Alt solunum yolu enfeksiyonu olan çocuklarda solunum sisnsityal virus varlığının üç farklı yöntemle araştırılması

GÜNEŞ, Tamer; gökahmetoğlu, selma; GÖKALP, Canan; DENİZ, Saatçi Esma

Alt solunum yolu enfeksiyonu olan çocuklarda solunum sisnsityal virus varlığının üç farklı yöntemle araştırılması

Canan GÖKALP, (Erciyes Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Kayseri, Türkiye)

Selma GÖKAHMETOĞLU, (Erciyes Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Kayseri, Türkiye)

Saatçi Esma DENİZ, (Nuh Naci Yazgan Göğüs Hastalıkları Hastanesi, Kayseri, Türkiye)

Tamer GÜNEŞ (Erciyes Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Pediatri Anabilim Dalı, Kayseri, Türkiye)

Mikrobiyoloji Bülteni

2 0

Yıl: 2009 Cilt: 43 Sayı: 3 Sayfa Aralığı: 433 - 438 Metin Dili: Türkçe İndeks Tarihi: 29-07-2022

Alt solunum yolu enfeksiyonu olan çocuklarda solunum sisnsityal virus varlığının üç farklı yöntemle araştırılması

Öz:

Solunum sinsityal virusu [Respiratory Syncytial Virus (RSV)], bebek ve küçük çocuklarda alt solunum yolu enfeksiyonuna yol açan etkenlerden en önemlisidir. Bu çalışmada alt solunum yolu enfeksiyonu olan çocuklarda RSV varlığının direkt immünfloresan antikor (DFA), hücre kültürü ve polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) yöntemleri ile araştırılması amaçlanmıştır. Çalışmaya, Kasım 2005-Mayıs 2006 tarihleri arasında klinik olarak alt solunum yolu enfeksiyonu tanısı koyularak hastaneye yatırılan, yaşları 0-24 ay arasında değişen 80 hastadan alınan nazotrakeal aspirat örnekleri dahil edilmiştir. Örneklerde RSV antijeni DFA (Monofluo Bio-Rad, Fransa) yöntemiyle, RSV-RNA varlığı gerçek zamanlı PCR (Fluorion iontek, Türkiye) yöntemiyle araştırılmış, RSV'nin izolasyonu için Hep-2 hücre kültürleri kullanılmıştır. Çalışılan 80 örneğin 26 (%32.5)'sında DFA, 17 (%21.3)'sinde ise hücre kültürü yöntemiyle RSV pozitifliği saptanmıştır. Örneklerin 6 tanesi miktar yetersizliği nedeniyle PCR yöntemiyle çalışılamamış, çalışılan 74 hasta örneğinin 20 (%27)'sinde RSV-RNA pozitif bulunmuştur. Örneklerin 54'ü her 3 yöntemle de negatif, 12'si ise her 3 yöntemle de pozitif bulunmuş; DFA ve PCR ile pozitif bulunan 8 örnek hücre kültüründe negatif sonuç vermiştir. Miktar yetersizliği nedeniyle PCR çalışılamayan 6 örnekten 5'i hem DFA hem de hücre kültürü ile pozitif, Ti ise sadece DFA ile pozitif olarak saptanmıştır. Hücre kültürü yöntemi altın standart olarak kabul edildiğinde DFA yönteminin duyarlılığı %100, özgüllüğü %85.7, pozitif öngörü değeri %65.4 ve negatif öngörü değeri %100 olarak hesaplanmış; bu oranlar PCR için sırasıyla %100, %94.7, %85 ve %100 olarak belirlenmiştir. Sonuç olarak, RSV enfeksiyonunun tanısında virus izolasyonu için klinik örneğin erken dönemde alınması ve hemen inoküle edilmesi gerektiği; hücre kültürü ve PCR yöntemlerinin uygulanamadığı, laboratuvarlarda ise görece olarak daha pratik, hızlı ve ekonomik olan DFA yönteminin rutin tanı amacıyla uygulanabileceği kanaatine varılmıştır.

Anahtar Kelime: Polimeraz zincir reaksiyonu Floresans antikor tekniği, direkt Burun mukozası Solunum sinsityal virüsleri Antijenler, viral Çocuk, okul öncesi Süt çocuğu Testlerin kestirim değeri Hücre hattı Süt çocuğu, yenidoğan

Konular: Mikrobiyoloji Hematoloji Biyoteknoloji ve Uygulamalı Mikrobiyoloji Viroloji Enfeksiyon Hastalıkları Pediatri

Investigation of respiratory syncytial virus by three different methods in children with lower respiratory tract infection.

Öz:

Respiratory Syncytial Virus (RSV) is the most important viral agent leading to lower respiratory tract infection in infants and children. The aim of this study was to investigate the presence of RSV by direct immunofluorescence antibody (DFA), cell culture and polymerase chain reaction (PCR) in children with lower respiratory tract infection. Nasotracheal aspirate specimens collected from 80 hospitalized patients aged between 0-24 months and clinically diagnosed as lower respiratory tract infection, during November 2005-May 2006 period, were included to the study. RSV antigen was investigated in clinical specimens by DFA method (Monofluo Bio-Rad, France). Hep-2 culture was used for isolation of RSV. RSV-RNA was investigated by real-time PCR (Fluorion lontek, Turkey) in clinical specimens. RSV was found positive in 26 (32.5%) of 80 samples by DFA and in 17 (21.3%) samples by cell culture. Six specimens were not studied by PCR as sample amounts were not sufficient. Of the 74 samples tested, 20 (27%) were found to be positive by real-time PCR. Fifty-four of the samples were negative by 3 of the methods, while 12 were positive by all of them. DFA and PCR positive 8 samples yielded negative result in cell culture. Five of the 6 samples not investigated by PCR, were positive both in DFA and cell culture while 1 sample was positive only by DFA. Considering cell culture as the gold standard, the sensitivity, specificity, positive and negative predictive values were found as 100%, 85.7%, 65.4% and 100%, respectively, for DFA and 100%, 94.7%, 85% and 100%, respectively, for PCR. As a conclusion for the accurate diagnosis of RSV infections the clinical samples should be collected in the early phase of the disease and inoculated to the cell cultures immediately for viral isolation. If cell culture or PCR facilities are not available for routine diagnosis, DFA method can be used for rapid and cost effective diagnosis of RSV infections.

Anahtar Kelime: Child, Preschool Infant Predictive Value of Tests Cell Line Infant, Newborn Polymerase Chain Reaction Fluorescent Antibody Technique, Direct Nasal Mucosa Respiratory Syncytial Viruses Antigens, Viral

Konular: Mikrobiyoloji Hematoloji Biyoteknoloji ve Uygulamalı Mikrobiyoloji Viroloji Enfeksiyon Hastalıkları Pediatri

Belge Türü: Makale Makale Türü: Araştırma Makalesi Erişim Türü: Bibliyografik

1.Bozkaya E. Solunum sisteminde infeksiyon yapan viruslar, s: 294-317. Özbal Y, Gökahmetoğlu S (ed), Mo-leküler, Klinik ve Tanısal Viroloji Kurs Kitabı. 2008, Kayseri.
2.Tristram DA. Respiratory syncytial virus, pp: 1378-88. In: Murray PR, Baron EJ, Pfaller MA, Tenover FC, Yolken RH (eds), Manual of Clinical Microbiology. 2003, 8th ed. ASM Press, Washington DC.
3.Özdamar K. Bioistatistik. 2003. Kaan Kitabevi, Ankara.
4.Shay DK, Holman RC, Newman RD, et al. Bronchiolitis-associated hospitalizations among US children 1980-1996. JAMA 1999; 282: 1440-6.
5.Checchia P. Identification and management of severe respiratory syncytial virus. Am j Health Syst Pharm 2008; 65(23 Suppl 8): 7-12.
6.Weber MW, Milligan P, Hilton S, et al. Risk factors for severe respiratory syncytial virus infection leading to hospital admission in children in the western region of the Gambia. Int j Epidemiol 1999; 28: 157-62.
7.Yamazhan T, Dereli DG, Ertem E, Serter D. 1995-1996 kış mevsiminde, hücre kültürü yöntemi ile bölgemizde saptanan adenovirus, solunum sinsityal virusu ve parainfluenza enfeksiyonları. FLORA 1999; 4: 1 35-8.
8.Dereli D, Ertem E, Serter D, Şadimen M, Çöker M, Tanaç R. Detection of respiratory syncytial virus in children in the 1993-1994 winter season in Izmir, Turkey, by two diagnostic methods. APMIS 1994; 102. 877-80.
9.Yılmaz G, Aslan S, Uzel N ve ark. Akut alt solunum yolu enfeksiyonu olan çocuklarda viral etkenler ve respiratory syncytial virus alt grupları. İnfeksiyon Derg 2000; 14: 157-64.
10.Aykut E, Özsan M. Alt solunum yolu enfeksiyonu olan 0-1 yaş grubu bebeklerde etken olarak solunum sinsityal virüsün hücre kültürü ve direk immünoperoksidaz yöntemleriyle araştırılması. Mikrobiyol Bul 1999; 33:203-13.
11.Valdivia A, Savon C, Chacon D, et al. Analysis of respiratory syncytial virus in clinical samples by reverse transcriptase-polymerase chain reaction restriction mapping. Mem Inst Oswaldo Cruz 1997; 92: 389-93.
12.Whiley DM, Syrmis MW, Mackay İM, Sloots TP. Detection of human respiratory syncytial virus in respiratory samples by Light Cycler reverse transcriptase PCR. J Clin Microbiol 2002; 40: 4418-22.
1 3. Reis Al, Fink MC, Machado CM, et al; CHIADO and RDGV/FAPESP Research Groups. Comparison of direct immunofluorescence, conventional cell culture and polymerase chain reaction techniques for detecting respiratory syncytial virus in nasopharyngeal aspirates from infants. Rev Inst Med Trop Sao Paulo 2008; 50: 37-40.
14.Tang YW, Heimgartner Pj, Tollefson Sj, et al. A colorimetric microtiter plate PCR system detects respiratory syncytial virus in nasal aspirates and discriminates subtypes A and B. Diagn Microbiol Infec Dis 1999; 34: 333-7.
15.Mezeire A, Mollat C, Lapied R, Billaudel S, Courtie AL. Detection of respiratory syncytial virus antigen after seventy-two hours of culture. J Med Virol 1990; 31: 241-4.
16.Halstead DC, Todd S, Fritch G. Evaluation of five methods for respiratory syncytial virus detection. J Clin Microbiol 1990; 28: 1021-5.
17.Freymuth F, Eugene G, Vabret A, et al. Detection of respiratory syncytial virus by reverse transcription-PCR and hybridization with a DNA enzyme immunoassay. J Clin Microbiol 1995; 33: 3352-5.
18.Ahluwalia G, Embree j, McNicol P, Law B, Hammond GW. Comparison of nasopharyngeal aspirate and nasopharyngeal swab specimens for respiratory syncytial virus diagnosis by cell culture, indirect immunoflo-urescence assay, and enzyme-linked immunosorbent assay. J Clin Microbiol 1987; 25: 763-7.

APA	GÖKALP C, gökahmetoğlu s, DENİZ S, GÜNEŞ T (2009). Alt solunum yolu enfeksiyonu olan çocuklarda solunum sisnsityal virus varlığının üç farklı yöntemle araştırılması. , 433 - 438.
Chicago	GÖKALP Canan,gökahmetoğlu selma,DENİZ Saatçi Esma,GÜNEŞ Tamer Alt solunum yolu enfeksiyonu olan çocuklarda solunum sisnsityal virus varlığının üç farklı yöntemle araştırılması. (2009): 433 - 438.
MLA	GÖKALP Canan,gökahmetoğlu selma,DENİZ Saatçi Esma,GÜNEŞ Tamer Alt solunum yolu enfeksiyonu olan çocuklarda solunum sisnsityal virus varlığının üç farklı yöntemle araştırılması. , 2009, ss.433 - 438.
AMA	GÖKALP C,gökahmetoğlu s,DENİZ S,GÜNEŞ T Alt solunum yolu enfeksiyonu olan çocuklarda solunum sisnsityal virus varlığının üç farklı yöntemle araştırılması. . 2009; 433 - 438.
Vancouver	GÖKALP C,gökahmetoğlu s,DENİZ S,GÜNEŞ T Alt solunum yolu enfeksiyonu olan çocuklarda solunum sisnsityal virus varlığının üç farklı yöntemle araştırılması. . 2009; 433 - 438.
IEEE	GÖKALP C,gökahmetoğlu s,DENİZ S,GÜNEŞ T "Alt solunum yolu enfeksiyonu olan çocuklarda solunum sisnsityal virus varlığının üç farklı yöntemle araştırılması." , ss.433 - 438, 2009.
ISNAD	GÖKALP, Canan vd. "Alt solunum yolu enfeksiyonu olan çocuklarda solunum sisnsityal virus varlığının üç farklı yöntemle araştırılması". (2009), 433-438.

APA	GÖKALP C, gökahmetoğlu s, DENİZ S, GÜNEŞ T (2009). Alt solunum yolu enfeksiyonu olan çocuklarda solunum sisnsityal virus varlığının üç farklı yöntemle araştırılması. Mikrobiyoloji Bülteni, 43(3), 433 - 438.
Chicago	GÖKALP Canan,gökahmetoğlu selma,DENİZ Saatçi Esma,GÜNEŞ Tamer Alt solunum yolu enfeksiyonu olan çocuklarda solunum sisnsityal virus varlığının üç farklı yöntemle araştırılması. Mikrobiyoloji Bülteni 43, no.3 (2009): 433 - 438.
MLA	GÖKALP Canan,gökahmetoğlu selma,DENİZ Saatçi Esma,GÜNEŞ Tamer Alt solunum yolu enfeksiyonu olan çocuklarda solunum sisnsityal virus varlığının üç farklı yöntemle araştırılması. Mikrobiyoloji Bülteni, vol.43, no.3, 2009, ss.433 - 438.
AMA	GÖKALP C,gökahmetoğlu s,DENİZ S,GÜNEŞ T Alt solunum yolu enfeksiyonu olan çocuklarda solunum sisnsityal virus varlığının üç farklı yöntemle araştırılması. Mikrobiyoloji Bülteni. 2009; 43(3): 433 - 438.
Vancouver	GÖKALP C,gökahmetoğlu s,DENİZ S,GÜNEŞ T Alt solunum yolu enfeksiyonu olan çocuklarda solunum sisnsityal virus varlığının üç farklı yöntemle araştırılması. Mikrobiyoloji Bülteni. 2009; 43(3): 433 - 438.
IEEE	GÖKALP C,gökahmetoğlu s,DENİZ S,GÜNEŞ T "Alt solunum yolu enfeksiyonu olan çocuklarda solunum sisnsityal virus varlığının üç farklı yöntemle araştırılması." Mikrobiyoloji Bülteni, 43, ss.433 - 438, 2009.
ISNAD	GÖKALP, Canan vd. "Alt solunum yolu enfeksiyonu olan çocuklarda solunum sisnsityal virus varlığının üç farklı yöntemle araştırılması". Mikrobiyoloji Bülteni 43/3 (2009), 433-438.