Çeşitli klinik örneklerden izole edilen anaerop bakterilerin tanımlanması ve antibiyotik duyarlılıklarının belirlenmesi

BAYSAL, Bülent; Doğan, Metin

Çeşitli klinik örneklerden izole edilen anaerop bakterilerin tanımlanması ve antibiyotik duyarlılıklarının belirlenmesi

Metin DOĞAN, (Karaman Devlet Hastanesi, Mikrobiyoloji Laboratuvarı, Karaman, Türkiye)

Bülent BAYSAL (Selçuk Üniversitesi, Meram Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Konya, Türkiye)

Mikrobiyoloji Bülteni

19 0

Yıl: 2010 Cilt: 44 Sayı: 2 Sayfa Aralığı: 211 - 219 Metin Dili: Türkçe İndeks Tarihi: 29-07-2022

Çeşitli klinik örneklerden izole edilen anaerop bakterilerin tanımlanması ve antibiyotik duyarlılıklarının belirlenmesi

Öz:

Anaerop bakterilerin izolasyonlarında, tanımlanmalarında ve duyarlılık testlerinin rutin olarak uygulanmasındaki güçlükler nedeniyle, ampirik tedavinin belirlenmesi açısından önem taşıyan bölgesel antibiyotik duyarlılık oranlarının belirlenmesi zorlaşmaktadır. Bu çalışmada, anaerobik enfeksiyon şüphesi olan hastaların klinik örneklerinden izole edilen anaerobik bakterilerin tanımlanması ve antibiyotik duyarlılıklarının belirlenmesi amaçlanmıştır. Çalışmaya, 20 Mart-30 Ekim 2007 tarihleri arasında laboratuvarımıza gönderilen 100 klinik örnek (36 kan, 31 apse, 12 periton sıvısı, 7 eklem sıvısı, 7 plevra sıvısı, 3 biyopsi, 3 BOS ve 1 cerrahi yara) dahil edilmiştir. Anaerop koşullarda alınan ve taşınan tüm örneklerin hem normal atmosferde konvansiyonel kültürleri hem de Wilkins Chalgren agar, Schaedler agar ve kıymalı buyyon besiyerleri kullanılarak anaerop kültürleri yapılmıştır. İzole edilen anaerobik bakteriler, konvansiyonel yöntemlerle ve API 20 A paneli (BioMerieux, Fransa) ve AN-IDENT Discs (Oxoid, İngiltere) testleri kullanılarak tanımlanmıştır. İzolatların penisilin G, klindamisin, sefoksitin, metronidazol, piperasilin-tazobaktam (PTc) ve imipeneme karşı duyarlılıkları E-test (AB Biodisk, İsveç) yöntemi ile belirlenmiştir. Çalışmamızda örneklerin 14 (%14)’ünden anaerop bakteri izolasyonu yapılmış, bu örneklerin 7’sinde aynı anda birden fazla anaerop bakteri saptanırken, 8 örnekte anaerop ve fakültatif anaerop bakterilerin (4 Escherichia coli ve 4 Enterococcus spp.) birlikte ürediği gözlenmiştir. Anaerop bakteri izolasyonu yapılan 14 örneğin 8’inin apse, 6’sının ise periton sıvısı örnekleri olduğu belirlenmiştir. İzole edilen toplam 22 anaerop suş; Bacteroides fragilis (n= 6), B.fragilis dışı Bacteroides spp. (n= 2), Bacteroides caccae (n= 2), Clostridium spp. (n= 2), Fusobacterium necrophorum/nucleatum (n= 1), Prevotella intermedia/disiens (n= 1), Peptococcus niger (n= 2), Peptostreptococcus spp. (n= 5) ve Lactobacillus acidophilus/lensenii (n= 1) olarak tanımlanmıştır. Çalışmada, 6 B.fragilis izolatından 2’sinin beta-laktamaz enzimi ürettiği saptanmış diğer anaerop suşlarda beta-laktamaz varlığı tespit edilmemiştir. Tüm izolatların PTc ve imipeneme karşı duyarlı olduğu görülmüş, en yüksek direnç oranı ise penisiline karşı (9/22; %41) saptanmıştır. Anaerop grampozitif koklar (n= 7) bütün antibiyotiklere duyarlı iken; anaerop gram-negatif basillerin (n= 12) 9’u penisiline, 4’ü klindamisine, biri metronidazole dirençli, gram-pozitif basillerin (n= 3) ise 2’si metronidazole, biri klindamisine ve biri sefoksitine dirençli olarak bulunmuştur. Sonuç olarak, Konya Bölgesinde anaerop bakterilerin antibiyotik duyarlılığının araştırıldığı bu ilk çalışmanın verileri, izolat sayısının az olmasına rağmen; ampirik tedavide penisilinin tercih edilmemesi gerektiğini, klindamisin kullanımı için antibiyotik duyarlılık çalışmaları yapılmasının uygun olduğunu, metronidazol ve sefoksitinin ampirik tedavide güvenle kullanılabileceğini, imipenem ve piperasilintazobaktamın ise dirençli suşlar ve komplike enfeksiyonların tedavisi için saklanması gerektiğini düşündürmüştür.

Anahtar Kelime:

Konular: Biyoloji Mikrobiyoloji Biyoteknoloji ve Uygulamalı Mikrobiyoloji

Identification of anaerobic bacteria isolated from various clinical specimens and determination of antibiotic susceptibilities

Öz:

Routine isolation, identification and susceptibility testing of anaerobic bacteria present several difficulties leading to defects in the determination of local susceptibility patterns which will guide empirical treatment protocols. This study was carried out to identify the anaerobic bacteria isolated from various clinical materials obtained from the suspected patients with anaerobic infection and to determine the antibiotic susceptibilities against several antibiotics. One hundred clinical specimens (36 blood, 31 abscess, 12 peritoneal fluid, 7 joint fluid, 7 pleural fluid, 3 biopsies, 3 cerebrospinal fluids and 1 surgical wound) that were examined in our laboratory during March 20-October 30 2007, were included in the study. The specimens were collected and transported under anaerobic conditions and inoculated to conventional aerobic media and to Wilkins Chalgren agar, Schaedler agar and chopped-meat broth for anaerobic isolation. Isolated anaerobic bacteria were identified with API 20A panels (Bio-Merieux, France) via conventional methods and by the help of AN-IDENT Discs (Oxoid, England). Penicillin G, clindamycin, cefoxitin, metronidazole, piperacillin/tazobactam and imipenem susceptibility tests were performed with E- test method. Twenty two anaerobic bacteria were isolated from 14 clinical specimens; 7 of the specimens yielding the growth of more than one type of anaerobic bacteria and 8 specimens yielding both anaerobic and facultative anaerobic bacterial (4 Escherichia coli and 4 Enterococcus spp.) growth. Anaerobic bacteria were isolated in 89 abscess and in 6 peritoneal fluid specimens. The distribution of the anaerobic bacteria identified among these specimens were as follows: Bacteroides fragilis (n= 6), Bacteroides spp. other than B.fragilis (n= 4), Clostridium spp. (n= 2), Fusobacterium necrophorum/nucleatum (n= 1), Prevotella intermedia/disiens (n= 1), Peptococcus niger (n= 2), Peptostreptococcus spp. (n= 5), and Lactobacillus acidophilus/lenseii (n= 1). Beta-lactamase activity was detected only in 2 of the 6 B.fragilis isolates. All of the isolates were susceptible to imipenem and piperacillin/tazobactam. The highest rate of resistance was detected against penicillin G (9/22; 41%). While anaerobic gram-positive cocci (n= 7) were found to be sensitive to all antibiotics, the rate of resistance among anaerobic gram-negative bacilli were 75% (9/12) to penicillin, 33.3% (4/12) to clindamycin, 8.3% (1/12) to metronidazole. Among anaerobic gram-positive bacilli (n= 3), 2 were resistant to metronidazole, one to clindamycin and one to cefoxitin. The resuIts of this first anaerobic antimicrobial susceptibility testing study performed at Konya area in Turkey revealed that penicillin was not appropriate in empirical treatment of anaerobic infections, clindamycin susceptibility should be tested before use, metronidazole and cefoxitin could be used in empirical treatment and imipenem and piperacillin/tazobactam should be saved for the treatment of complicated infections and infections caused by resistant bacteria.

Anahtar Kelime:

Konular: Biyoloji Mikrobiyoloji Biyoteknoloji ve Uygulamalı Mikrobiyoloji

Belge Türü: Makale Makale Türü: Araştırma Makalesi Erişim Türü: Bibliyografik

1. Winn WC, Koneman EW, Allen SD, et al (eds). The Anaerobic Bacteria, pp: 877-944. Koneman’s Color Atlas and Textbook of Diagnostic Microbiology. 2006. Lippincott Williams & Wilkins, Philadelphia.
2. Sanders CV, Aldridge KE. Current antimicrobial therapy of anaeropic infections. Eur J Clin Microbiol Infect Dis 1992; 11: 999-1011.
3. Keşli R. Antianaerobik antibiyotikler ve anaerop bakterilerin antimikrobik duyarlılık testleri. Kocatepe Tıp Derg 2001; 3: 23-9.
4. Ülger Toprak N. Duyarlılık çalışmaları. XIII. Türk Klinik Mikrobiyoloji ve İnfeksiyon Hastalıkları Kongresi, 14-18 Mart 2007, Antalya, Türkiye.
5. Şengöz G, Yaşar K, Berzeg D ve ark. Klinik örneklerden izole edilen anaerop bakteriler ve antibiyotiklere duyarlılıkları. Türk Mikrobiyol Cem Derg 2005; 35: 107-12.
6. Suljagic V, Cobeljic M, Jankovic S, et al. Nosocomial bloodstream infections in ICU and non-ICU patients. Am J Infect Control 2005; 33: 333-40.
7. Zahar JR, Farhat H, Chachaty E, Meshaka P, Antoun S, Nitenberg G. Incidence and clinical significance of anaerobic bacteraemia in cancer patients: a 6-year retrospective study. Clin Microbiol Infect 2005; 11: 724-9.
8. Julak J, Stranska E, Rosova V, Geppert H, Spanel P, Smith D. Bronchoalveolar lavage examined by solid phase microextraction, gas chromatography-mass spectrometry and selected ion flow tube mass spectrometry. J Microbiol Meth 2006; 65: 76-86.
9. Ulger Toprak N, Celik C, Cakici O, Soyletir G. Antimicrobial susceptibilities of Bacteroides fragilis and Bacteroides thetaiotaomicron strains isolated from clinical specimens and human intestinal microbiota. Anaerobe 2004; 10: 255-9.
10. Arpin C, Dubois V, Rogues AM, et al. Cross-infection due to imipenem-resistant Bacteroides fragilis associated with a totally implantable venous port. J Clin Microbiol 2002; 40: 3032-4.
11. Bennion RS, Thompson JE, Baron EJ, Finegold SM. Gangrenous and perforated apendicitis with peritonitis: treatment and bacteriology. Clin Ther 1990; 12: 31-43.
12. Kesli R, Celebi S. The identification of anaerobic bacteria isolated from various clinical materials and antibiotic susceptibility tests made with E-test method. The 6th Biennial Congress of the Anaerobe Society of the Americas, 29 June-2 July 2002, Park City, USA.
13. Durmaz B, Taştekin N. Anaerop ön tanılı hastaların klinik örneklerinden izole edilen anaerobik bakteriler. Mikrobiyol Bul 1997; 31: 13-20.
14. Bahar H, Mamal Torun M, Demirci M. Yara infeksiyonlarında anaerop bakterilerin dağılımı. Türk Mikrobiyol Cem Derg 2003; 33: 42-6.
15. Ercis S, Tunçkanat F, Hasçelik G. Anaerop enfeksiyon şüpheli hastalardan izole edilen anaerop bakteriler. Mikrobiyol Bul 2005; 39: 447-54.
16. Özbakkaloğlu B. Sporsuz anaerop bakteri enfeksiyonları. X. Türk Klinik Mikrobiyoloji ve İnfeksiyon Hastalıları Kongresi, 15-19 Ekim 2001, Adana, Türkiye.
17. Appelbaum PC, Spangler SK, Jacobs MR. β-lactamase production and susceptibilities to amoxicillin, amoxicillin-clavulanate, ticarcillin, ticarcillin-clavulanate, cefoxitin, imipenem, and metronidazole, of 320 nonBacteroides fragilis Bacteroides isolates and 129 Fusobacteria from 28 US centers. Antimicrob Agents Chemother 1990; 34: 1546-50.
18. National Committee for Clinical Laboratory Standards. Methods for antimicrobial susceptibility testing of anaerobic bacteria. Approved Standard. Document no. M11-A6. 2004, 6th ed. NCCLS/CLSI, Villanova, PA.
19. Namavar F, Severin WPJ, Stobberingh E, Smeets T, MacLaren DM. The sensitivity of clinical isolates of anaeropic species to piperacillin-tazobactam and other antimicrobial agents. J Antimicrob Chemother 1994; 34: 415-9.
20. Behra-Miellet J, Calvet L, Mory F, et al. Antibiotic resistance among anaerobic gram-negative bacilli: lessons from a French multicentric survey. Anaerobe 2003; 9: 105-11.
21. Brazier JS, Hall V, Morris TE, Gal M, Duerden BI. Antibiotic susceptibilities of gram-positive anaerobic cocci: results of a sentinel study in England and Wales. J Antimicrob Chemother 2003; 52: 224-8.
22. Kommedal O, Nystad TW, Bølstad B, Digranes A. Antibiotic susceptibility of blood culture isolates of anaerobic bacteria at a Norwegian University Hospital. APMIS 2007; 115: 956-61.
23. Wybo I, Pierard D, Verschraegen I, et al. Third Belgian multicentre survey of antibiotic susceptibility of anaerobic bacteria. J Antimicrob Chemother 2007; 59: 132-9.
24. Bozkurt H, Güdücüoğlu H, Bayram Y ve ark. Klinik örneklerden izole edilen anaerob bakteriler ve antibiyotik duyarlılıkları. Van Tıp Derg 2004; 11: 85-91.
25. Gürler N, Zandi H, Töreci K. Anaerop gram negatif çomakların duyarlılıklarının belirlenmesinde agar dilüsyon, E test ve buyyonda disk elüsyon yöntemlerinin karşılaştırılması. ANKEM 1997; 11: 487-92.
26. Keşli R. Çeşitli klinik örneklerden izole edilerek tanımlanan anaerob bakteriler ve E-test yöntemi ile antibiyotik duyarlılıklarının belirlenmesi. Uzmanlık Tezi, Atatürk Üniversitesi Tıp Fakültesi, 2001. Erzurum.
27. Mutlu E, Yücesoy M. Anaerop bakterilerde beta-laktamaz aktivitesinin ve antibiyotik duyarlılığının agar dilüsyon ve E test yöntemleri ile belirlenmesi. İnfeksiyon Derg 2003; 17: 275-80.

APA	Doğan M, BAYSAL B (2010). Çeşitli klinik örneklerden izole edilen anaerop bakterilerin tanımlanması ve antibiyotik duyarlılıklarının belirlenmesi. , 211 - 219.
Chicago	Doğan Metin,BAYSAL Bülent Çeşitli klinik örneklerden izole edilen anaerop bakterilerin tanımlanması ve antibiyotik duyarlılıklarının belirlenmesi. (2010): 211 - 219.
MLA	Doğan Metin,BAYSAL Bülent Çeşitli klinik örneklerden izole edilen anaerop bakterilerin tanımlanması ve antibiyotik duyarlılıklarının belirlenmesi. , 2010, ss.211 - 219.
AMA	Doğan M,BAYSAL B Çeşitli klinik örneklerden izole edilen anaerop bakterilerin tanımlanması ve antibiyotik duyarlılıklarının belirlenmesi. . 2010; 211 - 219.
Vancouver	Doğan M,BAYSAL B Çeşitli klinik örneklerden izole edilen anaerop bakterilerin tanımlanması ve antibiyotik duyarlılıklarının belirlenmesi. . 2010; 211 - 219.
IEEE	Doğan M,BAYSAL B "Çeşitli klinik örneklerden izole edilen anaerop bakterilerin tanımlanması ve antibiyotik duyarlılıklarının belirlenmesi." , ss.211 - 219, 2010.
ISNAD	Doğan, Metin - BAYSAL, Bülent. "Çeşitli klinik örneklerden izole edilen anaerop bakterilerin tanımlanması ve antibiyotik duyarlılıklarının belirlenmesi". (2010), 211-219.

APA	Doğan M, BAYSAL B (2010). Çeşitli klinik örneklerden izole edilen anaerop bakterilerin tanımlanması ve antibiyotik duyarlılıklarının belirlenmesi. Mikrobiyoloji Bülteni, 44(2), 211 - 219.
Chicago	Doğan Metin,BAYSAL Bülent Çeşitli klinik örneklerden izole edilen anaerop bakterilerin tanımlanması ve antibiyotik duyarlılıklarının belirlenmesi. Mikrobiyoloji Bülteni 44, no.2 (2010): 211 - 219.
MLA	Doğan Metin,BAYSAL Bülent Çeşitli klinik örneklerden izole edilen anaerop bakterilerin tanımlanması ve antibiyotik duyarlılıklarının belirlenmesi. Mikrobiyoloji Bülteni, vol.44, no.2, 2010, ss.211 - 219.
AMA	Doğan M,BAYSAL B Çeşitli klinik örneklerden izole edilen anaerop bakterilerin tanımlanması ve antibiyotik duyarlılıklarının belirlenmesi. Mikrobiyoloji Bülteni. 2010; 44(2): 211 - 219.
Vancouver	Doğan M,BAYSAL B Çeşitli klinik örneklerden izole edilen anaerop bakterilerin tanımlanması ve antibiyotik duyarlılıklarının belirlenmesi. Mikrobiyoloji Bülteni. 2010; 44(2): 211 - 219.
IEEE	Doğan M,BAYSAL B "Çeşitli klinik örneklerden izole edilen anaerop bakterilerin tanımlanması ve antibiyotik duyarlılıklarının belirlenmesi." Mikrobiyoloji Bülteni, 44, ss.211 - 219, 2010.
ISNAD	Doğan, Metin - BAYSAL, Bülent. "Çeşitli klinik örneklerden izole edilen anaerop bakterilerin tanımlanması ve antibiyotik duyarlılıklarının belirlenmesi". Mikrobiyoloji Bülteni 44/2 (2010), 211-219.