Sağlıkta Dönüşüm Programı içinde hayata geçirilen, performansa dayalı ek ödeme sisteminin de içinde yer aldığı döner sermayeli sağlık işletmeleri modelinde, eğitim ve araştırma hastaneleri bir hizmet hastanesi gibi çalışmaya başlamıştır. Bu süreç, eğitim ve araştırma hastanelerinde eğitim ve araştırma faaliyetlerine yeterli zaman ayrılamaması nedeniyle en çok da uzmanlık eğitimini olumsuz etkilemiştir. Eğitim ve araştırma hastanelerinin büyük bir çoğunluğunu birlikte kullanım protokolleri ile bünyesine alan Sağlık Bilimleri Üniversitesi, Yükseköğretim Kanunu’na göre faaliyet gösteren devlet üniversitelerinden farklı bir kurumsal yapılanmaya sahiptir. Bir devlet üniversitesi olarak tanımlanmış olmasına karşın, Sağlık Bakan Yardımcısının içinde yer aldığı bir mütevelli heyeti tarafından yönetilmekte, üniversiteye tahsis edilen akademik kadrolara kimin atanacağı da dahil olmak üzere akademik örgütlenme konusundaki kararları mütevelli heyeti vermektedir. Üniversite kavramının değersizleştirildiği ve içinin boşaltıldığı bu yeni yapılanma, üniversitelerin özerk olması gerekliliğine aykırı ve kabul edilemez bir durumdur. Tüm eğitim ve araştırma hastanelerinin üniversite hastanesine dönüştürüldüğü bu model, ne akademik olarak özerk, bilimsel olarak özgür bir üniversite yapılanması ne de çağdaş, bilimsel bir tıp ve uzmanlık eğitimi örgütlenmesiyle örtüşmektedir. Sağlık Bilimleri Üniversitesi, siyasi iktidarın gölgesinden çıkartılıp üniversite olmanın gereklerine uygun olarak yeniden yapılandırılmalıdır. Ayrıca, eğitim ve araştırma hastanelerinde performansa dayalı ek ödeme sisteminin terkedilmesi ve eğitim, araştırma ve nitelikli sağlık hizmeti sunumuna öncelik verilmesi ivedilikle gerçekleştirilmesi gereken hedefler olarak ön plana çıkmaktadır.