Erwinia amylovora strainlerinin streptomisin sülfata karşı duyarlılıkları ve strainlerin yağ asidi metil esterleri ile antibiyotiğe duyarlılıkları arasındaki ilişkinin belirlenmesi

KARAGÖZ, KENAN; KOTAN, Recep

Erwinia amylovora strainlerinin streptomisin sülfata karşı duyarlılıkları ve strainlerin yağ asidi metil esterleri ile antibiyotiğe duyarlılıkları arasındaki ilişkinin belirlenmesi

Recep KOTAN, (Atatürk Üniversitesi, Ziraat Fakültesi, Bitki Koruma Bölümü, Erzurum, Türkiye)

Kenan KARAGÖZ (Yeditepe Üniversitesi, Mühendislik Mimarlık Fakültesi, İstanbul, Türkiye)

Atatürk Üniversitesi Ziraat Fakültesi Dergisi

5 0

Yıl: 2009 Cilt: 40 Sayı: 1 Sayfa Aralığı: 1 - 7 Metin Dili: Türkçe İndeks Tarihi: 29-07-2022

Erwinia amylovora strainlerinin streptomisin sülfata karşı duyarlılıkları ve strainlerin yağ asidi metil esterleri ile antibiyotiğe duyarlılıkları arasındaki ilişkinin belirlenmesi

Öz:

Bu çalışmada; Erzurum, Erzincan, Artvin, Kars ve Iğdır illerinde yumuşak çekirdekli meyve ağaçlarından izole edilen ateş yanıklığı hastalığının etmeni Erwinia amylovora’nın toplam 41 straininin streptomisin sülfata karşı duyarlılıkları test edilmiş; mikrobial tanı sistemi (MIS) ile strainlerin yağ asidi metil ester (FAME) grupları belirlenerek, patojenin yağ asitleri ve antibiyotiklere duyarlılıkları arasındaki ilişki araştırılmıştır. Elde edilen sonuçlara göre strainlerin % 31,7’sinde dayanıklılık tespit edilmiştir. Yağ asidi metil esterleri bakımından patojenin 4 farklı grubunun olduğu belirlenmiştir. Gruplar arasındaki farklılığın ise % 8 ile % 24 arasında değiştiği görülmüştür. Ayrıca dayanıklılık oranının 2. grupta en yüksek düzeyde (% 83.3) olduğu tespit edilmiştir. Bu oran 1. grup için % 27.6 bulunurken 3. ve 4. grupta dayanıklı straine rastlanmıştır. İkinci grubun farkı; 18:1 w7c yağ asidinin diğer gruplara göre çok yüksek düzeyde olması (% 30.96-43.8) ve diğer grupların hiç birisinde bulunmayan 16:0 3OH (% 3.27-4.14) ve 16:1 2OH (% 1.08-2.18) yağ asitlerinin bu grupta bulunmasıdır. Sonuç olarak; Doğu Anadolu Bölgesi’nde Erwinia amylovora’nın streptomisin sülfata karşı dayanıklı strainlerinin geliştiği ilk olarak bu çalışmada tespit edilmiştir. İlave olarak, bu bakterinin FAME grupları ile streptomisin sülfata karşı dayanıklılığı arasında bir ilişkinin olmasından dolayı; bakterilerin FAME profillerinin laboratuar şartlarında antibiyotik duyarlılıklarının belirlenmesinde yeni bir yöntem olarak kullanılabileceği düşünülmektedir.

Anahtar Kelime: antibiyotiklere duyarlılık Erwinia amylovora bitki patojenleri yağ asidi esterleri streptomisin

Konular: Biyoloji

Determination of relationship between streptomycin sulphate susceptibility of Erwinia amylovora strains isolated from pome fruits and their fatty acid methyl ester profiles

Öz:

In this study; a total of 41 Erwinia amylovora strains, isolated from pome fruits grown in Erzurum, Erzincan, Artvin, Kars and Iğdır province, were tested for susceptibilities to streptomycin sulphate. In addition; it was determined to fatty acid methyl esters (FAME) group of the strains, and investigated of relationship between streptomycin susceptibility of them and their FAME group. According to these results, resistance to streptomycin of tested strains was 31.7%. It was determined four different FAMEs groups of strains by using microbial identification system (MIS) system. The difference between groups was changed from 8% to 24%. The highest rate of resistance was in second group (83.3%) and first group (27.6%), and there was not any resistance strains in other groups.. Different of second group from others was that 18:1 w7c fatty acid was the highest level (30.96-43.8%), and there was 16:0 3OH (30.96-43.8%) and 16:1 2OH (1.08-2.18%) fatty acids in only this group. Consequently, this is the first report demonstrating resistance of strains Erwinia amylovora to streptomycin sulphate in Eastern Anatolia Region. In addition, because of the fact that there is a relationship between resistance of bacterial strains to streptomycin sulphate and their FAME profiles, we think that FAME profiles of this bacterium can be used as a new method for determination of bacterial antibiotic resistance in laboratory conditions.

Anahtar Kelime: plant pathogens fatty acid esters streptomycin antibiotic sensivity Erwinia amylovora

Konular: Biyoloji

Belge Türü: Makale Makale Türü: Araştırma Makalesi Erişim Türü: Erişime Açık

Aysan, Y., Mirik, M., Sahin, F., Kotan, R. and Saygılı, H., 2006. Phenotypic characterization of Erwinia amylovora from pome fruits in Turkey. Acta Hort, 704, 459-464
Beer, S. V. 1990. Fire blight in : Compendium of Apple and Pear Disease (Edts. A. L. Jones and H. S. Aldwinckle). 61-63 APS Press, St. Paul,Minesota USA.
Beer, S. V. and Opgenorth, D. C., 1976. Erwinia amylovora on fire blight canker surfaces and blossoms in relation to disease occurrence. Phytopathology, 66, 317-322.
Burr, T. J., Norelli, J. L., Reid, C. L., Capron, L. K., Nelson, L. S., Aldwinckle, H. S. and Wilcox, W. F., 1993. Steptomycinresistant bacteria associated with fire blight infections. Plant Dis., 77, 63-66.
Chiou, C. S. and Jones, A. L., 1991. The analysis of plasmid-mediated streptomycin resistance in Erwinia amylovora. Phytopathology, 81, 710-714.
Demir, G. ve Gündoğdu, M., 1991. Yumuşak çekirdekli meyve ağaçlarında görülen ateş yanıklığı (Erwinia amylovora (Burr.) Winslow et al.) hastalığı üzerinde araştırmalar. VI. Türkiye Fitopatoloji Kongresi Bildiriler, 7-11 Ekim, İzmir, Türkiye, 299-302.
Dunnick, J. K. and O’Leary, W. M., 1970. Correlation of bacterial lipid composition with antibiotic resistance. Journal of Bacteriology, 892-900.
Duran, M., Haznedaroglu, B. Z. and Zitomer, D. H., 2006. Microbial source tracking using host spesific FAME profiles of fecal coliforms. Water Research, 40, 67-74.
Kotan, R. 2002. Doğu Anadolu Bölgesi’nde Yetiştirilen Yumuşak Çekirdekli Meyve Ağaçlarından İzole Edilen Patojen ve Saprofitik Bakteriyel Organizmaların Klasik ve Moleküler Metodlar ile Tanısı ve Biyolojik Mücadele İmkanlarının Araştırılması. Atatürk Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Bitki Koruma Anabilim Dalı. Doktora Tezi. 217.
Kotan. R., Sahin, F., and Ala, A., 2006. Identification and pathogenicity of bacteria isolated from pome fruits trees in eastern Anatolia region of Turkey. Journal of Plant Diseases and Protection, 113 (1), 8-13.
Manulis, S., Zutra, D., Kleitman, F., Dror, O., David, I., Zilberstaine, M. and Shabi, E., 1998. Distribution of streptomycin-resistant strains of Erwinia amylovora in Israil and occurance of blossom blight in the autumn. Phytoparasitica, 26 (3): 223-230.
Miller, I., and Berger, T., 1985. Bacteria identification by gas chromatography of whole cell fatty acids. Hewlett-Packard Gas Chromatography Application Note, Hewlett-Packard Co., Alto, CA., 228-238.
Mirik, M., 2000. Amasya ve Tokat illerinde yumuşak çekirdekli meyve ağaçlarındaki ateş yanıklığı (Erwinia amylovora (Burr.) Winslow et al.) hastalığının oranı, duyarlı ve dayanıklı çeşitlerin tespiti. Trakya Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Yüksek Lisans Tezi.
Momol, M. T., 1990. Ateş yanıklığının epidemiyolojisi ve mücadelesi. Ak. Ü. Zir. Fak. Derg., 3, 1-2, 25-38.
Momol, M. T., Yeğen, O., Basım, H., Rudolp, K. ve Zachowski, M. A., 1991. Batı Akdenizde Erwinia amylovora’nın neden olduğu ateş yanıklığının epidemisi ve mücadelesi. VI. Türkiye Fitopatoloji Kongresi Bildirileri, 7-11 Ekim, İzmir, Türkiye, 301-305.
Nischwitz, C., Gitaitis, R., Sanders, H., Langston, D., Mullinix, B., Torrance, R., Boyhan, G. and Zolobowska, L., 2007. Use of fatty acid methyl ester profiles to compare copper-tolerant and copper-sensitive strains of Pantoea ananatis. Phytopathology, 97 (10), 1298-1304.
Öktem, Y. E. and Benlioğlu, K., 1988. Studies on fire blight (Erwinia amylovora (Burr.) Winslow et al.) of pome fruits. The Journal of Turkish Phytopathology, 17 (3), 106.
Paisley, R., 1995. MIS whole cell fatty acid analysis by gas chromatography. MIDI, Inc., Newark, DE, 5.
Saygılı, H. and Üstün, N., 1996. Studies on effectiveness of some chemicals to fire blight pathogen (Erwinia amylovora Burr. Winslow et al.). Acta Hort., 411, 331-335.
Schroth, M. N., Thomson, S. V. and Moller, W. J., 1971. Streptomycic resistance in Erwinia amylovora. Phytopathology, 69, 565-568.
Sholberg, P. L., Bedford, K. E., Haag, P. and Randall, P., 2001. Survey of Erwinia amylovora isolated from British Columbia for resistance to bactericides and virulance on apple. Can. J. Plant. Pathol., 23: 60-67.
Smith, E. F., 1920. An introduction to bacterial diseases of plants. W. B. Saunders, Philadelphia, 1, 688.
Sobieczewski, P., Chiou, C. S. and Jones, A. L., 1991. Streptomycin-resistant epiphytic bacteria with homologous DNA for streptomycin resistance in Michigan apple orchards. Plant Dis., 75, 1110-1113.
Stead, D. E., 1992. Grouping of plant pathogenic and some other Pseudomonas spp. by using cellular fatty acid profiles. Int. J. Syst. Bacteriol. 42, 281-295.
Tokgönül, S., 1991. Doğu akdeniz bölgesinde armutlarda ateş yanıklığı hastalığı Erwinia amylovora (Burr. Winslow et al.)’nın tanısı ve yaygınlık durumu üzerine araştırmalar. Zirai Mücadele Araştırma Enstitüsü, 49, Adana, Türkiye.
Turan, K. ve Tokgönül, S., 1993. Akdeniz Bölgesi meyve fidanlıklarında görülen fungal ve bakteriyel hastalıkların tespiti üzerinde çalışmalar. Bitki Koruma Bülteni, 33 (3-4), 109-118.
Van der Zwet, T. and Keil, H. L., 1979. Fire Blight-A Bacterial Disease of Rosaceous Plants. U. S. Dep. Agric. Handb., 510, USA.
Van der Zwet, T., Zoller, D. C. and Thomson, S. V., 1988. Controling fire blight of pear and apple by accurate prediction of the blossom blight phase. Plant Dis., 72, 467- 472.
Watkins, J. E., 1992. Fire blight of apple, pear and woody ornamentals. NebGuide, G92-1120-A.

APA	KOTAN R, KARAGÖZ K (2009). Erwinia amylovora strainlerinin streptomisin sülfata karşı duyarlılıkları ve strainlerin yağ asidi metil esterleri ile antibiyotiğe duyarlılıkları arasındaki ilişkinin belirlenmesi. , 1 - 7.
Chicago	KOTAN Recep,KARAGÖZ KENAN Erwinia amylovora strainlerinin streptomisin sülfata karşı duyarlılıkları ve strainlerin yağ asidi metil esterleri ile antibiyotiğe duyarlılıkları arasındaki ilişkinin belirlenmesi. (2009): 1 - 7.
MLA	KOTAN Recep,KARAGÖZ KENAN Erwinia amylovora strainlerinin streptomisin sülfata karşı duyarlılıkları ve strainlerin yağ asidi metil esterleri ile antibiyotiğe duyarlılıkları arasındaki ilişkinin belirlenmesi. , 2009, ss.1 - 7.
AMA	KOTAN R,KARAGÖZ K Erwinia amylovora strainlerinin streptomisin sülfata karşı duyarlılıkları ve strainlerin yağ asidi metil esterleri ile antibiyotiğe duyarlılıkları arasındaki ilişkinin belirlenmesi. . 2009; 1 - 7.
Vancouver	KOTAN R,KARAGÖZ K Erwinia amylovora strainlerinin streptomisin sülfata karşı duyarlılıkları ve strainlerin yağ asidi metil esterleri ile antibiyotiğe duyarlılıkları arasındaki ilişkinin belirlenmesi. . 2009; 1 - 7.
IEEE	KOTAN R,KARAGÖZ K "Erwinia amylovora strainlerinin streptomisin sülfata karşı duyarlılıkları ve strainlerin yağ asidi metil esterleri ile antibiyotiğe duyarlılıkları arasındaki ilişkinin belirlenmesi." , ss.1 - 7, 2009.
ISNAD	KOTAN, Recep - KARAGÖZ, KENAN. "Erwinia amylovora strainlerinin streptomisin sülfata karşı duyarlılıkları ve strainlerin yağ asidi metil esterleri ile antibiyotiğe duyarlılıkları arasındaki ilişkinin belirlenmesi". (2009), 1-7.

APA	KOTAN R, KARAGÖZ K (2009). Erwinia amylovora strainlerinin streptomisin sülfata karşı duyarlılıkları ve strainlerin yağ asidi metil esterleri ile antibiyotiğe duyarlılıkları arasındaki ilişkinin belirlenmesi. Atatürk Üniversitesi Ziraat Fakültesi Dergisi, 40(1), 1 - 7.
Chicago	KOTAN Recep,KARAGÖZ KENAN Erwinia amylovora strainlerinin streptomisin sülfata karşı duyarlılıkları ve strainlerin yağ asidi metil esterleri ile antibiyotiğe duyarlılıkları arasındaki ilişkinin belirlenmesi. Atatürk Üniversitesi Ziraat Fakültesi Dergisi 40, no.1 (2009): 1 - 7.
MLA	KOTAN Recep,KARAGÖZ KENAN Erwinia amylovora strainlerinin streptomisin sülfata karşı duyarlılıkları ve strainlerin yağ asidi metil esterleri ile antibiyotiğe duyarlılıkları arasındaki ilişkinin belirlenmesi. Atatürk Üniversitesi Ziraat Fakültesi Dergisi, vol.40, no.1, 2009, ss.1 - 7.
AMA	KOTAN R,KARAGÖZ K Erwinia amylovora strainlerinin streptomisin sülfata karşı duyarlılıkları ve strainlerin yağ asidi metil esterleri ile antibiyotiğe duyarlılıkları arasındaki ilişkinin belirlenmesi. Atatürk Üniversitesi Ziraat Fakültesi Dergisi. 2009; 40(1): 1 - 7.
Vancouver	KOTAN R,KARAGÖZ K Erwinia amylovora strainlerinin streptomisin sülfata karşı duyarlılıkları ve strainlerin yağ asidi metil esterleri ile antibiyotiğe duyarlılıkları arasındaki ilişkinin belirlenmesi. Atatürk Üniversitesi Ziraat Fakültesi Dergisi. 2009; 40(1): 1 - 7.
IEEE	KOTAN R,KARAGÖZ K "Erwinia amylovora strainlerinin streptomisin sülfata karşı duyarlılıkları ve strainlerin yağ asidi metil esterleri ile antibiyotiğe duyarlılıkları arasındaki ilişkinin belirlenmesi." Atatürk Üniversitesi Ziraat Fakültesi Dergisi, 40, ss.1 - 7, 2009.
ISNAD	KOTAN, Recep - KARAGÖZ, KENAN. "Erwinia amylovora strainlerinin streptomisin sülfata karşı duyarlılıkları ve strainlerin yağ asidi metil esterleri ile antibiyotiğe duyarlılıkları arasındaki ilişkinin belirlenmesi". Atatürk Üniversitesi Ziraat Fakültesi Dergisi 40/1 (2009), 1-7.