Bacteroides fragilis Grubu İzolatların Klindamisin, Tetrasiklin ve Tigesikline Duyarlılıkları ve Dirençten Sorumlu tet ve ermF Genlerini Barındırma Durumları
Yıl: 2021 Cilt: 51 Sayı: 1 Sayfa Aralığı: 23 - 32 Metin Dili: Türkçe DOI: 10.5222/TMCD.2021.93723 İndeks Tarihi: 16-05-2022
Bacteroides fragilis Grubu İzolatların Klindamisin, Tetrasiklin ve Tigesikline Duyarlılıkları ve Dirençten Sorumlu tet ve ermF Genlerini Barındırma Durumları
Öz: durumlarını saptamak, direnç oluşumundan sorumlu direnç genlerinin dağılımını belirlemek amaçlanmıştır. Yöntem: Hastanemizde Ocak 2017 ile Aralık 2018 tarihleri arasında, çeşitli klinik örneklerden izole edilen toplam 82 BFG izolatı MALDI-TOF MS ile tanımlanmış, antimikrobiyallere duyarlılıkları Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI)’in önerdiği agarda dilüsyon yöntemi ile belirlenmiştir. Aynı izolatlarda, antibiyotik direnç genlerinden tetM, tetQ, tetX, tetX1, tet36 ve ermF varlığı PCR ile araştırılmıştır. Bulgular: Batın içi apsesi (n=36), dokudan biyopsi (n=16), kan (n=14) ve diğer steril vücut sıvıları (n=12) gibi çeşitli klinik örneklerden üretilen 82 BFG izolatı tür düzeyinde; Bacteroides fragilis (n=48), Bacteroides thetaiotaomicron (n=17), Bacteroides vulgatus (n=5), Bacteroides ovatus (n=4), Bacteroides caccae (n=1), Bacteroides uniformis (n=1) ve Parabacteroides distasonis (n=6) olarak tanımlanmıştır. İzolatların %54,9’u klindamisine, %84,1’i tetrasikline, %4,9’u tigesikline dirençli bulunmuş, tür düzeyinde irdelendiğinde B. fragilis suşlarına göre diğer BFG türlerinde direnç daha fazla saptanmıştır. İzolatların yalnızca %7,3’ü bu üç antibiyotiğe birden duyarlılık sergilemiştir. Klindamisine dirençten sorumlu ermF geni, genel anlamda izolatların %57.3’ünde saptanmış, B. thetaiotaomicron türünde %70,6 ile en yüksek oranda bulunmuştur. Diğer direnç genlerinden tet pozitiflikleri %18,8’den %66,7’ye değişen oranlarla türler arasında dağılım göstermiştir. Genel anlamda tetQ gen pozitifliği diğer tet genlerine göre daha fazla bulunmuştur. İzolatların yalnızca %6’sında direnç genlerine rastlanmamıştır. Sonuç: BFG izolatlarımızın klindamisin, tetrasiklin ve tigesikline direnç durumları ve bu antibiyotiklere direnç gelişiminde önemli role sahip direnç genlerine ait veri sağlanmıştır. Elde ettiğimiz bilgiler, yapmayı hedeflediğimiz BFG türleri içinde veya başka bakteriler arası direnç aktarımı çalışmalarına bir başlangıç oluşturması bakımından önemlidir.
Anahtar Kelime: Antimicrobial Susceptibility of Bacteroides fragilis Group Isolates to Clindamycin, Tetracycline and Tigecycline, and Their Possession of tet and ermF Genes, which are Responsible for Resistance
Öz: Objective: We aimed to determine the resistance of Bacteroides fragilis group (BFG) bacteria to clindamycin, tetracycline and tigecycline and establish the distribution of related resistance genes. Method: In total 82 BFG strains, isolated from different clinical samples between January 2017 and December 2018, were identified by MALDI-TOF MS. Their antimicrobial sensitivities to were determined using agar dilution methodology (CLSI; M11-A7). The tetM, tetQ, tetX, tetX1, tet36, and ermF genes were investigated by PCR. Results: Eighty-two strains of BFG bacteria, isolated from intra-abdominal abscess (n=36), tissue biopsy (n=16), blood (n=14) and other sterile body fluids (n=12), were identified as Bacteroides fragilis (n=48), Bacteroides thetaiotaomicron (n=17), Bacteroides vulgatus (n=5), Bacteroides ovatus (n=4), Bacteroides caccae (n=1), Bacteroides uniformis (n=1) and Parabacteroides distasonis (n=6). The resistance rates to clindamycin, tetracycline and tigecycline were 54.9%, 84.1%, 4.9%, respectively. Non-B. fragilis isolates were more resistant than B. fragilis strains. In total, 57.3% of the isolates were ermF gene positive, while B. thetaiotaomicron had the highest rate (70.6%). The tet gene positivity ranged from 18.8% to 66.7% among species. The tetQ gene positivity was higher than other tet genes. The 92.7% of the isolates were resistant to at least one antibiotic, while 94% had at least one resistance gene. Conclusion: This study provided data on antimicrobial resistance of our BFG isolates to clindamycin, tetracycline and tigecycline and the related resistance genes. However, our information obtained could also be a starting point for further investigation of the antibiotic resistance mechanisms of Bacteroides species, as well as, resistance transfer among BFG isolates and other bacteria.
Anahtar Kelime: Belge Türü: Makale Makale Türü: Araştırma Makalesi Erişim Türü: Erişime Açık
- 1. Finegold SM. Anaerobic bacteria: general concepts. İn: Mandell GL, Bennett JE, Dolin R (eds). Principles and Practice of Infectious diseases. 5th ed. Pennsylvania: Churchill Livingstone, 2000:2519-36.
- 2. Wexler HM. Bacteroides: the good, the bad, and the nitty-gritty. Clin Microbiol Rev. 2007;20(4):593-621. https://doi.org/10.1128/CMR.00008-07
- 3. Brook I. Antimicrobial treatment of anaerobic infections. Expert Opin Pharmacother. 2011;12(11): 1691-707. https://doi.org/10.1517/14656566.2011.576672
- 4. Boyanova L, Kolarov R, Mitov I. Recent evolution of antibiotic resistance in the anaerobes as compared to previous decades. Anaerobe. 2015;31:4-10. https://doi.org/10.1016/j.anaerobe.2014.05.004
- 5. Hecht DW. Prevalence of antibiotic resistance in anaerobic bacteria: worrisome developments. Clin Infect Dis. 2004;39(1):92-7. https://doi.org/10.1086/421558
- 6. Schuetz AN. Antimicrobial resistance and susceptibility testing of anaerobic bacteria. Clin Infect Dis. 2014;59(5):698-705. https://doi.org/10.1093/cid/ciu395
- 7. Bacic M, Parker AC, Stagg J, et al. Genetic and structural analysis of the Bacteroides conjugative transposon CTn341. J Bacteriol. 2005;187(8):2858-69. https://doi.org/10.1128/JB.187.8.2858-2869.2005
- 8. Bartha NA, Sóki J, Urbán E, Nagy E. Investigation of the prevalence of tetQ, tetX and tetX1 genes in Bacteroides strains with elevated tigecycline minimum inhibitory concentrations. Int J Antimicrob Agents. 2011;38(6):522-5. https://doi.org/10.1016/j.ijantimicag.2011.07.010
- 9. Livermore DM. Tigecycline: what is it, and where should it be used? J Antimicrob Chemother. 2005;56(4):611-4. https://doi.org/10.1093/jac/dki291
- 10. Nagy E, Dowzicky MJ. In vitro activity of tigecycline and comparators against a European compilation of anaerobes collected as part of the Tigecycline Evaluation and Surveillance Trial (TEST). Scand J Infect Dis. 2010;42(1):33-8. https://doi.org/10.3109/00365540903244543
- 11. Goldstein EJ, Citron DM, Merriam CV, Warren YA, Tyrrell KL, Fernandez HT. Comparative in vitro susceptibilities of 396 unusual anaerobic strains to tigecycline and eight other antimicrobial agents. Antimicrob Agents Chemother. 2006;50(10):3507-13. https://doi.org/10.1128/AAC.00499-06
- 12. Johnsen BO, Handal N, Meisal R, Bjørnholt JV, Gaustad P, Leegaard TM. erm gene distribution among Norwegian Bacteroides isolates and evaluation of phenotypic tests to detect inducible clindamycin resistance in Bacteroides species. Anaerobe. 2017;47:226-32. https://doi.org/10.1016/j.anaerobe.2017.06.004
- 13. Eitel Z, Sóki J, Urbán E, Nagy E; ESCMID Study Group on Anaerobic Infection. The prevalence of antibiotic resistance genes in Bacteroides fragilis group strains isolated in different European countries. Anaerobe. 2013;21:43-9. https://doi.org/10.1016/j.anaerobe.2013.03.001
- 14. Cooley L, Teng J. Anaerobic resistance: should we be worried? Curr Opin Infect Dis. 2019;32(6):523-30. https://doi.org/10.1097/QCO.0000000000000595
- 15. Nagy E, Schuetz A. Is there a need for the antibiotic susceptibility testing of anaerobic bacteria? Anaerobe. 2015;31:2-3. https://doi.org/10.1016/j.anaerobe.2014.11.002
- 16. Jousimies-Sommer H, Summanen P, Citron DM, Baron EJ, Wexler HM, Finegold SM. Wadsworth-KTL Anaerobic Bacteriology Manual. 6th ed. Star Publishing Company, Belmont, California, ABD, 2002.
- 17. CLSI. Methods for antimicrobial susceptibility testing of anaerobic bacteria. Approved Standards, M11-A7. 2007, 7th ed. Clinical and Laboratory Standards Institute. Pennsylvania, ABD.
- 18. Tygacil®, 2010 Federal Drug Administration, Product İnformation. Pfizer Inc. Collegeville, PA, ABD.
- 19. Murray PR, Rosenthal KS, Pfaller MA. Medical Microbiology. Çeviren: Us AD, Başustaoğlu A. Tıbbi Mikrobiyoloji. 7.baskı, Pelikan Yayıncılık Ltd. Şti.,Ankara; 2016:258-64.
- 20. Citron DM, Poxton IR, Baron EJ. Bacteroides, Porphynomonas, Prevotella, Fusobacterium and Other Anaerobic Gram Negative Rods. In: Manual of Clinical Microbiology. 9th ed, Eds: Murray PR, Baron EJ, Jorgensen JH, Landry ML, Pfaller MA, Washington, ASM. 2007:911-32.
- 21. Ulger Toprak N, Celik C, Cakici O, Soyletir G. Antimicrobial susceptibilities of Bacteroides fragilis and Bacteroides thetaiotaomicron strains isolated from clinical specimens and human intestinal microbiota. Anaerobe. 2004;10(5):255-9. https://doi.org/10.1016/j.anaerobe.2004.05.005
- 22. Doğan M, Baysal B. Çeşitli klinik örneklerden izole edilen anaerop bakterilerin tanımlanması ve antibiyotik duyarlılıklarının belirlenmesi. Mikrobiyol Bul. 2010;44(2):211-9.
- 23. Demir C, Keşli R. Çeşitli klinik örneklerden izole edilen gram-negatif anaerop basillerin tiplendirilmesi ve antibiyotik direnç profillerinin E-test yöntemi ile belirlenmesi. Mikrobiyol Bul. 2018;52(1):72-9. https://doi.org/10.5578/mb.66175
- 24. Kangaba AA, Saglam FY, Tokman HB, Torun M, Torun MM. The prevalence of enterotoxin and antibiotic resistance genes in clinical and intestinal Bacteroides fragilis group isolates in Turkey. Anaerobe. 2015;35(Pt B):72-6. https://doi.org/10.1016/j.anaerobe.2015.07.008
- 25. Snydman DR, Jacobus NV, McDermott LA, et al. Lessons learned from the anaerobe survey: historical perspective and review of the most recent data (2005- 2007). Clin Infect Dis. 2010;50(Suppl 1):S26-33. https://doi.org/10.1086/647940
- 26. Nagy E, Urbán E, Nord CE; ESCMID Study Group on Antimicrobial Resistance in Anaerobic Bacteria. Antimicrobial susceptibility of Bacteroides fragilis group isolates in Europe: 20 years of experience. Clin Microbiol Infect. 2011;17(3):371-9. https://doi.org/10.1111/j.1469-0691.2010.03256.x
- 27. Karlowsky JA, Walkty AJ, Adam HJ, Baxter MR, Hoban DJ, Zhanel GG. Prevalence of antimicrobial resistance among clinical isolates of Bacteroides fragilis group in Canada in 2010-2011: CANWARD surveillance study. Antimicrob Agents Chemother. 2012;56(3):1247-52. https://doi.org/10.1128/aac.05823-11
- 28. Jamal W, Shahin M, Rotimi VO. Surveillance and trends of antimicrobial resistance among clinical isolates of anaerobes in Kuwait hospitals from 2002 to 2007. Anaerobe. 2010;16(1):1-5. https://doi.org/10.1016/j.anaerobe.2009.04.004
- 29. Roh KH, Kim S, Kim CK, et al. Resistance trends of Bacteroides fragilis group over an 8-year period, 1997- 2004, in Korea. Korean J Lab Med. 2009;29(4):293-8. https://doi.org/10.3343/kjlm.2009.29.4.293
- 30. Ülger Toprak N, Çakıcı Ö, Çelik C, Söyletir G. Klindamisine dirençli Bacteroides fragilis ve Bacteroides thetaiotaomicron kökenlerinin diğer antibiyotiklere çapraz direnci. Flora Derg. 2005;10(1);14-9.
- 31. Snydman DR, Jacobus NV, McDermott LA, et al. Trends in antimicrobial resistance among Bacteroides species and Parabacteroides species in the United States from 2010-2012 with comparison to 2008-2009. Anaerobe. 2017;43:21-6. https://doi.org/10.1016/j.anaerobe.2016.11.003
- 32. Lee Y, Park YJ, Kim MN, Uh Y, Kim MS, Lee K. Multicenter study of antimicrobial susceptibility of anaerobic bacteria in Korea in 2012. Ann Lab Med. 2015;35(5):479-86. https://doi.org/10.3343/alm.2015.35.5.479
- 33. Sóki J, Wybo I, Hajdú E, et al. A Europe-wide assessment of antibiotic resistance rates in Bacteroides and Parabacteroides isolates from intestinal microbiota of healthy subjects. Anaerobe. 2020;62:102182. https://doi.org/10.1016/j.anaerobe.2020.102182
- 34. Waters JL, Salyers AA. Regulation of CTnDOT conjugative transfer is a complex and highly coordinated series of events. mBio. 2013;4(6):e00569-13. https://doi.org/10.1128/mBio.00569-13
| APA | TEKEŞ B, Eminoğlu S, Sayın E, Ulger Toprak N (2021). Bacteroides fragilis Grubu İzolatların Klindamisin, Tetrasiklin ve Tigesikline Duyarlılıkları ve Dirençten Sorumlu tet ve ermF Genlerini Barındırma Durumları. , 23 - 32. 10.5222/TMCD.2021.93723 |
| Chicago | TEKEŞ Bermal,Eminoğlu Semra,Sayın Elvan,Ulger Toprak Nurver Bacteroides fragilis Grubu İzolatların Klindamisin, Tetrasiklin ve Tigesikline Duyarlılıkları ve Dirençten Sorumlu tet ve ermF Genlerini Barındırma Durumları. (2021): 23 - 32. 10.5222/TMCD.2021.93723 |
| MLA | TEKEŞ Bermal,Eminoğlu Semra,Sayın Elvan,Ulger Toprak Nurver Bacteroides fragilis Grubu İzolatların Klindamisin, Tetrasiklin ve Tigesikline Duyarlılıkları ve Dirençten Sorumlu tet ve ermF Genlerini Barındırma Durumları. , 2021, ss.23 - 32. 10.5222/TMCD.2021.93723 |
| AMA | TEKEŞ B,Eminoğlu S,Sayın E,Ulger Toprak N Bacteroides fragilis Grubu İzolatların Klindamisin, Tetrasiklin ve Tigesikline Duyarlılıkları ve Dirençten Sorumlu tet ve ermF Genlerini Barındırma Durumları. . 2021; 23 - 32. 10.5222/TMCD.2021.93723 |
| Vancouver | TEKEŞ B,Eminoğlu S,Sayın E,Ulger Toprak N Bacteroides fragilis Grubu İzolatların Klindamisin, Tetrasiklin ve Tigesikline Duyarlılıkları ve Dirençten Sorumlu tet ve ermF Genlerini Barındırma Durumları. . 2021; 23 - 32. 10.5222/TMCD.2021.93723 |
| IEEE | TEKEŞ B,Eminoğlu S,Sayın E,Ulger Toprak N "Bacteroides fragilis Grubu İzolatların Klindamisin, Tetrasiklin ve Tigesikline Duyarlılıkları ve Dirençten Sorumlu tet ve ermF Genlerini Barındırma Durumları." , ss.23 - 32, 2021. 10.5222/TMCD.2021.93723 |
| ISNAD | TEKEŞ, Bermal vd. "Bacteroides fragilis Grubu İzolatların Klindamisin, Tetrasiklin ve Tigesikline Duyarlılıkları ve Dirençten Sorumlu tet ve ermF Genlerini Barındırma Durumları". (2021), 23-32. https://doi.org/10.5222/TMCD.2021.93723 |
| APA | TEKEŞ B, Eminoğlu S, Sayın E, Ulger Toprak N (2021). Bacteroides fragilis Grubu İzolatların Klindamisin, Tetrasiklin ve Tigesikline Duyarlılıkları ve Dirençten Sorumlu tet ve ermF Genlerini Barındırma Durumları. Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti Dergisi, 51(1), 23 - 32. 10.5222/TMCD.2021.93723 |
| Chicago | TEKEŞ Bermal,Eminoğlu Semra,Sayın Elvan,Ulger Toprak Nurver Bacteroides fragilis Grubu İzolatların Klindamisin, Tetrasiklin ve Tigesikline Duyarlılıkları ve Dirençten Sorumlu tet ve ermF Genlerini Barındırma Durumları. Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti Dergisi 51, no.1 (2021): 23 - 32. 10.5222/TMCD.2021.93723 |
| MLA | TEKEŞ Bermal,Eminoğlu Semra,Sayın Elvan,Ulger Toprak Nurver Bacteroides fragilis Grubu İzolatların Klindamisin, Tetrasiklin ve Tigesikline Duyarlılıkları ve Dirençten Sorumlu tet ve ermF Genlerini Barındırma Durumları. Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti Dergisi, vol.51, no.1, 2021, ss.23 - 32. 10.5222/TMCD.2021.93723 |
| AMA | TEKEŞ B,Eminoğlu S,Sayın E,Ulger Toprak N Bacteroides fragilis Grubu İzolatların Klindamisin, Tetrasiklin ve Tigesikline Duyarlılıkları ve Dirençten Sorumlu tet ve ermF Genlerini Barındırma Durumları. Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti Dergisi. 2021; 51(1): 23 - 32. 10.5222/TMCD.2021.93723 |
| Vancouver | TEKEŞ B,Eminoğlu S,Sayın E,Ulger Toprak N Bacteroides fragilis Grubu İzolatların Klindamisin, Tetrasiklin ve Tigesikline Duyarlılıkları ve Dirençten Sorumlu tet ve ermF Genlerini Barındırma Durumları. Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti Dergisi. 2021; 51(1): 23 - 32. 10.5222/TMCD.2021.93723 |
| IEEE | TEKEŞ B,Eminoğlu S,Sayın E,Ulger Toprak N "Bacteroides fragilis Grubu İzolatların Klindamisin, Tetrasiklin ve Tigesikline Duyarlılıkları ve Dirençten Sorumlu tet ve ermF Genlerini Barındırma Durumları." Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti Dergisi, 51, ss.23 - 32, 2021. 10.5222/TMCD.2021.93723 |
| ISNAD | TEKEŞ, Bermal vd. "Bacteroides fragilis Grubu İzolatların Klindamisin, Tetrasiklin ve Tigesikline Duyarlılıkları ve Dirençten Sorumlu tet ve ermF Genlerini Barındırma Durumları". Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti Dergisi 51/1 (2021), 23-32. https://doi.org/10.5222/TMCD.2021.93723 |
