Candida albicans klinik izolatlarının “randomly amplified polymorphic DNA” yöntemiyle genotiplendirmesinde kullanılan farklı primerlerin karşılaştırılması

SARAN, Begüm; AKSOY, A. Murat; Karahan, Zeynep Ceren; TEKELI, ALPER; AĞIRBAŞLI, Handan

Candida albicans klinik izolatlarının “randomly amplified polymorphic DNA” yöntemiyle genotiplendirmesinde kullanılan farklı primerlerin karşılaştırılması

Begüm SARAN, (Ankara Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Ankara, Türkiye)

Zeynep Ceren KARAHAN, (Ankara Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Ankara, Türkiye)

Handan AĞIRBAŞLI, (İstanbul Üniversitesi, İstanbul Tıp Fakültesi, Bizim Lösemili Çocuklar Vakfı, İstanbul, Türkiye)

FAZIL ALPER TEKELİ, (Ankara Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Ankara, Türkiye)

A. Murat AKSOY (Ankara Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Ankara, Türkiye)

Mikrobiyoloji Bülteni

0 0

Yıl: 2008 Cilt: 42 Sayı: 4 Sayfa Aralığı: 645 - 654 Metin Dili: Türkçe İndeks Tarihi: 29-07-2022

Candida albicans klinik izolatlarının “randomly amplified polymorphic DNA” yöntemiyle genotiplendirmesinde kullanılan farklı primerlerin karşılaştırılması

Öz:

Candida albicans, özellikle bağışıklık sistemi baskılanmış hastalarda olmak üzere yüksek mortalite ile seyreden ciddi enfeksiyonlara yol açmaktadır. Bu çalışmanın amacı; C.albicans izolatlarının genotiplendi-rilmesinde RAPD (Randomly Amplified Polymorphic DNA) yönteminin etkinliğinin değerlendirilmesi ve kullanılan farklı primerlerin ayırım gücünün karşılaştırılmasıdır. Çalışmamızda, Haziran 1999-Nisan 2003 tarihleri arasında yatarak tedavi gören hematolojik maligniteli 65 çocuk hastanın boğaz, balgam, kan, dışkı, idrar, vajen ve yara kültürlerinden enfeksiyon etkeni olarak izole edilen 109 C.albicans suşu, 10 farklı primer (OPE-03, OPE-04, OPE-12, OPE-18, OPE-19, OPE-20, OPF-IO, OPF-12, P1 ve P2) kullanılarak RAPD yöntemi ile incelenmiştir. Her primer ile elde edilen bant paternleri değerlendirilerek suşlar grup-landırılmış ve ayırım gücü hesaplanmıştır. Yöntemin tekrarlanabilirliği, rastgele seçilen 20 suşun aynı ve farklı PCR cihazlarında aynı PCR şartlarında çalışılması ile değerlendirilmiştir. C.albicans izolatları, kullanılan primere bağlı olmak üzere, 1-16 arasında bant oluşturmuş, 41-80 arasında genotipe ayrılmıştır. RAPD yönteminin ayırım gücü, her bir primer için -güvenilir değer olarak kabul edilen- > 0.90 (0.90-0.99 arasında) olarak bulunmuştur. Ancak, bir primer ile çalışıldığında aynı grupta yer alan suşların bir başka primer ile farklı gruplara dağıtabildiği gözlenmiştir. Yöntemin tekrarlanabilirliği zayıf, özellikle çok sayıda bant oluşturan izolatlarda, bant paternlerinin karşılaştırılmasının zor olduğu saptanmıştır. RAPD yöntemi ile genotiplendirmede güvenilir sonuçlar elde etmek için birden fazla primer kullanılması ve bunların karşılaştırmalı analizlerinin yapılması uygundur. Yöntem, az sayıda izolatın değerlendirildiği küçük salgınları araştırmada uygun olmakla birlikte, yöntemin tekrarlanabilirliğinin zayıf ve çok sayıda bant oluşturan izolatların değerlendirilmesinin zor oluşu nedeniyle, uzun bir zaman dilimine yayılmış çok sayıda izolatın değerlendirmesinde zahmetli ve güvenilirliğinin düşük olduğu kanısına varılmıştır.

Anahtar Kelime: Hematolojik neoplazmlar DNA, fungal DNA primerleri Candida albicans Genotip Kandidiyaz İmmünitesi zayıflamış konakçı Çocuk Sonuçların tekrarlanabilirliği Rastgele genişletilmiş polimorfik DNA tekniği

Konular: Mikrobiyoloji Biyoteknoloji ve Uygulamalı Mikrobiyoloji

Comparison of different primers used for the genotyping of Candida albicans clinical isolates by randomly amplified polymorphic DNA method

Öz:

Candida albicans causes severe infections with high mortality rates especially in immunocompromised patients. The aim of this study was to evaluate the efficiency of randomly amplified polymorphic DNA (RAPD) method and compare the discriminatory powers (DP) of different primers used for genotyping Candida albicans isolates. A total of 109 C. albicans strains recovered from throat, sputum, blood, feces, urine, vagina and wound cultures of 65 hospitalized paediatric patients with haematologic malignancy were evaluated by RAPD method using 10 different primers (OPE-03, OPE-04, OPE-12, OPE-18, OPE-19, OPE-20, OPF-10, OPF-12, P1 and P2) between June 1999-April 2003. Strains were separated into groups by analyzing band patterns derived from each primer and the DP was calculated. Reproducibility of the method was determined by evaluating randomly chosen 20 isolates with the same and different PCR devices under the same PCR conditions. C. albicans isolates generated 1-16 bands and were grouped in 41-80 genotypes depending on the primers used. DP of the RAPD method was calculated as > or = 0.90 for each primer (range between 0.90-0.99), which were accepted as reliable values. However, the strains clustered in the same group when studied with a primer could be dispersed into different groups by another primer. The reproducibility of the method was poor and the comparison of band patterns was difficult especially in isolates which generated many bands. In conclusion, for obtaining reliable results by RAPD method, using more than one primer and comparative analysis of these primers are appropriate. RAPD is an adequate method for studying small outbreaks in which a few number of isolates are evaluated, but it is laborious and unreliable for many number of isolates recovered in a long time period because of its poor reproducibility and difficulties in evaluating the strains generating many bands.

Anahtar Kelime: Immunocompromised Host Child Reproducibility of Results Random Amplified Polymorphic DNA Technique Hematologic Neoplasms DNA, Fungal DNA Primers Candida albicans Genotype Candidiasis

Konular: Mikrobiyoloji Biyoteknoloji ve Uygulamalı Mikrobiyoloji

Belge Türü: Makale Makale Türü: Araştırma Makalesi Erişim Türü: Bibliyografik

1.Steffan P, Vazquez jA, Boikov D, Xu C, Sobel JD, Akins RA. Identification of Candida species by randomly amplified polymorphic DNA fingerprinting of colony lysates. J Clin Microbiol 1997; 35: 2031-9.
2.Metzgar D, Belkum AV, Field D, Haubrich R, Wills C. Random amplification of polymorphic DNA and mic-rosatellite genotyping of pre- and post-treatment isolates of Candida spp. from human immunodeficiency virus-infected patients on different fluconazole regimens. J Clin Microbiol 1998; 36: 2308-13.
3.Dalle F, Franco N, Lopez J, et al. Comparative genotyping of Candida albicans bloodstream and nonblo-odstream isolates at a polymorphic microsatellite locus. J Clin Microbiol 2000; 38: 4554-9.
4.Dalle F, Dumont L, Franco. N, et al. Genotyping of Candida albicans oral strains from healthy individuals by polymorphic microsatellite locus analysis, j Clin Microbiol 2003; 41: 2203-5.
5.Hattori H, Iwata T, Nakagawa Y, et al. Genotype analysis of Candida albicans isolates obtained from different body locations of patients with superficial candidiasis using PCRs targeting 25S rDNA and ALT repeat sequences of the RPS. j Dermatol Sci 2006; 42: 31-46.
6.Garcia-Hermoso D, Cabaret O, Lecellier G, et al. Comparison of microsatellite length polymorphism and multilocus sequence typing for DNA-based typing of Candida albicans. J Clin Microbiol 2007; 45: 3958-63.
7.Kaiser C, Michaelis S, Mitchell A. Methods in Yeast Genetics, pp: 137-147. 1994, Cold Spring Harbor Laboratory Press, New York.
8.Hunter PR, Gaston MA. Numerical index of the discriminatory ability of typing systems: an application of Simpson's index of diversity. ] Clin Microbiol 1988; 26: 2465-6.
9.Fouiet F, Nicolas N, Eloy O, et al. Microsatellite marker analysis as a typing system for Candida glabrata. J Clin Microbiol 2005; 43: 4574-9.
10.Hunter PR. A critical review of typing methods for Candida albicans and their applications. Crit Rev Microbiol 1991; 17: 417-34.
11.Tekeli A. PCR amplifikasyon temelli mikrobiyal tiplendirme, s: 197-221. Tekeli A, Ustaçelebi Ş (ed), Moleküler Mikrobiyoloji, Tanı Prensipleri ve Uygulamalar. 2006, Palme Yayıncılık, Ankara.
12.Soil DR. The ins and outs of DNA fingerprinting the infectious fungi. Clin Microbiol Rev 2000; 1 3: 332-70.
13.Vrioni G, Bernard PM. Molecular typing of Candida isolates from patients hospitalized in an intensive care unit, j Infect 2001; 42: 50-6.
14.Melo ASA, Almeida LP, Colombo AL, Briones MRS. Evolutionary distances and identification of Candida species in clinical isolates by randomly amplified polymorphic DNA (RAPD). Mycopathologia 1998; 142: 57-66.
15.Wilson MJ, Williams DW, Forbes MD, Finlay IG, Lewis MA. A molecular epidemiological study of sequential oral isolates of Candida albicans from terminally ill patients. J Oral Pathol Med 2001; 30: 206-12.
16.Clemons KV, Feroze F, Holmberg K, Stevens DA. Comparative analysis of genetic variability among Candida albicans isolates from different geographic locales by three genotypic methods. J Clin Microbiol 1997; 35:1332-6.
17.Bretagne S, Costa JM, Besmond C, Carsique R, Calderone R. Microsatellite polymorphism in the promoter sequence of the elongation factor 3 gene of Candida albicans as the basis for a typing system. J Clin Microbiol 1997; 35: 1777-80.
18.Versalovic J, Lupski JR. Molecular detection and genotyping of pathogens: more accurate and rapid answers. Trends Microbiol 2002; 10: 15-21.
19.Pujol C, Joly S, Lockhart SR, Tibayrenc M, Soli DR. Parity among the randomly amplified polymorphic DNA method, multilocus enzyme electrophoresis, and southern blot hybridization with the moderately repetitive DNA probe Ca3 for fingerprinting Candida albicans, j Clin Microbiol 1997; 35: 2348-58.
20.Jain P, Khan ZK, Bhattacharya E, Ranade SA. Variation in random amplified polymorphic DNA (RAPD) profiles specific to fluconazole-resistant and -sensitive strains of Candida albicans. Diagn Microbiol Infect Dis 2001;41:113-9.
21.Valerio HM, Botelho RC, Oliveira W, Resende MA. Differentiation of Candida species obtained from nosocomial candidemia using RAPD-PCR technique. Rev Soc Bras Med Trop 2006; 39: 174-8.
22.Dassanayake RS, Ellepola ANB, Samaranayake YH, Samaranayake LP. Molecular heterogeneity of fluconazo-le-resistant and -susceptible oral Candida albicans isolates within a single geographic locale. APMIS 2002; 110: 315-24.
23.Lunel FMV, Meis JFGM, Voss A. Nosocomial fungal infections: candidemia. Diagn Microbiol Infect Dis 1999; 34: 213-20.
24.Botterel F, Desterke C, Costa C, Bretagne S. Analysis of microsatellite markers of Candida albicans used for rapid typing. J Clin Microbiol 2001; 39: 4076-81.
25.Stephan F, Bah MS, Desterke C, et al. Molecular diversity and routes of colonization of Candida albicans in a surgical intensive care unit, as studied using microsatellite markers. Clin Infect Dis 2002; 35: 1477-83.
26.Fridkin SK, Jarvis WR. Epidemiology of nosocomial fungal infections. Clin Microbiol Rev 1996; 9: 499-511.

APA	SARAN B, Karahan Z, AĞIRBAŞLI H, TEKELI A, AKSOY A (2008). Candida albicans klinik izolatlarının “randomly amplified polymorphic DNA” yöntemiyle genotiplendirmesinde kullanılan farklı primerlerin karşılaştırılması. , 645 - 654.
Chicago	SARAN Begüm,Karahan Zeynep Ceren,AĞIRBAŞLI Handan,TEKELI ALPER,AKSOY A. Murat Candida albicans klinik izolatlarının “randomly amplified polymorphic DNA” yöntemiyle genotiplendirmesinde kullanılan farklı primerlerin karşılaştırılması. (2008): 645 - 654.
MLA	SARAN Begüm,Karahan Zeynep Ceren,AĞIRBAŞLI Handan,TEKELI ALPER,AKSOY A. Murat Candida albicans klinik izolatlarının “randomly amplified polymorphic DNA” yöntemiyle genotiplendirmesinde kullanılan farklı primerlerin karşılaştırılması. , 2008, ss.645 - 654.
AMA	SARAN B,Karahan Z,AĞIRBAŞLI H,TEKELI A,AKSOY A Candida albicans klinik izolatlarının “randomly amplified polymorphic DNA” yöntemiyle genotiplendirmesinde kullanılan farklı primerlerin karşılaştırılması. . 2008; 645 - 654.
Vancouver	SARAN B,Karahan Z,AĞIRBAŞLI H,TEKELI A,AKSOY A Candida albicans klinik izolatlarının “randomly amplified polymorphic DNA” yöntemiyle genotiplendirmesinde kullanılan farklı primerlerin karşılaştırılması. . 2008; 645 - 654.
IEEE	SARAN B,Karahan Z,AĞIRBAŞLI H,TEKELI A,AKSOY A "Candida albicans klinik izolatlarının “randomly amplified polymorphic DNA” yöntemiyle genotiplendirmesinde kullanılan farklı primerlerin karşılaştırılması." , ss.645 - 654, 2008.
ISNAD	SARAN, Begüm vd. "Candida albicans klinik izolatlarının “randomly amplified polymorphic DNA” yöntemiyle genotiplendirmesinde kullanılan farklı primerlerin karşılaştırılması". (2008), 645-654.

APA	SARAN B, Karahan Z, AĞIRBAŞLI H, TEKELI A, AKSOY A (2008). Candida albicans klinik izolatlarının “randomly amplified polymorphic DNA” yöntemiyle genotiplendirmesinde kullanılan farklı primerlerin karşılaştırılması. Mikrobiyoloji Bülteni, 42(4), 645 - 654.
Chicago	SARAN Begüm,Karahan Zeynep Ceren,AĞIRBAŞLI Handan,TEKELI ALPER,AKSOY A. Murat Candida albicans klinik izolatlarının “randomly amplified polymorphic DNA” yöntemiyle genotiplendirmesinde kullanılan farklı primerlerin karşılaştırılması. Mikrobiyoloji Bülteni 42, no.4 (2008): 645 - 654.
MLA	SARAN Begüm,Karahan Zeynep Ceren,AĞIRBAŞLI Handan,TEKELI ALPER,AKSOY A. Murat Candida albicans klinik izolatlarının “randomly amplified polymorphic DNA” yöntemiyle genotiplendirmesinde kullanılan farklı primerlerin karşılaştırılması. Mikrobiyoloji Bülteni, vol.42, no.4, 2008, ss.645 - 654.
AMA	SARAN B,Karahan Z,AĞIRBAŞLI H,TEKELI A,AKSOY A Candida albicans klinik izolatlarının “randomly amplified polymorphic DNA” yöntemiyle genotiplendirmesinde kullanılan farklı primerlerin karşılaştırılması. Mikrobiyoloji Bülteni. 2008; 42(4): 645 - 654.
Vancouver	SARAN B,Karahan Z,AĞIRBAŞLI H,TEKELI A,AKSOY A Candida albicans klinik izolatlarının “randomly amplified polymorphic DNA” yöntemiyle genotiplendirmesinde kullanılan farklı primerlerin karşılaştırılması. Mikrobiyoloji Bülteni. 2008; 42(4): 645 - 654.
IEEE	SARAN B,Karahan Z,AĞIRBAŞLI H,TEKELI A,AKSOY A "Candida albicans klinik izolatlarının “randomly amplified polymorphic DNA” yöntemiyle genotiplendirmesinde kullanılan farklı primerlerin karşılaştırılması." Mikrobiyoloji Bülteni, 42, ss.645 - 654, 2008.
ISNAD	SARAN, Begüm vd. "Candida albicans klinik izolatlarının “randomly amplified polymorphic DNA” yöntemiyle genotiplendirmesinde kullanılan farklı primerlerin karşılaştırılması". Mikrobiyoloji Bülteni 42/4 (2008), 645-654.