Hepatit C virüsünün polimeraz zincir reaksiyonu ürünlerinin doğrudan dizi analizi ile genotiplemesi

AKARCA, Ulus Salih; Canatan, Duran; GÖKSEL, Servet; ERENSOY, MEMNUNE SELDA; ÖZKAHYA, Mehmet

Hepatit C virüsünün polimeraz zincir reaksiyonu ürünlerinin doğrudan dizi analizi ile genotiplemesi

Selda ERENSOY, (Ege Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, İzmir, Türkiye)

Servet GÖKSEL, (Girilmedi)

Ulus Salih AKARCA, (Girilmedi)

Mehmet ÖZKAHYA, (Girilmedi)

Duran CANATAN (Girilmedi)

Flora İnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Dergisi

1 0

Yıl: 2002 Cilt: 7 Sayı: 2 Sayfa Aralığı: 104 - 111 Metin Dili: Türkçe İndeks Tarihi: 29-07-2022

Hepatit C virüsünün polimeraz zincir reaksiyonu ürünlerinin doğrudan dizi analizi ile genotiplemesi

Öz:

Hepatit C virüsü (HCV)'nün genotiplendirilmesi, tedaviye yanıt ve hastalığın progresyonu ile doğrudan ilişkisi nedeniyle önem kazanmıştır; klinik ilgi de giderek artmaktadır. Filogenetik analizler epidemiyolojik çalışmalarda çok yarar sağlamaktadır. Bu çalışmada, rutin HCV RNA testlerinde kullanılan polimeraz zincir reaksiyonu (PCR)'ndan elde edilen ürünlerin doğrudan dizi analizinin genotiplemede ve epidemiyolojik çalışmalarda kullanımının değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Çalışmaya "Cobas Amplicor" testi (Roche Molecular Systems, Branchburg, NJ) ile HCV RNA pozitif bulunan toplam 50 örnek dahil edilmiştir. Genotipleme için HCV genomunun 5' kodlamayan bölgesine ait (5'NCR) 184 bazlık bölgedeki genotip belirleyici diziler analiz edilmiştir. Nükleik asit dizileri "Big dye terminator" kiti kullanılarak ABI Prism 310 DNA dizi okuma sisteminde (PE Applied Biosystems, Foster City, Calif.) belirlenmiştir. Diziler "Clustal W" programı ile hizalanmış ve "Treecon" programında filogenetik ağaç çizilmiştir. Toplam 50 serum örneğinden 45 (%90) örnekte genotipleme başarılı olmuştur. Yirmidört kronik hepatit C, 7 renal transplant alıcısı, 14 talasemi hastasına ait olmak üzere toplam 45 HCV izolatından IS'İ genotip la; 30'u l b olarak tanımlanmıştır. Nükleik asit dizi analizi, genotiplemede altın standart olarak kabul edilmektedir; ticari kitler ve diğer genotipleme yöntemleri ile kesin tiplendirilemeyen izolatların tanımlanmasında yardımcıdır. Ancak bu çalışmadaki örneklerde analizi yapılan 5'NCR bölgesinin, infeksiyon kaynağını araştırmak gibi ayrıntılı filogenetik analizler için uygun olmadığı görülmüştür.

Anahtar Kelime: Hepacivirus Nükleik asitler Genotip Polimeraz zincir reaksiyonu Hastalık ilerlemesi Zincir analizi

Konular: Mikrobiyoloji Biyoteknoloji ve Uygulamalı Mikrobiyoloji Viroloji

Genotyping of Hepatitis C virus by direct sequence analysis of polymerase chain reaction products

Öz:

Genotyping of hepatitis C virus (HCV) has become important and clinical interest has increased because of its associations with response to therapy and progless of disease. Furthermore, phylogenetic analysis is useful in epidemiological studies. The aim of this study is to evaluate the routine use of direct sequence analysis of polymerase chain reaction (PCR) products for determining HCV genotypes and phylogenetic analysis. Fifty serum samples found to be HCV RNA positive by Cobas Amplicor test (Roche Molecular Systems,Branchburg NJ) were included in the study. Genotyping was based upon regions identified as discriminative within 184 base pairs of 5' noncoding region (NCR) of viral genome. Nucleotide sequences were determined by using Big Dye Terminator kit with ABI Prism 310 DNA sequencer (PE Applied Biosystems, Foster City, Calif.) and were aligned using Clustal W program. Phylogenetic tree was constructed by Treecon program. Genotyping could be achieved with 45 serum samples (90%) belonging to 24 chronic hepatitis C, 7 renal transplant and 14 thalasemia patients. Among 45 HCV isolates, 15 were la and 30 were Ib. Although nucleic acid sequencing is the gold standard for genotyping, commercial kits are more practical for routine laboratory use. However, sequencing helps to identify the genotypes of the isolates which could not be determined, precisely. 5'NCR of HCV did not seem to be appropriate in our group of samples for detailed phylogenetic analysis such as tracing viral transmission route.

Anahtar Kelime: Disease Progression Sequence Analysis Hepacivirus Nucleic Acids Genotype Polymerase Chain Reaction

Konular: Mikrobiyoloji Biyoteknoloji ve Uygulamalı Mikrobiyoloji Viroloji

Belge Türü: Makale Makale Türü: Araştırma Makalesi Erişim Türü: Bibliyografik

1. EASL International Consensus Conference on Hepatitis C, Consensus Statement. J Hepatology 1999;30:956-61.
2. Poynard T, McHutchison J, Davis GL, et al. Impact of interferon alfa-2b and ribavirin on progression of liver fibrosis in patients with chronic hepatitis C. Hepatology 2000;32:1131-7.
3. McHutchison JG, Poynard T, Pianko S, et al. The impact of interferon plus ribavirin response to therapy in black patients with chronic hepatitis C. The International Hepatitis Interventional Therapy Group. Gastroenterology 2000;119:1317-23.
4. Simmonds P. Variability of hepatitis C virus. Hepatology 1995;21:570-83.
5. Simmonds P, Alberti A, Alter HJ, Bonino F, Bradley DW, Brechot C. A proposed system for the nomenclature of hepatitis C viral genotypes.Hepatology 1994; 19:1321-4.
6. Stuyver L, Wyseur A, Arnhem W, Hernandez F, Maertens G. Second-generation line probe assay for hepatitis C virus genotyping. J Clin Microbiol 1996;34:2259-66.
7. Germer JJ, Rys PN, Thorvilson JN, Persing DH. Determination of hepatitis C virus genotype by direct sequence analysis of products generated with the Amplicor HCV test. J Clin Microbiol 1999;37-.2625-30.
8. McOmish F, Yap PL, Dow BC, et al. Geographical distribution of hepatitis C virus genotypes in blood donors:An international collaborative survey. J Clin Microbiol 1994;32:884-92.
9. Dusheiko G, Schmilovitz-Weiss H, et al. Hepatitis C virus genotypes: An investigation of type-specific differences in geographic,origin and disease. Hepatology 1994; 19:13-8.
10. Abacıoğlu YH, Davidson F, Tuncer S, et al. The distribution of hepatitis C virus genotypes in Turkish patients. J Viral Hepatitis 1995;2:297-301.
11. Akkız H, Çolakoğlu S, Koksal F, Korkut H, Hafta A. Çukurova bölgesinde hepatit C virüs genotipleri. XII Ulusal Gastroenteroloji Kongresi ve II. Türk-Japon Gastroenteroloji Günleri, 25-30 Eylül, izmir, Kongre Özet Kitabı.1995:97.
12. Sönmez E, Taşyaran MA, Kızılkaya M ve ark. Hepatit C virüs (HCV) ile infekte 59 hastada HCV genotiplerinin dağılımı: Çok merkezli bir çalışma. Flora1996;l:925.
13. Türkoğlu S, Bozacı M, Çakaloğlu Y, Kaymakoğlu S, Şentürk H, Badur S. İkinci kuşak "core genotiplemesi" ile hepatit C virüsü genotiplerinin araştırılması. 3. Ulusal He-patoloji Kongresi, 27-29 Mayıs 1999, İstanbul, Kongre Kitabı 1999:67.
14. Bozdayı M, Uzunalimoğlu Ö, Bozkaya H ve ark. Türkiye'de kan donörlerinde hepatit C virüs genotipleri. XIII. Ulusal Gastroenteroloji Kongresi, 8-13 Ekim, 1996, An¬talya. Turk J Gastroenterology 1996;7(Suppll):10.
15. Okamato HY, Sugiyama S, Okada K, et al. Typing hepatitis C virus by polymerase chain reaction with type-specific primers: Application to clinical surveys and tracing infectious sources. J Gen Virol 1992;73:673-9.
16. Lau JYN, Mizokami M, Kolberg JA, et al. Application of six hepatitis C virus genotyping systems to sera from chronic hepatitis C patients in the United States. J Infect Dis 1995;171:281-9.
17. Navas S, Castillo I, Martin J, Quiroga JA, Bartolome J,Carreno V. Concordance of hepatitis C virus typing methods based on restriction fragment length polymorphism analysis in 5' noncoding region and NS4 serotyping, but not in core PCR or line probe assay. J Clin Microbiol 1997;35:317-21.
18. Kwok S, Higuchi R. Avoiding false positivities with PCR. Nature1989;339:237-8.
19. Özacar T, Altuğlu 1, Zeytinoğlu A ve ark. Kronik C hepatitinde HCV genotiplerinin dağılımı. Mikrobiyol Bült 2001;35:451-8.
20. Zeuzem S, Rüster B, Lee JH, Stripf T, Roth WK. Evaluation of a reverse hybridization assay for genotyping of hepatitis C virus. J Hepatol 1995;23:654-61.

APA	ERENSOY M, GÖKSEL S, AKARCA U, ÖZKAHYA M, Canatan D (2002). Hepatit C virüsünün polimeraz zincir reaksiyonu ürünlerinin doğrudan dizi analizi ile genotiplemesi. , 104 - 111.
Chicago	ERENSOY MEMNUNE SELDA,GÖKSEL Servet,AKARCA Ulus Salih,ÖZKAHYA Mehmet,Canatan Duran Hepatit C virüsünün polimeraz zincir reaksiyonu ürünlerinin doğrudan dizi analizi ile genotiplemesi. (2002): 104 - 111.
MLA	ERENSOY MEMNUNE SELDA,GÖKSEL Servet,AKARCA Ulus Salih,ÖZKAHYA Mehmet,Canatan Duran Hepatit C virüsünün polimeraz zincir reaksiyonu ürünlerinin doğrudan dizi analizi ile genotiplemesi. , 2002, ss.104 - 111.
AMA	ERENSOY M,GÖKSEL S,AKARCA U,ÖZKAHYA M,Canatan D Hepatit C virüsünün polimeraz zincir reaksiyonu ürünlerinin doğrudan dizi analizi ile genotiplemesi. . 2002; 104 - 111.
Vancouver	ERENSOY M,GÖKSEL S,AKARCA U,ÖZKAHYA M,Canatan D Hepatit C virüsünün polimeraz zincir reaksiyonu ürünlerinin doğrudan dizi analizi ile genotiplemesi. . 2002; 104 - 111.
IEEE	ERENSOY M,GÖKSEL S,AKARCA U,ÖZKAHYA M,Canatan D "Hepatit C virüsünün polimeraz zincir reaksiyonu ürünlerinin doğrudan dizi analizi ile genotiplemesi." , ss.104 - 111, 2002.
ISNAD	ERENSOY, MEMNUNE SELDA vd. "Hepatit C virüsünün polimeraz zincir reaksiyonu ürünlerinin doğrudan dizi analizi ile genotiplemesi". (2002), 104-111.

APA	ERENSOY M, GÖKSEL S, AKARCA U, ÖZKAHYA M, Canatan D (2002). Hepatit C virüsünün polimeraz zincir reaksiyonu ürünlerinin doğrudan dizi analizi ile genotiplemesi. Flora İnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Dergisi, 7(2), 104 - 111.
Chicago	ERENSOY MEMNUNE SELDA,GÖKSEL Servet,AKARCA Ulus Salih,ÖZKAHYA Mehmet,Canatan Duran Hepatit C virüsünün polimeraz zincir reaksiyonu ürünlerinin doğrudan dizi analizi ile genotiplemesi. Flora İnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Dergisi 7, no.2 (2002): 104 - 111.
MLA	ERENSOY MEMNUNE SELDA,GÖKSEL Servet,AKARCA Ulus Salih,ÖZKAHYA Mehmet,Canatan Duran Hepatit C virüsünün polimeraz zincir reaksiyonu ürünlerinin doğrudan dizi analizi ile genotiplemesi. Flora İnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Dergisi, vol.7, no.2, 2002, ss.104 - 111.
AMA	ERENSOY M,GÖKSEL S,AKARCA U,ÖZKAHYA M,Canatan D Hepatit C virüsünün polimeraz zincir reaksiyonu ürünlerinin doğrudan dizi analizi ile genotiplemesi. Flora İnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Dergisi. 2002; 7(2): 104 - 111.
Vancouver	ERENSOY M,GÖKSEL S,AKARCA U,ÖZKAHYA M,Canatan D Hepatit C virüsünün polimeraz zincir reaksiyonu ürünlerinin doğrudan dizi analizi ile genotiplemesi. Flora İnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Dergisi. 2002; 7(2): 104 - 111.
IEEE	ERENSOY M,GÖKSEL S,AKARCA U,ÖZKAHYA M,Canatan D "Hepatit C virüsünün polimeraz zincir reaksiyonu ürünlerinin doğrudan dizi analizi ile genotiplemesi." Flora İnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Dergisi, 7, ss.104 - 111, 2002.
ISNAD	ERENSOY, MEMNUNE SELDA vd. "Hepatit C virüsünün polimeraz zincir reaksiyonu ürünlerinin doğrudan dizi analizi ile genotiplemesi". Flora İnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Dergisi 7/2 (2002), 104-111.