Boğmaca Tanısında IS481 Genini Hedefleyen İki Ticari Kitin Performansının Değerlendirilmesi

YAZISIZ, HATİCE; Ozhak, Betil; KOYUNCU OZYURT, OZLEM; Ogunc, Dilara; Ongut, Gozde; KUSKUCU, MERT AHMET; undefined, aydan karagül; Midilli, Kenan; Sağlık, İmran

doi:10.54453/TMCD.2023.49403

Boğmaca Tanısında IS481 Genini Hedefleyen İki Ticari Kitin Performansının Değerlendirilmesi

Hatice YAZISIZ, (Akdeniz Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Antalya, Türkiye)

Karagül, Aydan, (Sağlık Bilimleri Üniversitesi, Antalya Eğitim ve Araştırma Hastanesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Kliniği, Antalya, Türkiye)

Özlem KOYUNCU ÖZYURT, (Akdeniz Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Antalya, Türkiye)

Betil ÖZHAK, (Akdeniz Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Antalya, Türkiye)

Kenan MİDİLLİ, (stanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa, Cerrahpaşa Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, İstanbul, Türkiye)

İMRAN SAĞLIK, (ursa Uludağ Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Bursa, Türkiye)

Gözde ÖNGÜT, (Akdeniz Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Antalya, Türkiye)

Mert Ahmet KUŞKUCU, (stanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa, Cerrahpaşa Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, İstanbul, Türkiye)

Dilara ÖĞÜNÇ (Akdeniz Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Antalya, Türkiye)

Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti Dergisi

7 1

Yıl: 2023 Cilt: 53 Sayı: 2 Sayfa Aralığı: 99 - 106 Metin Dili: Türkçe DOI: 10.54453/TMCD.2023.49403 İndeks Tarihi: 07-06-2023

Boğmaca Tanısında IS481 Genini Hedefleyen İki Ticari Kitin Performansının Değerlendirilmesi

Öz:

Amaç: Boğmaca karakteristik öksürük ile ayırt edilen oldukça bulaşıcı akut solunum yolu hastalığıdır. Vakaların çoğunda Bordetella pertussis etkendir. Kültür, antijen saptama, polimeraz zincir reaksiyonu ve serolojik yöntemler tanıda kullanılmaktadır. Bu çalışmanın amacı boğmaca teşhisi için IS481 genini hedefleyen iki ticari polimeraz zincir reaksiyonu testinin performansını değerlendirmekti. Yöntem: Bu çalışmaya klinik olarak pertussis düşünülen 77 hastanın nazofaringeal aspirat örneği alındı. Numuneler uygun besiyerlerine ekildi. Bordetella pertussis tespiti için örnekler üç farklı polimeraz zincir reaksiyonu testi ile değerlendirildi: Diagenode Bordetella pertussis ve parapertussis gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu kiti (Diagenode Diagnostics, Liège, Belçika), BORDETELLA R-gene™ kiti (Argene, Verniolle, Fransa) ve konvansiyonel polimeraz zincir reaksiyonu testi. Gerçek pozitif ve gerçek negatif sonuçlar ile iki gerçek zamanlı polimeraz zincir sonuçları karşılaştırıldı. Bulgular: Çalışmaya katılanların yaşları 10-50 arasında (Ortalama yaş 26.5±9.2 yıl) değişmekteydi. Boğmacalı hastalarda paroksismal öksürük ve kusma sıklığı istatistiksel olarak daha yüksekti. Bordetella pertussis kültürü üç örnekte (%3.9) pozitifti. BORDETELLA R-gene™ kitinin pozitif yüzde uyumu ve negatif yüzde uyumu sırasıyla %100 ve %97 idi. Diagenode Bordetella pertussis ve parapertussis gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu kitinin pozitif yüzde uyumu ve negatif yüzde uyumu sırasıyla %91 ve %100 olarak hesaplandı. Sonuç: Her iki gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu ticari kitinin Bordetella pertussis tanısında duyarlılığı ve özgüllüğü literatürde bildirilen oranlarla benzerdir. Testler arasındaki uyum ve korelasyon katsayısı da yüksektir.

Anahtar Kelime:

Evaluation of the Performance of Two Commercial Kits Targeting the IS481 Gene in Pertussis Diagnosis

Öz:

Objective: Pertussis is a highly contagious acute respiratory disease distinguished by its characteristic cough. Bordetella pertussis is the causative agent in most of the cases. Culture, antigen detection, polymerase chain reaction and serological methods are used in diagnosis. The aim of this study was to evaluate the performance of two commercial polymerase chain reaction tests targeting the IS481 gene for the diagnosis of pertussis. Methods: Nasopharyngeal aspirate samples of 77 patients with clinically suspected pertussis were included in this study. The samples were cultivated in appropriate media and assessed with three different polymerase chain reaction tests for the detection of Bordetella pertussis: Diagenode Bordetella pertussis and parapertussis real-time polymerase chain reaction kit (Diagenode Diagnostics, Liège, Belgium), BORDETELLA R-gene™ kit (Argene, Verniolle, France) and conventional polymerase chain reaction test. The true positive and true negative results were compared with the results of two real-time polymerase chain reaction. Results: The ages of the study participants ranged from 10-50 years (Mean age 26.5±9.2 years). The frequencies of paroxysmal cough and vomiting were statistically higher in patients with pertussis. Bordetella pertussis culture were positive in three (3.9%) samples. The positive and negative percent agreements of BORDETELLA R-gene™ kit were 100% and 97%, respectively. The positive and negative percent agreements of Diagenode Bordetella pertussis and parapertussis real-time polymerase chain reaction kits were calculated as 91% and 100%, respectively. Conclusion: The sensitivity and specificity of both real-time polymerase chain reaction commercial kits in the diagnosis of Bordetella pertussis are similar to the rates reported in the literature. The agreement and correlation coefficient between the tests are also high.

Anahtar Kelime:

Belge Türü: Makale Makale Türü: Araştırma Makalesi Erişim Türü: Erişime Açık

1. Nieves DJ, Heininger U. Bordetella pertussis. Microbiol Spectr. 2016;4(3). https://doi.org/10.1128/microbiolspec.EI10-0008- 2015
2. Long SS. Pertussis. Behrman RE, Kliegman RM, Jenson HB, editors. Nelson Textbook of Pediatrics. 17th ed. Philadelphia: Saunders Company; 2004:908-12.
3. World Health Organization. [https://www.who.int/ health-topics/pertussis#tab=tab_1] (Erişim tarihi: Haziran 2022).
4. T.C. Sağlık Bakanlığı. Boğmaca hastalığının kontrolü için saha rehberi. Ankara: 2003. [https://denizliism.saglik. gov.tr/Eklenti/9563/0/bogmaca-saha-rehberipdf.pdf] (Erişim tarihi: Haziran 2022).
5. Kilgore PE, Coenye T. Bordetella and Related Genera. In: Carroll KC, Pfaller MA, Landry ML, McAdam AJ, Patel R, Richter SS, Warnock DW, editors. Manuel of Clinical Microbiology. 12th ed. Washington, DC: ASM Press; 2019:858-70.
6. Daniels HL, Sabella C. Bordetella pertussis (Pertussis). Pediatr Rev. 2018;39(5):247-57. https://doi.org/10.1542/pir.2017-0229
7. van der Zee A, Schellekens JF, Mooi FR. Laboratory diagnosis of pertussis. Clin Microbiol Rev. 2015; 28(4):1005-26. https://doi.org/10.1128/CMR.00031-15
8. Leber AL, Salamon DP, Prince HE. Pertussis diagnosis in the 21st Century: Progress and pitfalls, Part II. Clin Microbiol Newslett. 2011;33:119-26. https://doi.org/10.1016/j.clinmicnews.2011.07.005
9. Matthews RC, Golbang N, Bruck WM, et al. Semiquantitative polymerase chain reaction enzyme immunoassay for the diagnosis of pertussis. Eur J Clin Microbiol Infect Dis. 1999;18(10):748-50. https://doi.org/10.1007/s100960050392
10. U.S. Food and Drug Administration. Statistical guidance on reporting results from studies evaluating diagnostic tests - guidance for industry and FDA staff. [https://www.fda.gov/regulatory-information/ search-fda-guidance-documents/statistical-guidance- reporting-results-studies-evaluating-diagnostic-tests- guidance-industry-and-fda] (Erişim tarihi: Haziran 2022).
11. Dragsted DM, Dohn B, Madsen J, Jensen JS. Comparison of culture and PCR for detection of Bordetella pertussis and Bordetella parapertussis under routine laboratory conditions. J Med Microbiol. 2004; 53(Pt 8):749-54. https://doi.org/10.1099/jmm.0.45585-0
12. Templeton KE, Scheltinga SA, van der Zee A, et al. Evaluation of real-time PCR for detection of and discrimination between Bordetella pertussis, Bordetella parapertussis, and Bordetella holmesii for clinical diagnosis. J Clin Microbiol. 2003;41(9):4121-6. Erratum in: J Clin Microbiol. 2004;42(4):1860. https://doi.org/10.1128/JCM.41.9.4121-4126.2003
13. Tilley PA, Kanchana MV, Knight I, Blondeau J, Antonishyn N, Deneer H. Detection of Bordetella pertussis in a clinical laboratory by culture, polymerase chain reaction, and direct fluorescent antibody staining; accuracy, and cost. Diagn Microbiol Infect Dis. 2000;37(1):17-23. https://doi.org/10.1016/s0732-8893(00)00117-6
14. Sloan LM, Hopkins MK, Mitchell PS, et al. Multiplex LightCycler PCR assay for detection and differentiation of Bordetella pertussis and Bordetella parapertussis in nasopharyngeal specimens. J Clin Microbiol. 2002;40(1):96-100. https://doi.org/10.1128/JCM.40.1.96-100.2002
15. Chow SK, Arbefeville S, Boyanton BL Jr, et al. Multicenter performance evaluation of the Simplexa Bordetella Direct Kit in nasopharyngeal swab specimens. J Clin Microbiol. 2020;59(1):e01041-20. https://doi.org/10.1128/JCM.01041-20
16. Kenicer J, Hardie A, Hamilton F, Gadsby N, Templeton K. Comparative evaluation of the Diagenode multiplex PCR assay on the BD max system versus a routine in- house assay for detection of Bordetella pertussis. J Clin Microbiol. 2014;52(7):2668-70. https://doi.org/10.1128/JCM.00212-14
17. Karagul A, Ogunc D, Midilli K, et al. Epidemiology of pertussis in adolescents and adults in Turkey. Epidemiol Infect. 2015;143(12):2613-8. https://doi.org/10.1017/S0950268814003483
18. Tatti KM, Wu KH, Tondella ML, et al. Development and evaluation of dual-target real-time polymerase chain reaction assays to detect Bordetella spp. Diagn Microbiol Infect Dis. 2008;61(3):264-72. https://doi.org/10.1016/j.diagmicrobio.2008.02.017
19. Özbek ÖA, Öktem İMA, Hekimoğlu CH, et al. Hücre içermeyen boğmaca aşı uygulamasının altıncı yılında Türkiye’nin Manisa ilindeki pertussis toksin antikoru seroprevalansı. Mikrobiyol Bul. 2018;52(2):180-9. https://doi.org/10.5578/mb.57534
20. Öksüz L, Hançerli S, Somer A, Salman N, Gürler N. Pertussis in children in the İstanbul Faculty of Medicine: results for four years. Turk J Pediatr. 2014;56(6):632-7.
21. Tamburacı Uslu ZD, Ceyhan M, Dinleyici EÇ, et al. Detection of the presence of Bordetella pertussis by real-time polymerase chain reaction in children diagnosed with pertussis and among their household contacts. J Vaccines Vaccin. 2013:4;6 https://doi.org/10.4172/2157-7560.1000199
22. Gökçe Ş, Kurugöl Z, Aydemir Ş, Çiçek C, Aslan A, Koturoğlu G. Bordetella pertussis infection in hospitalized infants with acute bronchiolitis. Indian J Pediatr. 2018;85(3):189-93. https://doi.org/10.1007/s12098-017-2480-4

APA	YAZISIZ H, a, KOYUNCU OZYURT O, Ozhak B, Midilli K, Sağlık İ, Ongut G, KUSKUCU M, Ogunc D (2023). Boğmaca Tanısında IS481 Genini Hedefleyen İki Ticari Kitin Performansının Değerlendirilmesi. , 99 - 106. 10.54453/TMCD.2023.49403
Chicago	YAZISIZ HATİCE, aydan karagül,KOYUNCU OZYURT OZLEM,Ozhak Betil,Midilli Kenan,Sağlık İmran,Ongut Gozde,KUSKUCU MERT AHMET,Ogunc Dilara Boğmaca Tanısında IS481 Genini Hedefleyen İki Ticari Kitin Performansının Değerlendirilmesi. (2023): 99 - 106. 10.54453/TMCD.2023.49403
MLA	YAZISIZ HATİCE, aydan karagül,KOYUNCU OZYURT OZLEM,Ozhak Betil,Midilli Kenan,Sağlık İmran,Ongut Gozde,KUSKUCU MERT AHMET,Ogunc Dilara Boğmaca Tanısında IS481 Genini Hedefleyen İki Ticari Kitin Performansının Değerlendirilmesi. , 2023, ss.99 - 106. 10.54453/TMCD.2023.49403
AMA	YAZISIZ H, a,KOYUNCU OZYURT O,Ozhak B,Midilli K,Sağlık İ,Ongut G,KUSKUCU M,Ogunc D Boğmaca Tanısında IS481 Genini Hedefleyen İki Ticari Kitin Performansının Değerlendirilmesi. . 2023; 99 - 106. 10.54453/TMCD.2023.49403
Vancouver	YAZISIZ H, a,KOYUNCU OZYURT O,Ozhak B,Midilli K,Sağlık İ,Ongut G,KUSKUCU M,Ogunc D Boğmaca Tanısında IS481 Genini Hedefleyen İki Ticari Kitin Performansının Değerlendirilmesi. . 2023; 99 - 106. 10.54453/TMCD.2023.49403
IEEE	YAZISIZ H, a,KOYUNCU OZYURT O,Ozhak B,Midilli K,Sağlık İ,Ongut G,KUSKUCU M,Ogunc D "Boğmaca Tanısında IS481 Genini Hedefleyen İki Ticari Kitin Performansının Değerlendirilmesi." , ss.99 - 106, 2023. 10.54453/TMCD.2023.49403
ISNAD	YAZISIZ, HATİCE vd. "Boğmaca Tanısında IS481 Genini Hedefleyen İki Ticari Kitin Performansının Değerlendirilmesi". (2023), 99-106. https://doi.org/10.54453/TMCD.2023.49403

APA	YAZISIZ H, a, KOYUNCU OZYURT O, Ozhak B, Midilli K, Sağlık İ, Ongut G, KUSKUCU M, Ogunc D (2023). Boğmaca Tanısında IS481 Genini Hedefleyen İki Ticari Kitin Performansının Değerlendirilmesi. Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti Dergisi, 53(2), 99 - 106. 10.54453/TMCD.2023.49403
Chicago	YAZISIZ HATİCE, aydan karagül,KOYUNCU OZYURT OZLEM,Ozhak Betil,Midilli Kenan,Sağlık İmran,Ongut Gozde,KUSKUCU MERT AHMET,Ogunc Dilara Boğmaca Tanısında IS481 Genini Hedefleyen İki Ticari Kitin Performansının Değerlendirilmesi. Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti Dergisi 53, no.2 (2023): 99 - 106. 10.54453/TMCD.2023.49403
MLA	YAZISIZ HATİCE, aydan karagül,KOYUNCU OZYURT OZLEM,Ozhak Betil,Midilli Kenan,Sağlık İmran,Ongut Gozde,KUSKUCU MERT AHMET,Ogunc Dilara Boğmaca Tanısında IS481 Genini Hedefleyen İki Ticari Kitin Performansının Değerlendirilmesi. Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti Dergisi, vol.53, no.2, 2023, ss.99 - 106. 10.54453/TMCD.2023.49403
AMA	YAZISIZ H, a,KOYUNCU OZYURT O,Ozhak B,Midilli K,Sağlık İ,Ongut G,KUSKUCU M,Ogunc D Boğmaca Tanısında IS481 Genini Hedefleyen İki Ticari Kitin Performansının Değerlendirilmesi. Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti Dergisi. 2023; 53(2): 99 - 106. 10.54453/TMCD.2023.49403
Vancouver	YAZISIZ H, a,KOYUNCU OZYURT O,Ozhak B,Midilli K,Sağlık İ,Ongut G,KUSKUCU M,Ogunc D Boğmaca Tanısında IS481 Genini Hedefleyen İki Ticari Kitin Performansının Değerlendirilmesi. Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti Dergisi. 2023; 53(2): 99 - 106. 10.54453/TMCD.2023.49403
IEEE	YAZISIZ H, a,KOYUNCU OZYURT O,Ozhak B,Midilli K,Sağlık İ,Ongut G,KUSKUCU M,Ogunc D "Boğmaca Tanısında IS481 Genini Hedefleyen İki Ticari Kitin Performansının Değerlendirilmesi." Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti Dergisi, 53, ss.99 - 106, 2023. 10.54453/TMCD.2023.49403
ISNAD	YAZISIZ, HATİCE vd. "Boğmaca Tanısında IS481 Genini Hedefleyen İki Ticari Kitin Performansının Değerlendirilmesi". Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti Dergisi 53/2 (2023), 99-106. https://doi.org/10.54453/TMCD.2023.49403