Yıl: 2022 Cilt: 56 Sayı: 2 Sayfa Aralığı: 326 - 338 Metin Dili: Türkçe DOI: 10.5578/mb.20229811 İndeks Tarihi: 22-06-2022

Kutanöz Layşmanyazise Neden Olan Olan Leishmania Türlerinin Sybr Green Bazlı ITS-1 Gerçek Zamanlı Polimeraz Zincir Reaksiyonu Yöntemiyle Tiplendirilmesi

Öz:
Kutanöz layşmanyazis (KL) Türkiye’de en sık Şanlıurfa’da görülen önemli bir halk sağlığı sorunudur. İlimizde olduğu gibi, enfeksiyonun farklı Leishmania türleriyle oluştuğu bölgelerde tür tayini yapılması önemlidir. Çalışmamızda Şanlıurfa’dan alınan Leishmania şüpheli 136 örneğin, Sybr Green bazlı ITS-1 gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (Rt-PCR) yöntemi kullanılarak tiplendirilmesi ve daha sonra ITS-1 PCR RFLP ve direkt mikroskobik yöntemleriyle karşılaştırılması amaçlanmıştır. Layşmanyazis şüpheli hasta lezyonlarından yara sıvısı örnekleri lam üzerine alınıp, tespit edilerek Giemsa boyasıyla boyanmıştır. Preparatlar mikroskopta incelenip amastigot pozitifliği yönünden değerlendirilmiştir. Giemsa boyalı preparatlardan, QIAmp DNA Mini Kit (Qiagen, Almanya) kullanılarak DNA ekstraksiyonu yapıldıktan sonra örnekler, LITSR ve L5.8S primerleri kullanılarak Sybr Green bazlı ITS-1 Rt-PCR yöntemiyle çalışılmıştır. Çalışmada PCR sonuçlarına göre,erime eğrisi analizi yapılmış ve erime eğrileri referans suşlarla karşılaştırılmıştır. Daha sonra, yüz otuz altı örneğe ITS1 bölgesi amplifikasyonu için LITSR ve L5.8S primerleri kullanılarak PCR uygulanmıştır. Elde edilen PCR ürünleri Hae III restriksiyon enzimiyle kesilerek “restriction fragment length polymorphism (RFLP)” yapılmıştır. Ürünler metaphor agaroz jelde yürütüldükten sonra jeller 15 dakika etidyum bromür ile boyanıp, ultraviyole (UV) transilüminatörde görüntülenmiştir. Çalışmamızda Sybr Green bazlı ITS-1 Rt-PCR, ITS-1 PCR- RFLP ve direkt mikroskopi yöntemlerinin sonuçları kullanılarak karşılaştırma yapılmıştır. En yüksek pozitiflik oranı %97 (136/132) olarak ITS-1 Rt-PCR ile belirlenmiştir. ITS-1 PCR- RFLP %95.5 (136/130) ve direkt mikroskopi ile %94.1 (136/128) oranında pozitiflik saptanmıştır. Sybr Green bazlı ITS-1 Rt-PCR yöntemiyle çalışılıp pozitif bulunan 132 örneğin, erime eğrisi analiziyle 121’i Leishmania tropica, 11’i Leishmania major olarak tiplendirilmiştir. ITS-1 PCR RFLP ile çalışılan 130 örneğin 119 (%91.5)’unun L.tropica, 11 (%8.5)’inin ise L.major olduğu belirlenmiştir. Çalışmamızda kullandığımız ITS-1 Rt-PCR yöntemi en fazla pozitiflik saptayan yöntem olmuştur. Bu yöntemle Leishmania örnekleri L.tropica ve L.major olarak tiplendirilmiştir. PCR sonrası kesim, boyama gibi ekstra işlemler gerektirmemesi ve kısa sürede sonuç vermesi bakımından bu yöntemin Leishmania parazitinin varlığını tespit etmesi ve Leishmania türlerinin hızlı tanımlanmasında faydalı olabileceği ancak L.tropica ve L.major dışındaki türlerin saptanmasında etkinliğinin görülebilmesi için yeni çalışmalar yapılması gerektiği düşünülmüştür.
Anahtar Kelime:

Typing of Leishmania Species Causing Cutaneous Leishmaniasisby Sybr Green Based ITS-1 Real Time Polymerase ChainReaction Method

Öz:
Cutaneous leishmaniasis (CL) is an important public health problem, most frequently seen in Şanlıurfa in Turkey. It is important to determine the species in regions where infection occurs with different Leishmania species, as in our province. In this study, it was aimed to genotype 136 samples with suspected Leishmania from Şanlıurfa using the Sybr Green-based ITS-1 real time polymerase chain reaction (Rt-PCR) method and then to compare them with ITS-1 PCR RFLP and direct microscopy methods. Wound fluid samples from patient lesions suspected of leishmaniasis were mounted on a slide, fixed, and stained with Giemsa dye. The preparations were examined under the microscope and evaluated for the presence of amastigote. After the extraction of DNA from Giemsa stained preparations by using the QIAmp DNA Mini Kit (Qiagen, Germany), the samples were studied with the Sybr Green based ITS-1 Rt-PCR method using LITSR and L5.8S primers. As a result of the PCR study, melting curve analysis was determined and the melting curves were compared with the reference strains. Then, PCR was performed in 136 samples for ITS1 region amplification using primers LITSR and L5.8S. PCR products were digested with Hae III restriction enzyme and RFLP process was performed. The products were run on metaphor agarose gel than the gels were stained with ethidium bromide for 15 min and visualized in a UV transilluminator In our study, the results of Sybr Green-based ITS-1 Rt-PCR, ITS-1 PCR-RFLP and direct microscopy methods were compared. The highest positivity rate was determined as 97% (136/132) in ITS-1 Rt-PCR method. With ITS-1 PCR-RFLP method 95.5% (136/130) positivity and with direct microscopy 94.1% (136/128) positivity were obtained, respectively. Of 132 samples, which were studied with the Sybr Green-based ITS-1 Rt-PCR method and found as positive, 121 were genotyped as L.tropica and 11 were genotyped as L.major by melting curve analysis. It was determined that, of 130 samples studied with ITS-1 PCR RFLP method 119 (91.5%) were detected as L.tropica and 11 (8.5%) were detected as L.major. The ITS-1 Rt-PCR method we used in our study was the method that detected the most positivity rate. With this method, Leishmania specimens were typed as L.tropica and L.major. It is thought that this method may be useful for the detection of the presence of Leishmania parasite and in the rapid identification of Leishmania species, as it does not require extra processes such as cutting and staining after PCR and results in a short time, but new studies are needed to observe its effectiveness in detecting other species other than L.tropica and L.major.
Anahtar Kelime:

Belge Türü: Makale Makale Türü: Araştırma Makalesi Erişim Türü: Bibliyografik
  • 1. World Health Organization (WHO). Leishmaniasis. Leishmaniasis fact sheet. Available from: https://www. who.int/news-room/fact-sheets/detail/leishmaniasis (Accessed date: 15 Ağustos 2021).
  • 2. Gürel MS, Yeşilova Y, Ölgen MK, Özbel Y. Türkiye’de kutanöz leishmaniasisin durumu. Türkiye Parazitol Derg 2012; 36: 121-9.
  • 3. Gürel MS. Leishmaniasis kutis epidemiyolojisi. 8. Dermatolojide Gelişmeler Sempozyumu Kitabı. 2009, Diyarbakır.
  • 4. Özbel Y, Özensoy Töz S. Leishmaniosis, pp: 197-241. In: Özcel MA, Özbel Y, Ak M (eds). Özcel’in Tıbbi Parazit Hastalıkları. Türkiye Parazitoloji Derneği Yayını, İzmir, 2007.
  • 5. Gürses G, Özaslan M, Yıldız Zeyrek F, Kılıç İH, Yentür Doni N, Karagöz ID, et al. Molecular identification of Leishmania spp. isolates causes cutaneous leishmaniasis (CL) in Şanlıurfa Province, Turkey, where CL is highly endemic. Folia Microbiol 2018; 63(3): 353-9. https://doi.org/10.1007/s12223-017-0556-1
  • 6. Yentur Doni N, Gürses G, Dikme R, Aksoy M, Yıldız Zeyrek F, Şimsek Z, et al. Cutaneous leishmaniasis due to three Leishmania species among Syrian refugees in Sanliurfa, Southeastern Turkey. Acta Parasitologica 2020; 65: 936-48. https://doi.org/10.2478/s11686-020-00227-w
  • 7. Yıldız Zeyrek F, Korkmaz M, Özbel Y. Serodiagnosis of Anthroponotic cutaneous Leishmaniasis (ACL) caused by Leishmania tropica in Sanliurfa province, Turkey, where ACL is highly endemic. Clin Vaccine Immunol 2007; 14(11): 1409-15. https://doi.org/10.1128/CVI.00133-07
  • 8. Özensoy Toz S, Çulha G, Yıldız Zeyrek F, Ertabaklar H, Alkan MZ, Tetik Vardarlı A, et al. A real-time ITS1-PCR based method in the diagnosis and species identification of Leishmania parasite from human and dog clinical samples in Turkey. PLoS Negl Trop Dis 2013; 7(5): e2205. https://doi.org/10.1371/journal.pntd.0002205
  • 9. Toz SO, Nasereddin A, Özbel Y, Ertabaklar H, Çulha G, Sevil N, et al. Leishmaniasis in Turkey: molecular characterization of Leishmania from human and canine clinical samples. Trop Med Int Health 2009; 14(11): 1401-6. https://doi.org/10.1111/j.1365-3156.2009.02384.x
  • 10. Schönian G, Nasereddin A, Dinse N, Schweynoch C, Schallig HD, Presber W, et al. PCR diagnosis and characterization of Leishmania in local and imported clinical samples. Diagn Microbiol Infect Dis 2003; 47(1): 349-58. https://doi.org/10.1016/S0732-8893(03)00093-2
  • 11. Schönian G, Kuhls K. Manual molecular procedures, pp: 27-32. Leishmaniasis Epidemiology Network South America. Instituto Oswaldo Cruz, Rio de Janerio Brazil, 2009.
  • 12. Marfurt J, Nasereddin A, Niederwieser I, Jaffe CL, Beck HP, Felger I. Identification and differentiation of Leishmania species in clinical samples by pcr amplification of the miniexon sequence and subsequent restriction fragment length polymorphism analysis. J Clin Microbiol 2003; 41(7): 3147-53. https://doi. org/10.1128/JCM.41.7.3147-3153.2003
  • 13. Monroy-Ostria A, Nasereddin A, Monteon VM, Guzmán-Bracho C, Jaffe CL. ITS1 PCR-RFLP diagnosis and characterization of Leishmania in Clinical samples and strains from cases of human cutaneous leishmaniasis in states of the Mexican Southeast. Interdiscip Perspect Infect Dis 2014; 2014: 607287. https://doi. org/10.1155/2014/607287
  • 14. Foulet F, Botterel F, Buffet P, Morizot G, Rivollet D, Deniau M, et al. Detection and identification of Leishmania species from clinical specimens by using a Real-Time PCR assay and sequencing of the cytochrome b Gene. J Clin Microbiol 2007; 45(7): 2110-5. https://doi.org/10.1128/JCM.02555-06
  • 15. Akhoundi M, Downing T, Votýpka J, Kuhls K, Luke J, Cannet A, et al. Leishmania infections: Molecular targets and diagnosis. Molecular Aspects of Medicine 2017; 57: 1-29. https://doi.org/10.1016/j.mam.2016.11.012
  • 16. Schönian G, Mauricio I, Gramiccia M, Cañavate C, Boelaert M, Dujardin JC. Leishmaniases in the Mediterranean in the era of molecular epidemiology. Trends in Parasitology 2008; 24(3): 135-42. https:// doi.org/10.1016/j.pt.2007.12.006
  • 17. Galluzzi L, Ceccarelli M, Diotallevi A, Menotta M, Magnani M. Real-time PCR applications for diagnosis of leishmaniasis. Parasites & Vectors 2018; 11:273. https://doi.org/10.1186/s13071-018-2859-8
  • 18. Talmi-Frank D, Nasereddin A, Schnur LF, Schönian G, Töz SÖ, Jaffe CL, et.al. Detection and identification of old world Leishmania by high resolution melt analysis. PloS Negl Trop Dis 2010; 4 (1): e581. https://doi. org/10.1371/journal.pntd.0000581
  • 19. Cupolillo E, Brahim LR, Toaldo CB, Oliveira-Neto MP, Felinto de Brito ME, Falqueto A, et al. Genetic polymorphism and molecular epidemiology of Leishmania (Viannia) braziliensis from different hosts and geographic areas in Brazil. J. Clin. Microbiol 2003; 41(7): 3126-32. https://doi.org/10.1128/JCM.41.7.3126- 3132.2003
  • 20. Schönian G, Schnur L, El Fari M, Oskam L, Kolesnikov AA, Sokolowska Kohler W, et al. Genetic heterogeneity in the species Leishmania tropica revealed by different PCR-based methods. Trans Royal Soc Trop Med Hyg 2001; 95: 217-24. https://doi.org/10.1016/S0035-9203(01)90173-7
  • 21. Kazemi-Rad E, Mohebali M, Hajjaran H, Rezaei S, Mamishi S. Diagnosis and characterization of Leishmania species in Giemsa-Stained slides by PCR-RFLP. Iranian J Publ Health 2008; 37(1): 54-60.
  • 22. Amro A, Gashout A, Al-Dwibe H, Alam MZ, Annajar B, Hamarsheh O, et al. First molecular epidemiological study of cutaneous leishmaniasis in Libya. Plos Negl Trop Dis 2012; 6(6): 1700. https://doi.org/10.1371/ journal.pntd.0001700
  • 23. Wortmann G, Hochberg L, Houng HH, Sweeney C, Zapor M, Aronson N, et al. Rapid identification of Leishmania complexes by a real-time PCR assay. American J Trop Med Hyg 2005; 73(6): 999-1004. https:// doi.org/10.4269/ajtmh.2005.73.999
  • 24. Asfaram S, Fakhar M, Mirani N, Derakhshani-Niya M, Valadan R, Hezarjaribi HZ, et al. HRM-PCR is an accurate and sensitive technique for the diagnosis of cutaneous leishmaniasis as compared with conventional PCR. Acta Parasitol 2020; 65(2): 310-16. https://doi.org/10.2478/s11686-019-00154-5
  • 25. Bousslimi N, Ben-Ayed S, Ben-Abda I, Aoun K, Bouratbine A. Natural infection of North African Gundi (Ctenodactylus gundi) by Leishmania tropica in the focus of cutaneous leishmaniasis, Southeast Tunisia. Am J Trop Med Hyg 2012; 86(6): 962-5. https://doi.org/10.4269/ajtmh.2012.11-0572
  • 26. Mohammadiha A, Mohebali M, Haghighi A, Mahdian R, Abadi AR, Zarei Z, et al. Comparison of realtime PCR and conventional PCR with two DNA targets for detection of Leishmania (Leishmania) infantum infection in human and dog blood samples. Exp Parasitol 2013; 133(1): 89-94. https://doi.org/10.1016/j. exppara.2012.10.017
  • 27. Khademvatan S, Neisi N, Maraghi S, Saki J. Diagnosis and identification of Leishmania spp. from Giemsastained slides, by real-time PCR and melting curve analysis in south-west of Iran. Ann Trop Med Parasitol 2011; 105(8): 559-65. https://doi.org/10.1179/2047773211Y.0000000014
  • 28. Özbilgin A, Çavuş İ, Yıldırım A, Gündüz C. Türkiye’de Kutanöz Leyşmanyaziste kemiricilerin rolü var mı?. Mikrobiyol Bul 2018; 52(3): 259-72. https://doi.org/10.5578/mb.66828
  • 29. Nicolas L, Milon G, Prina E. Rapid differentiation of old world Leishmania species by LightCycler polymerase chain reaction and melting curve analysis. Journal of Microbiological Methods 2002; 51: 295-9. https://doi. org/10.1016/S0167-7012(02)00099-4
  • 30. Eroğlu F, Uzun S, Koltaş İS. Comparison of clinical samples and methods in chronic cutaneous leishmaniasis. Am J Trop Med Hyg 2014; 91(5): 895-900. https://doi.org/10.4269/ajtmh.13-0582
APA GÜRSES G, YENTÜR DONİ N, yildiz zeyrek f, YİĞİN A (2022). Kutanöz Layşmanyazise Neden Olan Olan Leishmania Türlerinin Sybr Green Bazlı ITS-1 Gerçek Zamanlı Polimeraz Zincir Reaksiyonu Yöntemiyle Tiplendirilmesi. , 326 - 338. 10.5578/mb.20229811
Chicago GÜRSES GÜLCAN,YENTÜR DONİ Nebiye,yildiz zeyrek fadile,YİĞİN AKIN Kutanöz Layşmanyazise Neden Olan Olan Leishmania Türlerinin Sybr Green Bazlı ITS-1 Gerçek Zamanlı Polimeraz Zincir Reaksiyonu Yöntemiyle Tiplendirilmesi. (2022): 326 - 338. 10.5578/mb.20229811
MLA GÜRSES GÜLCAN,YENTÜR DONİ Nebiye,yildiz zeyrek fadile,YİĞİN AKIN Kutanöz Layşmanyazise Neden Olan Olan Leishmania Türlerinin Sybr Green Bazlı ITS-1 Gerçek Zamanlı Polimeraz Zincir Reaksiyonu Yöntemiyle Tiplendirilmesi. , 2022, ss.326 - 338. 10.5578/mb.20229811
AMA GÜRSES G,YENTÜR DONİ N,yildiz zeyrek f,YİĞİN A Kutanöz Layşmanyazise Neden Olan Olan Leishmania Türlerinin Sybr Green Bazlı ITS-1 Gerçek Zamanlı Polimeraz Zincir Reaksiyonu Yöntemiyle Tiplendirilmesi. . 2022; 326 - 338. 10.5578/mb.20229811
Vancouver GÜRSES G,YENTÜR DONİ N,yildiz zeyrek f,YİĞİN A Kutanöz Layşmanyazise Neden Olan Olan Leishmania Türlerinin Sybr Green Bazlı ITS-1 Gerçek Zamanlı Polimeraz Zincir Reaksiyonu Yöntemiyle Tiplendirilmesi. . 2022; 326 - 338. 10.5578/mb.20229811
IEEE GÜRSES G,YENTÜR DONİ N,yildiz zeyrek f,YİĞİN A "Kutanöz Layşmanyazise Neden Olan Olan Leishmania Türlerinin Sybr Green Bazlı ITS-1 Gerçek Zamanlı Polimeraz Zincir Reaksiyonu Yöntemiyle Tiplendirilmesi." , ss.326 - 338, 2022. 10.5578/mb.20229811
ISNAD GÜRSES, GÜLCAN vd. "Kutanöz Layşmanyazise Neden Olan Olan Leishmania Türlerinin Sybr Green Bazlı ITS-1 Gerçek Zamanlı Polimeraz Zincir Reaksiyonu Yöntemiyle Tiplendirilmesi". (2022), 326-338. https://doi.org/10.5578/mb.20229811
APA GÜRSES G, YENTÜR DONİ N, yildiz zeyrek f, YİĞİN A (2022). Kutanöz Layşmanyazise Neden Olan Olan Leishmania Türlerinin Sybr Green Bazlı ITS-1 Gerçek Zamanlı Polimeraz Zincir Reaksiyonu Yöntemiyle Tiplendirilmesi. Mikrobiyoloji Bülteni, 56(2), 326 - 338. 10.5578/mb.20229811
Chicago GÜRSES GÜLCAN,YENTÜR DONİ Nebiye,yildiz zeyrek fadile,YİĞİN AKIN Kutanöz Layşmanyazise Neden Olan Olan Leishmania Türlerinin Sybr Green Bazlı ITS-1 Gerçek Zamanlı Polimeraz Zincir Reaksiyonu Yöntemiyle Tiplendirilmesi. Mikrobiyoloji Bülteni 56, no.2 (2022): 326 - 338. 10.5578/mb.20229811
MLA GÜRSES GÜLCAN,YENTÜR DONİ Nebiye,yildiz zeyrek fadile,YİĞİN AKIN Kutanöz Layşmanyazise Neden Olan Olan Leishmania Türlerinin Sybr Green Bazlı ITS-1 Gerçek Zamanlı Polimeraz Zincir Reaksiyonu Yöntemiyle Tiplendirilmesi. Mikrobiyoloji Bülteni, vol.56, no.2, 2022, ss.326 - 338. 10.5578/mb.20229811
AMA GÜRSES G,YENTÜR DONİ N,yildiz zeyrek f,YİĞİN A Kutanöz Layşmanyazise Neden Olan Olan Leishmania Türlerinin Sybr Green Bazlı ITS-1 Gerçek Zamanlı Polimeraz Zincir Reaksiyonu Yöntemiyle Tiplendirilmesi. Mikrobiyoloji Bülteni. 2022; 56(2): 326 - 338. 10.5578/mb.20229811
Vancouver GÜRSES G,YENTÜR DONİ N,yildiz zeyrek f,YİĞİN A Kutanöz Layşmanyazise Neden Olan Olan Leishmania Türlerinin Sybr Green Bazlı ITS-1 Gerçek Zamanlı Polimeraz Zincir Reaksiyonu Yöntemiyle Tiplendirilmesi. Mikrobiyoloji Bülteni. 2022; 56(2): 326 - 338. 10.5578/mb.20229811
IEEE GÜRSES G,YENTÜR DONİ N,yildiz zeyrek f,YİĞİN A "Kutanöz Layşmanyazise Neden Olan Olan Leishmania Türlerinin Sybr Green Bazlı ITS-1 Gerçek Zamanlı Polimeraz Zincir Reaksiyonu Yöntemiyle Tiplendirilmesi." Mikrobiyoloji Bülteni, 56, ss.326 - 338, 2022. 10.5578/mb.20229811
ISNAD GÜRSES, GÜLCAN vd. "Kutanöz Layşmanyazise Neden Olan Olan Leishmania Türlerinin Sybr Green Bazlı ITS-1 Gerçek Zamanlı Polimeraz Zincir Reaksiyonu Yöntemiyle Tiplendirilmesi". Mikrobiyoloji Bülteni 56/2 (2022), 326-338. https://doi.org/10.5578/mb.20229811