Yoğun bakım ünitelerinde yatan hastaların kan kültürlerinden izole edilen mikroorganizmalar ve antibiyotik duyarlılıkları

YILMAZ, nisel; ŞİRİN, M.Cen; Şamlıoğlu, Pınar; BAYRAM, ARZU; YILMAZ HANCI, Sevgi; KARACA DERCİ, Yeşer; DOĞAN, GÜLİZ; AĞUŞ, Neval

Yoğun bakım ünitelerinde yatan hastaların kan kültürlerinden izole edilen mikroorganizmalar ve antibiyotik duyarlılıkları

M.Cen ŞİRİN, (İzmir Tepecik Eğitim ve Araştırma Hastanesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarı, İzmir)

Neval AĞUŞ, (İzmir Tepecik Eğitim ve Araştırma Hastanesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarı, İzmir)

Nisel YILMAZ, (İzmir Tepecik Eğitim ve Araştırma Hastanesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarı, İzmir)

Arzu BAYRAM, (İzmir Tepecik Eğitim ve Araştırma Hastanesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarı, İzmir)

Sevgi YILMAZ HANCI, (İzmir Tepecik Eğitim ve Araştırma Hastanesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarı, İzmir)

Pınar ŞAMLIOĞLU, (İzmir Tepecik Eğitim ve Araştırma Hastanesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarı, İzmir)

Yeşer KARACA DERCİ, (İzmir Tepecik Eğitim ve Araştırma Hastanesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarı, İzmir)

Güliz DOĞAN (İzmir Tepecik Eğitim ve Araştırma Hastanesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarı, İzmir)

Türk Hijyen ve Deneysel Biyoloji Dergisi

12 0

Yıl: 2017 Cilt: 74 Sayı: 4 Sayfa Aralığı: 269 - 278 Metin Dili: Türkçe İndeks Tarihi: 29-07-2022

Yoğun bakım ünitelerinde yatan hastaların kan kültürlerinden izole edilen mikroorganizmalar ve antibiyotik duyarlılıkları

Öz:

Amaç: Kan dolaşımı enfeksiyonlarına yol açan etkenlerin ve antibiyotik duyarlılıklarının tanımlanması ve belirlenmesi, klinisyeni doğru ve uygun ampirik tedaviye yönlendirmek açısından önemlidir. Bu çalışmada, hastanemiz yoğun bakım ünite (YBÜ)'lerinde yatan hastaların kan kültürlerinden izole edilen mikroorganizmaların dağılımının ve antibiyotik duyarlılıklarının incelenmesi amaçlanmıştır.Yöntem: Kan örnekleri BacT/ALERT 3D (bioMérieux, Fransa) otomatik kan kültürü sisteminde inkübe edilmiştir. İzole edilen bakteri suşlarının tanımlanması ve antibiyotik duyarlılık testleri Vitek 2 compact (bioMérieux, Fransa) otomatize sistemi ile yapılmıştır. Vankomisin, teikoplanin, linezolid, imipenem ve meropenem direnci E-test (bioMérieux, Fransa) yöntemiyle doğrulanmıştır. Maya mantarlarının tanımlanması ve antifungal duyarlılık testleri için API ID 32C ve API ATB Fungus 3 (bioMérieux, Fransa) kitleri kullanılmıştır.Bulgular: İzole edilen 829 mikroorganizmanın 372 (%44.9)'si gram pozitif, 334 (%40.3)'ü gram negatif bakteri, 123 (%14.8)'ü maya mantarı olarak tanımlanmıştır. En sık izole edilen etkenler; sırasıyla koagülaz negatif stafilokoklar (KNS) (%25.3), Enterococcus spp. (%13.6), Acinetobacter spp. (%13.1), Candida parapsilosis (%8.3), Escherichia coli (%7.9), Klebsiella spp. (%7), Staphylococcus aureus (%4.9), Pseudomonas aeruginosa (%4.8), Candida albicans (%4.7), Serratia marcescens (%2.8), Proteus spp. (%1.8), ve Enterobacter spp. (%1.7) olarak belirlenmiştir. KNS suşlarının %79.5'u, S. aureus suşlarının %12.2'si metisiline dirençli olarak saptanmıştır. Stafilokok suşları ve Enterococcus faecalis'de glikopeptid ve linezolid direncine rastlanmazken, Enterococcus faecium suşlarında %15.5 vankomisin, %13.8 teikoplanin ve %1.7 linezolid direnci görülmüştür. Karbapenem direnci Acinetobacter baumannii'de %90.4, P. aeruginosa'da %45, S. marcescens'de %8.7 ve Klebsiella spp.'de %8.6 olarak bulunurken, kolistin direncine rastlanmamıştır. C. parapsilosis en sık izole edilen maya türü olarak saptanırken, Candida türlerine karşı en etkili antibiyotikler flusitozin ve amfoterisin B olarak bulunmuştur.Sonuç: Hastanemiz YBÜ'lerinde yatan hastaların kan kültürlerinden vankomisine dirençli enterokokların, çoklu antibiyotik direnci gösteren A. baumannii, P. aeruginosa ve K. pneumoniae suşlarının izole edilmesi; daha etkin enfeksiyon kontrol programlarının ve akılcı antibiyotik kullanım politikalarının uygulanması gerektiğini göstermiştir.

Anahtar Kelime:

Konular: Biyoloji Mikrobiyoloji Biyoteknoloji ve Uygulamalı Mikrobiyoloji Farmakoloji ve Eczacılık Tıbbi Laboratuar Teknolojisi

Microorganisms isolated from blood cultures of the patients in intensive care units and their antibiotic susceptibilities

Öz:

Objective: The identification and determination of antibiotic susceptibilities of the agents causing bloodstream infections is of importance in respect of guiding the clinician to lead a correct and appropriate empirical therapy. The aim of this study was to investigate the distribution and antibiotic susceptibilities of microorganisms isolated from the blood cultures of patients in our hospital intensive care units (ICUs).Methods: Blood samples were incubated in the BacT/ALERT 3D (bioMérieux, France) automated blood culture system. Identification and antibiotic susceptibility testing of the isolated bacterial strains were performed by Vitek 2 compact (bioMérieux, France) automated system. Vancomycin, teicoplanin, linezolid, imipenem and meropenem resistance was confirmed by E-test (bioMérieux, France) method. API ID 32C ve API ATB Fungus 3 (bioMérieux, France) kits were used for the identification and antifungal susceptibility testing of the yeasts.Results: Of the isolated 829 microorganisms, 372 (44.9%) of them were identified as gram positive, 334 (40.3%) gram negative bacteria and 123 (14.8%) yeasts.The most frequently isolated agents were determined as coagulase-negative staphylococci (CNS) (%25.3), Enterococcus spp. (%13.6), Acinetobacter spp. (%13.1), Candida parapsilosis (%8.3), Escherichia coli (%7.9), Klebsiella spp. (%7), Staphylococcus aureus (%4.9), Pseudomonas aeruginosa (%4.8), Candida albicans (%4.7), Serratia marcescens (%2.8), Proteus spp. (%1.8), and Enterobacter spp. (%1.7), respectively. Methicillin resistance was found in 79.5% of CNS and 12.2% of S. aureus strains. No glycopeptide and linezolid resistance was found in staphylococci and Enterococcus faecalis strains, and vancomycin, teicoplanin and linezolid resistance in Enterococcus faecium strains was determined as 15.5%, 13.8% and 1.7%, respectively. While carbapenem resistance was found as 90.4% in Acinetobacter baumannii, 45% in P. aeruginosa, 8.7% in S. marcescens and 8.6% in Klebsiella spp. and there was no resistance to colistin. C. parapsilosis was the most commonly isolated yeast species when flucytosine and amphotericin B were found to be the most effective antibiotics for Candida species.Conclusion: The isolation of vancomycin-resistant enterococci, multi-antibiotic resistant A. baumannii, P. aeruginosa and K. pneumoniae strains from the blood cultures of patients in our hospital ICUs has indicated that more effective infection control programs and rational antibiotic use policies should be implemented.

Anahtar Kelime:

Konular: Biyoloji Mikrobiyoloji Biyoteknoloji ve Uygulamalı Mikrobiyoloji Farmakoloji ve Eczacılık Tıbbi Laboratuar Teknolojisi

Belge Türü: Makale Makale Türü: Araştırma Makalesi Erişim Türü: Erişime Açık

1. Kirn TJ, Weinstein MP. Update on blood cultures: how to obtain, process, report, and interpret. Clin Microbiol Infect, 2013; 19: 513-20.
2. Durmaz G, Us T, Aydinli A, Kiremitci A, Kiraz N, Akgün Y. Optimum detection times for bacteria and yeast species with the Bactec 9120 aerobic blood culture system: Evaluation for a 5-year period in a Turkish university hospital. J Clin Microbiol, 2003; 41(2): 819-21.
3. Sader HS, Farrell DJ, Flamm RK, Jones RN. Antimicrobial susceptibility of Gram-negative organisms isolated from patients hospitalized in intensive care units in United States and European hospitals (2009-2011). Diagn Microbiol Infect Dis, 2014; 78(4): 443-8.
4. Yılmaz N, Köse Ş, Ağuş N, Ece G, Akkoçlu G, Kıraklı C. Yoğun bakım ünitesinde yatan hastaların kan kültürlerinde üreyen mikroorganizmalar, antibiyotik duyarlılıkları ve nozokomiyal bakteriyemi etkenleri. ANKEM Derg, 2010; 24(1): 12-9.
5. Clinical and Laboratory Standards Institute. Performance Standards for Antimicrobial Susceptibility Testing; Twenty-fifth Informational Supplement, CLSI Document M100-S25, CLSI, Wayne PA, 2015.
6. The European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing. Breakpoint tables for interpretation of MICs and zone diameters. Version 5.0, 2015.
7. Jones RN, Ferraro MJ, Reller LB, Schreckenberger PC, Swenson JM, Sader HS. Multicenter studies of tigecycline disk diffusion susceptibility results for Acinetobacter spp. J Clin Microbiol, 2007; 45(1): 227-30.
8. Uzun B, Güngör S, Yurtsever S, Afşar İ, Demirci M. Yoğun bakım hastalarının kan kültürlerinden izole edilen Pseudomonas aeruginosa ve Acinetobacter baumannii suşlarının çeşitli antibiyotiklere direnç durumları. ANKEM Derg, 2012; 26(2): 55-60.
9. Centers for Disease Control and Prevention Bloodstream Infection Event (Central lineassociated bloodstream infection and non-central line-associated bloodstream infection) Available: http://www.cdc.gov/nhsn/pdfs/pscmanual/4psc_ clabscurrent.pdf (2016).
10. Gülmez D, Gür D. Hacettepe Üniversitesi İhsan Doğramacı Çocuk Hastanesi’nde 2000-2011 yılları arasında kan kültürlerinden izole edilen mikroorganizmalar: 12 yıllık değerlendirme. J Pediatr Inf, 2012; 6: 79-83
11. Çopur Çiçek A, Şentürk Köksal Z, Ertürk A, Köksal E. Rize 82. Yıl Devlet Hastanesi’nde bir yıllık sürede kan kültürlerinden izole edilen mikroorganizmalar ve antibiyotiklere duyarlılıkları. Turk Hij Den Biyol Derg, 2011; 68(4): 175-84.
12. Mehli M, Gayyurhan ED, Zer Y, Akgün S, Özgür Akın FE, Balcı İ. Gaziantep Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi’nde kan kültürlerinden izole edilen mikroorganizmalar ve antibiyotik duyarlılıkları. İnfeksiyon Derg, 2007; 21(3): 141-5.
13. Zhanel GG, DeCorby M, Laing N, Weshnoweski B, Vashisht R, Tailor F, et al. Antimicrobial resistant pathogens in intensive care units in Canada: Results of the Canadian National Intensive Care Unit (CAN-ICU) Study, 2005-2006. Antimicrob Agents Chemother, 2008; 52(4): 1430-7.
14. Tabah A, Koulenti D, Laupland K, Misset B, Valles J, Bruzzi de Carvalho F, et al. Characteristics and determinants of outcome of hospital-acquired bloodstream infections in intensive care units: the EUROBACT International Cohort Study. Intensive Care Med, 2012; 38(12): 1930-45.
15. Duman Y, Kuzucu Ç, Çuğlan S. Kan kültürlerinden izole edilen bakteriler ve antimikrobiyal duyarlılıkları. Erciyes Tıp Derg, 2011; 33(3): 189-96.
16. Sevim S, Öztürk Ş, Coşkuner A, Özgenç O, Avcı M. BACTEC kan kültür sistemi ile izole edilen mikroorganizmaların değerlendirilmesi. İnfeksiyon Derg, 2007; 21(3): 135-40.
17. Erbay A, Sayılır K, Çolpan A, Akıncı E, Balaban N, Bodur H. Kan kültürlerinde üreme saptanan 380 olgunun değerlendirilmesi. Klimik Derg, 2003; 16(1): 25-30.
18. Karlowsky JA, Jones ME, Draghi DC, Thornsberry C, Sahm DF, Volturo GA. Prevalence and antimicrobial susceptibilities of bacteria isolated from blood cultures of hospitalized patients in the United States in 2002. Ann Clin Microbiol Antimicrob, 2004; 3: 7.
19. Hall KK, Lyman JA. Updated review of blood culture contamination. Clin Microbiol Rev, 2006; 19(4): 788-802.
20. Çetin F, Mumcuoğlu F, Aksoy A, Gürkan Y, Aksu N. Kan kültürlerinden izole edilen mikroorganizmalar ve antimikrobiyal duyarlılıkları. Turk Hij Den Biyol Derg, 2014; 71(2): 67-74.
21. Yüce P, Demirdağ K, Kalkan A, Özden M, Denk A, Kılıç SS. Kan kültürlerinde izole edilen mikroorganizmalar ve antibiyotik duyarlılıkları. ANKEM Derg, 2005; 19(1): 17-21.
22. Köck R, Becker K, Cookson B, van Gemert-Pijnen JE, Harbarth S, Kluytmans J, et al. Methicillinresistant Staphylococcus aureus (MRSA): Burden of disease and control challenges in Europe. Euro Surveill, 2010; 15(41): 19688.
23. Ahmed SH, Daef EA, Badary MS, Mahmoud MA, AbdElsayed A. Nosocomial blood stream infection in intensive care units at Assiut University Hospitals (Upper Egypt) with special reference to extended spectrum beta-lactamase producing organisms. BMC Research Notes, 2009; 2: 76.
24. Türk Dağı H, Arslan U, Tuncer İ. Kan kültürlerinden izole edilen Acinetobacter baumannii suşlarında antibiyotik direnci. ANKEM Derg, 2011; 25(1): 22-6.
25. Aksaray S, Dokuzoguz B, Guvener E, Yucesoy M, Yulug N, Kocagoz S, et al. Surveillance of antimicrobial resistance among gram-negative isolates from intensive care units in eight hospitals in Turkey. J Antimicrob Chemother, 2000; 45(5): 695-9.
26. Iraz M, Özad Düzgün A, Sandallı C, Doymaz MZ, Akkoyunlu Y, Saral A, et al. Distribution of β-lactamase genes among carbapenemresistant Klebsiella pneumoniae strains isolated from patients in Turkey. Ann Lab Med, 2015; 35(6): 595-601.
27. Zarakolu P, Eser OK, Aladag E, Al-Zahrani IA, Day KM, Atmaca O, et al. Epidemiology of carbapenemresistant Klebsiella pneumoniae colonization: a surveillance study at a Turkish university hospital from 2009 to 2013. Diagn Microbiol Infect Dis, 2016; 85(4): 466-70.
28. Otağ F, Aslan G, Şen S, Özturhan H, Emekdaş G. 2003-2005 süresinde klinik örneklerden izole edilen maya türlerinin değerlendirilmesi. İnfeksiyon Derg, 2005; 19(4): 435-43.
29. Nakamura T, Takahashi H. Epidemiological study of Candida infections in blood: susceptibilities of Candida spp. to antifungal agents, and clinical features associated with the candidemia. J Infect Chemother, 2006; 12(3): 132-8.
30. Medrano DJA, Brilhante RSN, Cordeiro RA, Rocha MFG, Rabenhorst SHB, Sidrim JJC. Candidemia in a Brazilian hospital: the importance of Candida parapsilosis. Rev Inst Med Trop Sao Paulo, 2006; 48(1): 17-20.
31. Ma CF, Li FQ, Shi LN, Hu YA, Wang Y, Huang M, et al. Surveillance study of species distribution, antifungal susceptibility and mortality of nosocomial candidemia in a tertiary care hospital in China. BMC Infect Dis, 2013; 13: 337.
32. Özbek E, Tekay F, Çolak Pirinççioğlu H. Yoğun bakım hastalarına ait çeşitli örneklerden izole edilen Candida izolatlarında antifungal direnç. Dicle Tıp Derg, 2012; 39(2): 207-12.

APA	ŞİRİN M, AĞUŞ N, YILMAZ n, BAYRAM A, YILMAZ HANCI S, Şamlıoğlu P, KARACA DERCİ Y, DOĞAN G (2017). Yoğun bakım ünitelerinde yatan hastaların kan kültürlerinden izole edilen mikroorganizmalar ve antibiyotik duyarlılıkları. , 269 - 278.
Chicago	ŞİRİN M.Cen,AĞUŞ Neval,YILMAZ nisel,BAYRAM ARZU,YILMAZ HANCI Sevgi,Şamlıoğlu Pınar,KARACA DERCİ Yeşer,DOĞAN GÜLİZ Yoğun bakım ünitelerinde yatan hastaların kan kültürlerinden izole edilen mikroorganizmalar ve antibiyotik duyarlılıkları. (2017): 269 - 278.
MLA	ŞİRİN M.Cen,AĞUŞ Neval,YILMAZ nisel,BAYRAM ARZU,YILMAZ HANCI Sevgi,Şamlıoğlu Pınar,KARACA DERCİ Yeşer,DOĞAN GÜLİZ Yoğun bakım ünitelerinde yatan hastaların kan kültürlerinden izole edilen mikroorganizmalar ve antibiyotik duyarlılıkları. , 2017, ss.269 - 278.
AMA	ŞİRİN M,AĞUŞ N,YILMAZ n,BAYRAM A,YILMAZ HANCI S,Şamlıoğlu P,KARACA DERCİ Y,DOĞAN G Yoğun bakım ünitelerinde yatan hastaların kan kültürlerinden izole edilen mikroorganizmalar ve antibiyotik duyarlılıkları. . 2017; 269 - 278.
Vancouver	ŞİRİN M,AĞUŞ N,YILMAZ n,BAYRAM A,YILMAZ HANCI S,Şamlıoğlu P,KARACA DERCİ Y,DOĞAN G Yoğun bakım ünitelerinde yatan hastaların kan kültürlerinden izole edilen mikroorganizmalar ve antibiyotik duyarlılıkları. . 2017; 269 - 278.
IEEE	ŞİRİN M,AĞUŞ N,YILMAZ n,BAYRAM A,YILMAZ HANCI S,Şamlıoğlu P,KARACA DERCİ Y,DOĞAN G "Yoğun bakım ünitelerinde yatan hastaların kan kültürlerinden izole edilen mikroorganizmalar ve antibiyotik duyarlılıkları." , ss.269 - 278, 2017.
ISNAD	ŞİRİN, M.Cen vd. "Yoğun bakım ünitelerinde yatan hastaların kan kültürlerinden izole edilen mikroorganizmalar ve antibiyotik duyarlılıkları". (2017), 269-278.

APA	ŞİRİN M, AĞUŞ N, YILMAZ n, BAYRAM A, YILMAZ HANCI S, Şamlıoğlu P, KARACA DERCİ Y, DOĞAN G (2017). Yoğun bakım ünitelerinde yatan hastaların kan kültürlerinden izole edilen mikroorganizmalar ve antibiyotik duyarlılıkları. Türk Hijyen ve Deneysel Biyoloji Dergisi, 74(4), 269 - 278.
Chicago	ŞİRİN M.Cen,AĞUŞ Neval,YILMAZ nisel,BAYRAM ARZU,YILMAZ HANCI Sevgi,Şamlıoğlu Pınar,KARACA DERCİ Yeşer,DOĞAN GÜLİZ Yoğun bakım ünitelerinde yatan hastaların kan kültürlerinden izole edilen mikroorganizmalar ve antibiyotik duyarlılıkları. Türk Hijyen ve Deneysel Biyoloji Dergisi 74, no.4 (2017): 269 - 278.
MLA	ŞİRİN M.Cen,AĞUŞ Neval,YILMAZ nisel,BAYRAM ARZU,YILMAZ HANCI Sevgi,Şamlıoğlu Pınar,KARACA DERCİ Yeşer,DOĞAN GÜLİZ Yoğun bakım ünitelerinde yatan hastaların kan kültürlerinden izole edilen mikroorganizmalar ve antibiyotik duyarlılıkları. Türk Hijyen ve Deneysel Biyoloji Dergisi, vol.74, no.4, 2017, ss.269 - 278.
AMA	ŞİRİN M,AĞUŞ N,YILMAZ n,BAYRAM A,YILMAZ HANCI S,Şamlıoğlu P,KARACA DERCİ Y,DOĞAN G Yoğun bakım ünitelerinde yatan hastaların kan kültürlerinden izole edilen mikroorganizmalar ve antibiyotik duyarlılıkları. Türk Hijyen ve Deneysel Biyoloji Dergisi. 2017; 74(4): 269 - 278.
Vancouver	ŞİRİN M,AĞUŞ N,YILMAZ n,BAYRAM A,YILMAZ HANCI S,Şamlıoğlu P,KARACA DERCİ Y,DOĞAN G Yoğun bakım ünitelerinde yatan hastaların kan kültürlerinden izole edilen mikroorganizmalar ve antibiyotik duyarlılıkları. Türk Hijyen ve Deneysel Biyoloji Dergisi. 2017; 74(4): 269 - 278.
IEEE	ŞİRİN M,AĞUŞ N,YILMAZ n,BAYRAM A,YILMAZ HANCI S,Şamlıoğlu P,KARACA DERCİ Y,DOĞAN G "Yoğun bakım ünitelerinde yatan hastaların kan kültürlerinden izole edilen mikroorganizmalar ve antibiyotik duyarlılıkları." Türk Hijyen ve Deneysel Biyoloji Dergisi, 74, ss.269 - 278, 2017.
ISNAD	ŞİRİN, M.Cen vd. "Yoğun bakım ünitelerinde yatan hastaların kan kültürlerinden izole edilen mikroorganizmalar ve antibiyotik duyarlılıkları". Türk Hijyen ve Deneysel Biyoloji Dergisi 74/4 (2017), 269-278.