STREPTOCOCCUS MILLERI GRUP (SMG) BAKTERİLERİNİN BİYOKİMYASAL VE MOLEKÜLER YÖNTEMLERLE TANIMLANMASI

Gülşen GÜNEL, (İstanbul Üniversitesi, Sağlık Bilimleri Enstitüsü, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, İstanbul, Türkiye)
Bulent Gurler (İstanbul Sağlık ve Teknoloji Üniversitesi, Eczacılık Fakültesi, Farmasötik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, İstanbul, Türkiye)
Sabiad
7 2
Yıl: 2023 Cilt: 6 Sayı: 1 Sayfa Aralığı: 73 - 79 Metin Dili: Türkçe DOI: 10.26650/JARHS2023-1164336 İndeks Tarihi: 05-05-2023

STREPTOCOCCUS MILLERI GRUP (SMG) BAKTERİLERİNİN BİYOKİMYASAL VE MOLEKÜLER YÖNTEMLERLE TANIMLANMASI

Öz:
Amaç: Streptococcus milleri grubu (SMG) bakterilerin, moleküler, biyokim yasal ve yarı otomatize tekniklerle tür ayırımının yapılması ve tedavide sık kullanılan antibiyotiklere karşı duyarlılık sonuçlarının araştırılması amaç lanmıştır. Bu çalışma, SMG bakteriler ile ilgili bazı önemli noktalara dikkat çekmek ve epidemiyolojik olarak önemini tespit etmek için planlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Çalışmamıza 100 streptokok cinsi bakteri dahil edilmiş tir. Tür tanımlaması için biyokimyasal testler ve API 20 STREP yarı otomatik identifikasyon kiti kullanılmıştır. Polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) ile hedef gen bölgeleri (HYL-MIX-U, HLY-INT- D, HLY-CC-D, 16S-ANG-U, 16S-ANG-D, ILY-4DFw, ILY-wholeC Bw) çoğaltılarak tür tanımlamaları doğrulanmıştır. Bulgular: Tüm örneklerin Voges-Proskauer (VP) deneyi pozitif, hipurat hidrolizi ve pirolidonil arylamidaz (PYR) negatif olarak saptanmıştır. Tüm suşlar Lancefield grup antijeni açısından değerlendirilmiş olup, %42 G, %26 F, %5 ise C grup antijenine sahip olduğu bulunmuştur. Suşların %27’sinin ise Lancefield grup antijenleri ile antijen tipi saptanamamıştır. 100 suşun tamamı vankomisin, seftriakson, sefepim, sefotaksim, levoflok sasin, linezolid antibiyotiklerine duyarlı olarak bulunmuştur. Suşlarda, %16 eritromisin, %6 klindamisin, %5 tetrasiklin, %1 kloramfenikol direnci sap tanmıştır. Ampisilin ve penisilin direnci E-test yöntemi ile saptanmış ve %1 ampisilin/penisiline dirençli Streptococcus anginosus suşu, %2 ampisiline orta duyarlı S. anginosus suşu saptanmıştır. API 20 STREP sonuçlarına göre bakterilerin %41 cins bazında tanımlanmış, %45’i S. anginosus, %5’i Streptococcus constellatus, %1’i Streptococcus intermedius olarak sonuç landırılmıştır. Multipleks polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) sonuçları ise %56 S. anginosus, %24 S.constellatus, %8’i S. intermedius olarak saptan mıştır. Suşların %12’sinde herhangi bir bant saptanamamıştır. Sonuç: Streptococcus milleri grubun biyokimyasal identifikasyon şeması nın henüz tam olarak tanımlanmadığı saptanmıştır. Antibiyotik duyarlılık sonuçlarımıza göre SMG’de direnç gelişimi ciddi boyutta değildir. Grubu tanımlamada ticari kitlerin yetersiz olabileceği ve yapılacak çalışmaların mutlaka moleküler bir yöntemle desteklenmesi gerekmektedir. Streptococcus milleri grubun biyokimyasal identifikasyon şemasının henüz tam olarak tanımlanmadığı saptanmıştır. Antibiyotik duyarlılık sonuçları mıza göre SMG’de direnç gelişimi ciddi boyutta değildir. Grubu tanımla mada ticari kitlerin yetersiz olabileceği ve yapılacak çalışmaların mutlaka moleküler bir yöntemle desteklenmesi gerekmektedir.
Anahtar Kelime:

IDENTIFICATION OF STREPTOCOCCUS MILLERI GROUP (SMG) BACTERIA BY BIOCHEMICAL AND MOLECULAR METHODS

Öz:
Objective: The aim of this study was to differentiate the strains of Streptococcus milleri group (SMG) bacteria using molecular, biochemical and semi-automated techniques and to investigate the results of susceptibility to commonly used antibiotics in treatment. It was anticipated that the study would draw attention to some important points about SMG bacteria and to determine their epidemiological importance. Materials and method: A total of 100 streptococcal bacteria were included in our study. Biochemical tests and the API 20 STREP semi automatic identification kit were used for species identification. Species identifications were confirmed by amplification of the target gene regions (HYL-MIX-U, HLY-INT-D, HLY-CC-D, 16S-ANG-U, 16S-ANG-D, ILY-4DFw, ILY wholeC Bw) by polymerase chain reaction (PCR). Results: Voges-Proskauer tests of all strains were positive, whereas hippurate hydrolysis and pyrrolidinyl arylamidase (PYR) tests were negative. All strains were evaluated in terms of Lancefield group antigen, and it was found that 42% were G, 26% were F, and 5% were C group antigen. It was not possible to determine antigen type with Lancefield group antigens in 27% of the strains. All of the isolates were found to be susceptible to vancomycin, ceftriaxone, cefepime, cefotaxime, levofloxacin, and linezolid. Erythromycin, clindamycin, tetracycline, and chloramphenicol resistance was found in 16%, 6%, 5%, and %1 of the isolates, respectively. Ampicillin and penicillin resistance were determined by the E-test method. One Streptococcus anginosus strain was resistant to ampicillin and penicillin, and two S. anginosus isolates were found to be intermediately susceptible to ampicillin. According to API 20 STREP results, 41% of the isolates were identified as genus level, 45% were S. anginosus, 5% were Streptococcus constellatus, and 1% were Streptococcus intermedius. Multiplex polymerase chain reaction (PCR) results were found to be 56% S. anginosus, 24% S. constellatus, and 8% S. intermedius. No band was detected in 12% of the strains. It has been determined that the biochemical identification scheme of the Streptococcus milleri group has not yet been fully defined. According to the antibiotic susceptibility results, the development of resistance in SMG is not critical. Commercial kits are unsatisfactory in identifying this group, and the studies should be supported with molecular methods.
Anahtar Kelime:

Belge Türü: Makale Makale Türü: Araştırma Makalesi Erişim Türü: Erişime Açık
  • 1- Forbes BA, Sham DF, Weissfeld AS. Catalase-nagative, Gram positive cocci, Streptococcus, enterococcus and smilar organisms. In: Tille PM, editors. Bailey and Scott’s Diagnostic Microbiology. Missouri: Mosby; 2008.p.298-315.
  • 2- Procop GW, Church CL, Hall GS, Janda WM, Koneman EW, Schreckenberger PC, Woods GL. Isolation and identification of Streptococci and Streptococcus-Like bacteria. Koneman’s Color Atlas and Textbook of Diagnostic Microbiology. Philadelphia: Lippincott Williams&Wilkins; 2006.p.701-45.
  • 3- Ruoff KL, Bisno AL. Classification of Streptococci. In: Mandell GL, Bannett JE, Dolin R, editors. Principles and Practice of Infectious Diseases. Philadelphia: Elsevier Churchill Livingstone; 2005.p.2591- 610.
  • 4- Patterson MJ. Streptococcus. In: Baron S, editor. Medical Microbiology. 4th edition. Galveston (TX): University of Texas Medical Branch at Galveston; 1996. Chapter 13. Available from: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK7611/
  • 5- Hansen AP, Hucker GJ, Snyder MA. Hemolytic properties of the mastitis streptococcus. American J Public Health 1933;23(12):1262- 70.
  • 6- Sherman JM. The Streptococci. Microbiol Mol Biol Reviews 1937;1(1):3-97.
  • 7- Lancefield R. A serological differentiation of human and other groups of hemolytic streptococci. J Exp Med 1933;57(4):571-95.
  • 8- Carroll KC. Biographical Feature: Rebecca Lancefield, Ph.D. J Clin Microbiol. 2019;57(8):e00728-19. doi:10.1128/JCM.00728-19
  • 9- Hardie JM, Whiley RA. Classification and overview of the genera Streptococcus and Enterococcus. J Appl Microbiol. 1997;83(S1):1S 11S. doi:10.1046/j.1365-2672.83.s1.1.x
  • 10- Patel S, Gupta RS. Robust demarcation of fourteen different species groups within the genus Streptococcus based on genome based phylogenies and molecular signatures. Infect Genet Evol 2018;66:130-51.
  • 11- Yao JDC, Moellering RC-JR. Antibacterial Agents. In: Murray PR, Baron EJ, Jorgensen JH, Landry ML, Pfaller MA, editors. Manual of Clinical Microbiology. Washington: ASM press; 2007.p.1077-113.
  • 12- Berkiten R. Gram pozitif koklar: Laboratuvar tanı, epidemiyoloji, korunma. İçinde: Bozkaya E, editör. Tıbbi Mikrobiyoloji-2. Ankara: Nobel Tıp Kitabevleri; 2005.sf.1-28.
  • 13- Berkiten R. Mini (pinpoint) koloni oluşturan beta-hemolitik streptokoklar: Streptococcus milleri grubu ve çeşitli özellikleri. Ankem Dergisi 2008;22(2):89-94.
  • 14- Ardıç N. B grubu Streptokoklar (Streptococcus agalactiae). Klimik Dergisi 2003;16(3):101-5.
  • 15- Wilson L.G. The early recognition of streptococci as causes of disease. Medical history. 1987;31(4):403-14.
  • 16- Biochemical Tests for the Identification of Aerobic Bacteria. Editor(s):Amy L.Leber. Clinical Microbiology Procedures Handbook. 2016; Chapter 3.17. 4th Edition. Volume 1-3. doi:10.1128/9781555818814.ch3.17.1
  • 17- Bilgehan H. Klinik Mikrobiyolojik Tanı. Barış Yayınları: İzmir; 2002:495-521.
  • 18- York MK, Traylor MM, Hardy J, Henry M. Biochemical tests for identification of aerobic bacteria. In: Lynne JG, editors. Clinical Microbiology Procedures Handbook, Washington DC: ASM press; 010. doi/book/10.1128/9781683670438.CMPH
  • 19- Performance Standards for Antimicrobial Susceptibility Testing; Twenty-second Informational Supplement. CLSI document M100-S22, Wayne PA; Clinical and Laboratory Standards Institute;2012.
  • 20- Takao A, Nagamune H, Maeda N. Identification of the Anginosus group within the genus Streptococcus using polymerase chain reaction. FEMS Microbiol letters 2004;233(1):83-9.
  • 21- Goto T, Nagamune H, Miyazaki A, Kawamura Y, Ohnishi O, Hattori K, et al. Rapid identification of Streptococcus intermedius by PCR with the ily gene as a species marker gene. J Med Microbiol 2002;51(2):178-86.
  • 22- Hoshino T, Fujiwara T, Kilian M. Use of phylogenetic and phenotypic analyses to identify nonhemolitic streptococci isolated from bacteremic patients. J Clin Microbiol 2005;43(12):6073-85.
  • 23- Jiang S, Li M, Fu T, Shan F, Jiang L, Shao Z. Clinical Characteristics of Infections Caused by Streptococcus Anginosus Group. Scientific reports 2020;10(1):9032.
  • 24- Pilarczyk-Zurek M, Sitkiewicz I, Koziel J. The Clinical View on Streptococcus anginosus group-opportunistic pathogens coming out of hiding. Frontiers in microbiology 2022:13;956677.
  • 25- Lehman DC, Mahon CR, Suvarna K. Streptococcus, enterococcus and other catalase-negative Gram-positive cocci. In: Mahon CR, Lehman DC ve Manuselis G, editors. Textbook of Diagnostic Microbiology. Philadelphia; Elsevier. 2007. p.382-95.
  • 26- Topçu AW, Söyletir G, Doğanay M. Beta Hemolitik Streptokoklar. İçinde: Söyletir G, Över U, editörler. İnfeksiyon Hastalıkları ve Mikrobiyolojisi, Etkenlere Göre İnfeksiyonlar. Ankara; Nobel Tıp Kitabevleri:2002.sf.1478-97.
  • 27- Fox K, Turner J, Fox A. Role of beta-hemolytic group C streptococci in pharyngitis: Incidence and Biochemical Characteristics of Streptococcus equisimilis and Streptococcus anginosus in patients and healty controls. J Clin Microbiol 1993;31(4):804-7.
  • 28- Al Amri A, Senok AC, Al Ismaeel AY, Al-Mahmeed AE, Botta GA. Multiplex PCR for direct identification of Campylobacter spp. in human and chicken stools. J Medical Microbiol 2007;56(Pt 10):1350-55.
  • 29- Niven CF, Smiley KL, Sherman JM. The hydrolysis of arginine by streptococci. J Bacteriol 1942;43(6):651-60.
  • 30- Woo PC, Tse H, Chan KM, Lau SK, Fung AM, Yip KT, et al. Streptococcus milleri endocarditis caused by Streptococcus anginosus. Diag Microbiol and Infec Disease 2004;48(2):81-8.
  • 31- Bantar C, Fernandez Canigia L, Relloso S, Lanza A, Bianchini H, Smayevsky J. Species belonging to the Streptococcus milleri group: antimicrobial susceptibility and comparative prevalence in significant clinical specimens. American Soc for Microbiol 1996;34(8):2020-22.
APA Günel G, Gurler B (2023). STREPTOCOCCUS MILLERI GRUP (SMG) BAKTERİLERİNİN BİYOKİMYASAL VE MOLEKÜLER YÖNTEMLERLE TANIMLANMASI. , 73 - 79. 10.26650/JARHS2023-1164336
Chicago Günel Gülşen,Gurler Bulent STREPTOCOCCUS MILLERI GRUP (SMG) BAKTERİLERİNİN BİYOKİMYASAL VE MOLEKÜLER YÖNTEMLERLE TANIMLANMASI. (2023): 73 - 79. 10.26650/JARHS2023-1164336
MLA Günel Gülşen,Gurler Bulent STREPTOCOCCUS MILLERI GRUP (SMG) BAKTERİLERİNİN BİYOKİMYASAL VE MOLEKÜLER YÖNTEMLERLE TANIMLANMASI. , 2023, ss.73 - 79. 10.26650/JARHS2023-1164336
AMA Günel G,Gurler B STREPTOCOCCUS MILLERI GRUP (SMG) BAKTERİLERİNİN BİYOKİMYASAL VE MOLEKÜLER YÖNTEMLERLE TANIMLANMASI. . 2023; 73 - 79. 10.26650/JARHS2023-1164336
Vancouver Günel G,Gurler B STREPTOCOCCUS MILLERI GRUP (SMG) BAKTERİLERİNİN BİYOKİMYASAL VE MOLEKÜLER YÖNTEMLERLE TANIMLANMASI. . 2023; 73 - 79. 10.26650/JARHS2023-1164336
IEEE Günel G,Gurler B "STREPTOCOCCUS MILLERI GRUP (SMG) BAKTERİLERİNİN BİYOKİMYASAL VE MOLEKÜLER YÖNTEMLERLE TANIMLANMASI." , ss.73 - 79, 2023. 10.26650/JARHS2023-1164336
ISNAD Günel, Gülşen - Gurler, Bulent. "STREPTOCOCCUS MILLERI GRUP (SMG) BAKTERİLERİNİN BİYOKİMYASAL VE MOLEKÜLER YÖNTEMLERLE TANIMLANMASI". (2023), 73-79. https://doi.org/10.26650/JARHS2023-1164336
APA Günel G, Gurler B (2023). STREPTOCOCCUS MILLERI GRUP (SMG) BAKTERİLERİNİN BİYOKİMYASAL VE MOLEKÜLER YÖNTEMLERLE TANIMLANMASI. Sabiad , 6(1), 73 - 79. 10.26650/JARHS2023-1164336
Chicago Günel Gülşen,Gurler Bulent STREPTOCOCCUS MILLERI GRUP (SMG) BAKTERİLERİNİN BİYOKİMYASAL VE MOLEKÜLER YÖNTEMLERLE TANIMLANMASI. Sabiad 6, no.1 (2023): 73 - 79. 10.26650/JARHS2023-1164336
MLA Günel Gülşen,Gurler Bulent STREPTOCOCCUS MILLERI GRUP (SMG) BAKTERİLERİNİN BİYOKİMYASAL VE MOLEKÜLER YÖNTEMLERLE TANIMLANMASI. Sabiad , vol.6, no.1, 2023, ss.73 - 79. 10.26650/JARHS2023-1164336
AMA Günel G,Gurler B STREPTOCOCCUS MILLERI GRUP (SMG) BAKTERİLERİNİN BİYOKİMYASAL VE MOLEKÜLER YÖNTEMLERLE TANIMLANMASI. Sabiad . 2023; 6(1): 73 - 79. 10.26650/JARHS2023-1164336
Vancouver Günel G,Gurler B STREPTOCOCCUS MILLERI GRUP (SMG) BAKTERİLERİNİN BİYOKİMYASAL VE MOLEKÜLER YÖNTEMLERLE TANIMLANMASI. Sabiad . 2023; 6(1): 73 - 79. 10.26650/JARHS2023-1164336
IEEE Günel G,Gurler B "STREPTOCOCCUS MILLERI GRUP (SMG) BAKTERİLERİNİN BİYOKİMYASAL VE MOLEKÜLER YÖNTEMLERLE TANIMLANMASI." Sabiad , 6, ss.73 - 79, 2023. 10.26650/JARHS2023-1164336
ISNAD Günel, Gülşen - Gurler, Bulent. "STREPTOCOCCUS MILLERI GRUP (SMG) BAKTERİLERİNİN BİYOKİMYASAL VE MOLEKÜLER YÖNTEMLERLE TANIMLANMASI". Sabiad 6/1 (2023), 73-79. https://doi.org/10.26650/JARHS2023-1164336
Sayfa Oluşturulma Tarihi
24-04-2024 6:44

İLETİŞİM

TÜBİTAK ULAKBİM TR Dizin

Yüzüncüyıl, İşçi Blokları Mahallesi

Muhsin Yazıcıoğlu Caddesi No:51/C

06530 Çankaya / ANKARA +90 (312) 298 92 00

trdizin@tubitak.gov.tr

TÜBİTAK ULAKBİM Ulusal Akademik Ağ ve Bilgi Merkezi Cahit Arf Bilgi Merkezi © Tüm Hakları Saklıdır. Gizlilik Politikası Kullanım Şartları