t030, Türkiye’deki hastanelerden izole edilen metisiline dirençli staphylococcus aureus izolatları arasında en yaygın spa tipidir

Staphylococcus aureus en sık görülen hastane enfeksiyon etkenleri arasındadır. Farklı koşullara adapte olabilme yeteneği sayesinde S.aureus, başarılı klonları ile epidemilere, hatta bir kıtadan diğerine yayılarak pandemilere yol açabilmektedir. Bu çalışmanın amacı, Türkiye’de farklı coğrafi bölgelerdeki 12 merkezden 2006-2008 yılları arasında izole edilen 397 metisiline dirençli S.aureus (MRSA) suşunun spa tiplendirmesinin yapılması ve PFGE ve MLST yöntemleri ile klonalitelerinin araştırılmasıdır. Ayrıca 12 merkezin dördünden 2011 yılında izole edilmiş olan 91 MRSA izolatının da spa tipleri belirlenmiştir. PFGE analizleri izolatlar arasında yaygın bir pulsotipin olduğunu göstermiştir. İzolatlardan 363 (%91.4)’ü pulsotip A, 18 (%4.5)’i pulsotip B ve 11 (%2.8)’i pulsotip C olarak bulunmuştur. SCCmec tipleme sonuçlarına göre 363 (%91.4) suş SCCmec tip III, 30 (%7.6) suş SCCmec tip IV olarak tanımlanmıştır. Pulsotipleri temsil eden suşların dizi analizi sonuçlarına göre en yaygın MLST tipinin ST239 (%85.1) olduğu, bunu her ikisi de SCCmec tip IV olarak bulunan ST737 (%4) ve ST97 (%2.8)’nin takip ettiği görülmüştür. İki SCCmec tip IV suşunun MLST tipi ise ST80 olarak bulunmuştur. Test edilen 397 suştan 338 (%85.1)’inin spa tipi t030 olarak saptanmış; bunu t005 (%2.5) ve t632 (%2) takip etmiştir. 2011 yılında izole edilen 91 suşun ise 64 (%70.3)’ü t030, 4 (%4.4)’ü t005, 2 (%2.2)’si t015 ve 2 (%2.2)’si t1094 olarak bulunmuştur. Spa tipi t030’un merkezlerde 2006-2008 suşları arasındaki prevalansı %59-100 arasındadır. İzole edilen suşlar arasında t030’un en yüksek düzeyi Ankara’da (%100) en düşük düzeyi ise Trabzon’da (%59) görülmüştür. İstanbul’da 2006-2008 örnekleri arasında %94.5 olan t030 oranının, 2011 suşları arasında %55’e düştüğü izlenmiştir. Benzer şekilde Konya ve Trabzon örneklerinde de t030 görülme oranının azaldığı belirlenirken, Aydın ilinde yıllar içinde t030 oranında artış olduğu saptanmıştır. Çalışmamızda, altı yıllık süreçte Türkiye’de en sık görülen MRSA klonunun t030 spa tipine sahip olduğu belirlenmiştir. PCR ile test edilen PVL toksin geni ise 5 (%3) suşta pozitif bulunmuş; bunlardan üçünün SCCmecIII-ST239 ve ikisinin SCCmec tip IV-ST80 olduğu görülmüştür. Bu çalışma şimdiye kadar Türkiye’de yapılmış olan en geniş epidemiyolojik çalışma olup, hastane kökenli Türkiye klonu olan TR09 (ST239-SCCmecIII-t030) ve toplum kökenli Türkiye klonu olan TR10’nun (ST737-SCCmecIV-t005) Türkiye’de yaygın olarak bulunduğunu göstermiştir.

Anahtar Kelime:

Konular: Biyoloji Mikrobiyoloji Biyoteknoloji ve Uygulamalı Mikrobiyoloji Farmakoloji ve Eczacılık

t030 is the most common spa type among methicillin-resistant staphylococcus aureus strains isolated from Turkish hospitals

Öz:

Staphylococcus aureus is one of the most frequent agents causing hospital infections. S.aureus has a great ability to adapt itself to variety of conditions and successful clones can be epidemic and even pandemic by its ability spread from one continent to another. The aims of this study were to detect spa types of 397 methicillin-resistant S.aureus (MRSA) strains isolated from 12 centers in different geographical regions of Turkey from 2006 to 2008, and to investigate their clonality by PFGE and MLST typing. Additionally, 91 MRSA from four of those 12 centers isolated during 2011 were also studied for their spa types. PFGE profiles indicated the presence of a major pulsotype, namely pulsotype A with a rate of 91.4% (363/397), followed by pulsotype B (n= 18, 4.5%) and pulsotype C (n= 11, 2.8%). Among isolates tested 363 (91.4%) were SCCmec type III, 30 (7.6%) were SCCmec type IV. Sequence analysis of represen tative isolates revealed that ST239 (85.1%) was the most common MLST type followed by two MLST types ST737 (4%), and ST97 (2.8%), both SCCmec type IV. Two isolates were ST80 with SCCmec type IV. Of 397 isolates, 338 (85.1%) were t030, followed by t005 (2.5%) and t632 (2%). Among MRSA isolated during 2011, 64 (70.3%) of 91 were t030, 4 (4.4%) were t005, 2 (2.2%) were t015, and 2 (2.2%) were t1094. Among centers the t030 prevalence of 2006-2008 isolates ranged from 59-100%. The highest t030 prevalence was found in Ankara (100%) and lowest in Trabzon (59%) provinces which are located at central and northestern Anatolia, respectively. In Istanbul province, the prevalence of t030 was 94.5% among 2006-2008 isolates which decreased to 55.5% among 2011 isolates. Also a decrease in t030 rates was observed among samples from Konya and Trabzon but not from Aydin. Our results showed that the most common MRSA clone in Turkey is ST 239-SCCmec type III, t030 which persisted during the six years of the study period. Presence of PVL toxin gene was tested by PCR and 5 (3%) isolates found to be positive, of them two were SCCmec Type IV-ST80 and three were SCCmec Type III- ST239. This study is the largest epidemiological survey ever done in Turkey which showed presence of a hospital Turkish clone TR09 (ST239-SCCmecIII-t030) and a community clone TR10 (ST737-SCCmecIV- t005) largely disseminated in Turkey.

Anahtar Kelime:

Konular: Biyoloji Mikrobiyoloji Biyoteknoloji ve Uygulamalı Mikrobiyoloji Farmakoloji ve Eczacılık

Belge Türü: Makale Makale Türü: Araştırma Makalesi Erişim Türü: Bibliyografik

1. Gomes AR, Westh H, Lencastre H. Origins and evolution of methicillin-resistant Staphylococcus aureus clonal lineages. Antimicrob Agents Chemother 2006; 50(10): 3237-44.
2. Grundmann H, Aanensen DM, van den Wijngaard CC, Spratt BG, Harmsen D, Friedrich AW. Geographic distribution of Staphylococcus aureus causing invasive infections in Europe: a molecular-epidemiological analysis. PloS Med 2010; 7(1):e1000215.
3. Enright MC, Robinson DA, Randle G, Feil EJ, Grundmann H, Spratt BG. The evolutionary history of methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA). Proc Natl Acad Sci 2002; 99(11): 7687-92.
4. Stefani S, Chung DR, Lindsay JA, et al. Methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA): global epidemiology and harmonisation of typing methods. Int J Antimicrob Agents 2012; 39(4): 273-82.
5. Gould IM, David MZ, Esposito S, et al. New insights into methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) pathogenesis, treatment and resistance. Int J Antimicrob Agents 2012; 39(2): 96-104.
6. Clinical and Laboratory Standards Institute. Performance standards for antimicrobial susceptibility testing; sixteenth informational supplement. 2006; M100-S16. Vol. 26, No.3. CLSI, Wayne, PA.
7. Oliveira DC, Lencastre H. Multiplex PCR strategy for rapid identification of structural types and variants of the mec element in methicillin-resistant Staphylococcus aureus. Antimicrob Agents Chemother 2002; 46(7): 2155-61.
8. Zhang K, McClure J, Elsayed S, Louie T, Conly JM. Novel multiplex PCR assay for characterization and concomitant subtyping of staphylococcal cassette chromosome mec types I to V in methicillin-resistant Staphylococcus aureus. J Clin Microbiol 2005; 43(10): 5026-33.
9. Lina G, Piémont Y, Godail-Gamot F, et al. Involvement of Panton-Valentine leukocidin-producing Staphylococcus aureus in primary skin infections and pneumonia. Clin Infect Dis 1999; 29(5): 1128-32.
10. McDougal LK, Steward CD, Killgore GE, Chaitram JM, McAllister SK, Tenover FC. Pulsed-field gel electrop- horesis typing of oxacillin-resistant Staphylococcus aureus isolates from the United States: establishing a na- tional database. J Clin Microbiol 2003; 41(11): 5113-20.
11. Enright MC, Day NP, Davies CE, Peacock SJ, Spratt BG. Multilocus sequence typing for characterization of methicillin-resistant and methicillin-susceptible clones of Staphylococcus aureus. J Clin Microbiol 2000; 38(3): 1008-15.
12. Ruppitsch W, Indra A, Stöger A, et al. Classifying spa types in complexes improves interpretation of typing results for methicillin-resistant Staphylococcus aureus. J Clin Microbiol 2006; 44(7): 2442-8.
13. Liu Y, Wang H, Du N, et al. Molecular evidence for spread of two major methicillin-resistant Staphylococcus aureus clones with a unique geographic distribution in Chinese hospitals. Antimicrob Agents Chemother 2009; 53(2): 512-8.
14. Song JH, Hsueh PR, Chung DR, et al. Spread of methicillin-resistant Staphylococcus aureus between the community and the hospitals in Asian countries: an NSORP study. J Antimicrob Chemother 2011; 66(5):1061-9.
15. Zafar A, Stone M, Ibrahim S, et al. Prevalent genotypes of methicillin-resistant Staphylococcus aureus: report from Pakistan. J Med Microbiol 2011; 60(Pt 1): 56-62.
16. Ho CM, Ho MW, Lee CY, Tien N, Lu JJ. Clonal spreading of methicillin-resistant SCCmec Staphylococcus aureus with specific spa and dru types in central Taiwan. Eur J Clin Microbiol Infect Dis 2012; 31(4): 499-504.
17. Shahsavan S, Emaneini M, Noorazar Khoshgnab B, et al. A high prevalence of mupirocin and macrolide resistance determinant among Staphylococcus aureus strains isolated from burnt patients. Burns 2012; 38(3): 378-82.
18. Verwer PE, Robinson JO, Coombs GW, et al. Prevalence of nasal methicillin-resistant Staphylococcus aureus colonization in healthcare workers in a Western Australian acute care hospital. Eur J Clin Microbiol Infect Dis 2012; 31(6): 1067-72.
19. Alp E, Klaassen CH, Doganay M, et al. MRSA genotypes in Turkey: persistence over 10 years of a single clone of ST239. J Infect 2009; 58(6): 433-8.
20. Kilic A, Guclu AU, Senses Z, Bedir O, Aydogan H, Basustaoglu AC. Staphylococcal cassette chromosome mec (SCCmec) characterization and panton-valentine leukocidin gene occurrence for methicillin-resistant Staphylococcus aureus in Turkey, from 2003 to 2006. Antonie Van Leeuwenhoek 2008; 94(4): 607-14.
21. Karahan ZC, Tekeli A, Adaleti R, Koyuncu E, Dolapci I, Akan OA. Investigation of Panton-Valentine leukocidin genes and SCCmec types in clinical Staphylococcus aureus isolates from Turkey. Microb Drug Resist 2008; 14(3): 203-10.
22. Baran CB, Mutlu D, Baysan BO, Günseren F, Ergani A, Oğünç D, et al. Investigation of Panton-Valentine leukocidin gene, SCCmec gene cassette types and genotypes of methicillin-resistant Staphylococcus aureus strains isolated from outpatients. Mikrobiyol Bul 2010; 44(4): 533-45.
23. Ergon MC, Biçmen M, Gülay Z. Dokuz Eylül Üniversitesi Hastanesindeki dominant metisiline dirençli Staphy- lococcus aureus suşunun moleküler yöntemlerle tiplendirilmesi. ANKEM 2010; 24(2): 65-70.
24. Kirdar S, Arslan U, Tuncer I, Findik D, Bozdoğan B. Investigation of the clonality and Panton-Valentine leukocidin toxin among nosocomial methicillin-resistant Staphylococcus aureus strains. Mikrobiyol Bul 2009; 43(4): 529-33.
25. Demir T, Coplu N, Bayrak H, et al. Panton-Valentine leucocidin gene carriage among Staphylococcus aureus strains recovered from skin and soft tissue infections in Turkey. J Antimicrob Chemother 2012; 67(4): 837-40.
26. Gülmez D, Sancak B, Ercis S, Karakaya J, Hasçelik G. Investigation of SCCmec types and Panton-Valentine leukocidin in community-acquired and nosocomial Staphylococcus aureus strains: comparing skin and soft tissue infections to the other infections. Mikrobiyol Bul 2012; 46(3):341-51.
27. Sancak B. MRSA direnç mekanizmaları: Dünyada ve Türkiye’de epidemiyolojisi. ANKEM 2012; 26(Ek 2): 38- 47.

APA	BOZDOĞAN B, Yildiz O, ORYASIN E, Kırdar S, GÜLCÜ B, AKTEPE O, Arslan U, BAYRAMOĞLU G, Coban A, COŞKUNER S, Guducuoglu H, KARABİBER N, ÖNCÜ S, OTKUN TATMAN M, ÖZKÜTÜK N, ÖZYURT M, sener a (2013). t030, Türkiye’deki hastanelerden izole edilen metisiline dirençli staphylococcus aureus izolatları arasında en yaygın spa tipidir. , 571 - 581.
Chicago	BOZDOĞAN Bülent,Yildiz Omer,ORYASIN ERMAN,Kırdar Sevin,GÜLCÜ Burçin,AKTEPE Orhan,Arslan Ugur,BAYRAMOĞLU Gülçin,Coban Ahmet Yilmaz,COŞKUNER SEHER AYTEN,Guducuoglu Huseyin,KARABİBER Nihal,ÖNCÜ Serkan,OTKUN TATMAN Müşerref,ÖZKÜTÜK Nuri,ÖZYURT Mustafa,sener asli gamze t030, Türkiye’deki hastanelerden izole edilen metisiline dirençli staphylococcus aureus izolatları arasında en yaygın spa tipidir. (2013): 571 - 581.
MLA	BOZDOĞAN Bülent,Yildiz Omer,ORYASIN ERMAN,Kırdar Sevin,GÜLCÜ Burçin,AKTEPE Orhan,Arslan Ugur,BAYRAMOĞLU Gülçin,Coban Ahmet Yilmaz,COŞKUNER SEHER AYTEN,Guducuoglu Huseyin,KARABİBER Nihal,ÖNCÜ Serkan,OTKUN TATMAN Müşerref,ÖZKÜTÜK Nuri,ÖZYURT Mustafa,sener asli gamze t030, Türkiye’deki hastanelerden izole edilen metisiline dirençli staphylococcus aureus izolatları arasında en yaygın spa tipidir. , 2013, ss.571 - 581.
AMA	BOZDOĞAN B,Yildiz O,ORYASIN E,Kırdar S,GÜLCÜ B,AKTEPE O,Arslan U,BAYRAMOĞLU G,Coban A,COŞKUNER S,Guducuoglu H,KARABİBER N,ÖNCÜ S,OTKUN TATMAN M,ÖZKÜTÜK N,ÖZYURT M,sener a t030, Türkiye’deki hastanelerden izole edilen metisiline dirençli staphylococcus aureus izolatları arasında en yaygın spa tipidir. . 2013; 571 - 581.
Vancouver	BOZDOĞAN B,Yildiz O,ORYASIN E,Kırdar S,GÜLCÜ B,AKTEPE O,Arslan U,BAYRAMOĞLU G,Coban A,COŞKUNER S,Guducuoglu H,KARABİBER N,ÖNCÜ S,OTKUN TATMAN M,ÖZKÜTÜK N,ÖZYURT M,sener a t030, Türkiye’deki hastanelerden izole edilen metisiline dirençli staphylococcus aureus izolatları arasında en yaygın spa tipidir. . 2013; 571 - 581.
IEEE	BOZDOĞAN B,Yildiz O,ORYASIN E,Kırdar S,GÜLCÜ B,AKTEPE O,Arslan U,BAYRAMOĞLU G,Coban A,COŞKUNER S,Guducuoglu H,KARABİBER N,ÖNCÜ S,OTKUN TATMAN M,ÖZKÜTÜK N,ÖZYURT M,sener a "t030, Türkiye’deki hastanelerden izole edilen metisiline dirençli staphylococcus aureus izolatları arasında en yaygın spa tipidir." , ss.571 - 581, 2013.
ISNAD	BOZDOĞAN, Bülent vd. "t030, Türkiye’deki hastanelerden izole edilen metisiline dirençli staphylococcus aureus izolatları arasında en yaygın spa tipidir". (2013), 571-581.

APA	BOZDOĞAN B, Yildiz O, ORYASIN E, Kırdar S, GÜLCÜ B, AKTEPE O, Arslan U, BAYRAMOĞLU G, Coban A, COŞKUNER S, Guducuoglu H, KARABİBER N, ÖNCÜ S, OTKUN TATMAN M, ÖZKÜTÜK N, ÖZYURT M, sener a (2013). t030, Türkiye’deki hastanelerden izole edilen metisiline dirençli staphylococcus aureus izolatları arasında en yaygın spa tipidir. Mikrobiyoloji Bülteni, 47(4), 571 - 581.
Chicago	BOZDOĞAN Bülent,Yildiz Omer,ORYASIN ERMAN,Kırdar Sevin,GÜLCÜ Burçin,AKTEPE Orhan,Arslan Ugur,BAYRAMOĞLU Gülçin,Coban Ahmet Yilmaz,COŞKUNER SEHER AYTEN,Guducuoglu Huseyin,KARABİBER Nihal,ÖNCÜ Serkan,OTKUN TATMAN Müşerref,ÖZKÜTÜK Nuri,ÖZYURT Mustafa,sener asli gamze t030, Türkiye’deki hastanelerden izole edilen metisiline dirençli staphylococcus aureus izolatları arasında en yaygın spa tipidir. Mikrobiyoloji Bülteni 47, no.4 (2013): 571 - 581.
MLA	BOZDOĞAN Bülent,Yildiz Omer,ORYASIN ERMAN,Kırdar Sevin,GÜLCÜ Burçin,AKTEPE Orhan,Arslan Ugur,BAYRAMOĞLU Gülçin,Coban Ahmet Yilmaz,COŞKUNER SEHER AYTEN,Guducuoglu Huseyin,KARABİBER Nihal,ÖNCÜ Serkan,OTKUN TATMAN Müşerref,ÖZKÜTÜK Nuri,ÖZYURT Mustafa,sener asli gamze t030, Türkiye’deki hastanelerden izole edilen metisiline dirençli staphylococcus aureus izolatları arasında en yaygın spa tipidir. Mikrobiyoloji Bülteni, vol.47, no.4, 2013, ss.571 - 581.
AMA	BOZDOĞAN B,Yildiz O,ORYASIN E,Kırdar S,GÜLCÜ B,AKTEPE O,Arslan U,BAYRAMOĞLU G,Coban A,COŞKUNER S,Guducuoglu H,KARABİBER N,ÖNCÜ S,OTKUN TATMAN M,ÖZKÜTÜK N,ÖZYURT M,sener a t030, Türkiye’deki hastanelerden izole edilen metisiline dirençli staphylococcus aureus izolatları arasında en yaygın spa tipidir. Mikrobiyoloji Bülteni. 2013; 47(4): 571 - 581.
Vancouver	BOZDOĞAN B,Yildiz O,ORYASIN E,Kırdar S,GÜLCÜ B,AKTEPE O,Arslan U,BAYRAMOĞLU G,Coban A,COŞKUNER S,Guducuoglu H,KARABİBER N,ÖNCÜ S,OTKUN TATMAN M,ÖZKÜTÜK N,ÖZYURT M,sener a t030, Türkiye’deki hastanelerden izole edilen metisiline dirençli staphylococcus aureus izolatları arasında en yaygın spa tipidir. Mikrobiyoloji Bülteni. 2013; 47(4): 571 - 581.
IEEE	BOZDOĞAN B,Yildiz O,ORYASIN E,Kırdar S,GÜLCÜ B,AKTEPE O,Arslan U,BAYRAMOĞLU G,Coban A,COŞKUNER S,Guducuoglu H,KARABİBER N,ÖNCÜ S,OTKUN TATMAN M,ÖZKÜTÜK N,ÖZYURT M,sener a "t030, Türkiye’deki hastanelerden izole edilen metisiline dirençli staphylococcus aureus izolatları arasında en yaygın spa tipidir." Mikrobiyoloji Bülteni, 47, ss.571 - 581, 2013.
ISNAD	BOZDOĞAN, Bülent vd. "t030, Türkiye’deki hastanelerden izole edilen metisiline dirençli staphylococcus aureus izolatları arasında en yaygın spa tipidir". Mikrobiyoloji Bülteni 47/4 (2013), 571-581.