Gram Negatif Bakterilerde Modifiye Sıvı Disk Elüsyon Yöntemi ile Kolistin Direncinin Belirlenmesi
Yıl: 2022 Cilt: 52 Sayı: 3 Sayfa Aralığı: 184 - 191 Metin Dili: Türkçe DOI: 10.54453/TMCD.2022.37167 İndeks Tarihi: 02-11-2022
Gram Negatif Bakterilerde Modifiye Sıvı Disk Elüsyon Yöntemi ile Kolistin Direncinin Belirlenmesi
Öz: Amaç: Çalışmamız, kolistin direncini malzeme ve iş yükünden tasarruf ederek sıvı disk elüsyon (SDE) yönteminde kullanılan tüp ve kolistin diski sayısını azaltarak, iş yükü fazla olan tıbbi mikrobiyoloji laboratuvarlarının kullanabileceği alternatif bir yöntemi sunmak ve referans yöntem ile performansını karşılaştırmak amacıyla yapılmıştır. Yöntem: Hastanemizde 2020-2022 yılları arasında çeşitli klinik örneklerden izole edilen 100 adet otomatize sistem ile kolistin duyarlı, 50 adet kolistin dirençli Gram negatif bakteri çalışmaya alınmıştır. Tek tüp ile yapılan modifiye SDE yönteminin ve otomatize sistemin sonuçları, referans yöntem olan sıvı mikrodilüsyon (SMD) yöntemi ile kategorik uyum (KU),çok büyük hata (ÇBH) ve büyük hata (BH) oranları ile karşılaştırılmıştır. Bulgular: Otomatize sistemin tüm izolatlarda KU %86, ÇBH oranı %10.7 ve BH oranı %3.3 olarak bulunmuştur. Modifiye SDE yönteminin ise tüm izolatlarda KU %80, ÇBH oranı %4 ve BH oranı %16 olarak bulunmuştur. Otomatize sistemde ÇBH olarak yorumlanan 16 izolatın 10’u (%62.5) modifiye SDE yönteminde olması gerektiği gibi dirençli, BH olarak yorumlanan beş izolatın üçü (%60) ise modifiye SDE yönteminde olması gerektiği gibi duyarlı olarak saptanmıştır. Sonuç: Çoğu mikrobiyoloji laboratuvarında antibiyotik duyarlılık testinde kullanılan otomatize sistemin KU’mu ISO standartlarına yakın olmasına rağmen, kolistin duyarlılığı açısından ÇBH oranının çok fazla olduğu, bunların modifiye SDE yöntemi ile çalışıldığında bu oranın azaldığı saptanmıştır. Özellikle günlük antibiyogram sayısı fazla olan mikrobiyoloji laboratuvarlarında kolistin duyarlılık sonuçlarının SMD yöntemi ile çalışılamadığı durumlarda, Enterobacteriaceae ve Pseudomonas spp. izolatlarında otomatize sistemde kolistin duyarlı ise modifiye SDE yöntemi ile çalışılmasının daha güvenilir bir sonuç verdiği görülmüştür.
Anahtar Kelime: Determination of Colistin Resistance in Gram Negative Bacteria by Modified Broth Disk Elution Method
Öz: Objective: The aims of this study were to evaluate the performance of the Modified Broth Disk Elution (BDE) test with diminished test tubes and colistin disks, compare it with the reference method and consequently hope to present an alternative method for busy microbiology laboratories. Method: A total of 100 colistin-susceptible and 50 colistin-resistant gram-negative bacteria, isolated from various clinical samples in our hospital between 2020-2022 with the automated system were included in this study. The results of the modified BDE method and the automated system were compared with the reference method as broth microdilution (BMD), with categorical agreement (CA), very major error (VME) and major error (ME) rates. Results: Overall, the categorical agreement (CA) rate of the automated system was 86%, VME rate was 10.7%, and ME rate was 3.3%. In the modified BDE method, these rates were 80%, 4% and 16%, respectively. Ten of the 16 (62.5%) isolates which were interpreted as VME in the automated system, were found to be resistant in modified BDE method. Similarly, three of five (60%) isolates which were interpreted as ME, were found to be susceptible in the modified BDE method. Conclusion: Although the CA of the automated system is close to ISO standards, it was found that the rate of VME was very high in terms of colistin sensitivity, and this rate decreased when these were studied with the modified BDE method. When colistin susceptibility tests could not be studied with the BMD method, and if isolates of Enterobacteriaceae and Pseudomonas spp. are found as susceptible in the automated system, the modified BDE method gives more reliable results.
Anahtar Kelime: Belge Türü: Makale Makale Türü: Araştırma Makalesi Erişim Türü: Erişime Açık
- 1. Gogry FA, Siddiqui MT, Sultan I, Haq QMR. Current update on intrinsic and acquired colistin resistance mechanisms in bacteria. Front Med (Lausanne). 2021;12;8:677720. https://doi.org/10.3389/fmed.2021.677720
- 2. El-Sayed Ahmed MAE, Zhong LL, Shen C, Yang Y, Doi Y, Tian GB. Colistin and its role in the era of antibiotic resistance: an extended review (2000-2019). Emerg Microbes Infect. 2020;9(1):868-85. https://doi.org/10.1080/22221751.2020.1754133
- 3. Boinett CJ, Cain AK, Hawkey J, et al. Clinical and laboratory-induced colistin-resistance mechanisms in Acinetobacter baumannii. Microb Genom. 2019;5(2):e000246. https://doi.org/10.1099/mgen.0.000246
- 4. Matzneller P, Strommer S, Österreicher Z, Mitteregger D, Zeitlinger M. Target site antimicrobial activity of colistin might be misestimated if tested in conventional growth media. Eur J Clin Microbiol Infect Dis. 2015;34(10):1989-94. https://doi.org/10.1007/s10096-015-2441-7
- 5. Bialvaei AZ, Samadi Kafil H. Colistin, mechanisms and prevalence of resistance. Curr Med Res Opin. 2015;31(4):707-21. https://doi.org/10.1185/03007995.2015.1018989
- 6. Ben-Chetrit E, Mc Gann P, Maybank R, Stam J, Assous MV, Katz DE. Colistin-resistant Klebsiella pneumoniae bloodstream infection: Old drug, bad bug. Arch Microbiol. 2021;203(6):2999-3006. https://doi.org/10.1007/s00203-021-02289-4
- 7. Sarı AN, Süzük S, Karatuna O, ve ark. Ülkemizde klinik Enterobacteriaceae izolatlarında plazmit aracılı kolistin direnç genlerini (mcr-1 ve mcr-2) araştıran çok merkezli çalışmaya ait sonuçlar. Mikrobiyol Bul. 2017;51(3):299-303. https://doi.org/10.5578/mb.57515
- 8. Kurekci C, Aydin M, Nalbantoglu OU, Gundogdu A. First report of Escherichia coli carrying the mobile colistin resistance gene mcr-1 in Turkey. J Glob Antimicrob Resist. 2018;15:169-170. https://doi.org/10.1016/j.jgar.2018.09.013
- 9. Koyuncu Özyurt Ö, Özhak B, Öğünç D, ve ark. Kolistinin gram-negatif bakterilere in vitro etkinliğinin belirlenmesinde BD Phoenix100 sistemi ve kolistin sıvı disk elüsyon yöntemlerinin değerlendirilmesi. Mikrobiyol Bul. 2019;53(3):254-261. https://doi.org/10.5578/mb.68066
- 10. Lo-Ten-Foe JR, de Smet AM, Diederen BM, Kluytmans JA, van Keulen PH. Comparative evaluation of the VITEK 2, disk diffusion, Etest, broth microdilution, and agar dilution susceptibility testing methods for colistin in clinical isolates, including heteroresistant Enterobacter cloacae and Acinetobacter baumannii strains. Antimicrob Agents Chemother. 2007;51(10):3726-30. https://doi.org/10.1128/AAC.01406-06
- 11. EUCAST. Recommendations for MIC determination of colistin (polymyxin E). As recommended by the joint CLSI-EUCAST Polymyxin Breakpoints Working Group European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing. Basel, 2016. [http://www. eucast.org/fileadmin/src/media/PDFs/EUCAST_files/ General_documents/Recommendations_for_MIC_ determination_of_colistin_March_2016.pdf] (Erişim tarihi: 1 Mart 2018).
- 12. Simner PJ, Bergman Y, Trejo M, et al. Two-site evaluation of the colistin broth disk elution test to determine colistin in vitro activity against Gram-negative bacilli. J Clin Microbiol. 2019;30;57(2):e01163-18. https://doi.org/10.1128/JCM.01163-18
- 13. Pfennigwerth N, Kaminski A, Korte-Berwanger M, et al. Evaluation of six commercial products for colistin susceptibility testing in Enterobacterales. Clin Microbiol Infect. 2019;25(11):1385-9. https://doi.org/10.1016/j.cmi.2019.03.017
- 14. EUCAST. Breakpoint tables for interpretation of MICs and zone diameters. Version 12.0, 2022. The European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing. [http://www.eucast.org] (Erişim tarihi: 1 Mart 2018). 15. CLSI. Development of in vitro susceptibility testing criteria and quality control parameters. Approved Guideline. 3rd ed. CLSI Document M23-A3. Clinical and Laboratory Standards Institute, Wayne, PA: 2008.
- 16. ISO 20776-2:2007. Clinical laboratory testing and in vitro diagnostic test systems. Susceptibility testing of infectious agents and evaluation of performance of antimicrobial susceptibility test devices - Part 2: Evaluation of performance of antimicrobial susceptibility test devices. International Organization for Standardization. Geneva: ISO [https://www.iso. org/standard/41631.html] (Erişim tarihi: 1 Nisan 2022).
- 17. Lin YC, Kuroda M, Suzuki S, Mu JJ. Emergence of the mcr-1 colistin resistance gene in extended-spectrum β-lactamase-producing Klebsiella pneumoniae in Taiwan. J Glob Antimicrob Resist. 2021;24:278-84. https://doi.org/10.1016/j.jgar.2020.12.024
- 18. Zhang S, Abbas M, Rehman MU, et al. Updates on the global dissemination of colistin-resistant Escherichia coli: An emerging threat to public health. Sci Total Environ. 2021;10;799:149280. https://doi.org/10.1016/j.scitotenv.2021.149280
- 19. Satlin MJ. The search for a practical method for colistin susceptibility testing: Have we found it by going back to the future? J Clin Microbiol. 2019;0;57(2):e01608- 18. https://doi.org/10.1128/JCM.01608-18
- 20. Süzük Yıldız S, Kaşkatepe B, Şimşek H, Sarıgüzel FM. High rate of colistin and fosfomycin resistance among carbapenemase-producing Enterobacteriaceae in Turkey. Acta Microbiol Immunol Hung. 2019;1;66(1):103-12. https://doi.org/10.1556/030.65.2018.042
- 21. Humphries RM, Green DA, Schuetz AN, et al. Multicenter evaluation of colistin broth disk elution and colistin agar test: a report from the Clinical and Laboratory Standards Institute. J Clin Microbiol. 2019;23;57(11):e01269-19. https://doi.org/10.1128/JCM.01269-19
- 22. Bell DT, Bergman Y, Kazmi AQ, Lewis S, Tamma PD, Simner PJ. A novel phenotypic method to screen for plasmid-mediated colistin resistance among Enterobacteriales. J Clin Microbiol. 2019;26;57(5):e00040-19. https://doi.org/10.1128/JCM.00040-19
- 23. Fenwick AJ, Bergman Y, Lewis S, et al. Evaluation of the NG-Test MCR-1 Lateral flow assay and EDTA-colistin broth disk elution methods to detect plasmid-mediated colistin resistance among Gram-negative bacterial isolates. J Clin Microbiol. 2020;25;58(4):e01823-19. https://doi.org/10.1128/JCM.01823-19
- 24. Cielo NC, Belmonte T, Raro OHF, et al. Polymyxin B broth disk elution: a feasible and accurate methodology to determine polymyxin B susceptibility in Enterobacterales. Diagn Microbiol Infect Dis. 2020;98(2):115099. https://doi.org/10.1016/j.diagmicrobio.2020.115099
- 25. Főldes A, Székely E, Voidăzan ST, Dobreanu M. Comparison of six phenotypic assays with reference methods for assessing colistin resistance in clinical isolates of carbapenemase-producing Enterobacterales: Challenges and opportunities. Antibiotics (Basel). 2022;11(3):377. https://doi.org/10.3390/antibiotics11030377
- 26. Dalmolin TV, Mazzetti A, Ávila H, et al. Elution methods to evaluate colistin susceptibility of Gram-negative rods. Diagn Microbiol Infect Dis. 2020;96(1):114910. https://doi.org/10.1016/j.diagmicrobio.2019.114910
- 27. Tüzemen NÜ, Efe K, Akalın H, Özakın C. Retrospective evaluation of colistin-resistant isolates in automated system by gradient diffusion method and broth microdilution method. Klimik Derg. 2019;32(1):57-61. https://doi.org/10.5152/kd.2019.13
| APA | tüzemen n, Işık Ö, Akca B, Özakın C (2022). Gram Negatif Bakterilerde Modifiye Sıvı Disk Elüsyon Yöntemi ile Kolistin Direncinin Belirlenmesi. , 184 - 191. 10.54453/TMCD.2022.37167 |
| Chicago | tüzemen nazmiye ülkü,Işık Özlem,Akca Bekir,Özakın Cüneyt Gram Negatif Bakterilerde Modifiye Sıvı Disk Elüsyon Yöntemi ile Kolistin Direncinin Belirlenmesi. (2022): 184 - 191. 10.54453/TMCD.2022.37167 |
| MLA | tüzemen nazmiye ülkü,Işık Özlem,Akca Bekir,Özakın Cüneyt Gram Negatif Bakterilerde Modifiye Sıvı Disk Elüsyon Yöntemi ile Kolistin Direncinin Belirlenmesi. , 2022, ss.184 - 191. 10.54453/TMCD.2022.37167 |
| AMA | tüzemen n,Işık Ö,Akca B,Özakın C Gram Negatif Bakterilerde Modifiye Sıvı Disk Elüsyon Yöntemi ile Kolistin Direncinin Belirlenmesi. . 2022; 184 - 191. 10.54453/TMCD.2022.37167 |
| Vancouver | tüzemen n,Işık Ö,Akca B,Özakın C Gram Negatif Bakterilerde Modifiye Sıvı Disk Elüsyon Yöntemi ile Kolistin Direncinin Belirlenmesi. . 2022; 184 - 191. 10.54453/TMCD.2022.37167 |
| IEEE | tüzemen n,Işık Ö,Akca B,Özakın C "Gram Negatif Bakterilerde Modifiye Sıvı Disk Elüsyon Yöntemi ile Kolistin Direncinin Belirlenmesi." , ss.184 - 191, 2022. 10.54453/TMCD.2022.37167 |
| ISNAD | tüzemen, nazmiye ülkü vd. "Gram Negatif Bakterilerde Modifiye Sıvı Disk Elüsyon Yöntemi ile Kolistin Direncinin Belirlenmesi". (2022), 184-191. https://doi.org/10.54453/TMCD.2022.37167 |
| APA | tüzemen n, Işık Ö, Akca B, Özakın C (2022). Gram Negatif Bakterilerde Modifiye Sıvı Disk Elüsyon Yöntemi ile Kolistin Direncinin Belirlenmesi. Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti Dergisi, 52(3), 184 - 191. 10.54453/TMCD.2022.37167 |
| Chicago | tüzemen nazmiye ülkü,Işık Özlem,Akca Bekir,Özakın Cüneyt Gram Negatif Bakterilerde Modifiye Sıvı Disk Elüsyon Yöntemi ile Kolistin Direncinin Belirlenmesi. Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti Dergisi 52, no.3 (2022): 184 - 191. 10.54453/TMCD.2022.37167 |
| MLA | tüzemen nazmiye ülkü,Işık Özlem,Akca Bekir,Özakın Cüneyt Gram Negatif Bakterilerde Modifiye Sıvı Disk Elüsyon Yöntemi ile Kolistin Direncinin Belirlenmesi. Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti Dergisi, vol.52, no.3, 2022, ss.184 - 191. 10.54453/TMCD.2022.37167 |
| AMA | tüzemen n,Işık Ö,Akca B,Özakın C Gram Negatif Bakterilerde Modifiye Sıvı Disk Elüsyon Yöntemi ile Kolistin Direncinin Belirlenmesi. Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti Dergisi. 2022; 52(3): 184 - 191. 10.54453/TMCD.2022.37167 |
| Vancouver | tüzemen n,Işık Ö,Akca B,Özakın C Gram Negatif Bakterilerde Modifiye Sıvı Disk Elüsyon Yöntemi ile Kolistin Direncinin Belirlenmesi. Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti Dergisi. 2022; 52(3): 184 - 191. 10.54453/TMCD.2022.37167 |
| IEEE | tüzemen n,Işık Ö,Akca B,Özakın C "Gram Negatif Bakterilerde Modifiye Sıvı Disk Elüsyon Yöntemi ile Kolistin Direncinin Belirlenmesi." Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti Dergisi, 52, ss.184 - 191, 2022. 10.54453/TMCD.2022.37167 |
| ISNAD | tüzemen, nazmiye ülkü vd. "Gram Negatif Bakterilerde Modifiye Sıvı Disk Elüsyon Yöntemi ile Kolistin Direncinin Belirlenmesi". Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti Dergisi 52/3 (2022), 184-191. https://doi.org/10.54453/TMCD.2022.37167 |
