Kullanılan Yöntemlerin Karşılaştırmalı Analizi§ Candida Cinsi Mayaların Tür Düzeyinde Tanımlanmasında

Evren, Ebru; Kalkanci, Ayse; ERDEM, Hatice; ÇAĞLAR, Kayhan; BARAN AKSAKAL, Fatma Nur; ERGANİŞ, Sidre

Kullanılan Yöntemlerin Karşılaştırmalı Analizi§ Candida Cinsi Mayaların Tür Düzeyinde Tanımlanmasında

Hatice ERDEM, (Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Ankara)

Sidre ERGANİŞ, (Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Ankara)

Ebru EVREN, (Ankara Üniversitesi Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Ankara)

Fatma Nur BARAN AKSAKAL, (Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi, Halk Sağlığı Anabilim Dalı, Ankara)

Kayhan ÇAĞLAR, (Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Ankara)

Ayşe KALKANCI (Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Ankara)

Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti Dergisi

3 1

Yıl: 2017 Cilt: 47 Sayı: 3 Sayfa Aralığı: 114 - 124 Metin Dili: Türkçe İndeks Tarihi: 29-07-2022

Kullanılan Yöntemlerin Karşılaştırmalı Analizi§ Candida Cinsi Mayaların Tür Düzeyinde Tanımlanmasında

Öz:

Amaç: İnsanlarda en sık hastalık etkeni olan Candida cinsi mayaların tür düzeyinde tanımlanmaları tedavi seçeneklerini değiştirdiği için büyük önem taşımaktadır. Klasik tanı yöntemlerini kullanmak açısından yetersiz olan laboratuvarların birçoğu ticari tanımlama sistemlerine başvurmaktadır. Ancak, ticari sistemlerin "doğrulukları" çeşitli karşılaştırmalı çalışmalarda değişkenlik göstermektedir. Bu çalışmada Candida türlerinin tanımlanmasında kullanılan yöntemlerin karşılaştırılması amaçlanmıştır.Gereç ve Yöntem: 2015 Haziran - 2016 Haziran tarihleri arasında Gazi Üniversitesi Hastanesi Mikrobiyoloji Laboratuvarı'nda tür düzeyinde tanımlanan 276 Candida cinsi mayanın dağılımları incelenmiş, bir yıllık dağılımı doğru temsil edecek şekilde tabakalı örnekleme yöntemine göre 72 köken seçilmiştir. Klasik tanımlama yöntemleri olan mısır unu-tween 80 agarda morfoloji ve ID32C maya tanımlama yöntemine ek olarak MALDI-TOF yöntemi sonuçları karşılaştırılmıştır. Kökenlerin 27'si için altın standart yöntem olarak rRNA gen bölgesi ITS genleri dizi analizi ve PhoenixTM yöntemi uygulanarak ikinci bir karşılaştırma yapılmıştır.Bulgular: Tür tanımlamasında altın standart yöntem olarak ID32C yöntemi kabul edildiğinde, 41 kökenin (%56) her üç yöntemle de doğru olarak tanımlandığı görülmüştür. Kalan 31 kökenin ise (%44) en az bir yöntem ile hatalı tanımlandığı anlaşılmıştır. Dizi analizi ve PhoenixTM ile yeniden tanımlanan 27 kökenden 14 tanesinin (%52) PhoenixTM sistemi ile, 16 tanesinin (%59) mısır unu-tween 80 agarda morfoloji yöntemi ile, 22 tanesinin (%81) MALDI-TOF ile, 21 tanesinin (%78) ID32C yöntemi ile doğru tanımlandığı hesaplanmıştır.Sonuç: Rutin mikrobiyoloji laboratuvarlarında MALDI-TOF yönteminin hızlı ve güvenilir sonuç verdiği, maliyeti göz önüne alındığında ise, Candida cinsi mayaların tür düzeyinde tanınmasında en güvenilir yöntemin karbonhidrat asimilasyonuna dayalı ID32C yöntemi olduğu, diğer tanımlama yöntemlerinin ise %52 ve %59 doğrulukta tanımlama yapabildiği hesaplanmıştır

Anahtar Kelime:

Konular: Mikrobiyoloji Biyoteknoloji ve Uygulamalı Mikrobiyoloji

Comparative Analysis of Different Methods Used for the Identification of Candida on Species Level

Öz:

Objective: Since it changes treatment alternatives, identification of Candida yeast which is the most frequent infectious agent in human beingson species level. Many laboratories deficient in the use of classical diagnostic methods resort to commercially available automated identification methods. But, diagnostic “accuracy” of commercial identification systems have demonstrated variable results in various comparative studies. The aim of the present work is to compare different identification methods used for Candida species.Material and Methods: Distribution of 276 Candida species was analyzed in Gazi University Hospital Microbiology Laboratory during the period between June 2015 and June 2016, and 72 isolates of Candida spp. were selected according to ‘stratified random sampling’ analysis method so as to accurately represent distribution related to this one year period Candida species Identification results obtained from morphological evaluation on corn meal-tween 80 agar as a conventional method and ID32C yeast identification system in addition to MALDI-TOF identification patterns were compared. A second comparative analysis was performed for 27 isolates in 72 selected samples using rRNA region ITS gene sequencing and Phoenix™ system.Results: When ID32C method was considered as the gold standard in species identification in this study, a total of 41 isolates (56%) were identifed accurately by all three methods. The remaining 31 isolates (44%) were misidentified by at least one of the three methods. Among 27 isolates that were reidentified by DNA sequencing method, PhoenixTM identification system (n=14: 52%), morphology on corn meal-tween 80 agar (n=16: 59%), MALDITOF (n=22: 81%), and ID32C identification method (n=21: 78%) accurately identified indicated number of Candida isolates.Conclusion: Among the techniques analysed, we estimated that the MALDI-TOF system presents valuable and fast results; however if we consider the costs of the methods, the most reliable method is ID32C method based on carbohydrate assimilation in identifying Candida species. Other methods presented accuracy between 52% and 79%

Anahtar Kelime:

Konular: Mikrobiyoloji Biyoteknoloji ve Uygulamalı Mikrobiyoloji

Belge Türü: Makale Makale Türü: Araştırma Makalesi Erişim Türü: Erişime Açık

1. Nerurkar V, Khan S, Kattungal S, Bhatia S. Identifying Candida and other yeast-like fungi: utility of an identification algorithm in resource limited setting. J Clin Diagn Res 2014; 8:DC01-4. https://doi.org/10.7860/JCDR/2014/9753.5259
2. Procop GW, Koneman EW. Koneman’s Color Atlas and Textbook of Diagnostic Microbiology. 7th Edition, Wolters&Kluwer, 2016.
3. Çopur Çiçek A, Koç AN, ErtürkA, Demir G, Bahçeci İ. Çeşitli klinik örneklerden izole edilen Candida türlerinin tanımlanmasında kromojenik besiyerinin değerlendirilmesi. Abant Med J 2104; 3:248-52.
4. İnci M, Atalay MA, Koç AN, Özer B, Kılınç Ç, Durmaz S. Candida albicans dışı mayaların tanımlanmasında VITEK 2 YST kart ile API 20C AUX sisteminin karşılaştırılması. Dicle Tıp Derg 2012; 39:80-2. https://doi.org/10.5798/diclemedj.0921.2012.01.0099
5. Öztürk T, Özseven AG, Sesli Çetin E, Kaya S. Kan kültürlerinden izole edilen Candida suşlarının tiplendirilmesi ve antifungal duyarlılıklarının araştırılması. Kocatepe Tıp Derg 2013; 14:17-22.
6. Kathuria S, Singh PK, Sharma C, et al. Multidrugresistant Candida auris misidentified as Candida haemulonii: characterization by matrix-assisted laser desorption ionization–time of flight mass spectrometry and DNA sequencing and its antifungal susceptibility profile variability by Vitek 2, CLSI broth microdilution, and Etest method. J Clin Microbiol 2015; 53:1823-30. https://doi.org/10.1128/JCM.00367-15
7. Chao Q-T, Lee T-F, Teng S-H, et al. Comparison of the accuracy of two conventional phenotypic methods and two MALDI-TOF MS systems with that of DNA sequencing analysis for correctly identifying clinically encountered yeasts. PLoS One 2014; 9:e109376. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0109376
8. Sow D, Fall B, Ndiaye M, et al. Usefulness of MALDI-TOF mass spectrometry for routine identification of Candida species in a resource-poor setting. Mycopathologia 2015; 180:173-9. https://doi.org/10.1007/s11046-015-9905-2
9. Feyzioğlu B, Doğan M, Özdemir M, Baykan M, Baysal B. Kandida türlerinin tanımlanmasında Corn Meal Agar, Candida ID2 kromojenik besiyeri ve API 32 IDC performansının değerlendirilmesi. Selçuk Tıp Derg 2014; 30:43-5.
10. Sav H, Demir G, Atalay MA, Koç AN. Klinik örneklerden izole edilen Candida türlerinin değerlendirilmesi. Turk Hij Den Biyol Derg 2013; 70:175-80. https://doi.org/10.5505/TurkHijyen.2013.37267
11. Pravin Charles MV, Kali A, Joseph NM. Performance of chromogenic media for Candida in rapid presumptive identification of Candida species from clinical materials. Pharmacognosy Res 2015; 7(Suppl 1):S69- 73. https://doi.org/10.4103/0974-8490.150528
12. Dirican A. Tanı testi performanslarının değerlendirilmesi ve kıyaslanması. Cerrahpaşa J Med 2001; 32:25-30.
13. Karabıçak N, Uludağ Altun H ve ark. Mikrobiyoloji laboratuvarlarında maya türlerinin tanımlanmasında sık kullanılan ticari sistemlerin değerlendirilmesi: çok merkezli bir çalışma. Mikrobiyol Bul 2015; 49:210-20. https://doi.org/10.5578/mb.9370
14. Stefaniuk E, Baraniak A, Fortuna M, Hryniewicz W. Usefulness of CHROMagar Candida medium, biochemical methods - API ID32C and VITEK 2 compact and two MALDI-TOF MS systems for Candida spp. identification. Pol J Microbiol 2016; 65:111-4. https://doi.org/10.5604/17331331.1197283
15. Özcan N, Ezin Ö, Akpolat N, Bozdağ H, Mete M, Gül K. Klinik örneklerde saptanan Candida türlerinin MALDI-TOF MS ile tiplendirilmesi. Dicle Tıp Derg 2016; 43:390-4.
16. Fatania N, Fraser M, Savage M, Hart J, Abdolrasouli A. Comparative evaluation of matrix-assisted laser desorption ionisation-time of flight mass spectrometry and conventional phenotypic-based methods for identification of clinically important yeasts in a UK-based medical microbiology laboratory. J Clin Pathol 2015; 68:1040-2. https://doi.org/10.1136/jclinpath-2015-203029
17. Kim TH, Kweon OJ, Kim HR, Lee MK. Identification of uncommon Candida species using commercial identification systems. J Microbiol Biotechnol 2016; 26:2206-13. https://doi.org/10.4014/jmb.1609.09012
18. Wang H, Fan YY, Kudinha T, et al. A comprehensive evaluation of the Bruker Biotyper MS and Vitek MS Matrix-Assisted Laser Desorption Ionization-Time of Flight mass spectrometry systems for identification of yeasts, part of the National China Hospital Invasive Fungal Surveillance Net (CHIF-NET) Study, 2012 to 2013. J Clin Microbiol 2016; 54:1376-80. https://doi.org/10.1128/JCM.00162-16
19. Gayibova Ü, Dalyan Cılo B, Ağca H, Ener B. Klinik örneklerden izole edilen Candida türlerinin tanımlanmasında Phoenix Yeast ID Panel ile API ID 32C ticari sistemlerinin karşılaştırılması. Mikrobiyol Bul 2014; 48:438-48. https://doi.org/10.5578/mb.7827
20. Zhao L, De Hoog S, Cornelissen A, et al. Prospective evaluation of the chromogenic medium CandiSelect 4 for differentiation and presumptive identification of non-Candida albicans Candida species. Fungal Biol 2016; 120:173-8. https://doi.org/10.1016/j.funbio.2015.09.006
21. Kaçmaz B, Sipahi AB, Aksoy A. Candida türlerinin tanımlanmasında “API ID32C” ve “RAPID YEAST PLUS” sistemlerinin karşılaştırılması. ANKEM Derg 2006; 20:214-6.
22. Doğan Ö, İnkaya AÇ, Gülmez D, Uzun Ö, Akova M, Arıkan Akdağlı S. PNA-FISH yönteminin kan kültürlerinden izole edilen Candida türlerinin direkt tanımlanması ve antifungal tedavi planına olası etki yönünden değerlendirilmesi. Mikrobiyol Bul 2016; 50:580-9. https://doi.org/10.5578/mb.27948
23. Fraser M, Brown Z, Houldsworth M, Borman AM, Johnson EM. Rapid identification of 6328 isolates of pathogenic yeasts using MALDI-ToF MS and a simplified, rapid extraction procedure that is compatible with the Bruker Biotyper platform and database. Med Mycol 2016; 54:80-8.
24. Duyvejonck H, Cools P, Decruyenaere J, et al. Validation of High Resolution Melting Analysis (HRM) of the amplified ITS2 region for the detection and identification of yeasts from clinical samples: comparison with culture and MALDI-TOF based identification. PLoS One 2015; 10:e0132149. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0132149
25. Khodadadi H, Karimi L, Jalalizand N, Adin H, Mirhendi H. Utilization of size polymorphism in ITS1 and ITS2 regions for identification of pathogenic yeast species. J Med Microbiol 2017; 66:126-33. https://doi.org/10.1099/jmm.0.000426
26. Keçeli SA, Dündar D, Tamer GS. Comparison of Vitek Matrix-assisted Laser Desorption/Ionization Time-of-Flight Mass Spectrometry versus conventional methods in Candida identification. Mycopathologia 2016; 181:67-73. https://doi.org/10.1007/s11046-015-9944-8

APA	ERDEM H, ERGANİŞ S, Evren E, BARAN AKSAKAL F, ÇAĞLAR K, Kalkanci A (2017). Kullanılan Yöntemlerin Karşılaştırmalı Analizi§ Candida Cinsi Mayaların Tür Düzeyinde Tanımlanmasında. , 114 - 124.
Chicago	ERDEM Hatice,ERGANİŞ Sidre,Evren Ebru,BARAN AKSAKAL Fatma Nur,ÇAĞLAR Kayhan,Kalkanci Ayse Kullanılan Yöntemlerin Karşılaştırmalı Analizi§ Candida Cinsi Mayaların Tür Düzeyinde Tanımlanmasında. (2017): 114 - 124.
MLA	ERDEM Hatice,ERGANİŞ Sidre,Evren Ebru,BARAN AKSAKAL Fatma Nur,ÇAĞLAR Kayhan,Kalkanci Ayse Kullanılan Yöntemlerin Karşılaştırmalı Analizi§ Candida Cinsi Mayaların Tür Düzeyinde Tanımlanmasında. , 2017, ss.114 - 124.
AMA	ERDEM H,ERGANİŞ S,Evren E,BARAN AKSAKAL F,ÇAĞLAR K,Kalkanci A Kullanılan Yöntemlerin Karşılaştırmalı Analizi§ Candida Cinsi Mayaların Tür Düzeyinde Tanımlanmasında. . 2017; 114 - 124.
Vancouver	ERDEM H,ERGANİŞ S,Evren E,BARAN AKSAKAL F,ÇAĞLAR K,Kalkanci A Kullanılan Yöntemlerin Karşılaştırmalı Analizi§ Candida Cinsi Mayaların Tür Düzeyinde Tanımlanmasında. . 2017; 114 - 124.
IEEE	ERDEM H,ERGANİŞ S,Evren E,BARAN AKSAKAL F,ÇAĞLAR K,Kalkanci A "Kullanılan Yöntemlerin Karşılaştırmalı Analizi§ Candida Cinsi Mayaların Tür Düzeyinde Tanımlanmasında." , ss.114 - 124, 2017.
ISNAD	ERDEM, Hatice vd. "Kullanılan Yöntemlerin Karşılaştırmalı Analizi§ Candida Cinsi Mayaların Tür Düzeyinde Tanımlanmasında". (2017), 114-124.

APA	ERDEM H, ERGANİŞ S, Evren E, BARAN AKSAKAL F, ÇAĞLAR K, Kalkanci A (2017). Kullanılan Yöntemlerin Karşılaştırmalı Analizi§ Candida Cinsi Mayaların Tür Düzeyinde Tanımlanmasında. Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti Dergisi, 47(3), 114 - 124.
Chicago	ERDEM Hatice,ERGANİŞ Sidre,Evren Ebru,BARAN AKSAKAL Fatma Nur,ÇAĞLAR Kayhan,Kalkanci Ayse Kullanılan Yöntemlerin Karşılaştırmalı Analizi§ Candida Cinsi Mayaların Tür Düzeyinde Tanımlanmasında. Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti Dergisi 47, no.3 (2017): 114 - 124.
MLA	ERDEM Hatice,ERGANİŞ Sidre,Evren Ebru,BARAN AKSAKAL Fatma Nur,ÇAĞLAR Kayhan,Kalkanci Ayse Kullanılan Yöntemlerin Karşılaştırmalı Analizi§ Candida Cinsi Mayaların Tür Düzeyinde Tanımlanmasında. Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti Dergisi, vol.47, no.3, 2017, ss.114 - 124.
AMA	ERDEM H,ERGANİŞ S,Evren E,BARAN AKSAKAL F,ÇAĞLAR K,Kalkanci A Kullanılan Yöntemlerin Karşılaştırmalı Analizi§ Candida Cinsi Mayaların Tür Düzeyinde Tanımlanmasında. Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti Dergisi. 2017; 47(3): 114 - 124.
Vancouver	ERDEM H,ERGANİŞ S,Evren E,BARAN AKSAKAL F,ÇAĞLAR K,Kalkanci A Kullanılan Yöntemlerin Karşılaştırmalı Analizi§ Candida Cinsi Mayaların Tür Düzeyinde Tanımlanmasında. Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti Dergisi. 2017; 47(3): 114 - 124.
IEEE	ERDEM H,ERGANİŞ S,Evren E,BARAN AKSAKAL F,ÇAĞLAR K,Kalkanci A "Kullanılan Yöntemlerin Karşılaştırmalı Analizi§ Candida Cinsi Mayaların Tür Düzeyinde Tanımlanmasında." Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti Dergisi, 47, ss.114 - 124, 2017.
ISNAD	ERDEM, Hatice vd. "Kullanılan Yöntemlerin Karşılaştırmalı Analizi§ Candida Cinsi Mayaların Tür Düzeyinde Tanımlanmasında". Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti Dergisi 47/3 (2017), 114-124.