Hepatit C virüs genotiplerinin pirosekanslama yöntemi ile belirlenmesi

Atalay, Mustafa Altay; gökahmetoğlu, selma; KILINÇ, Aytekin

Hepatit C virüs genotiplerinin pirosekanslama yöntemi ile belirlenmesi

Selma GÖKAHMETOĞLU, (Erciyes Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Kayseri, Türkiye)

Mustafa Altay ATALAY, (Erciyes Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Kayseri, Türkiye)

Aytekin KILINÇ (Erciyes Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Kayseri, Türkiye)

Erciyes Tıp Dergisi

5 1

Yıl: 2011 Cilt: 33 Sayı: 2 Sayfa Aralığı: 99 - 102 Metin Dili: Türkçe İndeks Tarihi: 29-07-2022

Hepatit C virüs genotiplerinin pirosekanslama yöntemi ile belirlenmesi

Öz:

Amaç: HCV genotiplerinin belirlenmesi kronik hepatit C'li hastaların takip ve tedavisi açısından önemli bilgi sağlamaktadır. HCV genotip 1b'de hem interferon tedavisine yanıt daha düşük oranda meydana gelmekte hem de hepatosellüler karsinoma gelişme riski daha fazla olarak bulunmaktadır. Bu çalışmada, kronik hepatit C ön tanısı ile farklı kliniklerden gelen hastaların HCV RNA pozitif kan örneklerinde HCV genotiplerinin belirlenmesi amaçlandı.Gereç ve Yöntemler: Çalışmaya 146 hastadan elde edilen kan örneği dahil edildi. Hastaların 98 (%67,1)'i kadın 48 (%32,9)'i erkek idi. Örneklerde HCV genotip analizi Pirosekanslama yöntemi ile araştırıldı.Bulgular: HCV genotiplerinin 90 (% 61,7)'ı genotip 1; 52 (%35,6)'si genotip 4; 4 (%2,7)'ü genotip 2 olarak bulundu. Genotip 1 olarak bulunan 90 örneğin 77'si genotip 1b; 5'inin genotip 1a olduğu belirlenirken, 8'inin alt tipi belirlenemedi.Sonuç: Sonuç olarak, kronik hepatit C'si olan hastalarda en yaygın genotipinin 1b olduğu saptandı.

Anahtar Kelime:

Konular: Genel ve Dahili Tıp Mikrobiyoloji Viroloji

Determination of the hepatitis C virus genotypes with‘pyrosequencing' method

Öz:

Purpose: Determination of HCV genotypes in terms of management and treatment of chronic hepatitis C patients provides important information. In HCV genotype 1b, both lower rate of response to interferon treatment occurs and there is more risk for development of hepatocellular carcinoma. The purpose of this study was to investigate the distribution of HCV genotypes among patients from different clinics with the pre-diagnosis of chronic hepatitis C and positive for HCV RNA in blood samples.Material and Methods: Blood samples of 146 patients were included in this study. Ninety- eight patients were females (67.1%) and 48 males (32.9%). HCV genotype analyses of the samples were investigated by pyrosequencing method (Qiagen, Germany).Results: Genotype 1, genotype 4 and genotype 2 were detected in 90 (61.7 %) of patients, 52 (35.6 %) of patients and 4 (2.7 %) of the patients respectively. In genotype 1 group, genotype 1b was detected in 77 of 90 samples and genotype 1a was detected in 5 of 90 samples 1, however subgenotyping failed in 8 patients.Conclusion: As a result, HCV genotype 1b is the most common genotype in patients with chronic hepatitis C.

Anahtar Kelime:

Konular: Genel ve Dahili Tıp Mikrobiyoloji Viroloji

Belge Türü: Makale Makale Türü: Araştırma Makalesi Erişim Türü: Erişime Açık

1) Akıncı E, Bodur H. HCV Enfeksiyonunda Klinik ve Tanı. In: Tabak F, Balık İ, Tekeli E., editörler. Viral Hepatit 2007 Simpozyum Kitabı. İstanbul: Oban Yayınevi; 2007. p. 220–226.
2) Türkoğlu S. Hepatit C Virusu Viroloji ve Seroloji. In: Tabak F, Balık İ, Tekeli E., editörler. Viral Hepatit 2007 Simpozyum Kitabı. İstanbul: Oban Yayınevi; 2007. p.228–245.
3) Gökahmetoğlu S, Bozdayı M, Özbakır Ö, et al. Hepatitis C virus genotypes detected in Erciyes University. Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti Dergisi 2007;37(1): 35–38.
4) Abacıoğlu YH, Davidson F, Tuncer S, et al. The distrubition of hepatitis C virus genotype in Turkish patients. J Viral Hepat 1995; 2(6): 297–301.
5) Scott JD, Gretch DR. Hepatitis C and G viruses. In: Murray PR, Baron JE, Jorgensen JH, Landry ML, Pfaller MA, editors. Manual of Clinical Microbiology, 9.baskı. Washington: D.C, ASM Press; 2007. p.1437–1452.
6) Rota S. Pyrosequencing (Pyrosekanslama) ve prensipleri. Klinik Mikrobiyolojide Pyrosekans Uygulama Kursu Kitabı. Ankara; 2010. p.79–90.
7) Thomas DL, Lemon SM. Hepatitis C. In: Mandell GL, Bennett JE, Dolin R, editors. Principles and Practice of Infectious Diseases, 5th ed. Philadelphia: Churchill Livingstone Determination of hepatitis C virus genotype; 2000: p.1736–1760.
8) Elahi E, Pourmand N, Chaung R, et al. Determination of hepatitis C virus genotype by Pyrosequencing. J Virol Methods 2003; 109(2): 171–176.
9) Sönmez E, Taşyaran MA, Kızılkaya N, Korkut H, Tombul Z, Akçam Z. Hepatit C virus ile infekte 59 hastada HCV genotiplerinin dağılımı: Çok merkezli bir çalışma. Flora 1996; 2(1): 92–95.
10) Tuncer S, Özkuyumcu C, Arıkan S. PCR ve hepatit C virus genotipi ile serolojik reaktivite arasındaki ilişkinin değerlendirilmesi. Viral Hepatit Dergisi 1996; 2(1): 10–18.
11) Akpınar A, Abacıoğlu YH, Tankurt E, Şimşek İ, Yuluğ N, Ersöz G. Non-A Non-B hepatitine bağlı kronik karaciğer hastalığı olan Türk hastalardaki hepatit C virus prevelansı ve genotipleri. Turkish Journal of Gastroenterology 1998; 9(3): 208–212.
12) Kendal Y, Halil D, Hikmet A. HCV genotypes in HCV related chronic hepatitis in Southeast Anatolia. The Turkish Journal of Gastroenterology 1999; 10(3): 249–252.
13) Türkoğlu S, Bozacı M, Çakaloğlu Y. İkinci kuşak “core genotiplemesi” ile hepatit C virus genotiplerinin araştırılması. 3. Ulusal Hepatoloji Kongresi Kongre Kitabı. İstanbul. 1999: 41.
14) Yarkın F, Hafta A. Kronik hepatit C infeksiyonu olan hastalarda hepatit C virus genotiplerinin dağılımı. Viral Hepatit Dergisi 2000; 3(3): 164–167.
15) Erensoy S, Göksel S, Akarca US, Özkahya M, Canatan D. Hepatit C virusun polimeraz zincir reaksiyonu ürünlerinin doğrudan dizi analizi ile genotiplendirilmesi. Flora 2002; 7(2): 104–111.
16) Yildiz E, Oztan A, Sar F, et al. Molecular characterization of a full genome Turkish hepatitis C virus 1b isolate (HCV-TR1): A predominant viral form in Turkey. Virus Genes 2002; 25(2): 169–177.
17) Bozdayı G, Verdi H, Rota S ve ark. Hemodiyaliz hastalarında hepatit C virus infeksiyon varlığının araştırılması ve HCV genotip dağılımının belirlenmesi. Mikrobiyoloji Bülteni 2002; 36(3): 291–294.
18) Aslan N, Bozdayı M, Çetinkaya H, et al. The mutation in ISDR of NS5A gene are not associated with response to interferon treatment in Turkish patients with chronic hepatitis C virus genotype 1b infection Turkish Journal of Gastroenterology 2004; 15(1 ): 21–26.

APA	gökahmetoğlu s, Atalay M, KILINÇ A (2011). Hepatit C virüs genotiplerinin pirosekanslama yöntemi ile belirlenmesi. , 99 - 102.
Chicago	gökahmetoğlu selma,Atalay Mustafa Altay,KILINÇ Aytekin Hepatit C virüs genotiplerinin pirosekanslama yöntemi ile belirlenmesi. (2011): 99 - 102.
MLA	gökahmetoğlu selma,Atalay Mustafa Altay,KILINÇ Aytekin Hepatit C virüs genotiplerinin pirosekanslama yöntemi ile belirlenmesi. , 2011, ss.99 - 102.
AMA	gökahmetoğlu s,Atalay M,KILINÇ A Hepatit C virüs genotiplerinin pirosekanslama yöntemi ile belirlenmesi. . 2011; 99 - 102.
Vancouver	gökahmetoğlu s,Atalay M,KILINÇ A Hepatit C virüs genotiplerinin pirosekanslama yöntemi ile belirlenmesi. . 2011; 99 - 102.
IEEE	gökahmetoğlu s,Atalay M,KILINÇ A "Hepatit C virüs genotiplerinin pirosekanslama yöntemi ile belirlenmesi." , ss.99 - 102, 2011.
ISNAD	gökahmetoğlu, selma vd. "Hepatit C virüs genotiplerinin pirosekanslama yöntemi ile belirlenmesi". (2011), 99-102.

APA	gökahmetoğlu s, Atalay M, KILINÇ A (2011). Hepatit C virüs genotiplerinin pirosekanslama yöntemi ile belirlenmesi. Erciyes Tıp Dergisi, 33(2), 99 - 102.
Chicago	gökahmetoğlu selma,Atalay Mustafa Altay,KILINÇ Aytekin Hepatit C virüs genotiplerinin pirosekanslama yöntemi ile belirlenmesi. Erciyes Tıp Dergisi 33, no.2 (2011): 99 - 102.
MLA	gökahmetoğlu selma,Atalay Mustafa Altay,KILINÇ Aytekin Hepatit C virüs genotiplerinin pirosekanslama yöntemi ile belirlenmesi. Erciyes Tıp Dergisi, vol.33, no.2, 2011, ss.99 - 102.
AMA	gökahmetoğlu s,Atalay M,KILINÇ A Hepatit C virüs genotiplerinin pirosekanslama yöntemi ile belirlenmesi. Erciyes Tıp Dergisi. 2011; 33(2): 99 - 102.
Vancouver	gökahmetoğlu s,Atalay M,KILINÇ A Hepatit C virüs genotiplerinin pirosekanslama yöntemi ile belirlenmesi. Erciyes Tıp Dergisi. 2011; 33(2): 99 - 102.
IEEE	gökahmetoğlu s,Atalay M,KILINÇ A "Hepatit C virüs genotiplerinin pirosekanslama yöntemi ile belirlenmesi." Erciyes Tıp Dergisi, 33, ss.99 - 102, 2011.
ISNAD	gökahmetoğlu, selma vd. "Hepatit C virüs genotiplerinin pirosekanslama yöntemi ile belirlenmesi". Erciyes Tıp Dergisi 33/2 (2011), 99-102.