Akut solunum yolu enfeksiyonlu çocuk ve erişkinlerde insan bokavirus DNA’sının polimeraz zincir reaksiyonu ile saptanması

ÖZDAMAR, Melda; TAŞTAN, Yücel; ISKANOVA, Baarnisa; YARIMCAM, Filiz; ALTAŞ, Kemal; MİDİLLİ, Kenan; GÜROL, Yeşim; ERGİN, Sevgi; TÜRKOĞLU, Salih; YILMAZ, Gülden

Akut solunum yolu enfeksiyonlu çocuk ve erişkinlerde insan bokavirus DNA’sının polimeraz zincir reaksiyonu ile saptanması

Kenan MİDİLLİ, (İstanbul Üniversitesi, Cerrahpaşa Tıp Fakültesi, Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, İstanbul, Türkiye)

Gülden YILMAZ, (Yeditepe Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, İstanbul, Türkiye)

Salih TÜRKOĞLU, (İstanbul Üniversitesi, İstanbul Tıp Fakültesi, Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, İstanbul, Türkiye)

Baarnisa ISKANOVA, (İstanbul Üniversitesi, Cerrahpaşa Tıp Fakültesi, Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, İstanbul, Türkiye)

Sevgi ERGİN, (İstanbul Üniversitesi, Cerrahpaşa Tıp Fakültesi, Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, İstanbul, Türkiye)

Filiz YARIMCAM, (İstanbul Üniversitesi, Cerrahpaşa Tıp Fakültesi, Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, İstanbul, Türkiye)

Melda ÖZDAMAR, (Anadolu Sağlık Merkezi, Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Bölümü, İstanbul, Türkiye)

Yeşim GÜROL, (Yeditepe Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, İstanbul, Türkiye)

Yücel TAŞTAN, (İstanbul Üniversitesi, Cerrahpaşa Tıp Fakültesi, Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Anabilim Dalı, İstanbul, Türkiye)

Kemal ALTAŞ (İstanbul Üniversitesi, Cerrahpaşa Tıp Fakültesi, Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, İstanbul, Türkiye)

Mikrobiyoloji Bülteni

10 0

Yıl: 2010 Cilt: 44 Sayı: 3 Sayfa Aralığı: 405 - 413 Metin Dili: Türkçe İndeks Tarihi: 29-07-2022

Akut solunum yolu enfeksiyonlu çocuk ve erişkinlerde insan bokavirus DNA’sının polimeraz zincir reaksiyonu ile saptanması

Öz:

İnsan bokavirusu (Human Bocavirus; HBoV) 2005 yılında moleküler yöntemlerle tanımlanan ve Parvoviridae ailesinde sınıflandırılan yeni bir virustur. Yapılan çalışmalar, HBoV’nin solunum yolu enfeksiyonlarında rolü olduğunu işaret etmektedir. Bu çalışmada, akut solunum yolu hastalığı olan olguların solunum yolu örneklerinde HBoV DNA’sının araştırılması amaçlanmıştır. Çalışmaya, İstanbul Üniversitesi Cerrahpaşa Tıp Fakültesi, Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalına başvuran ve akut solunum yolu enfeksiyonu olan 76 çocuk ve 79 erişkin olmak üzere toplam 155 hastadan alınan boğaz sürüntüsü ve/veya boğaz yıkantı örnekleri dahil edilmiştir. HBoV DNA’sı prototip HBoV st1 suşunun 1545-1835 nükleotitleri arasındaki NS1 geninin 290 baz çiftlik kısmını çoğaltan NS1 primerleri (5-’TATGGCCAAGGCAATCGTCCAAG-3’, 5’-GCCGCGTGAACATGAGAAACAG-3’) kullanılarak tek aşamalı “in house” polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) ile araştırılmıştır. Çalışmamızda, çocuk hastaların %6.5 (5/76)’inde ve erişkin hastaların %2.5 (2/79)’inde HBoV DNA’sı saptanmıştır. HBoV DNA’sının elde edildiği örneklerden üçünün DNA dizi analizi yapılmış ve prototip virus DNA’ları ile %100 homoloji gösterdiği belirlenmiştir. İstanbul ilinde akut solunum yolu enfeksiyonu geçiren çocuk ve erişkin hastalarda HBoV DNA’sının varlığının ilk kez gösterildiği bu çalışma, ülkemizdeki ilk HBoV prevalans çalışmasıdır. HBoV’nin solunum yolu hastalıkları ile ilişkisinin açıklanabilmesi için daha kapsamlı ve prospektif olarak planlanmış klinik ve moleküler çalışmalara gereksinim vardır.

Anahtar Kelime:

Konular: Mikrobiyoloji Viroloji Enfeksiyon Hastalıkları Pediatri

Detection of human bocavirus DNA by polymerase chain reaction in children and adults with acute respiratory tract infections

Öz:

Human bocavirus (HBoV) which was described in 2005 by molecular techniques, is a member of Parvoviridae. The role of HBoV is being questioned in acute respiratory diseases (ARD) in many recent studies. The aim of this study was to determine the presence of HBoV DNA in the respiratory specimens of patients with ARD. A total of 155 throat swab and/or washing specimens from 76 children and 79 adults with ARD were examined. HBoV DNA was investigated by single step in-house polymerase chain reaction (PCR) using NS1 primers (5-’TATGGCCAAGGCAATCGTCCAAG-3’, 5’-GCC GCGTGAACATGAGAAACAG-3’) which amplify the 290 base pair region of NS1 gene located between nucleotides 1545-1835 of prototype HBoV st1 strain. HBoV DNA was detected in 5 (6.5%) of 76 children and 2 (2.5%) of 79 adults. Three sequenced samples showed 100% homology with the reference sequences. This study in which HBoV DNA was detected in children and adults with ARD, is the first HBoV prevalence study in Turkey. Larger scale prospective clinical and molecular studies are required to explain the association between HBoV and respiratory disease.

Anahtar Kelime:

Konular: Mikrobiyoloji Viroloji Enfeksiyon Hastalıkları Pediatri

Belge Türü: Makale Makale Türü: Araştırma Makalesi Erişim Türü: Bibliyografik

1. Allander T, Tammi MT, Eriksson M, Bjerkner A, Tiveljung-Lindell A, Andersson B. Cloning of a human parvovirus by molecular screening of respiratory tract samples. Proc Natl Acad Sci USA 2005; 102: 12891-6.
2. Arden KE, McErlean P, Nissen MD, Sloots TP, Mackay IM. Frequent detection of human rhinoviruses, paramyxoviruses, coronaviruses, and bocavirus during acute respiratory tract infections. J Med Virol 2006; 78: 1232-40.
3. Arnold JC, Singh KK, Spector SA, Sawyer MH. Human bocavirus: prevalence and clinical spectrum at a children’s hospital. Clin Infect Dis 2006; 43: 283-8.
4. Bastien N, Brandt K, Dust K, Ward D, Li Y. Human Bocavirus infection, Canada. Emerg Infect Dis 2006; 12: 848-50.
5. Bastien N, Chui N, Robinson JL, Lee BE, Dust K, Hart L, Li Y. Detection of human bocavirus in Canadian children in a 1-year study. J Clin Microbiol 2007; 45: 610-3.
6. Choi EH, Lee HJ, Kim SJ, et al. The association of a newly identified respiratory viruses with lower respiratory tract infections in Korean children, 2000-2005. Clin Infect Dis 2006; 43: 585-92.
7. Chung JY, Han TH, Kim CK, Kim SW. Bocavirus infection in hospitalized children, South Korea. Emerg Infect Dis 2006; 12:1254-6.
8. Foulongne V, Rodiere M, Segondy M. Human bocavirus in children. Emerg Infect Dis 2006; 12: 862-3.
9. Foulongne V, Olejnik Y, Perez V, Elaerts S, Rodiere M, Segondy M. Human bocavirus in French children. Emerg Infect Dis 2006; 12: 1251-3.
10. Kaplan NM, Dove W, Abu-Zeid AF, Shamoon HE, Abd-Eldayem SA, Hart CA. Human bocavirus infection among children, Jordan. Emerg Infect Dis 2006; 12: 1418-20.
11. Kesebir D, Vazquez M, Weibel C, et al. Human bocavirus infection in young children in the United States: molecular epidemiological profile and clinical characteristics of a newly emerging respiratory virus. J Infect Dis 2006; 194: 1276-82.
12. Lu X, Chittaganpitch M, Olsen SJ, et al. Real-time PCR assays for detection of bocavirus in human specimens. J Clin Microbiol 2006; 44: 3231-5.
13. Ma X, Endo R, Ishiguro N, et al. Detection of human bocavirus in Japanese children with lower respiratory tract infections. J Clin Microbiol 2006; 44: 1132-4.
14. Naghipour M, Cuevas L, Bakhshinejad T, Dove W, Hart C. Human bocavirus in Iranian children with acute respiratory infections. J Med Virol 2007; 79: 539-43.
15. Schildgen O, Müller A, Allander T, et al. Human bocavirus: passenger or pathogen in acute respiratory tract infections? Clin Microbiol Rev 2008; 21: 291-304.
16. Sloots TP, Whiley DM, Lambert SB, Nissen MD. Emerging respiratory agents: new viruses for old diseases? J Clin Virol 2008; 42: 233-43.
17. Ambrose HE, Cleley JP. Virus discovery by sequence-independent genome amplification. Rev Med Virol 2006; 16: 365-83.
18. Fauquet CM, Fargette D. International Committee on Taxonomy of Viruses and the 3,142 unasigned species. Virol J 2005; 2: 64.
19. Manteufel J, Truyen U. Animal bocaviruses: a brief review. Intervirology 2008; 51: 328-34.
20. Brieu N, Gay B, Segondy M, Foulongue V. Electron microscopy observation of human bocavirus (HBoV) in nasopharyngeal samples from HBoV -infected children. J Clin Microbiol 2007; 45: 3419-20.
21. Wang K, Wang W, Yan H, et al. Correlation between bocavirus infection and humoral response and co-infection with other respiratory viruses in children with acute respiratory infection. J Clin Virol 2010; 47: 148-55.
22. Kantola K, Hedman L, Allander T, et al. Serodiagnosis of human bocavirus infection. Clin Infect Dis 2008; 46: 540-6.
23. Sloots TP, McErlean P, Speicher DJ, Arden KE, Nissen MD, Mackay IM. Evidence of human coronavirus HKU1 and human bocavirus in Australian children. J Clin Virol 2006; 35: 99-102.
24. Weissbrich B, Neske F, Schubert J, et al. Frequent detection of bocavirus DNA in German children with respiratory tract infections. BMC Infect Dis 2006; 6: 109.
25. Maggi F, Andreoli E, Pifferi M, Meschi S, Rocchi J, Bendinelli M. Human bocavirus in Italian patients with respiratory diseases. J Clin Virol 2007; 38: 321-5.
26. Manning A, Russell V, Eastick K, et al. Epidemiological profile and clinical associations of human bocavirus and other human parvovirus. J Infect Dis 2006; 194: 1197-9.
27. Lin F, Zeng A, Yang N, et al. Quantification of human bocavirus in lower respiratory tract infections in China. Infect Agent Cancer 2007; 31: 2-3.
28. Fry AM, Lu X, Chittaganpich M, et al. Human bocavirus: a novel parvovirus epidemiologically associated with pneumonia requiring hospitalization in Thailand. J Infect Dis 2007; 195: 1038-45.
29. Lindner J, Modrow S. Human bocavirus-a novel parvovirus to infect humans. Intervirology 2008; 51: 116-22.
30. Williams JV. Déjà vu all over again: Koch's postulates and virology in the 21st century. J Infect Dis 2010; 201: 1611-4.
31. Çelebi E. Bahar ve yaz mevsimlerinde görülen çocukluk çağı akut solunum yolları infeksiyonlarında bocavirus DNA’ sının saptanması. Uzmanlık Tezi, 2007. İstanbul Üniversitesi Cerrahpaşa Tıp Fakültesi, Mikrobiyo- loji Anabilim Dalı, İstanbul.

APA	MİDİLLİ K, YILMAZ G, TÜRKOĞLU S, ISKANOVA B, ERGİN S, YARIMCAM F, ÖZDAMAR M, GÜROL Y, TAŞTAN Y, ALTAŞ K (2010). Akut solunum yolu enfeksiyonlu çocuk ve erişkinlerde insan bokavirus DNA’sının polimeraz zincir reaksiyonu ile saptanması. , 405 - 413.
Chicago	MİDİLLİ Kenan,YILMAZ Gülden,TÜRKOĞLU Salih,ISKANOVA Baarnisa,ERGİN Sevgi,YARIMCAM Filiz,ÖZDAMAR Melda,GÜROL Yeşim,TAŞTAN Yücel,ALTAŞ Kemal Akut solunum yolu enfeksiyonlu çocuk ve erişkinlerde insan bokavirus DNA’sının polimeraz zincir reaksiyonu ile saptanması. (2010): 405 - 413.
MLA	MİDİLLİ Kenan,YILMAZ Gülden,TÜRKOĞLU Salih,ISKANOVA Baarnisa,ERGİN Sevgi,YARIMCAM Filiz,ÖZDAMAR Melda,GÜROL Yeşim,TAŞTAN Yücel,ALTAŞ Kemal Akut solunum yolu enfeksiyonlu çocuk ve erişkinlerde insan bokavirus DNA’sının polimeraz zincir reaksiyonu ile saptanması. , 2010, ss.405 - 413.
AMA	MİDİLLİ K,YILMAZ G,TÜRKOĞLU S,ISKANOVA B,ERGİN S,YARIMCAM F,ÖZDAMAR M,GÜROL Y,TAŞTAN Y,ALTAŞ K Akut solunum yolu enfeksiyonlu çocuk ve erişkinlerde insan bokavirus DNA’sının polimeraz zincir reaksiyonu ile saptanması. . 2010; 405 - 413.
Vancouver	MİDİLLİ K,YILMAZ G,TÜRKOĞLU S,ISKANOVA B,ERGİN S,YARIMCAM F,ÖZDAMAR M,GÜROL Y,TAŞTAN Y,ALTAŞ K Akut solunum yolu enfeksiyonlu çocuk ve erişkinlerde insan bokavirus DNA’sının polimeraz zincir reaksiyonu ile saptanması. . 2010; 405 - 413.
IEEE	MİDİLLİ K,YILMAZ G,TÜRKOĞLU S,ISKANOVA B,ERGİN S,YARIMCAM F,ÖZDAMAR M,GÜROL Y,TAŞTAN Y,ALTAŞ K "Akut solunum yolu enfeksiyonlu çocuk ve erişkinlerde insan bokavirus DNA’sının polimeraz zincir reaksiyonu ile saptanması." , ss.405 - 413, 2010.
ISNAD	MİDİLLİ, Kenan vd. "Akut solunum yolu enfeksiyonlu çocuk ve erişkinlerde insan bokavirus DNA’sının polimeraz zincir reaksiyonu ile saptanması". (2010), 405-413.

APA	MİDİLLİ K, YILMAZ G, TÜRKOĞLU S, ISKANOVA B, ERGİN S, YARIMCAM F, ÖZDAMAR M, GÜROL Y, TAŞTAN Y, ALTAŞ K (2010). Akut solunum yolu enfeksiyonlu çocuk ve erişkinlerde insan bokavirus DNA’sının polimeraz zincir reaksiyonu ile saptanması. Mikrobiyoloji Bülteni, 44(3), 405 - 413.
Chicago	MİDİLLİ Kenan,YILMAZ Gülden,TÜRKOĞLU Salih,ISKANOVA Baarnisa,ERGİN Sevgi,YARIMCAM Filiz,ÖZDAMAR Melda,GÜROL Yeşim,TAŞTAN Yücel,ALTAŞ Kemal Akut solunum yolu enfeksiyonlu çocuk ve erişkinlerde insan bokavirus DNA’sının polimeraz zincir reaksiyonu ile saptanması. Mikrobiyoloji Bülteni 44, no.3 (2010): 405 - 413.
MLA	MİDİLLİ Kenan,YILMAZ Gülden,TÜRKOĞLU Salih,ISKANOVA Baarnisa,ERGİN Sevgi,YARIMCAM Filiz,ÖZDAMAR Melda,GÜROL Yeşim,TAŞTAN Yücel,ALTAŞ Kemal Akut solunum yolu enfeksiyonlu çocuk ve erişkinlerde insan bokavirus DNA’sının polimeraz zincir reaksiyonu ile saptanması. Mikrobiyoloji Bülteni, vol.44, no.3, 2010, ss.405 - 413.
AMA	MİDİLLİ K,YILMAZ G,TÜRKOĞLU S,ISKANOVA B,ERGİN S,YARIMCAM F,ÖZDAMAR M,GÜROL Y,TAŞTAN Y,ALTAŞ K Akut solunum yolu enfeksiyonlu çocuk ve erişkinlerde insan bokavirus DNA’sının polimeraz zincir reaksiyonu ile saptanması. Mikrobiyoloji Bülteni. 2010; 44(3): 405 - 413.
Vancouver	MİDİLLİ K,YILMAZ G,TÜRKOĞLU S,ISKANOVA B,ERGİN S,YARIMCAM F,ÖZDAMAR M,GÜROL Y,TAŞTAN Y,ALTAŞ K Akut solunum yolu enfeksiyonlu çocuk ve erişkinlerde insan bokavirus DNA’sının polimeraz zincir reaksiyonu ile saptanması. Mikrobiyoloji Bülteni. 2010; 44(3): 405 - 413.
IEEE	MİDİLLİ K,YILMAZ G,TÜRKOĞLU S,ISKANOVA B,ERGİN S,YARIMCAM F,ÖZDAMAR M,GÜROL Y,TAŞTAN Y,ALTAŞ K "Akut solunum yolu enfeksiyonlu çocuk ve erişkinlerde insan bokavirus DNA’sının polimeraz zincir reaksiyonu ile saptanması." Mikrobiyoloji Bülteni, 44, ss.405 - 413, 2010.
ISNAD	MİDİLLİ, Kenan vd. "Akut solunum yolu enfeksiyonlu çocuk ve erişkinlerde insan bokavirus DNA’sının polimeraz zincir reaksiyonu ile saptanması". Mikrobiyoloji Bülteni 44/3 (2010), 405-413.