Diyatomeler, su kütlelerinin ekolojik kalitesini belirlemek için yapılan biyolojik izleme çalışmalarında kullanılan önemli bir bileşendir. Bu çalışmada, Burdur Nehir Havzası’nın tatlı su bentik diyatomeleri nehir havzası yönetim planının hazırlanması projesi kapsamında 13 nehir, 4 göl ve 6 rezervuar olmak üzere toplam 23 noktadan örneklenmiştir. Çalışma kapsamında havzada bentik diyatomelerin ilk defa detaylı taksonomik incelenmesi yapılmış olup, toplamda 223 takson gözlenmiştir. Cinsler arasında Navicula Bory (27) ve Nitzschia Hassal (27) en fazla taksonla temsil edilmiş olup, bunu 22 tür ile Gomphonema Agardh takip etmiştir. Navicula antonii Lange-Bertalot ve Nitzschia palea var. debilis (Kützing) Grunow, sırasıyla %17,1 and %15,5 nisbi bolluk değerleri ile en yüksek nispi bolluğa sahip türler olmuştur. Kapalı bir havza olan Burdur Havzası’nda örnekleme alanlarının tuzluluk değerleri tatlı sudan tuzlu suya kadar farklılık göstermiş olup, diyatome kompozisyonu da farklı tuzluluk tolerans seviyelerine sahip türleri içermektedir. Örihalin karaktere sahip olan Navicula antonii ve Nitzschia frustulum bütün habitatlarda gözlenirken, Navicula digitoconvergens sadece tuzlu su karakterine sahip olan Acıgöl’de yüksek nisbi bolluğa (%38) ulaşmıştır. Acıgöl’de tespit edilen diğer iki dominant tür olan Halamphora coffeiformis ve Navicula cincta türleri de acısu karakterindeki sularda artış yaptığı bilinen türlerdir ve bu havzada yüksek tuzluluğa tolerans göstermişlerdir. Elde edilen ilk sonuçlara göre, 11 tür Türkiye diyatome florası için yeni kayıtlardır. Diyatomelerin yüksek biyoçeşitliliği Burdur Nehir Havzası’ndaki farklı habitat karakteristiklerinin varlığını ortaya koymuştur. Bu sonuçlar, Türkiye diyatome florasına önemli bir katkı sağlayacak ve Burdur Nehir Havzası gibi özel alanların izlenmesinde yararlı olacaktır.