Çeşitli Klinik Örneklerden İzole Edilen Gram-Negatif Anaerop Basillerin Tiplendirilmesi ve Antibiyotik Direnç Profillerinin E-Test Yöntemi ile Belirlenmesi

Kesli, Recep; Özdemir, Cengiz

doi:10.5578/mb.66175

Çeşitli Klinik Örneklerden İzole Edilen Gram-Negatif Anaerop Basillerin Tiplendirilmesi ve Antibiyotik Direnç Profillerinin E-Test Yöntemi ile Belirlenmesi

Cengiz ÖZDEMİR, (Afyon Kocatepe Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Afyonkarahisar, Türkiye)

Recep KEŞLİ (Afyon Kocatepe Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Afyonkarahisar, Türkiye)

Mikrobiyoloji Bülteni

4 0

Yıl: 2018 Cilt: 52 Sayı: 1 Sayfa Aralığı: 72 - 79 Metin Dili: Türkçe DOI: 10.5578/mb.66175 İndeks Tarihi: 20-07-2020

Çeşitli Klinik Örneklerden İzole Edilen Gram-Negatif Anaerop Basillerin Tiplendirilmesi ve Antibiyotik Direnç Profillerinin E-Test Yöntemi ile Belirlenmesi

Öz:

Bu çalışma, anaerobik enfeksiyondan şüphelenilen hastalardan elde edilen çeşitli klinik örneklerdenizole edilen gram-negatif anaerop basillerin tanımlanması ve antibiyotik direnç profillerinin antibiyotikkonsantrasyon gradiyent yöntemi ile belirlenmesi amacıyla yapılmıştır. Çalışma, Afyon KocatepeÜniversitesi, Ahmet Necdet Sezer Uygulama ve Araştırma Hastanesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarında,1 Kasım 2014-30 Ekim 2015 tarihleri arasında, gerçekleştirilmiştir. Anaerop kültür için kabul edilen toplam228 klinik örnek çalışmaya dahil edilmiştir. Bütün örneklerin, %5 defibrine koyun kanlı Schaedler agar veSchaedler buyyon kullanılarak anaerobik kültürleri yapılmıştır. İzole edilen anaerop gram-negatif basiller,konvansiyonel yöntemler ve otomatize tanı sistemi (VITEK 2, bioMerieux, Fransa) birlikte kullanılaraktanımlanmıştır. Penisilin G, klindamisin, sefoksitin, metronidazol, moksifloksasin, imipenem, meropenem,ertapenem ve doripenem duyarlılıkları her izolat için antibiyotik konsantrasyon gradiyent yöntemi (Etest, bioMerieux, Fransa) ile belirlenmiştir. Toplam olarak izole edilen 28 anaerop gram-negatif basilden,14’ü Bacteroides fragilis grubu, 9’u Prevotella spp. ve 5’i de Fusobacterium spp. olarak tanımlanmıştır.En yüksek direnç oranı penisiline karşı (%78.5) bulunurken, klindamisin ve sefoksitin direnç oranları sırası ile %17.8 ve %21.4 olarak bulunmuştur. Metronidazol, moksifloksasin, imipenem, meropenem,ertapenem ve doripeneme karşı direnç saptanmamıştır. Anaerop bakterilerin üretilmeleri güç, zamanalıcı ve aerop kültür maliyetleri ile karşılaştırıldığında daha pahalıdır. Bu gerçekler ile birlikte uygun klinikörnekler elde edilerek, uygun şartlarda ve uygun sürede laboratuvara ulaştırılması halinde; anaeropbakterilerin, üreme ve izole edilme oranlarında ciddi artışlar görülebilmektedir. Çalışma sonucundaelde edilen merkezimize ait verilerin anaerop bakterilere bağlı enfeksiyonların takip ve tedavisinde yararsağlayarak bu konudaki literatüre bir katkı sunacağı inancındayız. Penisiline karşı yüksek oranda dirençgörüldüğünden; bu antibiyotiğin ampirik tedavide birinci seçenek olması uygun değildir. Sefoksitinampirik tedavide kullanılabilir olmakla beraber, antibiyotik direnç oranlarının belirlenmesi daha faydalı veuygun olacaktır. En etkili antibiyotiğin veya etkili antibiyotiklerin öncelikli olarak tercih edilmesi, yüksekdirenç oranlarının azalmasına katkıda bulunabilir. Karbapenem grubu antibiyotikler ve metronidazolekarşı direnç gözlenmemiştir. Bu nedenle, söz konusu antibiyotikler gelecekte dirençli gram-negatifanaerop bakterilerin etken olduğu enfeksiyonların tedavilerinde, bir seçenek olarak korunmalıdır.Anahtar sözcükler: Gram-negatif anaerop bakteriler; antibakteriyel ajanlar; antimikrobiyal ilaç direnci

Anahtar Kelime:

Identification of Anaerobic Gram-Negative Bacilli Isolated from Various Clinical Specimens and Determination of Antibiotic Resistance Profiles with E-Test Methods

Öz:

The aim of this study was to identify gram-negative anaerobic bacilli isolated from various clinical specimens that were obtained from patients with suspected anaerobic infections and to determine the antibiotic resistance profiles by using the antibiotic concentration gradient method. The study was performed in Afyon Kocatepe University Ahmet Necdet Sezer Research and Practice Hospital, Medical Microbiology Laboratory between 1 November 2014 and 30 October 2015. Two hundred and seventyeight clinical specimens accepted for anaerobic culture were enrolled in the study. All the samples were cultivated anaerobically by using Schaedler agar with 5% defibrinated sheep blood and Schaedler broth. The isolated anaerobic gram-negative bacilli were identified by using both the conventional methods and automated identification system (VITEK 2, bioMerieux, France). Antibiotic susceptibility tests were performed with antibiotic concentration gradient method (E-test, bioMerieux, France); against penicillin G, clindamycin, cefoxitin, metronidazole, moxifloxacin, imipenem, meropenem, ertapenem and doripenem for each isolate. Of the 28 isolated anaerobic gram-negative bacilli; 14 were identified as Bacteroides fragilis group, 9 were Prevotella spp., and 5 were Fusobacterium spp. The highest resistance rate was found against penicillin (78.5%) and resistance rates against clindamycin and cefoxitin were found as 17.8% and 21.4%, respectively. No resistance was found against metronidazole, moxifloxacin, imipenem, meropenem, ertapenem and doripenem. As a result, isolation and identification of anaerobic bacteria are difficult, time-consuming and more expensive when compared with the cost of aerobic culture. The rate of anaerobic bacteria isolation may be increased by obtaining the appropriate clinical specimen and appropriate transportation of these specimens. We believe that the data obtained from the study in our center may offer benefits for the follow up and treatment of infections caused by anaerobic bacteria and may contribute to the current literature. Because of high resistance rate detected against penicillin, this antibiotic should not be used as a first choice in empirical treatment. Cefoxitin may be used in empirical antimicrobial treatment of anaerobic gram-negatives; but the rate of antibiotic resistance should be detected for more useful and proper treatment. The prior selection of the most effective antibiotic, may contribute to decrease the rate of high resistance. In our study, no resistance was observed against carbapenem group antibiotics and metronidazole; so these antibiotics should be reserved as treatment options in the future for infections caused by resistant gram-negative anaerobic bacteria.

Anahtar Kelime:

Belge Türü: Makale Makale Türü: Kısa Bildiri Erişim Türü: Bibliyografik

1. Keşli R. Anaerob bakterilerin insanlarda neden olduğu enfeksiyonlar. Sendrom Derg 2009; 21(2): 56-60.
2. Doğan M, Baysal B. Çeşitli klinik örneklerden izole edilen anaerop bakterilerin tanımlanması ve antibiyotik duyarlılıklarının belirlenmesi. Mikrobiyol Bul 2010; 44(2): 211-9.
3. Eija K, Conrads G, Nagy E. Bacteroides, Porphyromonas, Prevotella, Fusobacterium, and other anaerobic gramnegative rods, pp: 967-993. In: Manual of Clinical Microbiology, 2015, 11th ed. ASM Press, Washington DC.
4. Şengöz G, Yaşar K, Berzeg D, et al. Klinik örneklerden izole edilen anaerop bakteriler ve antibiyotiklere duyarlılıkları. Türk Mikrobiyoloji Cem Derg 2005; 35(2): 107-13.
5. Kaya S. Klinik örneklerden izole edilen anaerop bakterilerin laboratuvar tanısı ve antibiyotik duyarlılıklarının belirlenmesi. Yüksek lisans tezi, Ankara, 2012.
6. Gündeş S. Kemik ve yumuşak doku infeksiyonları, pp: 103-132. In: Ulusoy S, Leblebicioğlu H (eds). Önemli ve Sorunlu Anaerop Bakteri İnfeksiyonları, 2005, Bilimsel Tıp Yayınevi, Ankara.
7. Rosenblatt JE. Anaerobic bacteria. pp: 309-63. In: Washington JA (ed). Laboratory Procedures in Clinical Mirobiology, 1981, Springer-Verlag, Newyork.
8. Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI). Performance Standards for Antimicrobial Susceptibility Testing. Twenty-Second Informational Supplement. Document M100-S22, Clinical and Laboratory Standards Institute 2012, Wayne PA.
9. Gürler N. Anaerop infeksiyonlar ve laboratuvar tanısı, pp: 9-34. In: Ulusoy S, Leblebicioğlu H (ed). Önemli ve Sorunlu Anaerop Bakteri İnfeksiyonları, 2005, Bilimsel Tıp Yayınevi, Ankara.
10. Winn WC, Koneman EW, Allen SD, et al. The anaerobic bacteria, pp: 877-944. In: Koneman’s Color Atlas and Textbook of Diagnostic Microbiology, 2006, Lippincott Williams & Wilkins, Philadelphia.
11. Snydman DR, Jacobus NV, McDermott LA, et al. Trends in antimicrobial resistance among Bacteroides species and Parabacteroides species in the United States from 2010-2012 with comparison to 2008-2009. Anaerobe 2017; 43: 21-6.
12. Türkkan A. Klinik örneklerden soyutlanan anaerop bakterilerin tanımlanması ve E-test yöntemi ile antibiyotik duyarlılıklarının belirlenmesi. Uzmanlık tezi, Eskişehir, 2008.
13. Tan TY, Ng LS, Kwang LL, Rao S, Eng LC. Clinical characteristics and antimicrobial susceptibilities of anaerobic bacteremia in an acute care hospital. Anaerobe 2017; 43: 69-74.
14. Forbes BA, Sahm DF, Weissfeld AS. Anaerobic Bacteriology, pp: 455-77. In: Bailey & Scott’s Diagnostic Microbiology. 12th ed. 2007, Mosby Elsevier, St. Louis, Missouri.
15. Hecht DW. Prevalence of antibiotic resistance in anaerobic bacteria: worri some developments. Clin Infect Dis 2004; 39(1): 92-7.
16. Ülger Toprak N. Anaerop bakteriyolojide neredeyiz? Duyarlılık çalışmaları. pp: 335-43. In: XXXII. Türk Mikrobiyoloji Kongresi, Kongre Kitabı, 12-16 Eylül 2006, Antalya.
17. Katsandri A, Avlamis A, Pantazatou A, et al. In vitro activities of tigecycline against recently isolated Gramnegative anaerobic bacteria in Greece, including metronidazole-resistant strains. Diagn Microbiol Infect Dis 2006; 55(3): 231-6.
18. Akhi MT, Ghotaslou R, Beheshtirouy S, et al. Antibiotic susceptibility pattern of aerobic and anaerobic bacteria isolated from surgical site infection of hospitalized patients. Jundishapur J Microbiol 2015; 27: e20309.
19. Lorenzo M, Garcia N, Ayala JA, Vadillo S, Piriz S, Quesada A. Antimicrobial resistance determinants among anaerobic bacteria isolated from footrot. Vet Microbiol 2012; 157(1-2): 112-8.
20. Hastey CJ, Boyd H, Schuetz AN, et al. Changes in the antibiotic susceptibility of anaerobic bacteria from 2007-2009 to 2010-2012 based on the CLSI methodology. Anaerobe 2016; 42: 27-30.

APA	Özdemir C, Kesli R (2018). Çeşitli Klinik Örneklerden İzole Edilen Gram-Negatif Anaerop Basillerin Tiplendirilmesi ve Antibiyotik Direnç Profillerinin E-Test Yöntemi ile Belirlenmesi. , 72 - 79. 10.5578/mb.66175
Chicago	Özdemir Cengiz,Kesli Recep Çeşitli Klinik Örneklerden İzole Edilen Gram-Negatif Anaerop Basillerin Tiplendirilmesi ve Antibiyotik Direnç Profillerinin E-Test Yöntemi ile Belirlenmesi. (2018): 72 - 79. 10.5578/mb.66175
MLA	Özdemir Cengiz,Kesli Recep Çeşitli Klinik Örneklerden İzole Edilen Gram-Negatif Anaerop Basillerin Tiplendirilmesi ve Antibiyotik Direnç Profillerinin E-Test Yöntemi ile Belirlenmesi. , 2018, ss.72 - 79. 10.5578/mb.66175
AMA	Özdemir C,Kesli R Çeşitli Klinik Örneklerden İzole Edilen Gram-Negatif Anaerop Basillerin Tiplendirilmesi ve Antibiyotik Direnç Profillerinin E-Test Yöntemi ile Belirlenmesi. . 2018; 72 - 79. 10.5578/mb.66175
Vancouver	Özdemir C,Kesli R Çeşitli Klinik Örneklerden İzole Edilen Gram-Negatif Anaerop Basillerin Tiplendirilmesi ve Antibiyotik Direnç Profillerinin E-Test Yöntemi ile Belirlenmesi. . 2018; 72 - 79. 10.5578/mb.66175
IEEE	Özdemir C,Kesli R "Çeşitli Klinik Örneklerden İzole Edilen Gram-Negatif Anaerop Basillerin Tiplendirilmesi ve Antibiyotik Direnç Profillerinin E-Test Yöntemi ile Belirlenmesi." , ss.72 - 79, 2018. 10.5578/mb.66175
ISNAD	Özdemir, Cengiz - Kesli, Recep. "Çeşitli Klinik Örneklerden İzole Edilen Gram-Negatif Anaerop Basillerin Tiplendirilmesi ve Antibiyotik Direnç Profillerinin E-Test Yöntemi ile Belirlenmesi". (2018), 72-79. https://doi.org/10.5578/mb.66175

APA	Özdemir C, Kesli R (2018). Çeşitli Klinik Örneklerden İzole Edilen Gram-Negatif Anaerop Basillerin Tiplendirilmesi ve Antibiyotik Direnç Profillerinin E-Test Yöntemi ile Belirlenmesi. Mikrobiyoloji Bülteni, 52(1), 72 - 79. 10.5578/mb.66175
Chicago	Özdemir Cengiz,Kesli Recep Çeşitli Klinik Örneklerden İzole Edilen Gram-Negatif Anaerop Basillerin Tiplendirilmesi ve Antibiyotik Direnç Profillerinin E-Test Yöntemi ile Belirlenmesi. Mikrobiyoloji Bülteni 52, no.1 (2018): 72 - 79. 10.5578/mb.66175
MLA	Özdemir Cengiz,Kesli Recep Çeşitli Klinik Örneklerden İzole Edilen Gram-Negatif Anaerop Basillerin Tiplendirilmesi ve Antibiyotik Direnç Profillerinin E-Test Yöntemi ile Belirlenmesi. Mikrobiyoloji Bülteni, vol.52, no.1, 2018, ss.72 - 79. 10.5578/mb.66175
AMA	Özdemir C,Kesli R Çeşitli Klinik Örneklerden İzole Edilen Gram-Negatif Anaerop Basillerin Tiplendirilmesi ve Antibiyotik Direnç Profillerinin E-Test Yöntemi ile Belirlenmesi. Mikrobiyoloji Bülteni. 2018; 52(1): 72 - 79. 10.5578/mb.66175
Vancouver	Özdemir C,Kesli R Çeşitli Klinik Örneklerden İzole Edilen Gram-Negatif Anaerop Basillerin Tiplendirilmesi ve Antibiyotik Direnç Profillerinin E-Test Yöntemi ile Belirlenmesi. Mikrobiyoloji Bülteni. 2018; 52(1): 72 - 79. 10.5578/mb.66175
IEEE	Özdemir C,Kesli R "Çeşitli Klinik Örneklerden İzole Edilen Gram-Negatif Anaerop Basillerin Tiplendirilmesi ve Antibiyotik Direnç Profillerinin E-Test Yöntemi ile Belirlenmesi." Mikrobiyoloji Bülteni, 52, ss.72 - 79, 2018. 10.5578/mb.66175
ISNAD	Özdemir, Cengiz - Kesli, Recep. "Çeşitli Klinik Örneklerden İzole Edilen Gram-Negatif Anaerop Basillerin Tiplendirilmesi ve Antibiyotik Direnç Profillerinin E-Test Yöntemi ile Belirlenmesi". Mikrobiyoloji Bülteni 52/1 (2018), 72-79. https://doi.org/10.5578/mb.66175