Türkiye'de su kaynaklı aeromonas spp. izolatlarında saptanan ilk qnrs gen pozitifliği

ONUK, ERTAN EMEK; DEVECİ, AYDIN; didinen, behire Isıl; ALTUN, Soner; Coban, Ahmet Yilmaz; ÜNLÜ SÖĞÜT, Mehtap; Ciftci, Alper; TANRIVERDİ ÇAYCI, Yeliz

Türkiye'de su kaynaklı aeromonas spp. izolatlarında saptanan ilk qnrs gen pozitifliği

Ertan Emek ONUK, (Ondokuz Mayıs Üniversitesi, Veterinerlik Fakültesi, Su Ürünleri Hastalıkları Anabilim Dalı, Samsun, Türkiye)

Yeliz TANRIVERDİ ÇAYCI, (Sağlık Bakanlığı, Ankara Meslek Hastalıkları Hastanesi, Mikrobiyoloji Laboratuvarı, Ankara, Türkiye)

Ahmet Yılmaz ÇOBAN, (Ondokuz Mayıs Üniversitesi Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Samsun, Türkiye)

Alper ÇİFTCİ, (Ondokuz Mayıs Üniversitesi, Veterinerlik Fakültesi, Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Samsun, Türkiye)

Behire Işıl DİDİNEN, (Süleyman Demirel Üniversitesi, Eğirdir Su Ürünleri Fakültesi, Isparta, Türkiye)

Soner ALTUN, (Uludağ Üniversitesi, Veterinerlik Fakültesi, Su Ürünleri Hastalıkları Anabilim Dalı, Bursa, Türkiye)

Mehtap ÜNLÜ SÖĞÜT, (Ondokuz Mayıs Üniversitesi, Samsun Sağlık Yüksekokulu, Samsun, Türkiye)

Aydın DEVECİ (Ondokuz Mayıs Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Samsun, Türkiye)

Mikrobiyoloji Bülteni

7 0

Yıl: 2015 Cilt: 49 Sayı: 1 Sayfa Aralığı: 114 - 123 Metin Dili: Türkçe İndeks Tarihi: 29-07-2022

Türkiye'de su kaynaklı aeromonas spp. izolatlarında saptanan ilk qnrs gen pozitifliği

Öz:

Sularda yaygın olarak bulunan Aeromonas türleri, gram-negatif, oksidaz pozitif, fakültatif anaerop bakteriler olup, A.hydrophila, A.sobria ve A.bestiarum türleri hem insanlarda hem de soğukkanlı hay- vanlarda ciddi enfeksiyonlara neden olmaktadır. Tıp ve veterinerlik alanında yaygın olarak kullanılan kinolonların çevresel ortamlarda değişmeden kalabilme özelliği, dirençli mutantların seçiminde önemli rol oynamaktadır. Plazmid aracılı direnç, kinolonlara karşı direncin gelişiminde etkin olan mekanizmalardan biri olup, qnr, qepA, aac(6)-Ib-cr ve oqxAB genleri direnç determinantları olarak tanımlanmıştır. Birçok farklı qnr determinantının, başta Enterobacteriaceae ailesi olmak üzere çeşitli bakterilerde saptanması, bu yapıların doğada bulunabileceğini vurgulamaktadır. Yakın zamanda sudan izole edilmiş Aeromonas spp. izolatlarında plazmid aracılı kinolon direnci tespit edilmiştir. Bu çalışmanın amacı, ülkemizde su kaynaklı Aeromonas suşlarında qnr gen varlığının araştırılmasıdır. Çalışmaya, Türkiyenin üç farklı coğrafi bölgesindeki (Ege, Akdeniz ve Karadeniz) balık ve sulardan izole edilmiş toplam 45 Aeromonas spp. izolatı dahil edilmiştir. İzolatların tür düzeyinde tanımlanması 16S rDNA-RFLP (Restriction fragment length polymorphism) ve multipleks polimeraz zincir reaksiyonu (M-PCR) ile yapılmış ve 20 suş A.sobria, 10 suş A.hydrophilia, 9 suş A.salmonicida, dört suş A.bestiarum ve iki suş A.veronii olarak tanımlanmıştır. Plazmid aracılı kinolon direnç genlerinden qnrA, qnrB, qnrC ve qnrS genlerinin varlığı M-PCR ile araştırılmış; qnr pozitif olarak saptanan dokuz izolata dizi analizi uygulanmıştır. Dizi analizi sonucuna göre, altı A.sobria, iki A.bestiarum ve bir A.hydrophila izolatında (9/45; %20) qnr varlığı tespit edilmiş; bu gen GenBank veri tabanı ile karşılaştırıldığında qnrS2 olarak tanımlanmıştır. Tüm qnrS2 pozitif Aeromonas izolatları sipro- floksasine duyarlı olarak saptanırken, beş izolat nalidik aside dirençli bulunmuştur. Bu çalışma, ülkemizde su kaynaklı Aeromonas türlerinde plazmid aracılı kinolon direncinin araştırıldığı ve qnrS2 varlığının tespit edildiği ilk çalışma olma özelliğini taşımaktadır. Sonuç olarak, su kaynaklı mikroorganizmalardaki farklı direnç genlerinin diğer bakterilere ve klinik izolatlara aktarılmasının, enfeksiyonların tedavisinde potan- siyel bir risk oluşturacağı düşünülmüştür.

Anahtar Kelime:

Konular: Biyoloji

Detection of the first qnrs gene positivity in aquatic aeromonas spp. isolates in Turkey

Öz:

Aeromonas spp. are oxidase positive, gram-negative, facultative anaerobic bacilli that are widely dis- tributed in aquatic environments. A.hydrophila, A.sobria and A.bestiarum may cause severe infections in both human and cold-blooded animals. Environmental persistance of quinolones that are widely used in both human and veterinary medicine plays an important role in the selection of resistant mutants. Plasmid-mediated resistance is one of the main mechanisms involved in quinolone resistance, and qnr, qepA, aac(6 )-Ib-cr, oqxAB genes are identified as resistance determinants. Determination of various types of qnr gene in different bacteria mainly in Enterobacteriaceae, suggests that they are widely distributed in nature. Recently, plasmid-mediated quinolone resistance was defined among Aeromonas species isolated from water. The aim of this study was to investigate the presence of qnr genes among aquatic Aeromonas spp. in Turkey. A total of 45 Aeromonas strains isolated from water and fishes collected from three differ- ent geographical regions (Aegean, Mediterranean and Blacksea) in Turkey, were included in the study. The isolates were identified at species level by the use of 16S rDNA-RFLP (Restriction fragment length polymorphism) analysis and multiplex polymerase chain reaction (M-PCR). Among the isolates, 20 were identified as A.sobria, 10 as A.hydrophila, nine as A.salmonicida, four as A.bestiarum and two as A.veronii. The plasmid-mediated quinolone resistance determinants, qnrA, qnrB, qnrC and qnrS genes, were inves- tigated by M-PCR, and sequence analysis was performed for nine qnr-positive isolates. According to the sequence analysis of the genes, qnr genes were characterized in six A.sobria, in two A.bestiarum and in one A.hydrophila isolate (9/45; 20%). When the sequence was compared with GenBank database, this gene was found as qnrS2. All qnrS-positive Aeromonas spp. isolates were ciprofloxacin-susceptible, while five of them were resistant to nalidixic acid. This study is the first research about the plasmid-mediated quinolone resistance and the presence of qnrS2 genes among Aeromonas spp. isolated from fishes and water in Turkey. In conclusion, various resistance genes of aquatic bacteria may constitute a potential risk for the transmission of those genes to other bacteria as well as clinical isolates.

Anahtar Kelime:

Konular: Biyoloji

Belge Türü: Makale Makale Türü: Araştırma Makalesi Erişim Türü: Bibliyografik

1. Huddleston JR, Zak JC, Jeter RM. Antimicrobial susceptibilities of Aeromonas spp. isolated from environmen- tal sources. Appl Environ Microbiol 2006; 72(11): 7036-42.
2. Kozinska A. Dominant pathogenic species of mesophilic aeromonads isolated from diseased and healthy fish cultured in Poland. J Fish Dis 2007; 30(5): 293-301.
3. Rey A, Verjan N, Ferguson HW, Irequi C. Pathogenesis of Aeromonas hydrophila strain KJ99 infection and its extracellular products in two species of fish. Vet Rec 2009; 164(16): 493-9.
4. Onuk EE, Fındık A, Turk N, et al. Molecular identification and determination of some virulence genes of Aeromonas spp. in fish and water from Turkish coastal regions. Rev Med Vet 2013; 164(4): 200-6.
5. Janda JM, Abbott SL. Evolving concepts regarding the genus Aeromonas: an expanding panorama of spe- cies, disease presentations, and unanswered questions. Clin Infect Dis 1998; 27(2): 332-44.
6. Janda JM, Abbott SL. The genus Aeromonas: taxonomy, pathogenicity, and infection. Clin Microbiol Rev 2010; 23(1): 35-73.
7. Halling-Sørensen B, Nors Nielsen S, Lanzky PF, Ingerslev F, Holten Lützhøft HC, Jørgensen SE. Occurrence, fate and effects of pharmaceutical substances in the environment--a review. Chemosphere 1998; 36(2): 357-93.
8. Goni-Urriza M, Arpin C, Capdepuy M, Dubois V, Caumette P, Quentin C. Type-II topoisomerase quinolone resistance-determining regions of Aeromonas caviae, A.hydrophila and A.sobria complexes and mutations associated with quinolone resistance. Antimicrob Agents Chemother 2002; 46(2): 350-9.
9. Cattoir V, Nordmann P. Plasmid-mediated quinolone resistance in gram negative bacterial species: an update. Curr Med Chem 2009; 16(3): 1028-46.
10. Martinez-Martinez L, Pascual A, Jacoby GA. Quinolone resistance from a transferable plasmid. Lancet 1998; 351(9105): 797-9.
11. Strahilevitz J, Jacoby GA, Hooper D, Robiscek A. Plasmid-mediated quinolone resistance: a multifaceted threat. Clin Microbiol Rev 2009; 22(4): 664-89.
12. Poirel L, Rodriguez-Martinez JM, Hammeri H, Liard A, Nordmann P. Origin of plasmid-mediated quinolone resistance determinants qnrA. Antimicrob Agents Chemother 2005; 49(8): 3091-4.
13. Cattoir V, Poirel L, Aubert C, Soussy CJ, Nordmann P. Unexpected occurrence of plasmid-mediated quino- lone resistance determinants in environmental Aeromonas spp. Emerg Infect Dis 2008; 14(2):231-7.
14. Chacon MR, Castro-Escarpullia G, Soler L, Guarro J, Figueras MJ. A DNA probe specific for Aeromonas colonies. Diagn Microbiol Infect Dis 2002; 44(3): 221-5.
15. Borrell N, Acinas SG, Figueras MJ, Martinez-Murcia AJ. Identification of Aeromonas clinical isolates by restriction fragment length polymorphism of PCR-amplified 16S rRNA genes. J Clin Microbiol 1997; 35(7): 1671-4.
16. Sen K. Development of a rapid identification method for Aeromonas species by multiplex-PCR. Can J Microbiol 2005; 51(11): 957-66.
17. Beaz-Hidalgo R, Magi GE, Balboa S, Barja JL, Romalde JL. Aeromonas salmonicida in fish by amplification of the fstA (ferric siderophore receptor) gene. Vet Microbiol 2008; 128(3): 386-94.
18. Kim HB, Park CH, Kim CJ, Jacoby GA, Hooper DC. Prevelance of plasmid-mediated quinolone resistance determinants over a 9-year period. Antimicrob Agents Chemother 2009; 53(2): 639-45.
19. Clinical and Laboratory Standards Institute. Performance standards for antimicrobial susceptibility testing. 23rd Informational Supplement. CLSI Document M100-S23, 2013. CLSI, Wayne, PA.
20. Oktem IM, Gulay Z, Biçmen M, Gur D; HITIT Project Study Group. qnrA prevalence in extended-spectrum beta-lactamase-positive Enterobacteriaceae isolates from Turkey. Jpn J Infect Dis 2008; 61(1): 13-7.
21. Nazik H, Öngen B, Kuvat N. Investigation of plasmid-mediated quinolone resistance among isolates ob- tained in a Turkish intensive care unit. Jpn J Infect Dis 2008; 61(4): 310-2.
22. Avsaroglu MD, Helmuth R, Junker E, et al. Plasmid-mediated quinolone resistance conferred by qnrS1 in Salmonella enterica serovar Virchow isolated from Turkish food of avian origin. J Antimicrob Chemother 2007; 60(5): 1146-50.
23. Coban AY, Nohut OK, Tanrıverdi Çaycı Y, et al. Investigation of plasmid-mediated quinolone resistance de- terminants in Enterobacteriaceae: a multicenter study. Mikrobiyol Bul 2012; 46(3): 366-74.
24. Nazik H, Ilktaç M, Ongen B. Prevalence of qnrA, qnrB, qnrS and aac(6)-Ib-cr (in qnr-positive isolates) among the ESBL-positive and/or ciprofloxacin-resistant isolates in Turkey. J Chemother 2009; 21(2): 219-21.
25. Cattoir V, Poirel L, Mazel D, Soussy CJ, Nordmann P. Vibrio splendidus as the source of plasmid-mediated QnrS-like quinolone resistance determinants. Antimicrob Agents Chemother 2007; 51(7): 2650-1.
26. Poirel L, Liard A, Rodriguez-Martinez JM, Nordmann P. Vibrionaceae as a possible source of Qnr-like quino- lone resistance determinants. J Antimicrob Chemother 2005; 56(6): 1118-21.
27. Picao RC, Poirel L, Demarta A, et al. Plasmid-mediated quinolone resistance in Aeromonas allosaccharophika recovered from a Swiss lake. J Antimicrob Chemother 2008; 62(5): 948-50.
28. Arias A, Seral C, Navarro F, Miro E, Coll P, Castillo FJ. Plasmid-mediated QnrS2 determinant in an Aeromonas caviae isolate recovered from a patient with diarrhea. Clin Microbiol Infect 2010; 16(7): 1005-7.
29. Sanchez-Cespedes J, Blasco MD, Marti S, et al. Plasmid-mediated QnrS2 determinant from a clinical Aero- monas veronii isolate. Antimicrob Agents Chemother 2008; 52(8): 2990-1.
30. Ahmed AM, Motoi Y, Sato M, et al. Zoo animals as reservoirs of gram negative bacteria harboring integrons and antimicrobial resistance genes. Appl Environ Microbiol 2007; 73(20): 6686- 90.
31. Tran QT, Nawaz MS, Deck J, Nguyen KT, Cerniglia CE. Plasmid-mediated quinolone resistance in Pseudomo- nas putida isolates from imported shrimp. Appl Environ Microbiol 2010; 77(5): 1885-7.
32. Goni-Urriza M, Capdepuy M, Arpin C, Raymond N, Caumette P, Quentin C. Impact of an urban effluent on antibiotic resistance of riverine Enterobacteriaceae and Aeromonas spp. Appl Environ Microbiol 2000; 66(1): 125-32.
33. Kruse H, Sorum H. Transfer of multiple drug resistance plasmids between bacteria of diverse origins in nat- ural microenvironments. Appl Environ Microbiol 1994; 60(11): 4015-21.
34. Coban AY, Tanriverdi Cayci Y, Yildirim T, Erturan Z, Bozdoğan B, Durupinar B. Investigation of plasmid-me- diated quinolone resistance in Pseudomonas aeruginosa strains isolated from cystic fibrosis patients. Mikro- biyol Bul 2011; 45(4): 602-8.
35. Ongen B, Nazik H. Investigation of plasmid-mediated quinolone resistance among Campylobacter strains. Farmaci & Terapia 2008; 25(3-4): 37-9.
36. Tanriverdi Cayci Y, Coban AY, Gunaydin M. Investigation of plasmid-mediated quinolone resistance in Pse- udomonas aeruginosa clinical isolates. Ind J Med Microbiol 2014; 32(3): 285-9.

APA	ONUK E, TANRIVERDİ ÇAYCI Y, Coban A, Ciftci A, didinen b, ALTUN S, ÜNLÜ SÖĞÜT M, DEVECİ A (2015). Türkiye'de su kaynaklı aeromonas spp. izolatlarında saptanan ilk qnrs gen pozitifliği. , 114 - 123.
Chicago	ONUK ERTAN EMEK,TANRIVERDİ ÇAYCI Yeliz,Coban Ahmet Yilmaz,Ciftci Alper,didinen behire Isıl,ALTUN Soner,ÜNLÜ SÖĞÜT Mehtap,DEVECİ AYDIN Türkiye'de su kaynaklı aeromonas spp. izolatlarında saptanan ilk qnrs gen pozitifliği. (2015): 114 - 123.
MLA	ONUK ERTAN EMEK,TANRIVERDİ ÇAYCI Yeliz,Coban Ahmet Yilmaz,Ciftci Alper,didinen behire Isıl,ALTUN Soner,ÜNLÜ SÖĞÜT Mehtap,DEVECİ AYDIN Türkiye'de su kaynaklı aeromonas spp. izolatlarında saptanan ilk qnrs gen pozitifliği. , 2015, ss.114 - 123.
AMA	ONUK E,TANRIVERDİ ÇAYCI Y,Coban A,Ciftci A,didinen b,ALTUN S,ÜNLÜ SÖĞÜT M,DEVECİ A Türkiye'de su kaynaklı aeromonas spp. izolatlarında saptanan ilk qnrs gen pozitifliği. . 2015; 114 - 123.
Vancouver	ONUK E,TANRIVERDİ ÇAYCI Y,Coban A,Ciftci A,didinen b,ALTUN S,ÜNLÜ SÖĞÜT M,DEVECİ A Türkiye'de su kaynaklı aeromonas spp. izolatlarında saptanan ilk qnrs gen pozitifliği. . 2015; 114 - 123.
IEEE	ONUK E,TANRIVERDİ ÇAYCI Y,Coban A,Ciftci A,didinen b,ALTUN S,ÜNLÜ SÖĞÜT M,DEVECİ A "Türkiye'de su kaynaklı aeromonas spp. izolatlarında saptanan ilk qnrs gen pozitifliği." , ss.114 - 123, 2015.
ISNAD	ONUK, ERTAN EMEK vd. "Türkiye'de su kaynaklı aeromonas spp. izolatlarında saptanan ilk qnrs gen pozitifliği". (2015), 114-123.

APA	ONUK E, TANRIVERDİ ÇAYCI Y, Coban A, Ciftci A, didinen b, ALTUN S, ÜNLÜ SÖĞÜT M, DEVECİ A (2015). Türkiye'de su kaynaklı aeromonas spp. izolatlarında saptanan ilk qnrs gen pozitifliği. Mikrobiyoloji Bülteni, 49(1), 114 - 123.
Chicago	ONUK ERTAN EMEK,TANRIVERDİ ÇAYCI Yeliz,Coban Ahmet Yilmaz,Ciftci Alper,didinen behire Isıl,ALTUN Soner,ÜNLÜ SÖĞÜT Mehtap,DEVECİ AYDIN Türkiye'de su kaynaklı aeromonas spp. izolatlarında saptanan ilk qnrs gen pozitifliği. Mikrobiyoloji Bülteni 49, no.1 (2015): 114 - 123.
MLA	ONUK ERTAN EMEK,TANRIVERDİ ÇAYCI Yeliz,Coban Ahmet Yilmaz,Ciftci Alper,didinen behire Isıl,ALTUN Soner,ÜNLÜ SÖĞÜT Mehtap,DEVECİ AYDIN Türkiye'de su kaynaklı aeromonas spp. izolatlarında saptanan ilk qnrs gen pozitifliği. Mikrobiyoloji Bülteni, vol.49, no.1, 2015, ss.114 - 123.
AMA	ONUK E,TANRIVERDİ ÇAYCI Y,Coban A,Ciftci A,didinen b,ALTUN S,ÜNLÜ SÖĞÜT M,DEVECİ A Türkiye'de su kaynaklı aeromonas spp. izolatlarında saptanan ilk qnrs gen pozitifliği. Mikrobiyoloji Bülteni. 2015; 49(1): 114 - 123.
Vancouver	ONUK E,TANRIVERDİ ÇAYCI Y,Coban A,Ciftci A,didinen b,ALTUN S,ÜNLÜ SÖĞÜT M,DEVECİ A Türkiye'de su kaynaklı aeromonas spp. izolatlarında saptanan ilk qnrs gen pozitifliği. Mikrobiyoloji Bülteni. 2015; 49(1): 114 - 123.
IEEE	ONUK E,TANRIVERDİ ÇAYCI Y,Coban A,Ciftci A,didinen b,ALTUN S,ÜNLÜ SÖĞÜT M,DEVECİ A "Türkiye'de su kaynaklı aeromonas spp. izolatlarında saptanan ilk qnrs gen pozitifliği." Mikrobiyoloji Bülteni, 49, ss.114 - 123, 2015.
ISNAD	ONUK, ERTAN EMEK vd. "Türkiye'de su kaynaklı aeromonas spp. izolatlarında saptanan ilk qnrs gen pozitifliği". Mikrobiyoloji Bülteni 49/1 (2015), 114-123.