Lactococcus garvieae İzolatlarının Antimikrobiyal Direnç Profillerinin Fenotipik ve Genotipik Olarak Belirlenmesi

ONUK, ERTAN EMEK; HANCI, İlker

Lactococcus garvieae İzolatlarının Antimikrobiyal Direnç Profillerinin Fenotipik ve Genotipik Olarak Belirlenmesi

İlker HANCI, (Sinop İl Gıda Tarım ve Hayvancılık Müdürlüğü, Sinop, Türkiye)

Ertan EMEK ONUK (Ondokuz Mayıs Üniversitesi, Veteriner Fakültesi, Su Ürünleri Hastalıkları Anabilim Dalı, Samsun, Türkiye)

Etlik Veteriner Mikrobiyoloji Dergisi

1 0

Yıl: 2018 Cilt: 29 Sayı: 2 Sayfa Aralığı: 94 - 103 Metin Dili: Türkçe İndeks Tarihi: 27-05-2019

Lactococcus garvieae İzolatlarının Antimikrobiyal Direnç Profillerinin Fenotipik ve Genotipik Olarak Belirlenmesi

Öz:

Antimikrobiyel ajanların su ürünleri yetiştiriciliğindeki yoğun ve bilinçsiz kullanımı sucul ortamda antibiyotik dirençli bakterilerin ve antibiyotik direnç genlerinin oluşumuna neden olmaktadır. Bu gibi durumlarda su ve sediment antibiyotik direnç genleri için rezervuar durumuna dönüşebilir ve bu genler horizontal gen transferi ile insan ve balık patojenleri arasında yayılabilirler. Bu çalışmada Türkiye’nin değişik bölgelerinden izole edilmiş 25 L. garvieae izolatının 14 farklı antibiyotiğe karşı duyarlılıkları Kirby Bauer disk difüzyon yöntemiyle belirlendi. İzolatların sahip oldukları çeşitli antibiyotik direnç genlerinin varlığı spesifik primer çiftlerinin kullanıldığı PCR metodu ile belirlendi. Ayrıca izolatlar arasındaki olası klonal ilişkiler RAPD-PCR metodu ile ortaya konuldu. İzolatların tamamının en az 4 farklı antibiyotiğe karşı dirençli olduğu, bir izolatın ise 9 farklı antibiyotiğe karşı direnç ile en yüksek direnç profiline sahip olduğu belirlendi. İzolatlardan birinin (%4) sulI direnç genine, altısının (%24) sulII direnç genine ve bir izolatın (%4) tetD direnç genine sahip olduğu belirlendi. İzolatların ERIC2 primeri ile 3 farklı genotipe ayrıldığı ve izolatların büyük bir bölümünün (16 izolat) baskın tip olan LG2 genotipine dahil olduğu belirlendi. Çalışmada çoklu ilaç direncinin yüksek oranda saptanması balık hastalıklarının tedavisinde uygun antimikrobiyel ajanların seçilmesinin önemini ortaya koymaktadır.

Anahtar Kelime:

Konular: Biyoloji

Phenotypic and Genotypic Determination of Antimicrobial Resistance Profile for Lactococcus garvieae Isolates

Öz:

The intense and unconscious use of antimicrobial agents in aquaculture results in the occurrence of antibiotic-resistant bacteria and antibiotic resistance genes (ARGs). In such cases, water and sediment may become a reservoir for ARGs and these genes can be transferred horizontally among fish and human pathogens. In the current study, antimicrobial activity of 25 L. garvieae strains isolated from different regions of Turkey was determined by Kirby Bauer disk diffusion method against the 14 different antibiotics. Presence of various antibiotic resistance genes in the isolates was determined by PCR method with specific primers. Additionally, possible clonal relationships between isolates were demonstrated by the RAPD-PCR method. All isolates have resistant to at least 4 different antibiotics, also one isolate had the highest resistance profile with resistance to 9 different antibiotics. It was determined that one of the isolates (4%) has SulI resistance gene, six (24%) of isolates have the sulII resistance gene and one isolate (4%) has tetD resistance gene. It was determined that the isolates were divided into 3 different genotypes by the ERIC2 primer and large amount of the isolates (16 isolates) have involved dominant type LG2 genotype. Detection of high rate multi-drug resistance in the study, suggested that selection of appropriate antimicrobial agents is important for treatment of fish diseases.

Anahtar Kelime:

Konular: Biyoloji

Belge Türü: Makale Makale Türü: Araştırma Makalesi Erişim Türü: Erişime Açık

Altun S, Onuk EE, Çiftçi A, Büyükekiz AG, Duman M, (2013). Phenotypic, genotypic characterisation and antimicrobial susceptibility determination of Lactococcus garvieae strains. Kafkas Üni Vet Fak Derg. 19, 375-381.
Aoki T, Takami K, Kitao T, (1990). Drug resistance in a nonhemolytic Streptococcus sp. isolated from cultured yellowtail Seriola quinqueradiata. Dis Aquat Org. 8, 171-177.
Austin B, Austin AD, Bacterial fish pathogens: Diseases of farmed and wild fish, 5th edn. Springer/Praxis Publishing, Chichester, 2012.
Baydan E, Yurdakök B, Aydın FG, (2012). Balıklarda antibiyotik kullanımı. Turkiye Klinikleri J Vet Sci. 3(3), 45-52.
Clinical Laboratory Standard Institute (CLSI). The susceptibility of the isolates was determined according to Performance Standards for Antimicrobial Susceptibility Testing: Twenty-First Informational Supplement, Zone Diameter Standards for Enterococcus spp. (7). CLSI.: Performance standarts for antimicrobial susceptibility testing; Twentyfirst Informational Supplement, 2011.
Didinen BI, Yardımcı B, Onuk EE, Metin S, Yıldırım P, (2014). Naturally Lactococcus garvieae infection in Rainbow Trout (Oncorhyncus mykiss Walbaum, 1792): New histopathological observations, phenotypic and molecular identification. Rev Med Vet. 165(1-2), 12-19.
Duman M, (2017). Gökkuşağı alabalıklarında görülen motil aeromonas (Aeromonas hydrophila, A. sobria, A. caviae), Yersinia ruckeri ve Lactococcus garvieae bakterilerinin antimikrobiyal duyarlılıkları ve duyarlılıkta rol oynayan genlerin tespiti. Uludağ Üniversitesi, Sağlık Bilimleri Enstitüsü, Su Ürünleri Hastalıkları Anabilim Dalı, Bursa, Doktora Tezi, sayfa: 70.
Foschino R, Nucera D, Volponi G, Picozzi C, Ortoffi M, Bottero MT, (2008). Comparison of Lactococcus garvieae strains isolated in northern Italy from dairy products and fishes through molecular typing. J Applied Microbiol. 105(3), 652-62
Gıda Tarım ve Hayvancılık Bakanlığı (GTHB). Bakanlığımızdan izinli veteriner tıbbi ürünler listesi. https:// www.tarim.gov.tr/Konular/Veteriner-Hizmetleri/Veteriner- Saglik-Urunleri. 2018. İnternet Erişimi: 15.03.2018.
Heuer OE, Kruse H, Grave K, Collignon P, Karunasagar I, Angulo FJ, (2009). Human health consequences of use of antimicrobial agents in aquaculture. Clin Infect Dis. 49, 1248-1253.
Hirono I, Aoki T, (2001). Characterization of structure and genes of R Plasmid from fish-pathogenic Lactococcus garvieae. Proc Jpn Soc Antimicrob Anim. 23, 22-24.
Kav K, Erganiş O, (2008) Antibiotic susceptibility of Lactococcus garvieae in Rainbow trout (Oncorhyncus mykiss) farms. Bull Vet Inst Pulawy. 52, 223-226.
Kawanishi M, Kojima A, Ishihara K, Esaki H, Kijima M, Takahashi T, Suzuki S, Tamura Y, (2005). Drug resistance and pulsed-field gel electrophoresis patterns of Lactococcus garvieae isolates from cultured Seriola (yellowtail, amberjack and kingfish) in Japan. Lett Appl Microbiol. 40, 322-328.
Kubilay A, Altun S, Ulukoy G, Diler O, (2005). Lactococcus garvieae suşlarının antimikrobiyal duyarlılıklarının belirlenmesi. Eğirdir Su Ürünleri Fakültesi Dergisi. 1(1), 39-48.
Marti E, Variatza E, Balcazar JL, (2014). The role of aquatic ecosystems as reservoirs of antibiotic resistance. Trends Microbiol. 22(1), 36-41.
Meyburgh CM, Bragg RR, Boucher CE, (2017). Lactococcus garvieae: an emerging bacterial pathogen of fish. Dis Aquat Org. 123, 67-79.
Ng LK, Marti, I, Alfa M, Mulvey M, (2001). Multiplex PCR for the detection of tetracycline resistant genes. Mol Cel Prob. 15, 209-215.
Ngo TPH, Smith P, Bartie KL, Thompson KD, Verner-Jeffreys DW, Hoare R, Adams A, (2018). Antimicrobial susceptibility of Flavobacterium psychrophilum isolates from the United Kingdom. J Fish Dis. 41, 309-320.
Onuk EE, Çiftçi A, Fındık A, Çiftçi G, Altun S, Balta F, Özer S, Çoban AY, (2011). Phenotypic and Molecular Characterization of Yersinia ruckeri Isolates from Rainbow Trout (Oncorhynchus mykiss, Walbaum, 1792) in Turkey. Berl Munch Tierarztl Wochenschr. 124(7-8), 320-328.
Pei R, Kim SC, Carlson KH, Pruden A, (2006). Effect of river land scape on the sediment concentrations of antibiotics and corresponding antibiotic resistance genes (ARG). Water Res. 40, 2427-2435.
Raissy M, Moumeni M, (2016). Detection of antibiotic resistance genes in some Lactococcus garvieae strains isolated from infected Rainbow trout. Iran J Fish Sci. 15(1), 221-229.
Raissy M, Shahrani M, (2015). Detection of tetracycline resistance genes in Lactococcus garvieae strains isolated from Rainbow trout. World Academy of Science, Engineering ve Technology, International Journal of Biological, Biomolecular, Agricultural, Food ve Biotechnological Engineering. 9(2), 126-129.
Ravelo C, Magarinos B, Lopez-Ramade S, Toranzo AE, Romalde JL, (2003). Molecular fingerprinting of fishpathogenic Lactococcus garvieae strains by Random Amplified polymorphic DNA Analysis. J Clin Microbiol. 41(2), 751-756.
Roberts MC, Chung WO, Roe D, Xia M, Marquez C, Borthagaray G, Whittington WL, Holmes KK, (1999). Erythromycin resistant Neisseria gonorrhoeae and oral commensal Neisseria spp. carry known rRNAmethylase genes. Antimicrob Agents Chemother. 43(6), 1367-1372.
Taylor NGH, Verner-Jeffreys DW, Baker-Austin C, (2011). Aquatic systems: maintaining, mixing and mobilising antimicrobial resistance? Trends Ecol Evol. 26(6), 278-284.
Türe M, Boran H, (2015). Phenotypic and genotypic antimicrobial resistance of Lactococcus sp. strains isolated from rainbow trout (Oncorhynchus mykiss). Bull Vet Inst Pulawy. 59, 37-42.
Van TTH, Chin J, Chapman T, Tran LT, Coloe PJ, (2008). Safety of raw meat and shellfish in Vietnam: an analysis of Escherichia coli isolations for antibiotic resistance and virulence genes. Int J Food Microbiol. 124, 217-223.
Vendrell D, Balcazar JL, Ruiz-Zarzuela I, De Blas I, Girones O, Muzquiz JL, (2006). Lactococcus garvieae in fish: a review. Comp Immun Microbiol Infect Dis. 29, 177-198.
Versalovic J, Koeuth T, Lupski R, (1991). Distribution of repetitive DNA sequences in eubacteria and application to fingerprinting of bacterial genomes. Nucleic Acids Res. 19(24), 6823-6831.
Zlotkin A, Eldar A, Ghittino C, Bercovier H, (1998). Identification of Lactococcus garvieae by PCR. J Clin Microbiol. 36, 983-985.

APA	HANCI İ, ONUK E (2018). Lactococcus garvieae İzolatlarının Antimikrobiyal Direnç Profillerinin Fenotipik ve Genotipik Olarak Belirlenmesi. , 94 - 103.
Chicago	HANCI İlker,ONUK ERTAN EMEK Lactococcus garvieae İzolatlarının Antimikrobiyal Direnç Profillerinin Fenotipik ve Genotipik Olarak Belirlenmesi. (2018): 94 - 103.
MLA	HANCI İlker,ONUK ERTAN EMEK Lactococcus garvieae İzolatlarının Antimikrobiyal Direnç Profillerinin Fenotipik ve Genotipik Olarak Belirlenmesi. , 2018, ss.94 - 103.
AMA	HANCI İ,ONUK E Lactococcus garvieae İzolatlarının Antimikrobiyal Direnç Profillerinin Fenotipik ve Genotipik Olarak Belirlenmesi. . 2018; 94 - 103.
Vancouver	HANCI İ,ONUK E Lactococcus garvieae İzolatlarının Antimikrobiyal Direnç Profillerinin Fenotipik ve Genotipik Olarak Belirlenmesi. . 2018; 94 - 103.
IEEE	HANCI İ,ONUK E "Lactococcus garvieae İzolatlarının Antimikrobiyal Direnç Profillerinin Fenotipik ve Genotipik Olarak Belirlenmesi." , ss.94 - 103, 2018.
ISNAD	HANCI, İlker - ONUK, ERTAN EMEK. "Lactococcus garvieae İzolatlarının Antimikrobiyal Direnç Profillerinin Fenotipik ve Genotipik Olarak Belirlenmesi". (2018), 94-103.

APA	HANCI İ, ONUK E (2018). Lactococcus garvieae İzolatlarının Antimikrobiyal Direnç Profillerinin Fenotipik ve Genotipik Olarak Belirlenmesi. Etlik Veteriner Mikrobiyoloji Dergisi, 29(2), 94 - 103.
Chicago	HANCI İlker,ONUK ERTAN EMEK Lactococcus garvieae İzolatlarının Antimikrobiyal Direnç Profillerinin Fenotipik ve Genotipik Olarak Belirlenmesi. Etlik Veteriner Mikrobiyoloji Dergisi 29, no.2 (2018): 94 - 103.
MLA	HANCI İlker,ONUK ERTAN EMEK Lactococcus garvieae İzolatlarının Antimikrobiyal Direnç Profillerinin Fenotipik ve Genotipik Olarak Belirlenmesi. Etlik Veteriner Mikrobiyoloji Dergisi, vol.29, no.2, 2018, ss.94 - 103.
AMA	HANCI İ,ONUK E Lactococcus garvieae İzolatlarının Antimikrobiyal Direnç Profillerinin Fenotipik ve Genotipik Olarak Belirlenmesi. Etlik Veteriner Mikrobiyoloji Dergisi. 2018; 29(2): 94 - 103.
Vancouver	HANCI İ,ONUK E Lactococcus garvieae İzolatlarının Antimikrobiyal Direnç Profillerinin Fenotipik ve Genotipik Olarak Belirlenmesi. Etlik Veteriner Mikrobiyoloji Dergisi. 2018; 29(2): 94 - 103.
IEEE	HANCI İ,ONUK E "Lactococcus garvieae İzolatlarının Antimikrobiyal Direnç Profillerinin Fenotipik ve Genotipik Olarak Belirlenmesi." Etlik Veteriner Mikrobiyoloji Dergisi, 29, ss.94 - 103, 2018.
ISNAD	HANCI, İlker - ONUK, ERTAN EMEK. "Lactococcus garvieae İzolatlarının Antimikrobiyal Direnç Profillerinin Fenotipik ve Genotipik Olarak Belirlenmesi". Etlik Veteriner Mikrobiyoloji Dergisi 29/2 (2018), 94-103.