PNA-FISH Yönteminin Kan Kültürlerinden İzole Edilen Candida Türlerinin Direkt Tanımlanması ve Antifungal Tedavi Planına Olası Etki Yönünden Değerlendirilmesi

AKOVA, MURAT; İNKAYA, AHMET ÇAĞKAN; DOGAN, OZLEM; UZUN, Ömrüm; GÜLMEZ KIVANÇ, DOLUNAY; Arikan-Akdagli, Sevtap

PNA-FISH Yönteminin Kan Kültürlerinden İzole Edilen Candida Türlerinin Direkt Tanımlanması ve Antifungal Tedavi Planına Olası Etki Yönünden Değerlendirilmesi

Özlem DOĞAN, (Hacettepe Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Ankara, Türkiye)

Ahmet Çağkan İNKAYA, (Hacettepe Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Ankara, Türkiye)

DOLUNAY GÜLMEZ KIVANÇ, (Hacettepe Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Ankara, Türkiye)

Ömrüm UZUN, (Hacettepe Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Ankara, Türkiye)

Murat AKOVA, (Hacettepe Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Ankara, Türkiye)

SEVTAP ARIKAN AKDAĞLI (Hacettepe Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Ankara, Türkiye)

Mikrobiyoloji Bülteni

37 0

Yıl: 2016 Cilt: 4 Sayı: 51 Sayfa Aralığı: 580 - 589 Metin Dili: Türkçe İndeks Tarihi: 29-07-2022

PNA-FISH Yönteminin Kan Kültürlerinden İzole Edilen Candida Türlerinin Direkt Tanımlanması ve Antifungal Tedavi Planına Olası Etki Yönünden Değerlendirilmesi

Öz:

Kandidemili olgularda en kısa sürede uygun tedavinin başlanması, sağkalımı etkilemekte ve patojenin tür düzeyinde erken tanımlanması, Candida türlerinde görülen türe özgü primer direnç ve değişken antifungal duyarlılık profilleri nedeniyle önem taşımaktadır. Son yıllarda moleküler temelli yeni yöntemler, kan kültüründe pozitif sinyalin alınmasıyla etkenin konvansiyonel yöntemlerle tanımlanması arasında kaybedilen zamanı azaltmaya çalışmaktadır. Bu yöntemlerden biri olan PNA-FISH (Peptide nucleic acid fluorescence in situ hybridization), sık izole edilen bazı Candida türlerinin kan kültüründe üremesini takiben, gruplar halinde ayırt edilebilmesine olanak sağlamaktadır. Bu çalışmanın amacı, maya üreyen kan kültürlerinde PNA-FISH yöntemiyle hızlı tür tanımlamasının konvansiyonel tanımlama yöntemleriyle uyumunun ve antifungal tedavi seçimine etkisinin araştırılmasıdır. Çalışmaya Ağustos-Aralık 2013 tarihlerinde pozitif sinyal alınan kan kültürlerinden Gram boyama yöntemiyle maya saptanan erişkin olgulara ait örnekler alınmıştır. Şişelerden eş zamanlı olarak "Yeast Traffic Light" PNA-FISH yöntemiyle hızlı tür tanımlaması ile katı besiyerine ekim ve üreme sonrası konvansiyonel yöntemlerle tanımlama (germ tüp testi, ID32C ve mısır unlu Tween 80 agarda morfolojik inceleme) yapılmıştır. "Yeast Traffic Light" PNA-FISH yöntemiyle, belirlenmiş prensipler çerçevesinde, Candida albicans ve Candida parapsilosis için yeşil, Candida tropicalis için sarı, Candida krusei ve Candida glabrata için kırmızı renkte floresans saptanmış; en sık gözlenen beş Candida türünden C.tropicalis için tek tür olarak, diğer türler için ikili gruplar halinde hızlı tür tanımlaması yapılmıştır. Maya pozitif kan kültürünün mikoloji laboratuvarına ulaştığı, PNA-FISH sonucunun elde edildiği ve konvansiyonel yöntemle tür düzeyinde tanımlamanın sonuçlandığı zamanlar kaydedilmiştir. Konvansiyonel tanımlama yöntemleriyle 23 örnekten yedisinde C.albicans, altısında C.glabrata, üçünde C.parapsilosis, birinde C.tropicalis, birinde C.krusei, birinde Cryptococcus neoformans, birinde Saprochaete capitata (Blastoschizomyces capitatus), birinde C.albicans ve Candida dubliniensis, birinde C.krusei ve C.dubliniensis, birinde C.glabrata ve C.parapsilosis tanımlanmıştır. PNA-FISH ve konvansiyonel tanımlama yöntemi sonuçları karşılaştırıldığında, 23 örnekten 19'unda (%82.6) iki yöntemin uyumlu olduğu gözlenmiştir. PNA-FISH ile negatif sonuç alınan iki örnekte, test panelinde olmayan S.capitata ve C.neoformans üremiştir. Kültürde birden fazla tür üremesi olan üç örnekte, PNA-FISH yöntemiyle ancak bir tür maya saptanabilirken, bir örnekte konvansiyonel yöntemle tanımlanamayan ikinci bir tür PNA-FISH yöntemiyle (C.glabrata veya C.krusei) bulunmuştur. PNA-FISH ile konvansiyonel yöntemden ortalama 72 saat önce tür tanımlaması yapılabilmiştir. Etken türlerin doğru tanımlanması yönünden, PNA-FISH'in geleneksel yöntemlerle uyumlu sonuçlar verdiği, ancak beklendiği gibi, test panelinde bulunmayan türlerin saptanmasında yetersiz kaldığı gözlenmiştir. Çalışma süresince örnekleri değerlendirilen 23 hastanın 13'ü kaybedilmiştir. Kan kültürü pozitifliği saptanmadan önce kaybedilen altı ve servis izleminde tedavi başlanamayan bir olgu dışında, 16 olgu antifungal tedavi almıştır. Cins ve tür tanımlaması öncesi 10 hastada ekinokandin, beş hastada flukonazol, bir hastada ise flukonazol ve amfoterisin B kombinasyonu tercih edilmiştir. Bu çalışmada, PNA-FISH sonucu tek bir olguda klinik tablo ile birlikte tedavi değişikliğinin yapılmasında rol oynamıştır. PNA-FISH kitinin yararının merkezimizde sık izole edilen iki Candida türü olan C.albicans ve C.parapsilosis'i ayırt edememesi nedeniyle sınırlanmış olabileceği ve kandidemi etkeni olarak C.glabrata'nın daha sık gözlendiği merkezlerde avantajlarının ön plana çıkabileceği düşünülmüştür.

Anahtar Kelime:

Konular: Mikrobiyoloji Biyoteknoloji ve Uygulamalı Mikrobiyoloji

Evaluation of PNA-FISH Method for Direct Identification of Candida Species in Blood Culture Samples and Its Potential Impact on Guidance of Antifungal Therapy

Öz:

Early antifungal therapy has a major influence on survival in candidemia. Rapid identification of the species has importance for the treatment, prediction of the species-specific primary resistance and variable antifungal susceptibility. Recently, molecular-based methods attempt to reduce the time between the positive signal of a blood culture and identification of the fungus. PNA-FISH (Peptide nucleic acid fluorescence in situ hybridization) assay distinguishes a number of frequently isolated Candida species in groups following the growth in blood culture. The aim of this study was to investigate the correlation of the species identified by PNA-FISH with conventional identification methods in yeast positive blood cultures and its influence on the selection of antifungal therapy. Specimens of adult patients diagnosed as yeast with Gram stain in signal-positive blood cultures between August to December 2013, were included in the study. The strains were concomitantly cultivated by subculturing from the blood culture bottles onto solid media and identified by conventional methods (germ tube test, ID32C and morphology on cornmeal Tween 80 agar). Rapid species identification was performed by Yeast Traffic Light PNA-FISH, which generates green flourescence for Candida albicans and Candida parapsilosis, yellow for Candida tropicalis, and red for Candida krusei and Candida glabrata. C.tropicalis was identified as a single species whereas the others were identified in pairs. The time points when the yeast positive blood culture bottle was received by the mycology laboratory and reporting of the species identification results by PNAFISH and the conventional methods were recorded. Seven C.albicans, six C.glabrata, three C.parapsilosis, one C.tropicalis, one C.krusei, one Cryptococcus neoformans, one Saprochaete capitata (Blastoschizomyces capitatus), one C.albicans and Candida dubliniensis, one C.krusei and C.dubliniensis, and one C.glabrata and C.parapsilosis were identified by conventional methods in 23 specimens. Results of PNA-FISH and conventional methods were in full agreement in 19 of the 23 specimens (82.6%). Two specimens were negative by PNA-FISH and yielded S.capitata and C.neoformans which were not included in the test panel. In three specimens that were infected with multiple species, PNA-FISH detected only one of the species. On the other hand and in one specimen, PNA-FISH detected a second species (C.glabrata or C.krusei) that could not be isolated and identified conventionally. Species identification were obtained 72 hours (mean) earlier with PNA-FISH. PNA-FISH provided accurate species identification that were consistent with conventional methods. However and expectedly, it failed to detect species that were not included in the test panel. During the study period, 13 of the 23 patients have passed away. Apart from six patients died prior to blood culture positivity and the one that could not get any antifungal therapy during hospital stay, 16 patients received antifungal treatment. Of sixteen patients who received antifungal therapy, initial antifungal treatment was fluconazole for five and echinocandin for 10 patients. Fluconazole and amphotericin B combination was preferred for one patient. In this study, PNA-FISH result had an influence on the modification of the antifungal treatment of only for one patient in accordance with the clinical findings. We conclude that the utility of PNA-FISH method appeared to be limited in our center since the assay cannot differentiate C.albicans and C.parapsilosis, the two commonly isolated species among our candidemia isolates. However, advantages of the assay might be more pronounced for the centers where C.glabrata is a relatively more frequent species.

Anahtar Kelime:

Konular: Mikrobiyoloji Biyoteknoloji ve Uygulamalı Mikrobiyoloji

Belge Türü: Makale Makale Türü: Konferans Bildirisi Erişim Türü: Bibliyografik

Arendrup MC. Epidemiology of invasive candidiasis. Curr Opin Crit Care 2010; 16(5): 445-52.
Diekema D, Arbefeville S, Boyken L, Kroeger J, Pfaller M. The changing epidemiology of healthcare- associated candidemia over three decades. Diagn Microbiol Infect Dis 2012; 73(1): 45-8.
Pfaller MA, Messer SA, Moet GJ, Jones RN, Castanheira M. Candida bloodstream infections: comparison of species distribution and resistance to echinocandin and azole antifungal agents in Intensive Care Unit (ICU) and non-ICU settings in the SENTRY Antimicrobial Surveillance Program (2008-2009). Int J Antimicrob Agents 2011; 38(1): 65-9.
Pfaller M, Neofytos D, Diekema D, et al. Epidemiology and outcomes of candidemia in 3648 patients: data from the Prospective Antifungal Therapy (PATH Alliance(R)) registry, 2004-2008. Diagn Microbiol Infect Dis 2012; 74(4): 323-31.
Alp S, Arikan-Akdagli S, Gulmez D, et al. Epidemiology of candidaemia in a tertiary care university hospital: 10-year experience with 381 candidaemia episodes between 2001 and 2010. Mycoses 2015; 58(8): 498- 505.
Gomez J, Garcia-Vazquez E, Espinosa C, et al. Nosocomial candidemia at a general hospital: the change of epidemiological and clinical characteristics. A comparative study of 2 cohorts (1993-1998 versus 2002- 2005). Rev Iberoam Micol 2009; 26(3): 184-8.
Morrell M, Fraser VJ, Kollef MH. Delaying the empiric treatment of Candida bloodstream infection until positive blood culture results are obtained: a potential risk factor for hospital mortality. Antimicrob Agents Chemother 2005; 49(9): 3640-5.
Andes DR, Safdar N, Baddley JW, et al. Impact of treatment strategy on outcomes in patients with candidemia and other forms of invasive candidiasis: a patient-level quantitative review of randomized trials. Clin Infect Dis 2012; 54(8): 1110-22.
Kollef M, Micek S, Hampton N, Doherty JA, Kumar A. Septic shock attributed to Candida infection: importance of empiric therapy and source control. Clin Infect Dis 2012; 54(12): 1739-46.
Clancy CJ, Nguyen MH. Finding the "missing 50%" of invasive candidiasis: how nonculture diagnostics will improve understanding of disease spectrum and transform patient care. Clin Infect Dis 2013; 56(9): 1284-92.
Nguyen MH, Wissel MC, Shields RK, et al. Performance of Candida real-time polymerase chain reaction, beta-D-glucan assay, and blood cultures in the diagnosis of invasive candidiasis. Clin Infect Dis 2012; 54(9): 1240-8.
Gorton RL, Ramnarain P, Barker K, et al. Comparative analysis of Gram's stain, PNA-FISH and Sepsityper with MALDI-TOF MS for the identification of yeast direct from positive blood cultures. Mycoses 2014; 57(10): 592-601.
Larone DH. Medically Important Fungi: A Guide to Identification. 2011, 5th ed. ASM Press, Washington, DC.
Hall L, Le Febre KM, Deml SM, Wohlfiel SL, Wengenack NL. Evaluation of the Yeast Traffic Light PNA FISH probes for identification of Candida species from positive blood cultures. J Clin Microbiol 2012; 50(4): 1446-8.
Heil EL, Daniels LM, Long DM, et al. Impact of a rapid peptide nucleic acid fluorescence in situ hybridization assay on treatment of Candida infections. Am J Health Syst Pharm 2012; 69(21): 1910-4.
Stone NR, Gorton RL, Barker K, Ramnarain P, Kibbler CC. Evaluation of PNA-FISH Yeast Traffic Light for rapid identification of yeast directly from positive blood cultures and assessment of clinical impact. J Clin Microbiol 2013; 51(4): 1301-2.
Aydemir G, Koç AN, Atalay MA. Kan kültürlerinden izole edilen Candida türlerinin tanımlanmasında peptid nükleik asit floresan in situ hibridizasyon (PNA FISH) yönteminin değerlendirilmesi. Mikrobiyol Bul 2016; 50(2): 293-9.
Pinjon E, Moran GP, Coleman DC, Sullivan DJ. Azole susceptibility and resistance in Candida dubliniensis. Biochem Soc Trans 2005; 33(Pt 5): 1210-4.
Pappas PG, Kauffman CA, Andes D, et al. Clinical practice guidelines for the management of candidiasis: 2009 update by the Infectious Diseases Society of America. Clin Infect Dis 2009; 48(5): 503-35.
Cornely OA, Bassetti M, Calandra T, et al; ESCMID Fungal Infection Study Group. ESCMID* guideline for the diagnosis and management of Candida diseases 2012: non-neutropenic adult patients. Clin Microbiol Infect 2012; 18(Suppl 7): 19-37.
Gülmez D, Doğan Ayçık Ö, Arıkan-Akdağlı S. Kan kültürlerinden izole edilen Candida suşlarında önceki ile karşılaştırmalı olarak yeni CLSI direnç sınır değerlerinin triazol duyarlılık kategorilerinin belirlenmesine etkisi. 1. Ulusal Tıbbi Mikoloji Kongresi. 24-26 Eylül 2014, Ankara.
Grossman NT, Pham CD, Cleveland AA, Lockhart SR. Molecular mechanisms of fluconazole resistance in Candida parapsilosis isolates from a U.S. surveillance system. Antimicrob Agents Chemother 2015; 59(2): 1030-7.
Doğan Ayçık Ö, Gülmez D, Arıkan Akdağlı S. Fungemi olgularında hızlı bir ön tanımlama testi: Pozitif kan kültürü şişesinden yapılan doğrudan germ tüp (çimlenme borusu) testinin değerlendirilmesi. 3. Ulusal Klinik Mikrobiyoloji Kongresi. 18-22 Kasım 2015, Antalya.

APA	DOGAN O, İNKAYA A, GÜLMEZ KIVANÇ D, UZUN Ö, AKOVA M, Arikan-Akdagli S (2016). PNA-FISH Yönteminin Kan Kültürlerinden İzole Edilen Candida Türlerinin Direkt Tanımlanması ve Antifungal Tedavi Planına Olası Etki Yönünden Değerlendirilmesi. , 580 - 589.
Chicago	DOGAN OZLEM,İNKAYA AHMET ÇAĞKAN,GÜLMEZ KIVANÇ DOLUNAY,UZUN Ömrüm,AKOVA MURAT,Arikan-Akdagli Sevtap PNA-FISH Yönteminin Kan Kültürlerinden İzole Edilen Candida Türlerinin Direkt Tanımlanması ve Antifungal Tedavi Planına Olası Etki Yönünden Değerlendirilmesi. (2016): 580 - 589.
MLA	DOGAN OZLEM,İNKAYA AHMET ÇAĞKAN,GÜLMEZ KIVANÇ DOLUNAY,UZUN Ömrüm,AKOVA MURAT,Arikan-Akdagli Sevtap PNA-FISH Yönteminin Kan Kültürlerinden İzole Edilen Candida Türlerinin Direkt Tanımlanması ve Antifungal Tedavi Planına Olası Etki Yönünden Değerlendirilmesi. , 2016, ss.580 - 589.
AMA	DOGAN O,İNKAYA A,GÜLMEZ KIVANÇ D,UZUN Ö,AKOVA M,Arikan-Akdagli S PNA-FISH Yönteminin Kan Kültürlerinden İzole Edilen Candida Türlerinin Direkt Tanımlanması ve Antifungal Tedavi Planına Olası Etki Yönünden Değerlendirilmesi. . 2016; 580 - 589.
Vancouver	DOGAN O,İNKAYA A,GÜLMEZ KIVANÇ D,UZUN Ö,AKOVA M,Arikan-Akdagli S PNA-FISH Yönteminin Kan Kültürlerinden İzole Edilen Candida Türlerinin Direkt Tanımlanması ve Antifungal Tedavi Planına Olası Etki Yönünden Değerlendirilmesi. . 2016; 580 - 589.
IEEE	DOGAN O,İNKAYA A,GÜLMEZ KIVANÇ D,UZUN Ö,AKOVA M,Arikan-Akdagli S "PNA-FISH Yönteminin Kan Kültürlerinden İzole Edilen Candida Türlerinin Direkt Tanımlanması ve Antifungal Tedavi Planına Olası Etki Yönünden Değerlendirilmesi." , ss.580 - 589, 2016.
ISNAD	DOGAN, OZLEM vd. "PNA-FISH Yönteminin Kan Kültürlerinden İzole Edilen Candida Türlerinin Direkt Tanımlanması ve Antifungal Tedavi Planına Olası Etki Yönünden Değerlendirilmesi". (2016), 580-589.

APA	DOGAN O, İNKAYA A, GÜLMEZ KIVANÇ D, UZUN Ö, AKOVA M, Arikan-Akdagli S (2016). PNA-FISH Yönteminin Kan Kültürlerinden İzole Edilen Candida Türlerinin Direkt Tanımlanması ve Antifungal Tedavi Planına Olası Etki Yönünden Değerlendirilmesi. Mikrobiyoloji Bülteni, 4(51), 580 - 589.
Chicago	DOGAN OZLEM,İNKAYA AHMET ÇAĞKAN,GÜLMEZ KIVANÇ DOLUNAY,UZUN Ömrüm,AKOVA MURAT,Arikan-Akdagli Sevtap PNA-FISH Yönteminin Kan Kültürlerinden İzole Edilen Candida Türlerinin Direkt Tanımlanması ve Antifungal Tedavi Planına Olası Etki Yönünden Değerlendirilmesi. Mikrobiyoloji Bülteni 4, no.51 (2016): 580 - 589.
MLA	DOGAN OZLEM,İNKAYA AHMET ÇAĞKAN,GÜLMEZ KIVANÇ DOLUNAY,UZUN Ömrüm,AKOVA MURAT,Arikan-Akdagli Sevtap PNA-FISH Yönteminin Kan Kültürlerinden İzole Edilen Candida Türlerinin Direkt Tanımlanması ve Antifungal Tedavi Planına Olası Etki Yönünden Değerlendirilmesi. Mikrobiyoloji Bülteni, vol.4, no.51, 2016, ss.580 - 589.
AMA	DOGAN O,İNKAYA A,GÜLMEZ KIVANÇ D,UZUN Ö,AKOVA M,Arikan-Akdagli S PNA-FISH Yönteminin Kan Kültürlerinden İzole Edilen Candida Türlerinin Direkt Tanımlanması ve Antifungal Tedavi Planına Olası Etki Yönünden Değerlendirilmesi. Mikrobiyoloji Bülteni. 2016; 4(51): 580 - 589.
Vancouver	DOGAN O,İNKAYA A,GÜLMEZ KIVANÇ D,UZUN Ö,AKOVA M,Arikan-Akdagli S PNA-FISH Yönteminin Kan Kültürlerinden İzole Edilen Candida Türlerinin Direkt Tanımlanması ve Antifungal Tedavi Planına Olası Etki Yönünden Değerlendirilmesi. Mikrobiyoloji Bülteni. 2016; 4(51): 580 - 589.
IEEE	DOGAN O,İNKAYA A,GÜLMEZ KIVANÇ D,UZUN Ö,AKOVA M,Arikan-Akdagli S "PNA-FISH Yönteminin Kan Kültürlerinden İzole Edilen Candida Türlerinin Direkt Tanımlanması ve Antifungal Tedavi Planına Olası Etki Yönünden Değerlendirilmesi." Mikrobiyoloji Bülteni, 4, ss.580 - 589, 2016.
ISNAD	DOGAN, OZLEM vd. "PNA-FISH Yönteminin Kan Kültürlerinden İzole Edilen Candida Türlerinin Direkt Tanımlanması ve Antifungal Tedavi Planına Olası Etki Yönünden Değerlendirilmesi". Mikrobiyoloji Bülteni 4/51 (2016), 580-589.