Mersin ilinde hepatit c virusu genotip dağılımının Belirlenmesi*

Hepatit C virusu (HCV) Flaviviridae ailesinin bir üyesi olup, RNA yapısındaki genom yüksek derecede değişkenlik göstermektedir. Filogenetik olarak altı majör genotipi belirlenmiştir ve her bir genotip farklı alt tipleri içermektedir. Dünya genelinde HCV genotiplerinin dağılımı coğrafi olarak farklılık göstermektedir. Viral genotip tayini antiviral tedavinin seçiminde, tedavi süresi ve tedaviye yanıtın takip edilmesinde büyük öneme sahiptir. Bu çalışmada, Mersin ilinde HCV ile enfekte hastalarda HCV genotiplerinin dağılımının belirlenmesi amaçlanmıştır. Çalışmaya, Mart 2010-Mayıs 2012 tarihleri arasında Mersin Üniversitesi Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Laboratuvarında, anti-HCV (ELISA; Abbott Laboratories, ABD) ve HCV-RNA (Cobas TaqMan 48, Roche Diagnostic, ABD) pozitif olarak saptanan toplam 236 (137 kadın, 99 erkek; ortalama yaş: 53.28 ± 14.99 yıl) kronik hepatit Cli hasta dahil edilmiştir. HCV genotip tayini, viral 5-UTR bölgesine ait amplifikasyon ürünlerinden ters hibridizasyon temeline dayanan ticari bir LiPA (Line Probe Assay; AMPLIQUALITY HCV-TS; AB Analitica, İtalya) kitiyle gerçekleştirilmiştir. Genotiplemesi yapılan 236 hastanın %84.7 (n= 200)si genotip 1b, %4.2 (n= 10)si genotip 3a, %3.8 (n= 9)i genotip 1, %2.1 (n= 5)i genotip 1a/1b, %2 (n= 2)si genotip 4a, %1.7 (n= 4)si genotip 1a, %1.3 (n= 3)ü genotip 2b, %0.4 (n= 1)ü genotip 2, %0.4 (n= 1)ü genotip 2a/2c ve %0.4 (n= 1)ü genotip 6 olarak bulunmuştur. Genotip 1b ile enfekte olguların cinsiyet dağılımları ile serum alanin aminot ransferaz (ALT) (kadınlarda 46.14 IU/L, erkeklerde 63.9 IU/L; p= 0.029) ve HCV-RNA (kadınlarda 634 x 103 IU/L, erkeklerde 20 x 105 IU/L; p= 0.005) düzeylerinin ortanca değeri arasında istatistiksel olarak anlamlı bir farklılık gözlenmiştir. Bu çalışma, bölgemizdeki HCV genotip dağılımını yansıtan ilk araştırmadır. Kötü prognozla ilişkilendirilen ve Türkiyede en yüksek prevalansa sahip olan genotip 1b, %84.7 oranıyla bölgemizde de en yaygın genotip olarak belirlenmiştir. Ayrıca, ülkemizde daha az sıklıkta rastlanılan genotip 1a, 2b, 3a ve 4anın düşük oranları ve yeni olarak belirlenen genotip 6nın varlığı gösterilmiştir.

Anahtar Kelime:

Konular: Biyoloji Viroloji

Determination of hepatitis c virus genotype distribution in Mersin province, Turkey

Öz:

Hepatitis C virus (HCV) is a member of the Flaviviridae family and the RNA genome e x hibit high genetic heterogeneity. Six major genotypes were phylogenetically determined and each genotype contains different subtypes. The distribution of HCV genotypes varies geographically throughout the world. Determination of viral genotype has great importance in the selection of antiviral therapy, treatment duration and monitoring the response to treatment. The aim of this study was to determine the distribution of HCV genotypes in Mersin province located at the Southern part of Turkey. A total of 236 patients (137 females, 99 males; mean age: 53.28 ± 14.99 years) with chronic HCV infection who were admitted to Mersin University Hospital Microbiology Laboratory during March 2010-May 2012 period were included in the study. The patients were anti-HCV (ELISA; Abbott Laboratories, USA) and HCV-RNA (Cobas TaqMan 48, Roche Diagnostic, USA) positive. HCV genotype analysis was determined by using a commercial LiPA kit (Line Probe Assay; AMPLIQUALITY HCV-TS; AB Analitica, Italy) based on the reverse hybridization of amplification products of viral 5 -UTR region. Out of the 236 patients, genotype 1b was observed in 84.7% (n= 200), genotype 3a in 4.2% (n= 10), genotype 1 in 3.8% (n= 9), genotype 1a/1b in 2.1% (n= 5), genotype 4a in 2% (n= 2), genotype 1a in 1.7% (n= 4), genotype 2b in 1.3% (n= 3), genotype 2 in 0.4% (n= 1), genotype 2a/2c in 0.4% (n= 1) and genotype 6 in 0.4% (n= 1). In the cases infected with genotype 1b, statistically significant differences were detected between gender distribution with the mean serum ALT (46.14 IU/L in females, 63.9 IU/L in males; p= 0.029) and HCV-RNA (634 x 103 IU/L in females, 20 x 105 IU/L in males; p= 0.005) levels. This was the first study that reflected the distribution of HCV genotypes in southern Turkey region. Genotype 1b, associated with poor prognosis and which had the highest prevalence in Turkey, was also determined as the most common genotype with a rate of 84.7% in our region. In addition, low rates of genotype 1a, 2b, 3a and 4a which were identified with low frequency in our country and newly introduced genotype 6 were also demonstrated.

Anahtar Kelime:

Konular: Biyoloji Viroloji

Belge Türü: Makale Makale Türü: Kısa Bildiri Erişim Türü: Bibliyografik

1. Aman W, Mousa S, Shiha G, Mousa SA. Current status and future directions in the management of chronic hepatitis C. Virol J 2012; 9: 57.
2. Abdel-Hamid M, El-Daly M, Molnegren V, et al. Genetic diversity in hepatitis C virus in Egypt and possible association with hepatocellular carcinoma. J Gen Virol 2007; 88(Pt 5): 1526-31.
3. Rho J, Ryu JS, Hur W, et al. Hepatitis C virus (HCV) genotyping by annealing reverse transcription-PCR products with genotype-specific capture probes. J Microbiol 2008; 46(1): 81-7.
4. Jimenez-Mendez R, Uribe-Salas F, López-Guillen P, Cisneros-Garza L, Castañeda-Hernandez G. Distribution of HCV genotypes and HCV RNA viral load in different regions of Mexico. Ann Hepatol 2010; 9(1): 33-9.
5. Simmonds P, Bukh J, Combet C, et al. Consensus proposals for a unified system of nomenclature of hepatitis C virus genotypes. Hepatology 2005; 42(4): 962-73.
6. Zein NN. Clinical significance of hepatitis C virus genotypes. Clin Microbiol Rev 2000; 13(2): 223-35.
7. Sievert W, Altraif I, Razavi HA, et al. A systematic review of hepatitis C virus epidemiology in Asia, Australia and Egypt. Liver Int 2011; 31(Suppl 2): 61-80.
8. Noorali S, Pace DG, Bagasra O. Of lives and livers: emerging responses to the hepatitis C virus. J Infect Dev Ctries 2011; 5(1): 1-17.
9. Abacioglu YH, Davidson F, Tuncer S, et al. The distribution of hepatitis C virus genotypes in Turkish patients. J Viral Hepat 1995; 2(6): 297-301.
10. Bozdayi AM, Aslan N, Bozdayi G, et al. Molecular epidemiology of hepatitis B, C and D viruses in Turkish patients. Arch Virol 2004; 149(11): 2115-29.
11. Çil T, Özekinci T, Göral V, Altıntaş A. Güneydoğu Anadolu Bölgesinde hepatit C virüsü genotipleri. Türkiye Klinikleri J Med Sci 2007; 27(4): 496-500.
12. Ozbek E, Ozekinci T, Mese S, Atmaca S. Hepatitis C virus genotypes are changing in the Southeast of Turkey. Biotechnol Biotechnol Eq 2009; 23(4): 1521-3.
13. Şanlıdağ T, Akcali S, Ozbakkaloğlu B, Ertekin D, Akduman E. Distribution of hepatitis C virus genotypes in Manisa region, Turkey. Mikrobiyol Bul 2009; 43(4): 613-8.
14. Çelik C, Bakıcı MZ, Kaygusuz R, Ertürk R. Sivas yöresindeki HCV genotip dağılımlarının araştırılması. Viral Hepatit Derg 2010; 16(3): 106-10.
15. Kalayci R, Altindiş M, Gülamber G, Demirtürk N, Akcan Y, Demirdal T. Genotype distribution of chronic hepatitis B and hepatitis C patients and investigation of the resistance patterns in hepatitis B cases. Mikrobiyol Bul 2010; 44(2): 237-43.
16. Aktaş E, Ogedey ED, Külah C, Beğendik Cömert F. Hepatitis C virus genotypes in a province of Western Black-Sea region, Turkey. Mikrobiyol Bul 2010; 44(4): 647-50.
17. Karslıgil T, Savaş E, Savaş MC. Genotype distribution and 5 UTR nucleotide changes in hepatitis C virus. Balkan Med J 2011; 28(3): 232-6.

APA	TEZCAN ÜLGER S, ULGER M, ASLAN G, YARAŞ S, ALTINTAS E, Sezgin O, EMEKDAŞ G, GİRAY GÜRER B, SUNGUR M (2013). Mersin ilinde hepatit c virusu genotip dağılımının Belirlenmesi*. , 332 - 338.
Chicago	TEZCAN ÜLGER Seda,ULGER Mahmut,ASLAN GÖNÜL,YARAŞ Serkan,ALTINTAS ENGIN,Sezgin Orhan,EMEKDAŞ Gürol,GİRAY GÜRER Burcu,SUNGUR Mehmet Ali Mersin ilinde hepatit c virusu genotip dağılımının Belirlenmesi*. (2013): 332 - 338.
MLA	TEZCAN ÜLGER Seda,ULGER Mahmut,ASLAN GÖNÜL,YARAŞ Serkan,ALTINTAS ENGIN,Sezgin Orhan,EMEKDAŞ Gürol,GİRAY GÜRER Burcu,SUNGUR Mehmet Ali Mersin ilinde hepatit c virusu genotip dağılımının Belirlenmesi*. , 2013, ss.332 - 338.
AMA	TEZCAN ÜLGER S,ULGER M,ASLAN G,YARAŞ S,ALTINTAS E,Sezgin O,EMEKDAŞ G,GİRAY GÜRER B,SUNGUR M Mersin ilinde hepatit c virusu genotip dağılımının Belirlenmesi*. . 2013; 332 - 338.
Vancouver	TEZCAN ÜLGER S,ULGER M,ASLAN G,YARAŞ S,ALTINTAS E,Sezgin O,EMEKDAŞ G,GİRAY GÜRER B,SUNGUR M Mersin ilinde hepatit c virusu genotip dağılımının Belirlenmesi*. . 2013; 332 - 338.
IEEE	TEZCAN ÜLGER S,ULGER M,ASLAN G,YARAŞ S,ALTINTAS E,Sezgin O,EMEKDAŞ G,GİRAY GÜRER B,SUNGUR M "Mersin ilinde hepatit c virusu genotip dağılımının Belirlenmesi*." , ss.332 - 338, 2013.
ISNAD	TEZCAN ÜLGER, Seda vd. "Mersin ilinde hepatit c virusu genotip dağılımının Belirlenmesi*". (2013), 332-338.

APA	TEZCAN ÜLGER S, ULGER M, ASLAN G, YARAŞ S, ALTINTAS E, Sezgin O, EMEKDAŞ G, GİRAY GÜRER B, SUNGUR M (2013). Mersin ilinde hepatit c virusu genotip dağılımının Belirlenmesi*. Mikrobiyoloji Bülteni, 47(2), 332 - 338.
Chicago	TEZCAN ÜLGER Seda,ULGER Mahmut,ASLAN GÖNÜL,YARAŞ Serkan,ALTINTAS ENGIN,Sezgin Orhan,EMEKDAŞ Gürol,GİRAY GÜRER Burcu,SUNGUR Mehmet Ali Mersin ilinde hepatit c virusu genotip dağılımının Belirlenmesi*. Mikrobiyoloji Bülteni 47, no.2 (2013): 332 - 338.
MLA	TEZCAN ÜLGER Seda,ULGER Mahmut,ASLAN GÖNÜL,YARAŞ Serkan,ALTINTAS ENGIN,Sezgin Orhan,EMEKDAŞ Gürol,GİRAY GÜRER Burcu,SUNGUR Mehmet Ali Mersin ilinde hepatit c virusu genotip dağılımının Belirlenmesi*. Mikrobiyoloji Bülteni, vol.47, no.2, 2013, ss.332 - 338.
AMA	TEZCAN ÜLGER S,ULGER M,ASLAN G,YARAŞ S,ALTINTAS E,Sezgin O,EMEKDAŞ G,GİRAY GÜRER B,SUNGUR M Mersin ilinde hepatit c virusu genotip dağılımının Belirlenmesi*. Mikrobiyoloji Bülteni. 2013; 47(2): 332 - 338.
Vancouver	TEZCAN ÜLGER S,ULGER M,ASLAN G,YARAŞ S,ALTINTAS E,Sezgin O,EMEKDAŞ G,GİRAY GÜRER B,SUNGUR M Mersin ilinde hepatit c virusu genotip dağılımının Belirlenmesi*. Mikrobiyoloji Bülteni. 2013; 47(2): 332 - 338.
IEEE	TEZCAN ÜLGER S,ULGER M,ASLAN G,YARAŞ S,ALTINTAS E,Sezgin O,EMEKDAŞ G,GİRAY GÜRER B,SUNGUR M "Mersin ilinde hepatit c virusu genotip dağılımının Belirlenmesi*." Mikrobiyoloji Bülteni, 47, ss.332 - 338, 2013.
ISNAD	TEZCAN ÜLGER, Seda vd. "Mersin ilinde hepatit c virusu genotip dağılımının Belirlenmesi*". Mikrobiyoloji Bülteni 47/2 (2013), 332-338.