Manisa bölgesinde hepatit C virus genotiplerinin dağılımı
Yıl: 2009 Cilt: 43 Sayı: 4 Sayfa Aralığı: 613 - 618 Metin Dili: Türkçe İndeks Tarihi: 29-07-2022
Manisa bölgesinde hepatit C virus genotiplerinin dağılımı
Öz: Hepatit C virus (HCV) enfeksiyonunun süresi ve standart tedaviye verilen yanıt HCV genotipleri ile yakından ilişkilidir. Bunun yanı sıra HCV genotiplerinin coğrafi dağılımlarının bilinmesi, epidemiyolojik çalışmalar ve muhtemel risk grupları açısından önem taşımaktadır. Bu retrospektif çalışmada, Manisa bölgesindeki HCV genotip ve alt tiplerinin dağılımının belirlenmesi amaçlanmıştır. Çalışmaya 2002-2005 yılları arasında Celal Bayar Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesine başvuran, anti-HCV (mikropartikül EIA; Abbott Laboratories, ABD) ve HCV-RNA (gerçek zamanlı RT-PCR; Applied Biosystems, ABD) testleri pozitif olan 100 hasta (53 kadın, 47 erkek; yaş ortalaması: 44.4 ± 10.4 yıl) dahil edilmiştir. Hastaların kantitatif HCV-RNA düzeyleri 104-108 kopya/ml arasında değişmektedir. Genotiplendirmede "Invitek RTP DNA/RNA Virus Mini Kit" ile izole edilen HCV-RNA'larından elde edilen cDNA kullanılmış ve seçilmiş pri-merlerle [ilk PCR için primer 11 (5'-AGG TCT CTG AGA CCG TGC ACC ATG AGC AC-3') ve primer 1 3 (5'-CTG TGA GGA ACT ACT GTC TT-3'); ikinci PCR için primer 12 (5'-ACT GCC TGA TAG GGT GCT TGC GAG TG-3') ve primer 14 (5'-CAC GCA GAA AGC GTC TAG-3')] uygulanan RT-PCR ile elde edilen ürünler "Invisorb Spin PCRapid Kit" ile sataştırılarak "BigDye Terminator v3.1 Cycle Sequencing Kit" ile dizi analizi (ABI Prism 310 Genetic Analyzer) yapılmıştır. Buna göre hastaların %92'sinde genotip 1, %7'sin-de ise diğer genotipler (genotip 2 ve 4) saptanmış, bir hastada (%1) HCV genotipi belirlenememiştir. Ge-notiplerin alt tip dağılımına bakıldığında; hastaların 90 (%90)'ının genotip 1 b, 5 (%5)'inin genotip 4a, 2 (%2)'sinin genotip 1a ve 2 (%2)'sinin genotip 2a olduğu izlenmiştir. Sonuç olarak; bölgemizde saptanan en yaygın genotipin, ülkemiz verileri ile uyumlu olarak genotip 1 b olduğu, genotip 4a'nın ise onu izlediği belirlenmiş, bu durumun hastaların izleminde ve tedavinin planlanmasında dikkate değer bir bulgu olarak yorumlanması gerektiği sonucuna varılmıştır.
Anahtar Kelime: Konular:
Distribution of hepatitis C virus genotypes in Manisa region, Turkey
Öz: The duration of hepatitis C virus (HCV) infection and the response to the standard therapy is strongly related to the HCV genotypes. In addition, the geographical distribution of HCV genotypes is important for the epidemiological studies in terms of distribution and possible risk groups. The aim of this retrospective study was to investigate the distribution of HCV genotypes in Manisa region (located at the Aegean part of Turkey). A total of 100 anti-HCV (microparticle EIA; Abbott Laboratories, USA) and HCV-RNA (real time RT-PCR; Applied Biosystems, USA) positive patients (53 female, 47 male; mean age: 44.4 ± 10.4 years), who were admitted to Celal Bayar University Medical School Hospital between 2002-2005, were included to the study. Quantitative HCV-RNA levels of the patients were between 104-108 copies/ml. Complementary DNAs obtained from HCV-RNAs isolated by Invitek RTP DNA/RNA Virus Mini Kit were used for genotyping with selected primers [primer 11 (5'-AGG TCT CTG AGA CCG TGC ACC ATG AGC AC-3') and primer 13 (5'-CTG TGA GGA ACT ACT GTC TT-3') for the first PCR; primer 12 (5'-ACT GCC TGA TAG GGT GCT TGC GAG TG-3') and primer 14 (5'-CAC GCA GAA AGC GTC TAG-3') for the second PCR]. The RT-PCR products were purified with Invisorb Spin PCRapid Kit and sequenced by BigDye Terminator v3.1 Cycle Sequencing Kit in ABI Prism 310 Genetic Analyzer. Genotype 1 was found in 92% of the patients (92%) and genotypes 2 and 4 were found in 7% of the patients, while HCV genotype could not be identified in one patient (1 %). When evaluating the subtypes, genotype 1 b was determined in 90 patients (90%), genotype 4a in five patients (5%), genotype 1 a in two patients (2%) and genotype 2a in two patients (2%). In conclusion, 1 b was found to be the most common HCV genotype in Manisa region in concordance with the previous data obtained in Turkey, followed by genotype 4a, although a rare one. The data of this study is noteworthy especially for the arrangement of treatment and follow-up of HCV infected patients.
Anahtar Kelime: Konular:
Belge Türü: Makale Makale Türü: Düzeltme Erişim Türü: Bibliyografik
- 1.Higuchi M, Tanaka E, Kiyosawa K. Epidemiology and clinical aspects on hepatitis C. jpn J Infect Dis 2002; 55: 69-77.
- 2.Lee CM, Hung CH, Lu SN, Changchien CS. Hepatitis C virus genotypes: clinical relevance and therapeutic implications. Chang Gung Med J 2008; 31: 16-25.
- 3.Schröter M, Zöllner B, Schâfer P, et al. Genotyping of hepatitis C virus types 1, 2, 3 and 4 by one-step LigthCycler method using three different pairs of hybridization probes. J Clin Microbiol 2002; 40: 2046-50.
- 4.Krekulova L, Rehak V, Wakil AE, Haris E, Riley LW. Nested restriction site-specific PCR to detect and type hepatitis C virus (HCV): A rapid method to distinguish HCV subtype 1 b from other genotypes. J Clin Microbiol 2001; 39: 1774-80.
- 5.Martial J, Morice Y, Abel S, et al. Hepatitis C virus (HCV) genotypes in the Caribbean island of Martinique: Evidence for a large radiation of HCV-2 and for a recent introduction from Europe of HCV-4. J Clin Microbiol 2004; 42: 784-91.
- 6.Hawkins A, Davidson F, Simmonds P. Comparison of plasma virus loads among individuals infected with hepatitis C virus (HCV) genotype 1, 2 and 3 by Quantiplex HCV RNA asay versions 1 and 2, Roche monitor assay and an in-house limiting dilution method, j Clin Microbiol 1997; 35: 187-92.
- 7.Abacıoğlu H. Hepatit C virusu, s. 881-93. Mutlu G, Imir T, Cengiz AT, Ustaçelebi Ş, Tümbay E, Mete Ö (ed), Temel ve Klinik Mikrobiyoloji. 1997, Güneş Kitabevi Ltd. Şti., Ankara.
- 8.Zeytinoglu A, Erensoy S, Abacioglu H, et al. Nosocomial hepatitis C virus infection in a renal transplantation center. Clin Microbiol Infect 2002; 8: 741-4.
- 9.Şanlıdağ T, Akçalı S, Özbakkaloğlu B. Hemodiyaliz hastalarında HCV genotip dağılımı. Moleküler Tanı Derg 2003; 1: 38-41.
- 10.Bozdayi AM, Aslan N, Bozdayi G, et al. Molecular epidemiology of hepatitis B, C and D viruses in Turkish patients. Arch Virol 2004; 149: 2115-29.
- 11.Altindis M, Yilmaz S, Dikengil T, Acemoglu H, Hosoglu S. Seroprevalence and genotyping of hepatitis B, hepatitis C and HIV among healthy population and Turkish soldiers in Northern Cyprus. World J Gastroente-rol2006; 12: 6792-6.
- 12.Selçuk H, Kanbay M, Korkmaz M, et al. Distribution of HCV genotypes in patients with end-stage renal disease according to type of dialysis treatment. Dig Dis Sci 2006; 51: 1420-5.
- 13.Altuglu I, Soyler I, Ozacar T, Erensoy S. Distribution of hepatitis C virus genotypes in patients with chronic hepatitis C infection in Western Turkey. Int J Infect Dis 2008; 12: 239-44.
- 14.Bozdayi AM, Uzunalimoglu O, Aslan N, et al. Influence of viral load and alanine aminotransferase on viral genetic heterogeneity in patients with chronic hepatitis C virus infection. Intervirology 2000; 43: 61-6.
- 15.Otogiri H, Fukuda Y, Nakano I, et al. Evaluation of a new assay for hepatitis C virus genotyping and viral load determination in patients with chronic hepatitis C. J Virol Methods 2002; 103: 137-43.
- 16.Sandres-Saune K, Deny P, Pasquier C, Thibaut V, Duverlie G, Izopet j. Determining hepatitis C genotype by analyzing the sequence of the NS5b region. J Virol Methods 2003; 109: 187-93.
- 17.Schröter M, Feucht HH, Zöllner B, Schafer P, Rainer L. Multiple infections with different HCV genotypes: Prevalence and clinical impact, j Clin Virol 2003; 27: 200-4.
| APA | ŞANLIDAĞ T, AKÇALI S, ÖZBAKKALOĞLU B, ERTEKİN D, AKDUMAN E (2009). Manisa bölgesinde hepatit C virus genotiplerinin dağılımı. , 613 - 618. |
| Chicago | ŞANLIDAĞ Tamer,AKÇALI Sinem,ÖZBAKKALOĞLU Beril,ERTEKİN Deniz,AKDUMAN Elçin Manisa bölgesinde hepatit C virus genotiplerinin dağılımı. (2009): 613 - 618. |
| MLA | ŞANLIDAĞ Tamer,AKÇALI Sinem,ÖZBAKKALOĞLU Beril,ERTEKİN Deniz,AKDUMAN Elçin Manisa bölgesinde hepatit C virus genotiplerinin dağılımı. , 2009, ss.613 - 618. |
| AMA | ŞANLIDAĞ T,AKÇALI S,ÖZBAKKALOĞLU B,ERTEKİN D,AKDUMAN E Manisa bölgesinde hepatit C virus genotiplerinin dağılımı. . 2009; 613 - 618. |
| Vancouver | ŞANLIDAĞ T,AKÇALI S,ÖZBAKKALOĞLU B,ERTEKİN D,AKDUMAN E Manisa bölgesinde hepatit C virus genotiplerinin dağılımı. . 2009; 613 - 618. |
| IEEE | ŞANLIDAĞ T,AKÇALI S,ÖZBAKKALOĞLU B,ERTEKİN D,AKDUMAN E "Manisa bölgesinde hepatit C virus genotiplerinin dağılımı." , ss.613 - 618, 2009. |
| ISNAD | ŞANLIDAĞ, Tamer vd. "Manisa bölgesinde hepatit C virus genotiplerinin dağılımı". (2009), 613-618. |
| APA | ŞANLIDAĞ T, AKÇALI S, ÖZBAKKALOĞLU B, ERTEKİN D, AKDUMAN E (2009). Manisa bölgesinde hepatit C virus genotiplerinin dağılımı. Mikrobiyoloji Bülteni, 43(4), 613 - 618. |
| Chicago | ŞANLIDAĞ Tamer,AKÇALI Sinem,ÖZBAKKALOĞLU Beril,ERTEKİN Deniz,AKDUMAN Elçin Manisa bölgesinde hepatit C virus genotiplerinin dağılımı. Mikrobiyoloji Bülteni 43, no.4 (2009): 613 - 618. |
| MLA | ŞANLIDAĞ Tamer,AKÇALI Sinem,ÖZBAKKALOĞLU Beril,ERTEKİN Deniz,AKDUMAN Elçin Manisa bölgesinde hepatit C virus genotiplerinin dağılımı. Mikrobiyoloji Bülteni, vol.43, no.4, 2009, ss.613 - 618. |
| AMA | ŞANLIDAĞ T,AKÇALI S,ÖZBAKKALOĞLU B,ERTEKİN D,AKDUMAN E Manisa bölgesinde hepatit C virus genotiplerinin dağılımı. Mikrobiyoloji Bülteni. 2009; 43(4): 613 - 618. |
| Vancouver | ŞANLIDAĞ T,AKÇALI S,ÖZBAKKALOĞLU B,ERTEKİN D,AKDUMAN E Manisa bölgesinde hepatit C virus genotiplerinin dağılımı. Mikrobiyoloji Bülteni. 2009; 43(4): 613 - 618. |
| IEEE | ŞANLIDAĞ T,AKÇALI S,ÖZBAKKALOĞLU B,ERTEKİN D,AKDUMAN E "Manisa bölgesinde hepatit C virus genotiplerinin dağılımı." Mikrobiyoloji Bülteni, 43, ss.613 - 618, 2009. |
| ISNAD | ŞANLIDAĞ, Tamer vd. "Manisa bölgesinde hepatit C virus genotiplerinin dağılımı". Mikrobiyoloji Bülteni 43/4 (2009), 613-618. |
