Karbapeneme Dirençli Enterobacteriaceae Dışkı Kolonizasyonunun Belirlenmesinde Klasik Yöntemler ve Kromojen Agar Testinin Karşılaştırılması
Yıl: 2022 Cilt: 35 Sayı: 3 Sayfa Aralığı: 171 - 178 Metin Dili: Türkçe DOI: 10.36519/kd.2022.4144 İndeks Tarihi: 16-05-2023
Karbapeneme Dirençli Enterobacteriaceae Dışkı Kolonizasyonunun Belirlenmesinde Klasik Yöntemler ve Kromojen Agar Testinin Karşılaştırılması
Öz: Amaç: Çalışmada, hastanede yatan hastalarda, dışkıda karbapeneme dirençli Enterobacteriaceae (KDE) kolonizasyonunun belirlenmesinde klasik yöntemlerle kromojenik agarlı yöntemlerin karşılaştırılması; kolonizasyon ve kolonize olan hastalarda infeksiyon gelişimini etkileyen risk faktörlerinin belirlenmesi amaçlandı. Yöntemler: Ocak - Ağustos 2017 tarihleri arasında bir üniversite hastanesinin Reanimasyon Yoğun Bakım Ünitesi ve Travma Acil Yoğun Bakım Ünitesi’nde yatan 18 yaş üzerindeki 100 ardışık hasta incelendi. Hastalardan, ilki başvuru anında olmak üzere her hafta rektal sürüntü örneği alındı ve bu örnekler ABD Hastalık Kontrol ve Korunma Merkezleri (“Centers for Disease Control and Prevention – CDC”) tarafından tanımlanmış klasik yöntem, ChromID CARBA agarı ve direkt MacConkey agarına ekim yöntemleriyle çalışılarak KDE araştırıldı. Örneklerden izole edilmiş KDE suşlarında, modifiye Hodge ve CARBA NP testleri de yapıldı; ayrıca imipenem, meropenem, ertapenem ve kolistin için Etest yöntemiyle minimum inhibitör konsantrasyonu (MİK) değerleri de saptandı. Bulgular: Çalışmaya dahil edilen 100 hastanın 46 (%46)’sında en az bir yöntemle rektal KDE taşıyıcılığı saptandı. Rektal KDE taşıyıcılığının belirlenmesinde kullanılan klasik CDC, direkt MacConkey ve ChromID CARBA yöntemlerinin 24. saatteki duyarlılık ve özgüllükleri sırasıyla %78-%42, %87-%80 ve %91-%98 olarak bulundu. Yöntemlerin 72. saatteki duyarlılık ve özgüllükleri ise sırasıyla %78-%100, %87-%100 ve %91-%100’dü. Sonuç: Rektal KDE taşıyıcılığının belirlenmesinde ChromID CARBA yönteminin performansı, klasik CDC ve direkt MacConkey yönteminden daha iyi olmakla birlikte, özellikle kaynak sorunu olan yerlerde direkt MacConkey yönteminin de kullanılabileceği tespit edildi.
Anahtar Kelime: Comparison of Classical Methods and Chromogen Media for Detection of Stool Colonisation by Carbapenem-resistant Enterobacteriaceae
Öz: Objectives: We aimed to compare classical methods and chromogenic media to detect carbapenem-resistant Enterobacteriaceae (CRE) colonization among hospitalized patients and determine the risk factors causing infection in colonized patients. Methods: Between January and August 2017, 100 patients over the age of 18 who were hospitalized in the Reanimation Intensive Care Unit and the Trauma Emergency Intensive Care Unit of a university hospital were examined. From the first day of intensive care unit (ICU) admission, rectal swabs were collected once every week and were tested for the presence of CRE by using the classical method defined by the Centers for Disease Control and Prevention (CDC), ChromID CARBA chromogenic medium, and direct inoculation into MacConkey agar plates. In addition, MIC values for imipenem, ertapenem, meropenem and colistin were determined by using the Etest. Results: Rectal BDE carriage was detected by at least one method in 46 (46%) of 100 patients included in the study. Sensitivity and specificity values of the CDC classical method, direct MacConkey inoculation, and ChromID CARBA medium in the first 24 hours were found as 78%-42%, 87%-80%, and 91%-98%, respectively. Sensitivity and specificity values of these methods after 72 hours were determined as 78%-100%, 87%-100%, and 91%-100%, respectively. Conclusion: We observed that, although the ChromID CARBA method performed better than classical CDC and direct MacConkey inoculation methods, direct MacConkey inoculation can still be employed, especially in areas with limited resources.
Anahtar Kelime: Belge Türü: Makale Makale Türü: Araştırma Makalesi Erişim Türü: Erişime Açık
- 1. Köseoğlu-Eser O, Altun-Uludağ H, Ergin A, Boral B, Sener B, Hasçelik G. [Carbapenem resistance in ESBL positive Enterobacteriaceae isolates causing invasive infections]. Mikrobiyol Bul. 2014;48(1):59-69. Turkish.
- 2. Panagea T, Galani I, Souli M, Adamou P, Antoniadou A, Giamarellou H. Evaluation of CHROMagar™ KPC for the detection of carbapenemase-producing Enterobacteriaceae in rectal surveillance cultures. Int J Antimicrob Agents. 2011;37(2):124-8. [CrossRef]
- 3. Donnenberg MS. Enterobacteriaceae. In: Mandell GL, Bennett JE, Dolin R, eds. Mandell, Douglas, and Bennett’s Principles and Practice of Infectious Diseases. 8th ed. Philadelphia: Churchill Livingstone, 2015: 2503-17.
- 4. Facility guidance for control of carbapenem resistant Enterobacteriaceae (CRE) November 2015 update-CRE toolkit [İnternet]. Atlanta: Centers for Disease Control and Prevention [erişim 31 Ekim 2017]. https://www.cdc.gov/hai/ pdfs/cre/cre-guidance-508.pdf
- 5. EUCAST guidelines for detection of resistance mechanisms and specific resistances of clinical and/or epidemiological importance [İnternet]. Denmark: European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing (EUCAST). [erişim 31 Ekim 2017]. http://www.eucast.org/fileadmin/src/media/PDFs/ EUCAST_files/Resistance_mechanisms/EUCAST_detection_of_resistance_ mechanisms_170711.pdf
- 6. Blackburn J, Tsimiklis C, Lavergne V, et al. Carbapenem disks on MacConkey agar in screening methods for detection of carbapenem-resistant Gram-negative rods in stools. J Clin Microbiol. 2013;51(1):331-3. [CrossRef]
- 7. Lolans K, Calvert K, Won S, Clark J, Hayden MK. Direct ertapenem disk screening method for identification of KPC-producing Klebsiella pneumoniae and Escherichia coli in surveillance swab specimens. J Clin Microbiol. 2010;48(3):836-41. [CrossRef]
- 8. Laboratory protocol for detection of carbapenem-resistant or carbapenemase- producing, Klebsiella spp. and E. coli from rectal swabs [İnternet]. Atlanta: Centers for Disease Control and Prevention [erişim 31 Ekim 2017]. https:// www.aab.org/images/aab/pdf/2013/Klebsiella_or_Ecoli_Lab_protocol.pdf https://www.cdc.gov/hai/pdfs/labsettings/klebsiella_or_ecoli.pdf
- 9. Yamamoto N, Asada R, Kawahara R, et al. Prevalence of, and risk factors for, carriage of carbapenem-resistant Enterobacteriaceae among hospitalized patients in Japan. J Hosp Infect. 2017;97(3):212-7. [CrossRef]
- 10. Simner PJ, Martin I, Opene B, Tamma PD, Carroll KC, Milstone AM. Evaluation of multiple methods for detection of gastrointestinal colonization of Carbapenem-resistant organisms from rectal swabs. J Clin Microbiol. 2016;54(6):1664-7. [CrossRef]
- 11. Papadimitriou-Olivgeris M, Bartzavali C, Christofidou M, et al. Performance of chromID® CARBA medium for carbapenemases-producing Enterobacteriaceae detection during rectal screening. Eur J Clin Microbiol Infect Dis. 2014;33(1):35-40. [CrossRef]
- 12. Lutgring JD, Limbago BM. The Problem of Carbapenemase-Producing-Carbapenem- Resistant-Enterobacteriaceae Detection. J Clin Microbiol. 2016;54(3):529- 34. [CrossRef]
- 13. Yir, A. İstanbul Tıp Fakültesi Hastanesi’nde izole edilen karbapenemlere dirençli Gram-negatif enterik çomaklarda antibiyotik direnç oranları, mekanizmaları ve antibiyotik direnç gelişimine neden olan risk faktörlerinin araştırılması [Uzmanlık Tezi]. İstanbul Üniversitesi İstanbul Tıp Fakültesi İnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı; 2016.
- 14. Qamar S, Shaheen N, Shakoor S, Farooqi J, Jabeen K, Hasan R. Frequency of colistin and fosfomycin resistance in carbapenem-resistant Enterobacteriaceae from a tertiary care hospital in Karachi. Infect Drug Resist. 2017;10:231-6. [CrossRef]
- 15. Ah YM, Kim AJ, Lee JY. Colistin resistance in Klebsiella pneumoniae. Int J Antimicrob Agents. 2014;44(1):8-15. [CrossRef]
- 16. Rapid risk assessment: Carbapenem-resistant Enterobacteriaceae [İnternet]. Stockholm: European Centers for Disease Prevention and Control (ECDC). [erişim 31 Ekim 2017]. https://ecdc.europa.eu/sites/portal/files/media/en/ publications/Publications/carbapenem-resistant-enterobacteriaceae-risk-assessment- april-2016.pdf
- 17. Haciseyitoglu D, Dokutan A, Abulaila A, et al. The first Enterobacter cloacae co-producing NDM and OXA-48 carbapenemases and interhospital spread of OXA-48 and NDM-producing Klebsiella pneumoniae in Turkey. Clin Lab. 2017;63(7):1213-22. [CrossRef]
- 18. Carrër A, Poirel L, Eraksoy H, Cagatay AA, Badur S, Nordmann P. Spread of OXA-48-positive carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae isolates in Istanbul, Turkey. Antimicrob Agents Chemother. 2008;52(8):2950-4. [CrossRef]
- 19. Neonakis IK, Samonis G, Messaritakis H, et al. Resistance status and evolution trends of Klebsiella pneumoniae isolates in a university hospital in Greece: ineffectiveness of carbapenems and increasing resistance to colistin. Chemotherapy. 2010;56(6):448-52. [CrossRef]
- 20. Kontopidou F, Plachouras D, Papadomichelakis E, et al. Colonization and infection by colistin-resistant Gram-negative bacteria in a cohort of critically ill patients. Clin Microbiol Infect. 2011;17(11):E9-E11. [CrossRef]
- 21. Perez LR, Rodrigues D, Dias CG. Evaluation of phenotypic tests to detect carbapenem-resistant Enterobacteriaceae in colonized patients hospitalized in intensive care units. Braz J Infect Dis. 2015;19(4):436-8. [CrossRef]
- 22. Ergönül Ö, Aydin M, Azap A, et al; Turkish Society of Clinical Microbiology and Infectious Diseases, Healthcare-Related Infections Study Group. Healthcare- associated Gram-negative bloodstream infections: antibiotic resistance and predictors of mortality. J Hosp Infect. 2016;94(4):381-5. [CrossRef]
- 23. Josa DF, Bustos G, Torres IC, Esparza S G. [Evaluation of three screening methods for detection of carbapenemase-producing Enterobacteriaceae in rectal swabs]. Rev Chilena Infectol. 2018;35(3):253-61. Spanish. [CrossRef]
| APA | Özmen C, Şimşek-Yavuz S, basaran s, ÇAGATAY A, OZSUT H, Eraksoy H (2022). Karbapeneme Dirençli Enterobacteriaceae Dışkı Kolonizasyonunun Belirlenmesinde Klasik Yöntemler ve Kromojen Agar Testinin Karşılaştırılması. , 171 - 178. 10.36519/kd.2022.4144 |
| Chicago | Özmen Cumhur,Şimşek-Yavuz Serap,basaran seniha,ÇAGATAY ARIF ATAHAN,OZSUT HALIT,Eraksoy Haluk Karbapeneme Dirençli Enterobacteriaceae Dışkı Kolonizasyonunun Belirlenmesinde Klasik Yöntemler ve Kromojen Agar Testinin Karşılaştırılması. (2022): 171 - 178. 10.36519/kd.2022.4144 |
| MLA | Özmen Cumhur,Şimşek-Yavuz Serap,basaran seniha,ÇAGATAY ARIF ATAHAN,OZSUT HALIT,Eraksoy Haluk Karbapeneme Dirençli Enterobacteriaceae Dışkı Kolonizasyonunun Belirlenmesinde Klasik Yöntemler ve Kromojen Agar Testinin Karşılaştırılması. , 2022, ss.171 - 178. 10.36519/kd.2022.4144 |
| AMA | Özmen C,Şimşek-Yavuz S,basaran s,ÇAGATAY A,OZSUT H,Eraksoy H Karbapeneme Dirençli Enterobacteriaceae Dışkı Kolonizasyonunun Belirlenmesinde Klasik Yöntemler ve Kromojen Agar Testinin Karşılaştırılması. . 2022; 171 - 178. 10.36519/kd.2022.4144 |
| Vancouver | Özmen C,Şimşek-Yavuz S,basaran s,ÇAGATAY A,OZSUT H,Eraksoy H Karbapeneme Dirençli Enterobacteriaceae Dışkı Kolonizasyonunun Belirlenmesinde Klasik Yöntemler ve Kromojen Agar Testinin Karşılaştırılması. . 2022; 171 - 178. 10.36519/kd.2022.4144 |
| IEEE | Özmen C,Şimşek-Yavuz S,basaran s,ÇAGATAY A,OZSUT H,Eraksoy H "Karbapeneme Dirençli Enterobacteriaceae Dışkı Kolonizasyonunun Belirlenmesinde Klasik Yöntemler ve Kromojen Agar Testinin Karşılaştırılması." , ss.171 - 178, 2022. 10.36519/kd.2022.4144 |
| ISNAD | Özmen, Cumhur vd. "Karbapeneme Dirençli Enterobacteriaceae Dışkı Kolonizasyonunun Belirlenmesinde Klasik Yöntemler ve Kromojen Agar Testinin Karşılaştırılması". (2022), 171-178. https://doi.org/10.36519/kd.2022.4144 |
| APA | Özmen C, Şimşek-Yavuz S, basaran s, ÇAGATAY A, OZSUT H, Eraksoy H (2022). Karbapeneme Dirençli Enterobacteriaceae Dışkı Kolonizasyonunun Belirlenmesinde Klasik Yöntemler ve Kromojen Agar Testinin Karşılaştırılması. Klimik Dergisi, 35(3), 171 - 178. 10.36519/kd.2022.4144 |
| Chicago | Özmen Cumhur,Şimşek-Yavuz Serap,basaran seniha,ÇAGATAY ARIF ATAHAN,OZSUT HALIT,Eraksoy Haluk Karbapeneme Dirençli Enterobacteriaceae Dışkı Kolonizasyonunun Belirlenmesinde Klasik Yöntemler ve Kromojen Agar Testinin Karşılaştırılması. Klimik Dergisi 35, no.3 (2022): 171 - 178. 10.36519/kd.2022.4144 |
| MLA | Özmen Cumhur,Şimşek-Yavuz Serap,basaran seniha,ÇAGATAY ARIF ATAHAN,OZSUT HALIT,Eraksoy Haluk Karbapeneme Dirençli Enterobacteriaceae Dışkı Kolonizasyonunun Belirlenmesinde Klasik Yöntemler ve Kromojen Agar Testinin Karşılaştırılması. Klimik Dergisi, vol.35, no.3, 2022, ss.171 - 178. 10.36519/kd.2022.4144 |
| AMA | Özmen C,Şimşek-Yavuz S,basaran s,ÇAGATAY A,OZSUT H,Eraksoy H Karbapeneme Dirençli Enterobacteriaceae Dışkı Kolonizasyonunun Belirlenmesinde Klasik Yöntemler ve Kromojen Agar Testinin Karşılaştırılması. Klimik Dergisi. 2022; 35(3): 171 - 178. 10.36519/kd.2022.4144 |
| Vancouver | Özmen C,Şimşek-Yavuz S,basaran s,ÇAGATAY A,OZSUT H,Eraksoy H Karbapeneme Dirençli Enterobacteriaceae Dışkı Kolonizasyonunun Belirlenmesinde Klasik Yöntemler ve Kromojen Agar Testinin Karşılaştırılması. Klimik Dergisi. 2022; 35(3): 171 - 178. 10.36519/kd.2022.4144 |
| IEEE | Özmen C,Şimşek-Yavuz S,basaran s,ÇAGATAY A,OZSUT H,Eraksoy H "Karbapeneme Dirençli Enterobacteriaceae Dışkı Kolonizasyonunun Belirlenmesinde Klasik Yöntemler ve Kromojen Agar Testinin Karşılaştırılması." Klimik Dergisi, 35, ss.171 - 178, 2022. 10.36519/kd.2022.4144 |
| ISNAD | Özmen, Cumhur vd. "Karbapeneme Dirençli Enterobacteriaceae Dışkı Kolonizasyonunun Belirlenmesinde Klasik Yöntemler ve Kromojen Agar Testinin Karşılaştırılması". Klimik Dergisi 35/3 (2022), 171-178. https://doi.org/10.36519/kd.2022.4144 |
