Bağırsak mikrobiyotası olarak da bilinen bağırsak florası; bakteri ve virüslerden, arkeler, protozoalar ve mantarlara kadar geniş bir yelpazede mikroorganizmaya ev sahipliği yapmaktadır. İnsan vücudunda 100 trilyondan fazla simbiyotik mikroorganizma ağız boşluğu, deri ve gastrointestinal sistemde kolonileşmektedir. Mikrobiyotanın %70'inden fazlası konak ile simbiyotik bir ilişki içinde gastrointestinal kanalda yaşamaktadır. Ağız boşluğu, insan vücuduna açılan birincil kapıdır ve 770'ten fazla bakteri türünü barındıran, bağırsaktan sonraki en büyük ve çeşitli mikrobiyotaya sahip vücut bölümüdür. İnsan bağırsağı mikrobiyotası; bağışıklık sisteminin gelişmesi, besin sindirimi, patojen mikroorganizmaların kolonizasyonuna karşı savunma ve nörodavranışsal işlevi etkileme dahil olmak üzere konak gelişimine ve konağın fizyolojik fonksiyonlarını sürdürmesine katkıda bulunmaktadır. Yaşamın erken dönemlerindeki mikrobiyota ve konak arasındaki etkileşimler ilerleyen dönemde sağlığı etkileyecek fizyolojik değişikliklerden sorumludur. Bağırsağın ve ağızdaki mikrobiyal toplulukların disbiyozisi otizm, astım, obezite, inflamatuar bağırsak hastalıkları gibi birçok otoimmün ve enflamatuar hastalık ile ilişkilidir ve immün sistemi, bilişsel fonksiyonları ve metabolizmayı etkileyebilmektedir. Mikrobiyotanın önemi göz önünde bulundurularak fekal ve oral mikrobiyota transplantasyonu bir tedavi seçeneği olarak değerlendirilmiştir. Bu derleme, ağız ve bağırsak florasının oluşumunu, oral mikrobiyota ve bağırsak mikrobiyotası arasındaki etkileşimi ve sistemik hastalıklar ile mikrobiyota arasındaki çift yönlü ilişkiyi ele almaktadır.