Akciğer dışı klinik örneklerden Mycobacterium tuberculosis kompleks tanımlanmasında moleküler yöntemlerin değerlendirilmesi

duman, nurcan; karahasan, aysegul; Ünlü, Nazmiye; Küçüksu, Uğur; Can Sarınoğlu, Rabia

doi:10.5578/tt.20219703

Akciğer dışı klinik örneklerden Mycobacterium tuberculosis kompleks tanımlanmasında moleküler yöntemlerin değerlendirilmesi

Nazmiye YOĞURTCU ÜNLÜ, (Marmara Üniversitesi, Pendik Eğitim ve Araştırma Hastanesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Kliniği, İstanbul, Türkiye)

Rabia CAN SARINOĞLU, (Marmara Üniversitesi, Pendik Eğitim ve Araştırma Hastanesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Kliniği, İstanbul, Türkiye)

Nurcan DUMAN, (Marmara Üniversitesi, Pendik Eğitim ve Araştırma Hastanesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Kliniği, İstanbul, Türkiye)

Uğur KÜÇÜKSU, (Marmara Üniversitesi, Pendik Eğitim ve Araştırma Hastanesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Kliniği, İstanbul, Türkiye)

Aysegul KARAHASAN YAGCI (Marmara Üniversitesi, Pendik Eğitim ve Araştırma Hastanesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Kliniği, İstanbul, Türkiye)

Tüberküloz ve Toraks

1 1

Yıl: 2021 Cilt: 69 Sayı: 3 Sayfa Aralığı: 314 - 320 Metin Dili: Türkçe DOI: 10.5578/tt.20219703 İndeks Tarihi: 14-05-2022

Akciğer dışı klinik örneklerden Mycobacterium tuberculosis kompleks tanımlanmasında moleküler yöntemlerin değerlendirilmesi

Öz:

Giriş: En yaygın ve ölümcül bulaşıcı hastalıklardan biri olan tüberküloz, en sık akciğerleri etkilemekle birlikte tüm doku ve organları tutabilir. Akciğer dışı tüberküloz tanısı akciğer tüberkülozundan daha zor olabilir ve bu durum tedaviye başlamada gecikmeye yol açabilir. Çalışmamızda, tüberkülozun erken ve hızlı tanısında kullanılan FluoroType MTB, GeneXpert MTB/RIF, GeneXpert MTB/RIF Ultra moleküler testlerinin akciğer dışı örneklerde tanısal değerinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Materyal ve Metod: Laboratuvarımıza gönderilen akciğer dışı klinik örneklerde; aside dirençli basil mikroskopisi (Kinyoun boyama) ve kültür (Lowenstein Jensen ve BACTEC MGIT 960 otomatize kültür sistemi-BD) sonuçları Ocak- Aralık 2018 tarihleri arasında çalışılan FluoroType MTB ve GeneXpert MTB/ RIF sonuçları ve Ocak-Aralık 2019 tarihleri arasında çalışılan FluoroType MTB ve GeneXpert MTB/RIF Ultra sonuçlarıyla karşılaştırılmıştır. Bulgular: Toplam 892 adet akciğer dışı örnek çalışmaya dahil edilmiştir. 2018 yılında, 467 örneğin 16 (%3,4)’sında moleküler yöntemler ile pozitiflik saptanmıştır. Kültür ile kıyaslandığında, FluoroType MTB’nin duyarlılığı %76,92, özgüllüğü %98,88; GeneXpert MTB/RIF’in duyarlılığı %100, özgüllüğü %98,96 olarak belirlenmiştir. 2019 yılında, 425 klinik örneğin 15 (%3,5)’inde moleküler yöntemler ile pozitiflik saptanmıştır. Kültür ile kıyaslandığında, FluoroType MTB’nin duyarlılığı %62,5, özgüllüğü %98,05; GeneXpert MTB/RIF Ultra’nın duyarlılığı %100, özgüllüğü %99,36 olarak belirlenmiştir.

Anahtar Kelime:

Evaluation of the molecular assays for detection of Mycobacterium tuberculosis complex in extrapulmonary specimens

Öz:

Introduction: Tuberculosis, one of the most common and deadly infectious diseases, mainly affects the lungs, but can involve all tissues and organs. Diagnosis of extrapulmonary tuberculosis may be more challenging than pulmonary tuberculosis, which may lead to delay in starting treatment. In our study, it was aimed to determine the diagnostic value of FluoroType MTB, GeneXpert MTB/RIF, GeneXpert MTB/RIF Ultra molecular tests in extrapulmonary specimens. Materials and Methods: Extrapulmonary clinical materials were subjected to Kinyoun staining for acid fast bacilli and cultivation was done on Lowenstein Jensen media and BACTEC MGIT 960 automated culture system (BD). Results were compared with FluoroType MTB and GeneXpert MTB/RIF test results (2018) and with FluoroType MTB and GeneXpert MTB/RIF Ultra tests results (2019). Results: A total number of 892 extrapulmonary specimens were enrolled in the study. In 2018, positivity was detected in 16 (3.4%) of 467 specimens by molecular methods. Compared with culture; the sensitivity and specifity of the FluoroType MTB were 76.92%, 98.88% respectively; the sensitivity and specifity of GeneXpert MTB/RIF were 100%, 98.96% respectively. In 2019, positivity was detected in 15 (3.5%) of 425 specimens by molecular methods. The sensitivity and specifity of the FluoroType MTB was 62.5%, 98.05% respectively; the sensitivity and specificity of GeneXpert MTB/RIF Ultra was 100%, 99.36% respectively. Conclusion: Although culture is the gold standard method in the diagnosis of tuberculosis, the patients were diagnosed only with polymerase chain reaction positivity, supported by the patient’s clinical, radiology and pathology results in seven cases. The diagnosis of tuberculosis in extrapulmonary specimens is more challenging than in pulmonary specimens due to low bacillary burden and requiring invasive procedures for sampling. It should be considered that molecular methods have a critical role in diagnosis.

Anahtar Kelime:

Belge Türü: Makale Makale Türü: Araştırma Makalesi Erişim Türü: Erişime Açık

1. Norbis L, Alagna R, Tortoli E, Codecasa LR, Migliori GB, Cirillo DM. Challenges and perspectives in the diagnosis of extrapulmonary tuberculosis. Expert Rev Anti Infect Ther 2014; 12(5): 633-47.
2. World Health Organization (WHO). Global tuberculosis Report 2019. Geneva: World Health Organization; 2019. Available from: https://www.who.int/tb/publications/global_ report (Accessed date: 5 Sept 2020).
3. Kara F, Kabasakal E, Yıldırım A, Mutlu SM, Baykal F. Türkiye’de Verem Savaşı 2019 Raporu. Sağlık Bakanlığı Ankara, 2020. Available from: https://hsgm.saglik.gov.tr/tr/ tuberkuloz-haberler/turkiye-de-verem-savas-2019-raporu. html (Accessed date: 1 Sept 2020).
4. Opota O, Mazza-Stalder J, Greub G, Jaton K. The rapid molecular test Xpert MTB/RIF ultra: towards improved tuberculosis diagnosis and rifampicin resistance detection. Clin Microbiol Infect 2019; 25(11): 1370-6.
5. Zürcher K, Ballif M, Kiertiburanakul S, Chenal H, Yotebieng M, Grinsztejn B, et al. Diagnosis and clinical outcomes of extrapulmonary tuberculosis in antiretroviral therapy programmes in low- and middle-income countries: a multicohort study. J Int AIDS Soc 2019; 22(9): e25392.
6. HAIN LifeScience. FluoroType® MTB Ver 1.0 instructions for use. Nehren: Document IFU-611-01; 2015.
7. Hofmann-Thiel S, Hoffmann H. Evaluation of Fluorotype MTB for detection of Mycobacterium tuberculosis complex DNA in clinical specimens from a low-incidence country. BMC Infect Dis 2014; 14: 59.
8. Blakemore R, Story E, Helb D, Kop J, Banada P, Owens MR, et al. Evaluation of the analytical performance of the Xpert MTB/RIF assay. J Clin Microbiol 2010; 48(7): 2495-501.
9. Ozkutuk N, Surucüoglu S. Orta prevalanslı bölgede akciğer ve akciğer dışı tüberküloz tanısında Xpert MTB/RIF testinin değerlendirilmesi [Evaluation of the Xpert MTB/RIF assay for the diagnosis of pulmonary and extrapulmonary tuberculosis in an intermediate-prevalence setting]. Mikrobiyol Bul 2014; 48(2): 223-32.
10. World Health Orhanization (WHO). Report for WHO: A multicentre non-inferiority diagnostic accuracy study of the Ultra assay compared to the Xpert MTB/RIF assay. Geneva, Switzerland; Foundation for Innovative New Diagnostics 2017. Available from: https://www.who.int/tb/publications/ 2017/ XpertUltra/en/ (Accessed date: 7 Sept 2020).
11. Perez-Risco D, Rodriguez-Temporal D, Valledor-Sanchez I, Alcaide F. Evaluation of the Xpert MTB/RIF Ultra Assay for Direct Detection of Mycobacterium tuberculosis Complex in Smear-Negative Extrapulmonary Samples. J Clin Microbiol 2018; 56(9): e00659-18.
12. Liu R, Li J, Tan Y, Shang Y, Li Y, Su B, et al. Multicenter evaluation of the acid-fast bacillus smear, mycobacterial culture, Xpert MTB/RIF assay, and adenosine deaminase for the diagnosis of tuberculous peritonitis in China. Int J Infect Dis 2020; 90: 119-24.
13. Sharma SK, Kohli M, Chaubey J, Yadav RN, Sharma R, Singh BK, et al. Evaluation of Xpert MTB/RIF assay performance in diagnosing extrapulmonary tuberculosis among adults in a tertiary care centre in India. Eur Respir J 2014; 4(4): 1090-3.
14. World Health Organization (WHO). Automated real-time nucleic acid amplification technology for rapid and simultaneous detection of tuberculosis and rifampicin resistance: Xpert MTB/RIF assay for the diagnosis of pulmonary and extrapulmonary TB in adults and children: policy update. World Health Organization 2013. Available from: https://apps.who.int/iris/handle/10665/112472 (Accessed date: 14 Oct 2020).
15. Du J, Huang Z, Luo Q, Xiong G, Xu X, Li W, et al. Rapid diagnosis of pleural tuberculosis by Xpert MTB/RIF assay using pleural biopsy and pleural fluid specimens. J Res Med Sci 2015; 20(1): 26-31.
16. Suzana S, Ninan MM, Gowri M, Venkatesh K, Rupali P, Michael JS. Xpert MTB/Rif for the diagnosis of extrapulmonary tuberculosis--an experience from a tertiary care centre in South India. Trop Med Int Health 2016; 21(3): 385-92.
17. Kohli M, Schiller I, Dendukuri N, Dheda K, Denkinger CM, Schumacher SG, et al. Xpert® MTB/RIF assay for extrapulmonary tuberculosis and rifampicin resistance. Cochrane Database Syst Rev 2018; 8(8): CD012768.
18. TC Sağlık Bakanlığı. Tüberküloz Tanı ve Tedavi Rehberi, Ankara 2019. Available from: https://hsgm.saglik.gov.tr/ depo/birimler/tuberkuloz_db/haberler/Tuberkuloz_Tani_ Ve_Tedavi_Rehberi_/Tuberkuloz_Tani_ve_Tedavi_Rehberi. pdf (Acessed date: 2 Dec 2020)
19. Obasanya J, Lawson L, Edwards T, Olanrewaju O, Madukaji L, Dacombe R, et al. FluoroType MTB system for the detection of pulmonary tuberculosis. ERJ Open Res 2017; 3(2): 00113-2016.
20. Mechal Y, Benaissa E, El Mrimar N, Benlahlou Y, Bssaibis F, Zegmout A, et al. Evaluation of GeneXpert MTB/RIF system performances in the diagnosis of extrapulmonary tuberculosis. BMC Infect Dis 2019; 19(1): 1069.

APA	Ünlü N, Can Sarınoğlu R, duman n, Küçüksu U, karahasan a (2021). Akciğer dışı klinik örneklerden Mycobacterium tuberculosis kompleks tanımlanmasında moleküler yöntemlerin değerlendirilmesi. , 314 - 320. 10.5578/tt.20219703
Chicago	Ünlü Nazmiye,Can Sarınoğlu Rabia,duman nurcan,Küçüksu Uğur,karahasan aysegul Akciğer dışı klinik örneklerden Mycobacterium tuberculosis kompleks tanımlanmasında moleküler yöntemlerin değerlendirilmesi. (2021): 314 - 320. 10.5578/tt.20219703
MLA	Ünlü Nazmiye,Can Sarınoğlu Rabia,duman nurcan,Küçüksu Uğur,karahasan aysegul Akciğer dışı klinik örneklerden Mycobacterium tuberculosis kompleks tanımlanmasında moleküler yöntemlerin değerlendirilmesi. , 2021, ss.314 - 320. 10.5578/tt.20219703
AMA	Ünlü N,Can Sarınoğlu R,duman n,Küçüksu U,karahasan a Akciğer dışı klinik örneklerden Mycobacterium tuberculosis kompleks tanımlanmasında moleküler yöntemlerin değerlendirilmesi. . 2021; 314 - 320. 10.5578/tt.20219703
Vancouver	Ünlü N,Can Sarınoğlu R,duman n,Küçüksu U,karahasan a Akciğer dışı klinik örneklerden Mycobacterium tuberculosis kompleks tanımlanmasında moleküler yöntemlerin değerlendirilmesi. . 2021; 314 - 320. 10.5578/tt.20219703
IEEE	Ünlü N,Can Sarınoğlu R,duman n,Küçüksu U,karahasan a "Akciğer dışı klinik örneklerden Mycobacterium tuberculosis kompleks tanımlanmasında moleküler yöntemlerin değerlendirilmesi." , ss.314 - 320, 2021. 10.5578/tt.20219703
ISNAD	Ünlü, Nazmiye vd. "Akciğer dışı klinik örneklerden Mycobacterium tuberculosis kompleks tanımlanmasında moleküler yöntemlerin değerlendirilmesi". (2021), 314-320. https://doi.org/10.5578/tt.20219703

APA	Ünlü N, Can Sarınoğlu R, duman n, Küçüksu U, karahasan a (2021). Akciğer dışı klinik örneklerden Mycobacterium tuberculosis kompleks tanımlanmasında moleküler yöntemlerin değerlendirilmesi. Tüberküloz ve Toraks, 69(3), 314 - 320. 10.5578/tt.20219703
Chicago	Ünlü Nazmiye,Can Sarınoğlu Rabia,duman nurcan,Küçüksu Uğur,karahasan aysegul Akciğer dışı klinik örneklerden Mycobacterium tuberculosis kompleks tanımlanmasında moleküler yöntemlerin değerlendirilmesi. Tüberküloz ve Toraks 69, no.3 (2021): 314 - 320. 10.5578/tt.20219703
MLA	Ünlü Nazmiye,Can Sarınoğlu Rabia,duman nurcan,Küçüksu Uğur,karahasan aysegul Akciğer dışı klinik örneklerden Mycobacterium tuberculosis kompleks tanımlanmasında moleküler yöntemlerin değerlendirilmesi. Tüberküloz ve Toraks, vol.69, no.3, 2021, ss.314 - 320. 10.5578/tt.20219703
AMA	Ünlü N,Can Sarınoğlu R,duman n,Küçüksu U,karahasan a Akciğer dışı klinik örneklerden Mycobacterium tuberculosis kompleks tanımlanmasında moleküler yöntemlerin değerlendirilmesi. Tüberküloz ve Toraks. 2021; 69(3): 314 - 320. 10.5578/tt.20219703
Vancouver	Ünlü N,Can Sarınoğlu R,duman n,Küçüksu U,karahasan a Akciğer dışı klinik örneklerden Mycobacterium tuberculosis kompleks tanımlanmasında moleküler yöntemlerin değerlendirilmesi. Tüberküloz ve Toraks. 2021; 69(3): 314 - 320. 10.5578/tt.20219703
IEEE	Ünlü N,Can Sarınoğlu R,duman n,Küçüksu U,karahasan a "Akciğer dışı klinik örneklerden Mycobacterium tuberculosis kompleks tanımlanmasında moleküler yöntemlerin değerlendirilmesi." Tüberküloz ve Toraks, 69, ss.314 - 320, 2021. 10.5578/tt.20219703
ISNAD	Ünlü, Nazmiye vd. "Akciğer dışı klinik örneklerden Mycobacterium tuberculosis kompleks tanımlanmasında moleküler yöntemlerin değerlendirilmesi". Tüberküloz ve Toraks 69/3 (2021), 314-320. https://doi.org/10.5578/tt.20219703