Klinik Örneklerden Tüberküloz Tanısı ve Hızlı Rifampisin Direnci Saptanmasında GeneXpert MTB/RIF Testinin Performansının Değerlendirilmesi

SOYLU, MEHMET; ÇAVUSOGLU, CENGIZ

Klinik Örneklerden Tüberküloz Tanısı ve Hızlı Rifampisin Direnci Saptanmasında GeneXpert MTB/RIF Testinin Performansının Değerlendirilmesi

Cengiz ÇAVUŞOĞLU, (Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı)

Mehmet SOYLU (Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı)

Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti Dergisi

21 2

Yıl: 2014 Cilt: 44 Sayı: 2 Sayfa Aralığı: 61 - 64 Metin Dili: Türkçe İndeks Tarihi: 29-07-2022

Klinik Örneklerden Tüberküloz Tanısı ve Hızlı Rifampisin Direnci Saptanmasında GeneXpert MTB/RIF Testinin Performansının Değerlendirilmesi

Öz:

Amaç: GeneXpert MTB/RIF testi (Cepheid, Sunnyvale, Kaliforniya, ABD) tek bir işlem döngüsünde örneğin işlenmesi ve semi-nested gerçek zamanlı PCR işlemini kullanıcının müdahalesine gerek kalmadan kapalı sistem içinde gerçekleştirebilmektedir. Bu çalışmada, yayma-negatif, yayma-pozitif solunum ve solunum dışı örneklerden tüberküloz tanısı ve hızlı rifampisin (RİF) direncini saptamada GeneXpert MTB/RIF testinin performansının belirlenmesi amaçlanmıştır.Gereç ve Yöntem: Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Mikobakteriyoloji Laboratuvarı'na rutin inceleme için yollanan 633 solunum ve 608 solunum dışı örnek çalışmaya alındı. Örnekler Löwenstein-Jensen katı besiyerine ve MGIT 960 sıvı besiyerine (Becton Dickinson Microbiology System, Sparks, NV, ABD) inoküle edildi. Tanımlama GenoType MTBDR plus (Hain Lifescience GmbH) ile yapıldı. "Mycobacterium tuberculosis complex" olarak tanımlanan suşların ilaç duyarlılık testleri MGIT960 yöntemi ile çalışıldı. GeneXpert MTB/RIF (Cepheid, Sunnyvale, Kaliforniya, ABD) testi üretici önerisine göre çalışıldı. Bulgular: GeneXpert MTB/RIF testinin RİF direnci ve tüberküloz tanısı için performansı 633 solunum ve 608 solunum dışı örnekte değerlendirildi. Değerlendirilen 633 solunum örneğinin 48'inde Mycobacterium tuberculosis üremesi saptandı. Tüm solunum örnekleri değerlendirildiğinde testin duyarlılığı % 93.8 özgüllüğü % 98.8 olarak bulundu. Duyarlılık yayma pozitif 30 örnekte %100 iken, yayma negatif 18 örnekte % 83.3 olarak saptandı. Değerlendirilen 608 solunum dışı örneğin 32'sinde M. tuberculosis üremesi saptandı. Tüm solunum dışı örnekler değerlendirildiğinde testin duyarlılığı ve özgüllüğü sırasıyla % 71.9 ve % 99.3 olarak bulundu. Duyarlılık yayma pozitif 12 örnekte %100 iken, yayma negatif 20 örnekte % 55 olarak bulundu. Solunum dışı örneklerde MTB/RIF testi RİF dirençli dört ve RİF duyarlı 76 örneği saptadı ve sonuçlar ilaç duyarlılık testi (İDT) ile doğrulandı. Sonuç: MTB/RIF testi özellikle yayma pozitif klinik örneklerden ve yayma negatif solunum örneklerinden RİF dirençli M. tuberculosis'in hızlı tanısında yararlıdır. Buna karşın, test sonuçları daima kültür ve İDT sonuçlarıyla doğrulanmalıdır

Anahtar Kelime:

Konular: Mikrobiyoloji Biyoteknoloji ve Uygulamalı Mikrobiyoloji

Evaluation of GeneXpert MTB/RIF Assay for the Diagnosis of Tuberculosis and Rapid Detection of Rifampicin Resistance in Clinical Specimens

Öz:

Objective: The Gene Xpert MTB/RIF assay (Cepheid, Sunnyvale, California, USA) is a novel integrated diagnostic device that performs sample processing and semi-nested real-time PCR analysis in a single hands-free step for the diagnosis of tuberculosis and rapid detection of rifampicin (RIF) resistance in clinical specimens. The aim of this study was to determine the sensitivity and specificity of the GeneXpert MTB/RIF assay for the diagnosis of tuberculosis and rapid detection of RIF resistance in smearpositive and smear-negative respiratory and non-respiratory clinical specimens. Materials and Methods: In this study, 633 respiratory and 608 non-respiratory specimens analyzed in the Mycobacteriology laboratory of Medical Microbiology Department, Ege University Medical Faculty, Izmir, Turkey, were evaluated. All samples were inoculated onto Löwenstein-Jensen medium and MGIT 960 (Becton Dickinson Microbiology System, Sparks, NV, USA). GenoType MTBDR plus (Hain Lifescience GmbH) was used for identification of isolates. Antimicrobial susceptibilities of "Mycobacterium tuberculosis complex" were tested using MGIT960. Manufacturer recommendations were used for GeneXpert MTB/RIF (Cepheid, Sunnyvale, CA) test. Results: The GeneXpert MTB/RIF was evaluated for the diagnosis of tuberculosis and rapid detection of RIF resistance in 633 respiratory specimens and 608 non-respiratory specimens. Of the 633 respiratory specimens examined, 48 were culture positive for M. tuberculosis. When all the respiratory samples were evaluated the sensitivity and specificity of the test were 93.8 and 98.8, respectively. For 30 specimens with smear-positive results and 18 specimens with smear-negative results, the sensitivity of the test was 100 and 83.3%, respectively. Of the 608 non-respiratory specimens examined, 32 were culture positive for M. tuberculosis. The sensitivity and specificity of the test were 71.9 and 99.3, respectively. For 12 specimens with smear-positive results and 20 specimens with smear-negative results, the sensitivities were 100 and 55%, respectively. The GeneXpert MTB/RIF assay detected four RIF-resistant specimens and 76 RIF-susceptible specimens, and the results were confirmed by drug susceptibility tests (DST). Conclusion: The GeneXpert MTB/RIF test could be a useful tool for the rapid identification of RIF-resistant M. tuberculosis, especially in smear-positive clinical samples and smear-negative respiratory samples. However the test results must always be confirmed by culture and DST.

Anahtar Kelime:

Konular: Mikrobiyoloji Biyoteknoloji ve Uygulamalı Mikrobiyoloji

Belge Türü: Makale Makale Türü: Araştırma Makalesi Erişim Türü: Erişime Açık

1. TC Sağlık Bakanlığı, Türkiye Halk Sağlığı Kurumu Başkanlığı. Türkiye'de Verem Savaşı 2012 Raporu. Anıl Matbaacılık Ltd. Şti. Ankara, 2013.
2. Centers for Disease Control and Prevention (CDC). Updated guidelines for the use of nucleic acid amplification tests in the diagnosis of tuberculosis. MMWR Morb Mortal Wkly Rep 2009; 58:7-10.
3. Telenti A, Imboden P, Marchesi F, et al. Detection of rifampicin-resistance mutations in Mycobacterium tuberculosis. Lancet 1993; 341:647-50. http://dx.doi.org/10.1016/0140-6736(93)90417-F
4. Cavusoglu C, Hilmioglu S, Guneri S, Bilgic A. Characterization of rpoB mutations in rifampin-resistant clinical isolates of Mycobacterium tuberculosis from Turkey by DNA sequencing and line probe assay. J Clin Microbiol 2002; 40:4435-8. http://dx.doi.org/10.1128/JCM.40.12.4435-4438.2002
5. Blakemore R, Story E, Helb D, et al. Evaluation of the analytical performance of the Xpert MTB/RIF assay. J Clin Microbiol 2010; 48:2495-501. http://dx.doi.org/10.1128/JCM.00128-10
6. Helb D, Jones M, Story E, et al. Rapid detection of Mycobacterium tuberculosis and rifampin resistance by use of on-demand, near-patient technology. J Clin Microbiol 2010; 48:229-37. http://dx.doi.org/10.1128/JCM.01463-09
7. Zeka AN, Tasbakan S, Cavusoglu C. Evaluation of the GeneXpert MTB/RIF assay for rapid diagnosis of tuberculosis and detection of rifampin resistance in pulmonary and extrapulmonary specimens. J Clin Microbiol 2011; 49:4138-41. http://dx.doi.org/10.1128/JCM.05434-11
8. Kent PT, Kubica GP. Public health mycobacteriology. A guide for a level III laboratory. Centers for Disease Control, Atlanta, GA, 1985.
9. CLSI. Susceptibility testing of mycobacteria, nocardia, and other aerobic actinomycetes; approved standard. CLSI/NCCLS Document M24-A. National Committee for Clinical Laboratory Standards, Wayne, 2003.
10. Armand S, Vanhuls P, Delcroix G, Courcol R, Lemaître N. Comparison of the Xpert MTB/RIF test with an IS6110-TaqMan real-time PCR assay for direct detection of Mycobacterium tuberculosis in respiratory and nonrespiratory specimens. J Clin Microbiol 2011; 49:1772-6. http://dx.doi.org/10.1128/JCM.02157-10
11. Boehme CC, Nabeta P, Hillemann D, et al. Rapid molecular detection of tuberculosis and rifampin resistance. N Engl J Med 2010; 363:1005-15. http://dx.doi.org/10.1056/NEJMoa0907847
12. Boehme CC, Nicol MP, Nabeta P, et al. Feasibility, diagnostic accuracy, and effectiveness of decentralised use of the Xpert MTB/RIF test for diagnosis of tuberculosis and multidrug resistance: a multicentre implementation study. Lancet 2011; 377:1495-505. http://dx.doi.org/10.1016/S0140-6736(11)60438-8
13. Marlowe EM, Novak-Weekley SM, Cumpio J, et al. Evaluation of the Cepheid Xpert MTB/RIF assay for direct detection of Mycobacterium tuberculosis complex in respiratory specimens. J Clin Microbiol 2011; 49:1621-3. http://dx.doi.org/10.1128/JCM.02214-10
14. Lawn SD, Mwaba P, Bates M, et al. Advances in tuberculosis diagnostics: the Xpert MTB/RIF assay and future prospects for a point-of-care test. Lancet Infect Dis 2013; 13:349-61. http://dx.doi.org/10.1016/S1473-3099(13)70008-2
15. Özkütük N, Sürücüoğlu S. Orta prevalanslı bölgede akciğer ve akciğer dışı tüberküloz tanısında Xpert MTB/RIF testinin değerlendirilmesi. Mikrobiyol Bul 2014; 48:223-32. http://dx.doi.org/10.5578/mb.7456
16. Moure R, Mu-oz L, Torres M, Santin M, Martín R, Alcaide F. Rapid detection of Mycobacterium tuberculosis complex and rifampin resistance in smear-negative clinical samples by use of an integrated real-time PCR method. J Clin Microbiol 2011; 49:1137-9. http://dx.doi.org/10.1128/JCM.01831-10

APA	ÇAVUSOGLU C, SOYLU M (2014). Klinik Örneklerden Tüberküloz Tanısı ve Hızlı Rifampisin Direnci Saptanmasında GeneXpert MTB/RIF Testinin Performansının Değerlendirilmesi. , 61 - 64.
Chicago	ÇAVUSOGLU CENGIZ,SOYLU MEHMET Klinik Örneklerden Tüberküloz Tanısı ve Hızlı Rifampisin Direnci Saptanmasında GeneXpert MTB/RIF Testinin Performansının Değerlendirilmesi. (2014): 61 - 64.
MLA	ÇAVUSOGLU CENGIZ,SOYLU MEHMET Klinik Örneklerden Tüberküloz Tanısı ve Hızlı Rifampisin Direnci Saptanmasında GeneXpert MTB/RIF Testinin Performansının Değerlendirilmesi. , 2014, ss.61 - 64.
AMA	ÇAVUSOGLU C,SOYLU M Klinik Örneklerden Tüberküloz Tanısı ve Hızlı Rifampisin Direnci Saptanmasında GeneXpert MTB/RIF Testinin Performansının Değerlendirilmesi. . 2014; 61 - 64.
Vancouver	ÇAVUSOGLU C,SOYLU M Klinik Örneklerden Tüberküloz Tanısı ve Hızlı Rifampisin Direnci Saptanmasında GeneXpert MTB/RIF Testinin Performansının Değerlendirilmesi. . 2014; 61 - 64.
IEEE	ÇAVUSOGLU C,SOYLU M "Klinik Örneklerden Tüberküloz Tanısı ve Hızlı Rifampisin Direnci Saptanmasında GeneXpert MTB/RIF Testinin Performansının Değerlendirilmesi." , ss.61 - 64, 2014.
ISNAD	ÇAVUSOGLU, CENGIZ - SOYLU, MEHMET. "Klinik Örneklerden Tüberküloz Tanısı ve Hızlı Rifampisin Direnci Saptanmasında GeneXpert MTB/RIF Testinin Performansının Değerlendirilmesi". (2014), 61-64.

APA	ÇAVUSOGLU C, SOYLU M (2014). Klinik Örneklerden Tüberküloz Tanısı ve Hızlı Rifampisin Direnci Saptanmasında GeneXpert MTB/RIF Testinin Performansının Değerlendirilmesi. Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti Dergisi, 44(2), 61 - 64.
Chicago	ÇAVUSOGLU CENGIZ,SOYLU MEHMET Klinik Örneklerden Tüberküloz Tanısı ve Hızlı Rifampisin Direnci Saptanmasında GeneXpert MTB/RIF Testinin Performansının Değerlendirilmesi. Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti Dergisi 44, no.2 (2014): 61 - 64.
MLA	ÇAVUSOGLU CENGIZ,SOYLU MEHMET Klinik Örneklerden Tüberküloz Tanısı ve Hızlı Rifampisin Direnci Saptanmasında GeneXpert MTB/RIF Testinin Performansının Değerlendirilmesi. Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti Dergisi, vol.44, no.2, 2014, ss.61 - 64.
AMA	ÇAVUSOGLU C,SOYLU M Klinik Örneklerden Tüberküloz Tanısı ve Hızlı Rifampisin Direnci Saptanmasında GeneXpert MTB/RIF Testinin Performansının Değerlendirilmesi. Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti Dergisi. 2014; 44(2): 61 - 64.
Vancouver	ÇAVUSOGLU C,SOYLU M Klinik Örneklerden Tüberküloz Tanısı ve Hızlı Rifampisin Direnci Saptanmasında GeneXpert MTB/RIF Testinin Performansının Değerlendirilmesi. Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti Dergisi. 2014; 44(2): 61 - 64.
IEEE	ÇAVUSOGLU C,SOYLU M "Klinik Örneklerden Tüberküloz Tanısı ve Hızlı Rifampisin Direnci Saptanmasında GeneXpert MTB/RIF Testinin Performansının Değerlendirilmesi." Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti Dergisi, 44, ss.61 - 64, 2014.
ISNAD	ÇAVUSOGLU, CENGIZ - SOYLU, MEHMET. "Klinik Örneklerden Tüberküloz Tanısı ve Hızlı Rifampisin Direnci Saptanmasında GeneXpert MTB/RIF Testinin Performansının Değerlendirilmesi". Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti Dergisi 44/2 (2014), 61-64.