gastroenterology Clinic of Mersin University Medical School and undergoing endoscopy. We obtained gastric biopsy specimens and investigated whether Helicobacter pylori was present and resistant to clarithromycin. We used polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism to determine A2143G and A2144G mutations and resistance to clarithromycin. Results: Out of 92 specimens, 37 (40.2%) had Helicobacter pylori DNA. Out of 37 specimens with Helicobacter pylori DNA, 15 (40.5%) had point mutations. Eleven specimens (29.7%) had mutations on nucleotide 2144 and 4 specimens (10.8%) had mutations on 2143. Conclusions: Taking account of the failure of the treatment regimens used to eradicate Helicobacter pylori infection in the province of Mersin, the high rate of point mutations determined in this study was not surprising and the rate of resistance to clarithromycin was an important indicator for the failure in the eradication of Helicobacter pylori infection

Anahtar Kelime: Clarithromycin Helicobacter pylori Drug Therapy, Combination RNA, Ribosomal Point Mutation Drug Resistance, Bacterial Biopsy Anti-Bacterial Agents RNA, Bacterial Polymerase Chain Reaction Helicobacter Infections Polymorphism, Restriction Fragment Length

Konular: Cerrahi

Belge Türü: Makale Makale Türü: Araştırma Makalesi Erişim Türü: Erişime Açık

1. Altıntaş E, Sezgin O, Ulu O, et al. Maastricht II treatment scheme and efficacy of different proton pump inhibitors in eradicating Helicobacter pylori. World J Gastroenterol 2004; 10: 1656-8.
2. Kadayıfçı A, Büyükhatipoğlu H, Savaş C, et al Eradication of Helicobacter pylori with triple therapy: an epidemiologic analysis of trends in Turkey over 10 years. Clin Ther 2006; 28: 1960-6.
3. Megraud F. Helicobacter pylori antibiotic resistance: prevalence, importance and advances in testing. Gut 2004; 53: 1374-84.
4. Dore MP, Leandro G, Realdi G, et al. Effect of pre-treatment antibiotic resistance to metronidazole and clarithromycin on outcome of H. pylori therapy: a meta-analytical approach. Dig Dis Sci 2000; 45: 68-76.
5. Glupczynski Y, Megraud F, Lopez-Brea M, et al. European multicenter survey of in vitro antimicrobial resistance in Helicobacter pylori. Eur J Clin Microbial Infect Dis 2000; 11: 820-3.
6. Boyarova L, Mentis A, Gubina M, et al. The status of antimicrobial resistance of H. pylori in Eastern Europe. Clin Microbial Infect 2002; 8: 388-96.
7. Fallone CA. Epidemiology of the antibiotic resistance of H. pylori in Canada. Can J Gastroenterol 2000; 14: 879-82.
8. Samra Z, Shmuely H, Niv Y, et al. Resistance of H. pylori isolated in Israel to metronidazole, clarithromycin, tetracycline, amoxicillin and cefixime. J Antimicrob Chemother 2002; 49: 1023-6.
9. Mohammadi M, Doroud D, Massarrat S, et al. Clarithromycin resistance in Iranian H. pylori strains before introduction of clarithromycin. Helicobacter 2003; 8: 79-80.
10. Perez Aldana L, Kato M, Nakogawa S, et al. The relationship between consumption of antimicrobial agents and the prevalence of primary H. pylori resistance. Helicobacter 2002; 7: 306-9.
11. Ling TKW, Leung WK, Lee CC, et al. The antimicrobial susceptibility of H. pylori in Hong Kong (1997-2001). Helicobacter 2002; 7: 327-9.
12. Kim JJ, Reddy R, Lee M, et al. Analysis of metronidazole, clarithromycin, and tetracycline resistance of H. pylori isolates from Korea. J Antimicrob Chemother 2001; 47: 459-61.
13. Mahachi V, Thang-Ngam D, Noopun P, et al. Efficacy of clarithromycin-based triple therapy for treating H. pylori in Thai dyspeptic patients with clarithromycin resistant strains. Helicobacter 2004; 9: A13-15.
14. Tumwasorn S, Leetranont S, Sawatpanich A, et al. Detection of clarithromycin resistance in H. pylori isolated from Thai patients. Helicobacter 2004; 9: A13.06.
15. Loivukene K, Maaroos HI, Kolk H, et al. Prevalence of antibiotic resistance of H. pylori isolates in Estonia during 1995-2000 in comparison to the consumption of antibiotics used in treatment regimen. Clin Microbial Infect 2002; 8: 598-603.
16. Birac C, Bouchard S, Camau C, et al. Six year follow-up of resistance to antibiotics of H. pylori in Bordeaux, France. Gut 1999; 45: A107.
17. Lee HS, Song HJ, Lee IS, et al. Clarithromycin and metronidazole resistance mechanisms of H. pylori isolated from Korean patients. Helicobacter 2004; 9: A13.07.
18. Ribeiro ML, Vitiello L, Miranda MCB, et al. Mutations in the 23S rRNA gene are associated with clarithromycin resistance in H. pylori isolates in Brazil. Ann Clin Microb Antimicrob 2003; 2: 11-8.
19. Çolakoğlu S, Yeğin M, Bayar B, et al. H. pilori tedavisinde klaritromisine karşı gelişen antibiyotik direncinin moleküler düzeyde incelenmesi. HeBiPa Kongresi 2004; SB06.
20. Çırak MY, Ünal S, Türet S, et al. H. piloride klaritromisin direncinin genetik olarak belirlenmesi. Turk J Gastroenterol 2003; 14: SB00/5.
21. Çırak MY, Ünal S, Ergin D, et al. Determination of 23S rDNA point mutations conferring clarithromycin resistance in H. pylori in Turkish patients. Helicobacter 2004; 9: A13.09.
22. Şahin F, Özden A, Ünver E, et al. Agar dilüsyon yöntemi ile H. pilori için metronidazol dirençlilik testi ve disk diffüzyon yöntemi ile amoksisillin ve klaritromisin’in H. piloriye etkisi. Turk J Gastroenterol 1994; 5: 203-6.
23. Aydın A, Büke Ç, Akıner C, et al. H. pilorinin klaritromisine duyarlılığı azalıyor mu? Turk J Gastroenterol 1998; 9: PB.164.
24. Palabıyıkoğlu M, Şahin F, Özden A, et al. Disk diffüzyon yöntemi ile H. pilori klinik izolatlarında amoksisilline ve klaritromisine karşı primer duyarlılığın araştırılması ve tedavi sonrası muhtemel duyarlılık değişikliğinin incelenmesi. Turk J Gastroenterol 1997; 8: 309-12.
25. Göral V, Yıldız FZ, Gül K, et al. H. pilori infeksiyonunda antibiyotik direnci. Turk J Gastroenterol 1999; 10: SB15.
26. Kantarçeken B, Yıldırım B, Karıncaoğlu M, et al. H. pylori and antibiotic resistance. Turk J Gastroenterol 2000; 11: 141-5.
27. Ergin D, Erciş S, Özaslan E, et al. E-test yöntemi ile H. pilorinin çeşitli antibiyotiklere karşı duyarlılığının belirlenmesi. Turk J Gastroenterol 2001; 12: SB/15.
28. Işıksal F, Çolakoğlu S, Köksal F, et al. H. pilori antibiyotik direnci. Turk J Gastroenterol 2003; 14: SB.07/5.
29. Çırak MY, Ünal S, Türet S, et al. H. piloride klaritromisin direncinin PCR-Beacon tekniği ile genetik olarak belirlenmesi. HeBiPa Kongresi 2004; P18.
30. Çırak MY, Ünal S, Türet S, et al. H. pilori infeksiyonunda klaritromisin direncinin RT-PCR tekniği ile genetik olarak belirlenmesi. Turk J Gastroenterol 2004; 15: PB.08/30.
31. Hülagu S, Uraz S, Kolaylı F, et al. H. pilorinin farklı hasta gruplarında klaritromisin, amoksisillin ve metronidazol rezistansı. HeBiPa Kongresi 2004; SB.07.
32. Önder GF, Aydın A, Akarca US, et al. High Helicobacter pylori resistance rate to clarithromycin in Turkey. J Clin Gastroenterol 2007; 41: 747-50.
33. Özden A, Bozdayı G, Bağlan P, et al. H. pilorinin klaritromisine karşı direncinin sıklığı. Turk J Gastroenterol 2004; 15: SB.07/6
34. Aydın A, Önder GF, Akarca US, et al. The efficacy of twoweek therapy with ranitidine bismuth citrate, amoxicillin and clarithromycin on H. pylori eradication in clarithromycin resistant and sensitive cases. Turk J Gastroenterol 2005; 16: 203-6.
35. Bağlan PH, Bozdayı G, Özkan M, et al. Klaritromisin dirençli H. pilorinin saptanmasında E-test ve Agar dilüsyon metodlerının karşılaştırılması. Akademik Gastroenteroloji Dergisi 2005; 4: 83-7.
36. Bağlan P, Bektaş M, Çınar K, et al. H. pilori suşlarının klaritromisine direnç prevalansının “F‹SH” yöntemi ile belirlenmesi. Turk J Gastroenterol 2006; 17: PB.02/23.
37. Akkaya D, Demir M, Göktürk HS, et al. Tip II DM’lu hastalarda H. pilori eradikasyonu ve klaritromisin rezistansı. Turk J Gastroenterol 2006; 17: PB.02/19.
38. Tüzün Y, Yılmaz Ş, Bayan K, et al. Klaritromisin primer ve sekonder H. pilori direnci prevalansı, katkıda bulunan olası faktörler: Güneydoğu Anadolu’dan veriler. Turk J Gastroenterol 2006; 17: PB.02/1.
39. Houben MH, van de Beck, Henden EF, et al. A systematic review of Helicobacter pylori eradication therapy: the impact of antimicrobial resistance on eradication rates. Aliment Pharmacol Ther 1999; 13: 1047-55.

APA	Sezgin O, ASLAN G, ALTINTAS E, TEZCAN ÜLGER S, SERIN M, EMKDAŞ G (2008). Detection of point mutations on 23S rRNA of Helicobacter pylori and resistance to clarithromycin with PCR-RFLP in gastric biopsy specimens in Mersin, Turkey. , 163 - 167.
Chicago	Sezgin Orhan,ASLAN GÖNÜL,ALTINTAS ENGIN,TEZCAN ÜLGER Seda,SERIN MEHMET SAMI,EMKDAŞ Gürol Detection of point mutations on 23S rRNA of Helicobacter pylori and resistance to clarithromycin with PCR-RFLP in gastric biopsy specimens in Mersin, Turkey. (2008): 163 - 167.
MLA	Sezgin Orhan,ASLAN GÖNÜL,ALTINTAS ENGIN,TEZCAN ÜLGER Seda,SERIN MEHMET SAMI,EMKDAŞ Gürol Detection of point mutations on 23S rRNA of Helicobacter pylori and resistance to clarithromycin with PCR-RFLP in gastric biopsy specimens in Mersin, Turkey. , 2008, ss.163 - 167.
AMA	Sezgin O,ASLAN G,ALTINTAS E,TEZCAN ÜLGER S,SERIN M,EMKDAŞ G Detection of point mutations on 23S rRNA of Helicobacter pylori and resistance to clarithromycin with PCR-RFLP in gastric biopsy specimens in Mersin, Turkey. . 2008; 163 - 167.
Vancouver	Sezgin O,ASLAN G,ALTINTAS E,TEZCAN ÜLGER S,SERIN M,EMKDAŞ G Detection of point mutations on 23S rRNA of Helicobacter pylori and resistance to clarithromycin with PCR-RFLP in gastric biopsy specimens in Mersin, Turkey. . 2008; 163 - 167.
IEEE	Sezgin O,ASLAN G,ALTINTAS E,TEZCAN ÜLGER S,SERIN M,EMKDAŞ G "Detection of point mutations on 23S rRNA of Helicobacter pylori and resistance to clarithromycin with PCR-RFLP in gastric biopsy specimens in Mersin, Turkey." , ss.163 - 167, 2008.
ISNAD	Sezgin, Orhan vd. "Detection of point mutations on 23S rRNA of Helicobacter pylori and resistance to clarithromycin with PCR-RFLP in gastric biopsy specimens in Mersin, Turkey". (2008), 163-167.

APA	Sezgin O, ASLAN G, ALTINTAS E, TEZCAN ÜLGER S, SERIN M, EMKDAŞ G (2008). Detection of point mutations on 23S rRNA of Helicobacter pylori and resistance to clarithromycin with PCR-RFLP in gastric biopsy specimens in Mersin, Turkey. Turkish Journal of Gastroenterology, 19(3), 163 - 167.
Chicago	Sezgin Orhan,ASLAN GÖNÜL,ALTINTAS ENGIN,TEZCAN ÜLGER Seda,SERIN MEHMET SAMI,EMKDAŞ Gürol Detection of point mutations on 23S rRNA of Helicobacter pylori and resistance to clarithromycin with PCR-RFLP in gastric biopsy specimens in Mersin, Turkey. Turkish Journal of Gastroenterology 19, no.3 (2008): 163 - 167.
MLA	Sezgin Orhan,ASLAN GÖNÜL,ALTINTAS ENGIN,TEZCAN ÜLGER Seda,SERIN MEHMET SAMI,EMKDAŞ Gürol Detection of point mutations on 23S rRNA of Helicobacter pylori and resistance to clarithromycin with PCR-RFLP in gastric biopsy specimens in Mersin, Turkey. Turkish Journal of Gastroenterology, vol.19, no.3, 2008, ss.163 - 167.
AMA	Sezgin O,ASLAN G,ALTINTAS E,TEZCAN ÜLGER S,SERIN M,EMKDAŞ G Detection of point mutations on 23S rRNA of Helicobacter pylori and resistance to clarithromycin with PCR-RFLP in gastric biopsy specimens in Mersin, Turkey. Turkish Journal of Gastroenterology. 2008; 19(3): 163 - 167.
Vancouver	Sezgin O,ASLAN G,ALTINTAS E,TEZCAN ÜLGER S,SERIN M,EMKDAŞ G Detection of point mutations on 23S rRNA of Helicobacter pylori and resistance to clarithromycin with PCR-RFLP in gastric biopsy specimens in Mersin, Turkey. Turkish Journal of Gastroenterology. 2008; 19(3): 163 - 167.
IEEE	Sezgin O,ASLAN G,ALTINTAS E,TEZCAN ÜLGER S,SERIN M,EMKDAŞ G "Detection of point mutations on 23S rRNA of Helicobacter pylori and resistance to clarithromycin with PCR-RFLP in gastric biopsy specimens in Mersin, Turkey." Turkish Journal of Gastroenterology, 19, ss.163 - 167, 2008.
ISNAD	Sezgin, Orhan vd. "Detection of point mutations on 23S rRNA of Helicobacter pylori and resistance to clarithromycin with PCR-RFLP in gastric biopsy specimens in Mersin, Turkey". Turkish Journal of Gastroenterology 19/3 (2008), 163-167.