Beş yaş altı çocuklarda Gastroenterite neden olan yedi farklı RNA virusunun araştırılması

AKHTER, Shamim; TÜREGÜN, Buse; GERÇEKER, DEVRAN; KIYAN, Mehmet; Sahin, Fikret; Güriz, Haluk

Beş yaş altı çocuklarda Gastroenterite neden olan yedi farklı RNA virusunun araştırılması

Shamim AKHTER, (Ankara Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Ankara, Türkiye)

Buse TÜREGÜN, (Ankara Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Ankara, Türkiye)

Mehmet KIYAN, (Ankara Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Ankara, Türkiye)

Devran GERÇEKER, (Ankara Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Ankara, Türkiye)

Haluk GÜRİZ, (Ankara Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Cebeci Mikrobiyoloji Laboratuvarı, Ankara, Türkiye)

Fikret ŞAHİN (Ankara Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Ankara, Türkiye)

Mikrobiyoloji Bülteni

3 0

Yıl: 2014 Cilt: 48 Sayı: 2 Sayfa Aralığı: 233 - 241 Metin Dili: Türkçe İndeks Tarihi: 29-07-2022

Beş yaş altı çocuklarda Gastroenterite neden olan yedi farklı RNA virusunun araştırılması

Öz:

Küçük çocuklarda ortaya çıkan gastroenteritlerde en sık rastlanılan etkenlerin viruslar olduğu bilinmektedir. Viral gastroenteritlerin klasik etkenleri olan rotavirus, norovirus, adenovirus tip 40/41, astrovirus ve sapovirus gibi virusların yanı sıra son yıllarda moleküler yöntemlerdeki gelişmelere bağlı olarak yeni tanımlanan bazı pikornavirusların (Aichi virus, parechovirus, enterovirus) da gastroenterit ile ilişkili olabileceği ileri sürülmektedir. Ancak bu virusların direkt olarak gastroenterite neden olup olmadıkları ve hastalıktaki rolleri ile ilgili yeterince veri mevcut değildir. Bu çalışmada, ishalli çocukların dışkı örneklerinde rotavirus, norovirus, sapovirus, astrovirus, Aichi virus, parechovirus ve enterovirus varlığının ters- transkriptaz polimeraz zincir reaksiyonu (RT-PCR) ile araştırılması amaçlanmıştır. Çalışmaya, Haziran-Aralık 2012 tarihleri arasında ishal şikayeti ile hastanemize başvuran, rutin bakteriyolojik ve parazitolojik incelemelerinde patojen etken saptanmayan, 5 yaş altındaki 50 çocuk olguya ait dışkı örneği dahil edilmiştir. Örneklerden RNA ekstraksiyonu yapıldıktan sonra, ters transkripsiyon ile elde edilen cDNA’larla öncelikle internal kontrol (İK) ekspresyon analizleri gerçekleştirilmiş ve 31 örnekte (%62) İK pozitif olarak bulun- muştur. Bu örneklere daha sonra rotavirus grup A ve C, norovirus (NoV) genogrup GI ve GII, sapovirus, astrovirus, Aichi virus, parechovirus ve enterovirus için özgül primer çiftleri kullanılarak PCR yöntemi uygulanmıştır. Öngörülen büyüklükte elde edilen PCR ürünleri, pBSK vektörüne klonlandıktan sonra dizi analizleri yapılmış ve BLAST programı kullanılarak GenBank veritabanında bulunan ilgili virusların genomlarıyla karşılaştırılarak viruslar tanımlanmıştır. Çalışmada, İK pozitif 31 örneğin 12 (%38.7)’sinde pozitiflik tespit edilmiş; bu örneklerin 6 (%19.3)’sında NoV GII, 2 (%6.5)’sinde NoV GI, 2 (%6.5)’sinde rotavirus grup A, 1 (%3.2)’inde astrovirus ve 1 (%3.2)’inde sapovirus RNA’larının varlığı belirlenmiştir. Çalışılan toplam örnek sayısı dikkate alındığında; en sık rastlanılan etkenin noroviruslar (8/50, %16) olduğu, bunu rotavirus (2/50, %4), astrovirus (1/50, %2) ve sapovirusun (1/50, %2) izlediği saptanmıştır. Sonuç olarak, gastroenterit etkeni RNA viruslarının moleküler epidemiyolojik araştırmalarında, çalışmamızda kullandığımız primerlerle yapılacak RT-PCR yönteminin etkin bir şekilde sonuç verdiği izlenmiş; farklı bölgelerimizde daha uzun zaman sürecinde ve daha fazla olgu sayısı ile yapılacak olan çalışmaların, bu virusların ülkemizdeki gerçek epidemiyolojilerini göstermesi açısından önemli olacağı kanısına varılmıştır.

Anahtar Kelime:

Konular: Biyoloji

Investigation of seven different RNA viruses associated with Gastroenteritis in children under five years old

Öz:

Viruses are the most frequently detected etiologic agents of gastroenteritis seen in small children. In addition to classical gastroenteritis viruses namely rotavirus, norovirus, adenovirus type 40/41, astrovirus and sapovirus, some novel picornaviruses (Aichi virus, parechovirus, enterovirus) that have been identi- fied in parallel to the developments in molecular diagnostic methods, thought to be associated with diarrhea in humans. However, the data are not enough to prove their actual roles in the pathogenesis of gastroenteritis. The aim of this study was to investigate the presence of rotavirus, norovirus, sapovirus, astrovirus, Aichi virus, parechovirus and enterovirus in the stool samples of children with diarrhoea by reverse-transcriptase polymerase chain reaction (RT-PCR). A total of 50 samples from children admitted to our hospital with diarrhoea between June-December 2012 were included in the study. All the patients were under 5 years of age. Routine bacteriological and parasitological examinations of the patients’ stool samples were negative. Total RNAs were extracted from each of the samples and cDNAs were obtained by reverse transcription. All cDNAs were investigated first with the internal control (IC) using PCR. Thirty-one of the 50 cDNAs (62%) were found IC positive. Those 31 samples were further investigated in terms of rotavirus group A and C, norovirus (NoV) genogroup GI and GII, sapovirus, astrovirus, Aichi virus, parechovirus and enterovirus by PCR using specific primer pairs. The predicted sized PCR products obtained were cloned into the pBSK cloning vector and were sequenced. Sequences obtained were subjected to a BLAST search with registered sequences in the GenBank database for the confirmation of the PCR product. Out of 31 RNA positive stool specimens, 12 (38.7%) were found positive for five types of the target viruses. NoV GII (6/31, 19.3%) were detected as the most prevalent virus, followed by NoV GI (2/31, 6.5%), rotavirus group A (2/31, 6.5%), astrovirus (1/31, 3.2%) and sapovirus (1/31, 3.2%). The results of this study revealed that the most frequently detected agents were noroviruses (8/50, 16%) followed by rotavirus (2/50, 4%), astrovirus (1/50, 2%) and sapovirus (1/50, 2%). It was concluded that RT-PCR performed with the primers used in this study could be applied effectively for the molecular epidemiological analysis of RNA viruses leading to gastroenteritis. Larger scale studies conducted in different areas for longer time periods and with a larger population size will provide data for the epidemiological properties of agents of viral gastroenteritis.

Anahtar Kelime:

Konular: Biyoloji

Belge Türü: Makale Makale Türü: Araştırma Makalesi Erişim Türü: Bibliyografik

1. Wilhelmi I, Roman E, Sánchez-Fauquier A. Viruses causing gastroenteritis. Clin Microbiol Infect 2003; 9(4): 247-62.
2. Clark B, McKendrick M. A review of viral gastroenteritis. Curr Opin Infect Dis 2004; 17(5): 461-9.
3. Harvala H, Simmonds P. Human parechoviruses: biology, epidemiology and clinical significance. J Clin Virol 2009; 45(1): 1-9.
4. Reuter G, Boros A, Pankovics P. Kobuviruses - a comprehensive review. Rev Med Virol 2011; 21(1): 32-41.
5. Nielsen AC, Gyhrs ML, Nielsen LP, et al. Gastroenteritis and the novel picornaviruses aichi virus, cosavirus, saffold virus, and salivirus in young children. J Clin Virol 2013; 57(3): 239-42.
6. Hoa Tran TN, Trainor E, Nakagomi T, Cunliffe NA, Nakagomi O. Molecular epidemiology of noroviruses as- sociated with acute sporadic gastroenteritis in children: global distribution of genogroups, genotypes and GII.4 variants. J Clin Virol 2013; 56(3): 185-93.
7. Tran A, Talmud D, Lejeune B, et al. Prevalence of rotavirus, adenovirus, norovirus, and astrovirus infections and coinfections among hospitalized children in northern France. J Clin Microbiol 2010; 48(5): 1943-6.
8. Logan C, O’Leary JJ, O’Sullivan N. Real-time reverse transcription PCR detection of norovirus, sapovirus and astrovirus as causative agents of acute viral gastroenteritis. J Virol Methods 2007; 146(1-2): 36-44.
9. Khamrin P, Okame M, Thongprachum A, et al. A single-tube multiplex PCR for rapid detection in feces of 10 viruses causing diarrhea. J Virol Methods 2011; 173(2): 390-3.
10. Wolffs PF, Bruggeman CA, van Well GT, van Loo IH. Replacing traditional diagnostics of fecal viral pathogens by a comprehensive panel of real-time PCRs. J Clin Microbiol 2011; 49(5): 1926-31.
11. Boom R, Sol CJ, Salimans MM, Jansen CL, Wertheim-van Dillen PM, van der Noordaa J. Rapid and simple method for purification of nucleic acids. J Clin Microbiol 1990; 28(3): 495-503.
12. Yan H, Yagyu F, Okitsu S, Nishio O, Ushijima H. Detection of norovirus (GI, GII), Sapovirus and astrovirus in fecal samples using reverse transcription single-round multiplex PCR. J Virol Methods 2003; 114(1): 37-44.
13. Yan H, Nguyen TA, Phan TG, Okitsu S, Li Y, Ushijima H. Development of RT-multiplex PCR assay for de- tection of adenovirus and group A and C rotaviruses in diarrheal fecal specimens from children in China. Kansenshogaku Zasshi 2004; 78(8): 699-709.
14. Pham NT, Trinh QD, Chan-It W, et al. A novel RT-multiplex PCR for detection of Aichi virus, human parecho- virus, enteroviruses, and human bocavirus among infants and children with acute gastroenteritis. J Virol Methods 2010; 169(1): 193-7.
15. Musich PR, Chu W. A hot alkaline plasmid DNA miniprep method for automated DNA sequencing proto- cols. Biotechniques 1993; 14(6): 958-60.
16. Vuran E, Karaarslan A, Karasartova D, Turegun B, Sahin F. Identification of malassezia species from pityriasis versicolor lesions with a new multiplex PCR method. Mycopathologia 2014; 177(1-2): 41-9.
17. Dennis AF, McDonald SM, Payne DC, et al. Molecular epidemiology of contemporary G2P[4] human rotaviruses co-circulating in a single U.S. community: Footprints of a globally transitioning genotype. J Virol 2014; 88(7): 3789-801.
18. Kindler E, Trojnar E, Heckel G, Otto PH, Johne R. Analysis of rotavirus species diversity and evolution includ- ing the newly determined full-length genome sequences of rotavirus F and G. Infect Genet Evol 2013; 14: 58-67.
19. Fankhauser RL, Monroe SS, Noel JS, et al. Epidemiologic and molecular trends of “Norwalk-like viruses” associated with outbreaks of gastroenteritis in the United States. J Infect Dis 2002; 186(1): 1-7.
20. Jakab F, Walter JE, Berke T, Matson DO, Mitchell DK, Szucs G. Molecular characterization and sequence analysis of human astroviruses circulating in Hungary. FEMS Immunol Med Microbiol 2003; 39(2): 97-102.
21. Gül M, Garipardıç M, Çıragil P, Aral M, Karabiber H, Güler İ. 0-5 yaş arası gastroenteritli çocuklarda rotavirüs ve adenovirüs tip 40/41 araştırılması. Ankem Derg 2005; 19(2): 64-7.
22. Ozdemir S, Delialioglu N, Emekdas G. Investigation of rotavirus, adenovirus and astrovirus frequencies in children with acute gastroenteritis and evaluation of epidemiological features. Mikrobiyol Bul 2010; 44(4): 571-8.
23. Tapisiz A, Karahan ZC, Çiftçi E, İnce E, Doğru Ü. Changing patterns of rotavirus genotypes in Turkey. Curr Microbiol 2011; 63(6): 517-22.
24. Meral M, Bozdayı G, Ozkan S, Dalgıç B, Alp G, Ahmed K. Rotavirus prevalence in children with acute gastroenteritis and the distribution of serotypes and electropherotypes. Mikrobiyol Bul 2011; 45(1): 104-12.
25. Akan H, Izbırak G, Gürol Y, et al. Rotavirus and adenovirus frequency among patients with acute gastroenteritis and their relationship to clinical parameters: a retrospective study in Turkey. Asia Pac Fam Med 2009; 8(1) :8.
26. Ceyhan M, Alhan E, Salman N, et al. Multicenter prospective study on the burden of rotavirus gastroenteritis in Turkey, 2005-2006: a hospital-based study. J Infect Dis 2009; 200 (Suppl 1): S234-8.
27. Cataloluk O, Iturriza M, Gray J. Molecular characterization of rotaviruses circulating in the population in Turkey. Epidemiol Infect 2005; 133(4): 673-8.
28. Karadag A, Acikgoz ZC, Avci Z, et al. Childhood diarrhoea in Ankara, Turkey: epidemiological and clinical features of rotavirus-positive versus rotavirus-negative cases. Scand J Infect Dis.2005; 37(4): 269-75.
29. Uyar Y, Carhan A, Ozkaya E, Ertek M. Evaluation of laboratory diagnosis of the first norovirus outbreak in Turkey in 2008. Mikrobiyol Bul 2008; 42(4): 607-15.
30. Bitler EJ, Matthews JE, Dickey BW, Eisenberg JN, Leon JS. Norovirus outbreaks: a systematic review of commonly implicated transmission routes and vehicles. Epidemiol Infect 2013; 141(8): 1563-71.
31. Altindis M, Bányai K, Kalayci R, et al. Frequency of norovirus in stool samples from hospitalized children due to acute gastroenteritis in Anatolia, Turkey, 2006-2007. Scand J Infect Dis 2009; 41(9): 685-8.
32. Ozkul AA, Kocazeybek BS, Turan N, et al. Frequency and phylogeny of norovirus in diarrheic children in Istanbul, Turkey. J Clin Virol 2011; 51(3): 160-4.
33. Altay A, Bozdayi G, Meral M, et al. Investigation of norovirus infection incidence among 0-5 years old children with acute gastroenteritis admitted to two different hospitals in Ankara, Turkey. Mikrobiyol Bul 2013; 47(1): 98-108.
34. Mitui MT, Bozdayi G, Ahmed S, Matsumoto T, Nishizono A, Ahmed K. Detection and molecular characterization of diarrhea causing viruses in single and mixed infections in children: A comparative study between Bangladesh and Turkey. J Med Virol 2013 [Epub ahead of print].
35. Cöl D, Biçer S, Ciler Erdağ G, et al. Annual report on norovirus in children with acute gastroenteritis in 2009 and their genotypes in Turkey. Infez Med 2013; 21(4): 261-9.

APA	AKHTER S, TÜREGÜN B, KIYAN M, GERÇEKER D, Güriz H, Sahin F (2014). Beş yaş altı çocuklarda Gastroenterite neden olan yedi farklı RNA virusunun araştırılması. , 233 - 241.
Chicago	AKHTER Shamim,TÜREGÜN Buse,KIYAN Mehmet,GERÇEKER DEVRAN,Güriz Haluk,Sahin Fikret Beş yaş altı çocuklarda Gastroenterite neden olan yedi farklı RNA virusunun araştırılması. (2014): 233 - 241.
MLA	AKHTER Shamim,TÜREGÜN Buse,KIYAN Mehmet,GERÇEKER DEVRAN,Güriz Haluk,Sahin Fikret Beş yaş altı çocuklarda Gastroenterite neden olan yedi farklı RNA virusunun araştırılması. , 2014, ss.233 - 241.
AMA	AKHTER S,TÜREGÜN B,KIYAN M,GERÇEKER D,Güriz H,Sahin F Beş yaş altı çocuklarda Gastroenterite neden olan yedi farklı RNA virusunun araştırılması. . 2014; 233 - 241.
Vancouver	AKHTER S,TÜREGÜN B,KIYAN M,GERÇEKER D,Güriz H,Sahin F Beş yaş altı çocuklarda Gastroenterite neden olan yedi farklı RNA virusunun araştırılması. . 2014; 233 - 241.
IEEE	AKHTER S,TÜREGÜN B,KIYAN M,GERÇEKER D,Güriz H,Sahin F "Beş yaş altı çocuklarda Gastroenterite neden olan yedi farklı RNA virusunun araştırılması." , ss.233 - 241, 2014.
ISNAD	AKHTER, Shamim vd. "Beş yaş altı çocuklarda Gastroenterite neden olan yedi farklı RNA virusunun araştırılması". (2014), 233-241.

APA	AKHTER S, TÜREGÜN B, KIYAN M, GERÇEKER D, Güriz H, Sahin F (2014). Beş yaş altı çocuklarda Gastroenterite neden olan yedi farklı RNA virusunun araştırılması. Mikrobiyoloji Bülteni, 48(2), 233 - 241.
Chicago	AKHTER Shamim,TÜREGÜN Buse,KIYAN Mehmet,GERÇEKER DEVRAN,Güriz Haluk,Sahin Fikret Beş yaş altı çocuklarda Gastroenterite neden olan yedi farklı RNA virusunun araştırılması. Mikrobiyoloji Bülteni 48, no.2 (2014): 233 - 241.
MLA	AKHTER Shamim,TÜREGÜN Buse,KIYAN Mehmet,GERÇEKER DEVRAN,Güriz Haluk,Sahin Fikret Beş yaş altı çocuklarda Gastroenterite neden olan yedi farklı RNA virusunun araştırılması. Mikrobiyoloji Bülteni, vol.48, no.2, 2014, ss.233 - 241.
AMA	AKHTER S,TÜREGÜN B,KIYAN M,GERÇEKER D,Güriz H,Sahin F Beş yaş altı çocuklarda Gastroenterite neden olan yedi farklı RNA virusunun araştırılması. Mikrobiyoloji Bülteni. 2014; 48(2): 233 - 241.
Vancouver	AKHTER S,TÜREGÜN B,KIYAN M,GERÇEKER D,Güriz H,Sahin F Beş yaş altı çocuklarda Gastroenterite neden olan yedi farklı RNA virusunun araştırılması. Mikrobiyoloji Bülteni. 2014; 48(2): 233 - 241.
IEEE	AKHTER S,TÜREGÜN B,KIYAN M,GERÇEKER D,Güriz H,Sahin F "Beş yaş altı çocuklarda Gastroenterite neden olan yedi farklı RNA virusunun araştırılması." Mikrobiyoloji Bülteni, 48, ss.233 - 241, 2014.
ISNAD	AKHTER, Shamim vd. "Beş yaş altı çocuklarda Gastroenterite neden olan yedi farklı RNA virusunun araştırılması". Mikrobiyoloji Bülteni 48/2 (2014), 233-241.