Yoğun Bakım Ünitesinde Takip Edilen Kandidemi Riski Yüksek Hastalarda Candida Polimeraz Zincir Reaksiyonu Yöntemi ve Kan Kültürünün Karşılaştırılması

komur, suheyla; Kurtaran, Behice; TASOVA, YESIM; kibar, filiz; INAL, AYSE SEZA; Candevir, Aslıhan; Kuscu, Ferit; Şimşek Bozok, Tuğçe; bozok, taylan

doi:10.5578/mb.20219708

Yoğun Bakım Ünitesinde Takip Edilen Kandidemi Riski Yüksek Hastalarda Candida Polimeraz Zincir Reaksiyonu Yöntemi ve Kan Kültürünün Karşılaştırılması

Tuğçe ŞİMŞEK BOZOK, (Çukurova Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Adana, Türkiye)

Ferit KUŞCU, (Çukurova Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Adana, Türkiye)

Taylan BOZOK, (Niğde Eğitim ve Araştırma Hastanesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Kliniği, Niğde, Türkiye)

Süheyla KÖMÜR, (Çukurova Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Adana, Türkiye)

Aslıhan CANDEVİR, (Çukurova Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Adana, Türkiye)

AYSE SEZA INAL, (Çukurova Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Adana, Türkiye)

Behice KURTARAN, (Çukurova Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Adana, Türkiye)

Filiz KİBAR, (Çukurova Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Adana, Türkiye)

Yeşim TAŞOVA (Çukurova Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Adana, Türkiye)

Mikrobiyoloji Bülteni

8 0

Yıl: 2021 Cilt: 55 Sayı: 4 Sayfa Aralığı: 568 - 579 Metin Dili: Türkçe DOI: 10.5578/mb.20219708 İndeks Tarihi: 03-01-2022

Yoğun Bakım Ünitesinde Takip Edilen Kandidemi Riski Yüksek Hastalarda Candida Polimeraz Zincir Reaksiyonu Yöntemi ve Kan Kültürünün Karşılaştırılması

Öz:

Yoğun bakım ünitesinde, invaziv fungal enfeksiyonların %70-90’ından Candida türleri sorumludur. Kandidemide erken tanı ve tedavi önemlidir. Uygun olmayan tanı ve tedavi mortalite ve morbiditeyi ciddi oranda arttırır. Kan kültürlerinin geç sonuç vermesi, serolojik testlerin tek başına kullanıldıklarında duyarlılıklarının düşük olması nedeniyle moleküler yöntemlerin bu alanda araştırılması ön plana çıkmıştır. Bu çalışmada Çukurova Üniversitesi Tıp Fakültesi Genel Cerrahi Yoğun Bakım ve Anesteziyoloji ve Reanimasyon Ünitesinde takip edilen kandidemi riski yüksek hastalarda kan kültürü ile tam kandan çalışılan Candida gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (Rt-PCR) testinin sonuçları karşılaştırılmıştır. Kandidemi şüpheli hastalarda hızlı bir tanı yöntemi olan Candida Rt-PCR testinin pratikte kullanılabilirliğinin araştırılması amaçlanmıştır. Çalışmamızda rehberlerde belirlenen kriterlere göre, kandidemi riski yüksek olan 90 hasta prospektif olarak değerlendirilmiştir. Hastalardan idrar, perine, aksilla, trakeal aspirat kültürü ve iki set kan kültürü alınmıştır. Ayrıca etilen diamin tetra asetik asit (EDTA)’li bir tüpe kan alınmış ve -40°C’de daha sonra Candida Rt-PCR çalışılması amacıyla saklanmıştır. Candida Rt-PCR’da türe özgül primerler kullanılarak tür ayrımı yapılmıştır. Hastaların Candida skoru (CS) hesaplanmıştır. Hastaların 41 (%45.5)’i kadın, 49 (%55.5)’u erkek, tüm hastaların medyan yaşı 61.5 yıl olarak saptanmıştır. Çalışmaya alınan hastaların üçünde (%3.3) kan kültüründe Candida üremesi olurken, 17 (%18.9)’sinde Candida Rt-PCR pozitif sonuç saptanmıştır. Kan kültürü ve Rt-PCR testinde bulunan Candida türleri birbiriyle uyumluydu. PCR ile istatistiksel olarak anlamlı derecede daha fazla pozitiflik elde edilmiştir (p= 0.006). Total parenteral nutrisyon (TPN) ile beslenen (p= 0.028), malignitesi olan (p= 0.021) ve son üç ay içinde cerrahi operasyon geçirme öyküsü olan (p= 0.003) hastalarda Candida Rt-PCR pozitifliği olmayanlara göre anlamlı derecede yüksek olarak tespit edilmiştir. Candida Rt-PCR pozitifliği olan hastalarla Rt-PCR negatif hastalar arasındaki CS farkı istatistiksel olarak anlamlı bulunmuştur (p= 0.015). Kandidemi için yüksek riskli bir popülasyonda yapılan çalışmamızda Candida Rt-PCR kan kültüründen daha fazla pozitif sonuç bulunmuştur. Rt-PCR pozitifliği ve kan kültürü pozitifliği yüksek CS ile ilişkili bulunmuştur. Bu veriler ışığında özellikle kandidemi riski yüksek olan hastalarda moleküler yöntemlerin de tanıda kullanılmasının ve CS ile desteklenmesinin uygun olacağı düşünülmüştür. Kandidemi tanısı için altın standart olan kan kültürünün geç sonuç vermesi ve %50 oranında pozitif olduğu düşünüldüğünde, kandidemi için daha hızlı tanı yöntemlerinin kullanılmasının mortalite ve morbiditeyi azaltmak için önemli olduğu bilinmektedir. Candida Rt-PCR yönteminin hızlı ve iyi sonuç vermesi tanıda kullanılabileceğini göstermektedir. Ancak Rt-PCR testlerinde kullanılan primerlerin standardizasyonunun olmaması, yanlış pozitifliklere de neden olabilir. Bu yönden ek çalışmalara ihtiyaç vardır.

Anahtar Kelime:

Comparison of Candida Polymerase Chain Reaction Method and Blood Culture in Patients with High Risk of Candidemia in Intensive Care Unit

Öz:

Candida species are responsible for 70-90% of invasive fungal infections in the intensive care unit. Early diagnosis and treatment is important in candidemia. Improper diagnosis and treatment increases mortality and morbidity significantly. Because of the late results of blood cultures and low sensitivity of the serological tests when used alone, molecular methods should be investigated in this field. In this study, the results of the Candida real-time polymerase chain reaction (Rt-PCR) test, which was studied from blood culture and whole blood, were compared in patients with high candidemia risk who were followed in the General Surgery Intensive Care and Anesthesiology and Reanimation Unit of Cukurova University Faculty of Medicine. It was aimed to investigate the practical utility of Candida RT-PCR test, which is a rapid diagnosis method in patients with suspected candidemia. In our study, 90 patients with high risk of candidemia according to the criteria determined according to the guidelines were evaluated prospectively. Urine, perineum, axilla, tracheal aspirate culture and two sets of blood cultures were obtained from the patients. Blood sample was also drawn into an ethylenediaminetetraacetic acid (EDTA) tube and stored at -40°C for later Candida Rt-PCR study. In Candida Rt- PCR, species-specific primers were used to distinguish species. Candida score (CS) of the patients was calculated. Forty one (45.5%) of the patients were female and 49 (55.5%) were male. The median age of the patients was 61.5 years. Candida was positive in blood culture in three (3.3%) of the patients included in the study, while Candida Rt-PCR was positive in 17 (18.9%). Candida species detected in the blood culture and Rt-PCR test were compatible with each other. Rt-PCR was significantly more positive (p= 0.006). Candida Rt-PCR positivity was significantly higher in patients receiving total parenteral nutrition (p= 0.028), malignancy (p= 0.021), and history of surgery in the last three months (p=0.003). The difference in CS between patients with PCR positive and PCR negative was statistically significant (p= 0.015). Our study was conducted in a high-risk population for candidemia and the results of Candida Rt-PCR was found to be more positive than blood culture. Rt-PCR positivity and blood culture positivity were associated with high CS. In the light of these data, it was thought that it would be appropriate to use molecular methods in the diagnosis and support them with CS, especially in patients with high risk of candidemia. Considering that blood culture, which is the gold standard for the diagnosis of candidemia, gives late results and is 50% positive, using faster diagnostic methods for candidemia is important to reduce mortality and morbidity. The fast and good results of Candida PCR method have shown that it can be used in diagnosis. However, lack of standardization of primers used in PCR tests may cause false positives. Additional studies are needed in this respect.

Anahtar Kelime:

Belge Türü: Makale Makale Türü: Araştırma Makalesi Erişim Türü: Bibliyografik

1. Tabak F. Tanımlar ve Epidemiyoloji. In: Köksal İ, Çakar N, Arman D (eds). Yoğun Bakım İnfeksiyonları. 1st ed. Bilimsel Tıp Kitapevi, Ankara, 2005:45-51.
2. Kim EJ, Lee E, Kwak YG, Yoo HM, Choi JY, Kim SR, et al. Trends in the epidemiology of candidemia in intensive care units from 2006 to 2017: results from the Korean National Healthcare-Associated Infections Surveillance System. Front Med 2020; 7: 606976.
3. Sezer BE, Arman D. Yoğun bakım ünitesinde gelişen fungal infeksiyonlar.. In: Ulusoy S, Arman D, Uzun Ö (eds). Önemli ve Sorunlu Fungal İnfeksiyonlar. 2nd ed. Bilimsel Tıp Yayınevi, Ankara, 2012:161-73.
4. León C, Ruiz-Santana S, Saavedra P, Galván B, Blanco A, Castro C, et al. Usefulness of the “Candida score” for discriminating between Candida colonization and invasive candidiasis in non-neutropenic critically ill patients: a prospective multicenter study. Crit Care Med 2009; 37(5): 1624-33.
5. Beck-Sagué CM, Jarvis WR, System NNIS. Secular trends in the epidemiology of nosocomial fungal infections in the United States, 1980-1990. J Infect Dis 1993; 167(5): 1247-51.
6. Michallet M, Ito JI. Approaches to the management of invasive fungal infections in hematologic malignancy and hematopoietic cell transplantation. J Clin Oncol 2009; 27(20): 3398-409.
7. Enoch D, Ludlam H, Brown N. Invasive fungal infections: a review of epidemiology and management options. J Med Microbiol 2006; 55(7): 809-18.
8. Mikulska M, Calandra T, Sanguinetti M, Poulain D, Viscoli C. Third European Conference on Infections in Leukemia Group. The use of mannan antigen and anti-mannan antibodies in the diagnosis of invasive candidiasis: recommendations from the Third European Conference on Infections in Leukemia. Crit Care 2010; 14(6): R222.
9. Howel SA, Hazen KC. Candida, cryptococcus and other yeasts of medical importance. In: Versalovic J, Karen C, Funke G, Jorgensen JH, Landry ML, Warnock DW (eds). Manual of Clinical Microbiology. 10th ed. DC: ASM Press, Washington, 2011:1786-96.
10. Montagna MT, Caggiano G, Borghi E, Morace G. The role of the laboratory in the diagnosis of invasive candidiasis. Drugs 2009; 69(1): 59-63.
11. Sancak B, Çerikçioğlu N. Mantarların genel özellikleri ve tanı yöntemleri. In: Willke Topçu A, Söyletir G, Doğanay M(eds). Enfeksiyon Hastalıkları ve Mikrobiyolojisi Etkenlere Göre Enfeksiyonlar. 4th ed. Nobel Tıp Kitabevleri, İstanbul, 2017: 2097-105.
12. Blumberg HM, Jarvis WR, Soucie JM, Edwards JE, Patterson JE, Pfaller MA, et al. Risk factors for Candidal bloodstream infections in surgical intensive care unit patients: the NEMIS prospective multicenter study. Clin Infect Dis 2001; 33(2): 177-86.
13. Conde-Rosa A, Amador R, Perez-Torres D, Colón E, Sánchez-Rivera C, Nieves-Plaza M, et al. Candidemia distribution, associated risk factors, and attributed mortality at a university-based medical center. P R Health Sci 2010; 29(1): 26-9.
14. Blot S, Dimopoulos G, Rello J, Vogelaers D. Is Candida really a threat in the ICU? Curr Opin Crit Care 2008; 14(5): 600-4.
15. Zhang J, Hung GC, Nagamine K, Li B, Tsai S, Lo SC. Development of Candida-specific real-time PCR assays for the detection and identification of eight medically important Candida species. Microbiol Insights 2016; 18(9): 21-8.
16. Hsu MC, Chen KW, Lo HJ, Chen YC, Liao MH, Lin YH, et al. Species identification of medically important fungi by use of real-time LightCycler PCR. J Med Microbiol 2003; 52(12): 1071-6.
17. Sarı S, Dal HC, Mungan İ, Tezcan B, Kazancı D, Turan S. Yoğun bakım ünitelerinde gelişen, non-nötropenik kandidemi olgularının retrospektif olarak değerlendirilmesi. Yoğun Bakım Derg 2018; 9(3): 74-7.
18. Akalın H. Nozokomiyal fungal enfeksiyonlar, pp: 626-37 In: Willke TA, Söyletir G, Doğanay M (eds). Enfeksiyon Hastalıkları ve Mikrobiyolojisi Etkenlere Göre Enfeksiyonlar. 4th ed. Nobel Tıp Kitabevleri, İstanbul, 2017: 626-37.
19. Wellinghausen N, Siegel D, Winter J, Gebert S. Rapid diagnosis of Candidaemia by real-time PCR detection of Candida DNA in blood samples. J Med Microbiol 2009; 58(8): 1106-11.
20. Avni T, Leibovici L, Paul M. PCR diagnosis of invasive candidiasis: systematic review and meta-analysis. J Clin Microbiol 2011; 49(2): 665-70.
21. Fortun J, Meije Y, Buitrago M, Gago S, Bernal-Martinez L, Pemán J, et al. Clinical validation of a multiplex real-time PCR assay for detection of invasive candidiasis in intensive care unit patients. J Antimicrob Chemother 2014; 69(11): 3134-41.
22. Guo Y, Yang Jx, Liang GW. A real-time PCR assay based on 5.8 S rRNA gene (5.8 S rDNA) for rapid detection of Candida from whole blood samples. Mycopathologia 2016; 181(5-6): 405-13.
23. Fuchs S, Lass-Flörl C, Posch W. Diagnostic performance of a novel multiplex PCR assay for Candidemia among ICU patients. J Fungi 2019; 5(3): 86.
24. Yılmaz G, Çiftçioğlu A, Gündüz M, Özen M, Sarıcaoğlu EM, Akan H. Kandidemi saptanan hematolojik kanserli hastalarda etken dağılımı ve risk faktörlerinin değerlendirilmesi. Klimik Derg 2015; 28(3): 117-21.
25. Guinea J. Global trends in the distribution of Candida species causing candidemia. Clin Microbiol Infect 2014; 20(s6): 5-10.
26. Viudes A, Peman J, Canton E, Ubeda P, Lopez-Ribot J, Gobernado M. Candidemia at a tertiary-care hospital: epidemiology, treatment, clinical outcome and risk factors for death. Eur J Clin Microbiol Infect Dis 2002; 21(11): 767-74.
27. Kautzky S, Staudinger T, Presterl E. Invasive Candida infections in patients of a medical intensive care unit. Wien Klin Wochenschr 2015; 127(3-4): 132-42.

APA	Şimşek Bozok T, Kuscu F, bozok t, komur s, Candevir A, INAL A, Kurtaran B, kibar f, TASOVA Y (2021). Yoğun Bakım Ünitesinde Takip Edilen Kandidemi Riski Yüksek Hastalarda Candida Polimeraz Zincir Reaksiyonu Yöntemi ve Kan Kültürünün Karşılaştırılması. , 568 - 579. 10.5578/mb.20219708
Chicago	Şimşek Bozok Tuğçe,Kuscu Ferit,bozok taylan,komur suheyla,Candevir Aslıhan,INAL AYSE SEZA,Kurtaran Behice,kibar filiz,TASOVA YESIM Yoğun Bakım Ünitesinde Takip Edilen Kandidemi Riski Yüksek Hastalarda Candida Polimeraz Zincir Reaksiyonu Yöntemi ve Kan Kültürünün Karşılaştırılması. (2021): 568 - 579. 10.5578/mb.20219708
MLA	Şimşek Bozok Tuğçe,Kuscu Ferit,bozok taylan,komur suheyla,Candevir Aslıhan,INAL AYSE SEZA,Kurtaran Behice,kibar filiz,TASOVA YESIM Yoğun Bakım Ünitesinde Takip Edilen Kandidemi Riski Yüksek Hastalarda Candida Polimeraz Zincir Reaksiyonu Yöntemi ve Kan Kültürünün Karşılaştırılması. , 2021, ss.568 - 579. 10.5578/mb.20219708
AMA	Şimşek Bozok T,Kuscu F,bozok t,komur s,Candevir A,INAL A,Kurtaran B,kibar f,TASOVA Y Yoğun Bakım Ünitesinde Takip Edilen Kandidemi Riski Yüksek Hastalarda Candida Polimeraz Zincir Reaksiyonu Yöntemi ve Kan Kültürünün Karşılaştırılması. . 2021; 568 - 579. 10.5578/mb.20219708
Vancouver	Şimşek Bozok T,Kuscu F,bozok t,komur s,Candevir A,INAL A,Kurtaran B,kibar f,TASOVA Y Yoğun Bakım Ünitesinde Takip Edilen Kandidemi Riski Yüksek Hastalarda Candida Polimeraz Zincir Reaksiyonu Yöntemi ve Kan Kültürünün Karşılaştırılması. . 2021; 568 - 579. 10.5578/mb.20219708
IEEE	Şimşek Bozok T,Kuscu F,bozok t,komur s,Candevir A,INAL A,Kurtaran B,kibar f,TASOVA Y "Yoğun Bakım Ünitesinde Takip Edilen Kandidemi Riski Yüksek Hastalarda Candida Polimeraz Zincir Reaksiyonu Yöntemi ve Kan Kültürünün Karşılaştırılması." , ss.568 - 579, 2021. 10.5578/mb.20219708
ISNAD	Şimşek Bozok, Tuğçe vd. "Yoğun Bakım Ünitesinde Takip Edilen Kandidemi Riski Yüksek Hastalarda Candida Polimeraz Zincir Reaksiyonu Yöntemi ve Kan Kültürünün Karşılaştırılması". (2021), 568-579. https://doi.org/10.5578/mb.20219708

APA	Şimşek Bozok T, Kuscu F, bozok t, komur s, Candevir A, INAL A, Kurtaran B, kibar f, TASOVA Y (2021). Yoğun Bakım Ünitesinde Takip Edilen Kandidemi Riski Yüksek Hastalarda Candida Polimeraz Zincir Reaksiyonu Yöntemi ve Kan Kültürünün Karşılaştırılması. Mikrobiyoloji Bülteni, 55(4), 568 - 579. 10.5578/mb.20219708
Chicago	Şimşek Bozok Tuğçe,Kuscu Ferit,bozok taylan,komur suheyla,Candevir Aslıhan,INAL AYSE SEZA,Kurtaran Behice,kibar filiz,TASOVA YESIM Yoğun Bakım Ünitesinde Takip Edilen Kandidemi Riski Yüksek Hastalarda Candida Polimeraz Zincir Reaksiyonu Yöntemi ve Kan Kültürünün Karşılaştırılması. Mikrobiyoloji Bülteni 55, no.4 (2021): 568 - 579. 10.5578/mb.20219708
MLA	Şimşek Bozok Tuğçe,Kuscu Ferit,bozok taylan,komur suheyla,Candevir Aslıhan,INAL AYSE SEZA,Kurtaran Behice,kibar filiz,TASOVA YESIM Yoğun Bakım Ünitesinde Takip Edilen Kandidemi Riski Yüksek Hastalarda Candida Polimeraz Zincir Reaksiyonu Yöntemi ve Kan Kültürünün Karşılaştırılması. Mikrobiyoloji Bülteni, vol.55, no.4, 2021, ss.568 - 579. 10.5578/mb.20219708
AMA	Şimşek Bozok T,Kuscu F,bozok t,komur s,Candevir A,INAL A,Kurtaran B,kibar f,TASOVA Y Yoğun Bakım Ünitesinde Takip Edilen Kandidemi Riski Yüksek Hastalarda Candida Polimeraz Zincir Reaksiyonu Yöntemi ve Kan Kültürünün Karşılaştırılması. Mikrobiyoloji Bülteni. 2021; 55(4): 568 - 579. 10.5578/mb.20219708
Vancouver	Şimşek Bozok T,Kuscu F,bozok t,komur s,Candevir A,INAL A,Kurtaran B,kibar f,TASOVA Y Yoğun Bakım Ünitesinde Takip Edilen Kandidemi Riski Yüksek Hastalarda Candida Polimeraz Zincir Reaksiyonu Yöntemi ve Kan Kültürünün Karşılaştırılması. Mikrobiyoloji Bülteni. 2021; 55(4): 568 - 579. 10.5578/mb.20219708
IEEE	Şimşek Bozok T,Kuscu F,bozok t,komur s,Candevir A,INAL A,Kurtaran B,kibar f,TASOVA Y "Yoğun Bakım Ünitesinde Takip Edilen Kandidemi Riski Yüksek Hastalarda Candida Polimeraz Zincir Reaksiyonu Yöntemi ve Kan Kültürünün Karşılaştırılması." Mikrobiyoloji Bülteni, 55, ss.568 - 579, 2021. 10.5578/mb.20219708
ISNAD	Şimşek Bozok, Tuğçe vd. "Yoğun Bakım Ünitesinde Takip Edilen Kandidemi Riski Yüksek Hastalarda Candida Polimeraz Zincir Reaksiyonu Yöntemi ve Kan Kültürünün Karşılaştırılması". Mikrobiyoloji Bülteni 55/4 (2021), 568-579. https://doi.org/10.5578/mb.20219708