Akut Gastroenteritli Hastalardan İzole Edilen Rotavirüslerin Genotiplerinin İncelenmesi ve G9 Tipinin Artışı

Altay Kocak, Aylin; Bozdayi, Gulendam; Kalkanci, Ayse; Çağlar, Kayhan; Sultan, M. Nedim; Albakkour, Katren; ÇOLAK, MERYEM; Ahmed, Kamruddin

doi:10.5578/flora.20219715

Akut Gastroenteritli Hastalardan İzole Edilen Rotavirüslerin Genotiplerinin İncelenmesi ve G9 Tipinin Artışı

Katren ALBAKKOUR, (Gazi Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Tıbbi Viroloji Bilim Dalı, Ankara, Türkiye)

Aylin ALTAY KOÇAK, (Başkent Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Ankara, Türkiye)

Meryem ÇOLAK, (Karabük Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Karabük, Türkiye)

Ayşe KALKANCI, (Gazi Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Tıbbi Viroloji Bilim Dalı, Ankara, Türkiye)

Kayhan ÇAĞLAR, (Gazi Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Tıbbi Viroloji Bilim Dalı, Ankara, Türkiye)

Nedim SULTAN, (Gazi Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Tıbbi Viroloji Bilim Dalı, Ankara, Türkiye)

Gülendam BOZDAYI, (Gazi Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Tıbbi Viroloji Bilim Dalı, Ankara, Türkiye)

Kamruddin AHMED (Malezya Sabah Üniversitesi, Tıp ve Sağlık Bilimleri Fakültesi, Borneo Tıp ve Sağlık Araştırmaları Merkezi, Malezya)

Flora İnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Dergisi

0 0

Yıl: 2021 Cilt: 26 Sayı: 3 Sayfa Aralığı: 468 - 476 Metin Dili: Türkçe DOI: 10.5578/flora.20219715 İndeks Tarihi: 31-12-2021

Akut Gastroenteritli Hastalardan İzole Edilen Rotavirüslerin Genotiplerinin İncelenmesi ve G9 Tipinin Artışı

Öz:

Giriş: Rotavirüs (RV), çocukluk çağında görülen gastroenteritlerin ve özellikle gelişmekte olan ülkelerde gastroenterite bağlı mortalite ve morbiditenin en yaygın nedenlerindendir. Bu çalışmanın amacı, hastaneye başvuran, 0-65 yaş arasında, akut gastroenteritli, RV hızlı antijen testi pozitif hastaların dışkı örneklerinde RV’ün genotiplerinin RT-PCR yöntemi ile belirlenmesidir. Materyal ve Metod: Bu çalışma Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı’na Ocak 2013 ile Nisan 2018 tarihleri arasında gastroenterit şikayeti ile başvuran ve dışkıları Mikrobiyoloji laboratuvarına yollanan ve immünokromatografik yöntem ile pozitif bulunan, 0-65 yaş arasındaki 87 (40 kız, 47 erkek) hastanın dışkı örnekleri toplanarak çalışılmıştır. RV VP-7 amplifikasyonu Beg9 ve End9 primerleri kullanılarak, G tiplendirme G1-G4 ve G9 için özgül primerler kullanılarak çalışılmıştır; VP-4 amplifikasyonu con-2 ve con-3 primerleri kullanılarak, P tipleri; P[8], P[4], P[6] ve P[9] için özgül primerler ile belirlenmiştir. VP4 ve VP7 gen amplifikasyonu için AccessQuick RT-PCR (Promega Corporation, Madison, WI), genotiplendirme için de PCR Mastermix (Promega, Madison, WI) kullanılmıştır. Bulgular: RV antijen pozitifliği saptanan olgularda cinsiyetler arasında istatistiksel olarak anlamlı bir fark saptanmamıştır. RV infeksiyonu en sık 12-23 aylık çocuklarda saptanmıştır. Antijen pozitifliğinin en sık kış ve sonbahar mevsiminde yoğunlaştığı izlenmiştir. Tiplendirme sonucunda G1 (%25.80), G2 (%3.22), G3 (%4.30), G4 (%6.45), G9 (%60.21) G tipi olarak belirlenmiştir. P4 (%1.14), P8 (%93.10), P6 (%5.74) P tipi olarak belirlenmiştir. Hem G hem de P tipleri birlikte tespit edilmiştir. En sık görülen G/P kombinasyonu G9P[8] (%56.98) ve G1P[8] (%22.58) olduğu saptanmıştır. Sonuç: Tüm dünyada olduğu gibi Ankara’daki RV infeksiyonu olan olgularda da G9 ve P[8]’in sık saptanan genotipler olduğu görülmüştür. Türkiye’de yapılan çeşitli çalışmalara benzer şekilde en sık G9P[8] tespit edilmiştir. Bu nedenle bu veriler, RV aşı stratejilerinde göz önünde bulundurulmalıdır.

Anahtar Kelime:

Investigation of the Rotavirus Genotypes Isolated From Patients With Acute Gastroenteritis and the Increase of G9 Type

Öz:

Anahtar Kelime:

Belge Türü: Makale Makale Türü: Araştırma Makalesi Erişim Türü: Erişime Açık

1. World Health Organisation (WHO). Erişim tarihi: 25 Ocak 2021. Available from: https://www.who.int/immunization/ diseases/rotavirus/en/
2. Sai L, Sun J, Shao L, Chen S, Liu H, Ma L. Epidemiology and clinical features of rotavirus and norovirus infection among children in Ji’nan, China. Virology Journal 2013;10:302.
3. Anaya-Molina Y, De La Cruz Hernández SI, Andrés-Dionicio AE, Terán-Vega HL, Méndez-Pérez H, Castro-Escarpulli G, García-Lozano H. A one-step real-time RT-PCR helps to identify mixed rotavirus infections in Mexico. Diagnostic microbiology and infectious disease 2018;92(4): 288-293.
4. Leung AK, Kellner JD, Davies HD. Rotavirus Gastroenteritis. Advances in therapy 2005;22.
5. De Vos Vesikari T, Linhares AC, Salinas B, Pérez-Schael I, Ruiz-Palacios GM. A rotavirus vaccine for prophylaxis of infants against rotavirus gastroenteritis. The Pediatric Infectious Disease Journal 2004;179-182.
6. Franco MA, Angel J, Greenberg HB. Immunity and correlates of protection for rotavirus vaccines. Vaccine 2006;2718- 2731.
7. Gouvea V, Glass RI, Woods P, Taniguchi K, Clark HF, Forrester B, et al. Polymerase chain reaction amplification and typing of rotavirus nucleic acid from stool specimens. J Clin Microbiol 1990;28:276-82.
8. Gunasena S, Nakagomi O, Isegawa Y, Kaga E, Nakagomi T, Steele AD, et al. Relative frequency of VP4 gene alleles among human rotaviruses recovered over a 10-year period (1982-1991) from Japanese children with diarrhea. J Clin Microbiol 1993;31:2195-7.
9. Uchida R, Pandey BD, Sherchand JB, Ahmed K, Yokoo M, Nakagomi T, et al. Molecular epidemology of rotavirus diarrhea among children and adults in Nepal: detection of G12 strains with P[6] or P[8] and a G11P[25] strain. J Clin Microbiol 2006;44:3499-505.
10. Iturriza-Gomara M, Kang G, Gray J. Rotavirus genotyping: keeping up with an evolving population of human rotaviruses. J Clin Virol 2004;31(4):259-65.
11. Ye S, Lambert SB, Grimwood K, Roczo-Farkas S, Nimmo GR, Sloots TP, Kirkwood CD, et al. Comparison of test specificities of commercial antigen-based assays and in-house PCR methods for detection of rotavirus in stool specimens. J Clin Microbiol 2015;53:295–297.
12. Cardoso Dd, Soares CM, Dias e Souza MB, de Azevedo Mda S, Martins RM et al. Epidemiological features of rotavirus infection in Goiânia, Goiás, Brazil, from 1986 to 2000. Memórias do Instituto Oswaldo Cruz 2003;25-29.
13. Durmaz R, Kalaycioglu AT, Acar S, Bakkaloglu Z, Karagoz A. Prevalence of Rotavirus Genotypes in Children Younger than 5 Years of Age before the Introduction of a Universal Rotavirus Vaccination Program: Report of Rotavirus Surveillance in Turkey. PLoS ONE 2014;9(12):e113674.
14. Durmaz R, Bakkaloglu Z, Unaldi O, Karagoz A, Korukluoglu G, Atila T. Prevalence and diversity of rotavirus A genotypes circulating in Turkey during a 2-year sentinel surveillance period, 2014-2016. J Med Virol 2018;229-238.
15. Güreser A, Karasartova D, Taşçı L, Boyacıoğlu Z, Taylan ÖH. Çorum’da Akut Gastroenteritli Çocuklarda Rotavirüs ve Adenovirüs Saptanma Sıklığı. FLORA 2017; 22(2): 58-66.
16. Biçer S, Tunca Şahin G, Koncay B ve ark. Çocuk acil servisinde saptanan rotavirus gastroenteriti olgularının sıklığı. Journal of Pediatric Infection 2008;96-99.
17. Kim JS, Kang JO, Cho SC, Jang YT, Min SA, Park TH. Epidemiological profile of rotavirus infection in the Republic of Korea: results from prospective surveillance in the Jeongeub District, 1 July 2002 through 30 June 2004. The Journal of İnfectious Diseases 2005;49-56.
18. Tüzüner U, Gülcen BS, Özdemir M ve Feyzioğlu B. Gastroenteritli Çocukların Dışkılarında Adenovirus ve Rotavirus Sıklığı ve Mevsimsel Dağılımı. Klimik Dergisi 2016; 29(3): 121-124.
19. Atalay MA, Kandemir İ, Gökahmetoğlu S. Üçüncü basamak bir hastanedeki gastroenteritli çocuklarda rotavirus enfeksiyonu sıklığı. Dicle Tıp Dergisi 2013;212-215.
20. İlktaç M, Şahin A, Nazik H, Öngen B. Akut gastroenteritli çocuklarda rotavirus sıklığının araştırılması ve rotavirıs sezonunun takibi: beş yılık sonuçların değerlendirilmesi. ANKEM Derg 2012;25-29.
21. Ogilvie I, Khoury H, Goetghebeur MM, El Khoury AC, Giaquinto C. Burden of community-acquired and nosocomial rotavirus gastroenteritis in the pediatric population of Western Europe: a scoping review. BMC İnfectious Diseases 2012;1-14.
22. Bozdayi G, Dogan B, Dalgic B, Bostanci I, Sari S, Battaloglu NO. Diversity of human rotavirus G9 among children in Turkey. Journal of Medical Virology 2008; 733-740.
23. Torun E. Bölgemizde akut gastroenteritli çocuklarda rotavirus infeksiyonlarının moleküler epidemiyolojisi (tez). Adana: Çukurova Üniversitesi; 2009.
24. Tapisiz A, Karahan ZC, Çiftçi E, İnce E, Doğru Ü. Changing patterns of rotavirus genotypes in Turkey. Current Microbiology 2011;517-522.
25. Meral M, Bozdayı G, Özkan S, Dalgıç B, Alp G, Ahmed K. Akut gastroenteritli çocuklarda rotavirus prevalansı, serotip ve elektroferotip dağılımı. Mikrobiyoloji Bülteni 2011;104-112.
26. Bozdayi G, Altay A, Yahiro T, Ahmed S, Meral M, Dogan B. Re-emergence of genotype G9 during a five-and-a-halfyear period in Turkish children with rotavirus diarrhea. Archives of Virology 2016;2879-2884.
27. Linhares AC, Verstraeten T, Wolleswinkel-van den Bosch J, Clemens R, Breuer T. Rotavirus serotype G9 is associated with more-severe disease in Latin America. Clinical Infectious Diseases 2006;312-314.
28. Tcheremenskaia O, Marucci G De, Petris S, Ruggeri FM, Dovecar D, Sternak SL. Molecular epidemiology of rotavirus in Central and Southeastern Europe. Journal of Clinical Microbiology 2007;2197-2204.
29. Santos N, Hoshino Y. Global distribution of rotavirus serotypes/ genotypes and its implication for the development and implementation of an effective rotavirus vaccine. Reviwes in Medical Virology 2005;29-56.

APA	Albakkour K, Altay Kocak A, ÇOLAK M, Kalkanci A, Çağlar K, Sultan M, Bozdayi G, Ahmed K (2021). Akut Gastroenteritli Hastalardan İzole Edilen Rotavirüslerin Genotiplerinin İncelenmesi ve G9 Tipinin Artışı. , 468 - 476. 10.5578/flora.20219715
Chicago	Albakkour Katren,Altay Kocak Aylin,ÇOLAK MERYEM,Kalkanci Ayse,Çağlar Kayhan,Sultan M. Nedim,Bozdayi Gulendam,Ahmed Kamruddin Akut Gastroenteritli Hastalardan İzole Edilen Rotavirüslerin Genotiplerinin İncelenmesi ve G9 Tipinin Artışı. (2021): 468 - 476. 10.5578/flora.20219715
MLA	Albakkour Katren,Altay Kocak Aylin,ÇOLAK MERYEM,Kalkanci Ayse,Çağlar Kayhan,Sultan M. Nedim,Bozdayi Gulendam,Ahmed Kamruddin Akut Gastroenteritli Hastalardan İzole Edilen Rotavirüslerin Genotiplerinin İncelenmesi ve G9 Tipinin Artışı. , 2021, ss.468 - 476. 10.5578/flora.20219715
AMA	Albakkour K,Altay Kocak A,ÇOLAK M,Kalkanci A,Çağlar K,Sultan M,Bozdayi G,Ahmed K Akut Gastroenteritli Hastalardan İzole Edilen Rotavirüslerin Genotiplerinin İncelenmesi ve G9 Tipinin Artışı. . 2021; 468 - 476. 10.5578/flora.20219715
Vancouver	Albakkour K,Altay Kocak A,ÇOLAK M,Kalkanci A,Çağlar K,Sultan M,Bozdayi G,Ahmed K Akut Gastroenteritli Hastalardan İzole Edilen Rotavirüslerin Genotiplerinin İncelenmesi ve G9 Tipinin Artışı. . 2021; 468 - 476. 10.5578/flora.20219715
IEEE	Albakkour K,Altay Kocak A,ÇOLAK M,Kalkanci A,Çağlar K,Sultan M,Bozdayi G,Ahmed K "Akut Gastroenteritli Hastalardan İzole Edilen Rotavirüslerin Genotiplerinin İncelenmesi ve G9 Tipinin Artışı." , ss.468 - 476, 2021. 10.5578/flora.20219715
ISNAD	Albakkour, Katren vd. "Akut Gastroenteritli Hastalardan İzole Edilen Rotavirüslerin Genotiplerinin İncelenmesi ve G9 Tipinin Artışı". (2021), 468-476. https://doi.org/10.5578/flora.20219715

APA	Albakkour K, Altay Kocak A, ÇOLAK M, Kalkanci A, Çağlar K, Sultan M, Bozdayi G, Ahmed K (2021). Akut Gastroenteritli Hastalardan İzole Edilen Rotavirüslerin Genotiplerinin İncelenmesi ve G9 Tipinin Artışı. Flora İnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Dergisi, 26(3), 468 - 476. 10.5578/flora.20219715
Chicago	Albakkour Katren,Altay Kocak Aylin,ÇOLAK MERYEM,Kalkanci Ayse,Çağlar Kayhan,Sultan M. Nedim,Bozdayi Gulendam,Ahmed Kamruddin Akut Gastroenteritli Hastalardan İzole Edilen Rotavirüslerin Genotiplerinin İncelenmesi ve G9 Tipinin Artışı. Flora İnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Dergisi 26, no.3 (2021): 468 - 476. 10.5578/flora.20219715
MLA	Albakkour Katren,Altay Kocak Aylin,ÇOLAK MERYEM,Kalkanci Ayse,Çağlar Kayhan,Sultan M. Nedim,Bozdayi Gulendam,Ahmed Kamruddin Akut Gastroenteritli Hastalardan İzole Edilen Rotavirüslerin Genotiplerinin İncelenmesi ve G9 Tipinin Artışı. Flora İnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Dergisi, vol.26, no.3, 2021, ss.468 - 476. 10.5578/flora.20219715
AMA	Albakkour K,Altay Kocak A,ÇOLAK M,Kalkanci A,Çağlar K,Sultan M,Bozdayi G,Ahmed K Akut Gastroenteritli Hastalardan İzole Edilen Rotavirüslerin Genotiplerinin İncelenmesi ve G9 Tipinin Artışı. Flora İnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Dergisi. 2021; 26(3): 468 - 476. 10.5578/flora.20219715
Vancouver	Albakkour K,Altay Kocak A,ÇOLAK M,Kalkanci A,Çağlar K,Sultan M,Bozdayi G,Ahmed K Akut Gastroenteritli Hastalardan İzole Edilen Rotavirüslerin Genotiplerinin İncelenmesi ve G9 Tipinin Artışı. Flora İnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Dergisi. 2021; 26(3): 468 - 476. 10.5578/flora.20219715
IEEE	Albakkour K,Altay Kocak A,ÇOLAK M,Kalkanci A,Çağlar K,Sultan M,Bozdayi G,Ahmed K "Akut Gastroenteritli Hastalardan İzole Edilen Rotavirüslerin Genotiplerinin İncelenmesi ve G9 Tipinin Artışı." Flora İnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Dergisi, 26, ss.468 - 476, 2021. 10.5578/flora.20219715
ISNAD	Albakkour, Katren vd. "Akut Gastroenteritli Hastalardan İzole Edilen Rotavirüslerin Genotiplerinin İncelenmesi ve G9 Tipinin Artışı". Flora İnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Dergisi 26/3 (2021), 468-476. https://doi.org/10.5578/flora.20219715