Yıl: 2012 Cilt: 46 Sayı: 3 Sayfa Aralığı: 398 - 409 Metin Dili: Türkçe İndeks Tarihi: 29-07-2022

Mide biyopsi örneklerinden helicobacter pylori’nin tanımlanması ve antimikrobiyal direncinin araştırılması

Öz:
Helicobacter pylori, gastrit, gastrik ve duodenal ülser, gastrik adenokarsinoma ve mukoza ile ilişkili lenfoid doku lenfomasında majör patojen olarak bildirilmektedir. H.pylori enfeksiyonlarının tanısında invazif olan (mide biyopsi örneği kültürü, histopatolojik inceleme, hızlı üreaz testi, moleküler yöntemler) ve olmayan (üre nefes testi, serolojik yöntemler, dışkı kültürü, dışkıda antijen/nükleik asit aranması) yöntemler kullanılmaktadır. Enfeksiyonun eradikasyonunda klaritromisin, amoksisilin ve metronidazol ile proton pompa inhibitörü veya ranitidin bizmut sitratın kombine kullanıldığı üçlü tedavi protokolü uygulanmaktadır. Ancak günümüzde antibiyotik direnci artmakta ve eradikasyon tedavisinin başarısı azalmaktadır. Bu çalışmada, mide antrum biyopsi örneklerinde H.pylori varlığının çeşitli yöntemlerle araştırılması ve antibiyotik duyarlılıklarının belirlenmesi amaçlanmıştır. Çalışmaya, dispeptik şikayetlerle Mersin Üniversitesi Tıp Fakültesi İç Hastalıkları Anabilim Dalı Gastroenteroloji Polikliniğine başvuran 149 hastadan (yaş aralığı: 17-83 yıl; 73’ü erkek) alınan mide antrum biyopsi örnekleri dahil edilmiştir. Biyopsi örneklerinde H.pylori varlığı kültür, polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) ve üreaz testiyle; hastaların dışkı örneklerinde ise H.pylori’ye özgül antijen (HpSA) varlığı ELISA yöntemiyle araştırılmıştır. İzolatların tetrasiklin, amoksisilin, metronidazol ve levofloksasine karşı antimikrobiyal dirençleri E-test yöntemiyle belirlenmiştir. Klaritromisin direnci ise hem E-test hem de PCR-RFLP (restriction fragment length polymorphism) yöntemiyle saptanmıştır. Kültür yöntemiyle hastaların %29.6 (43/145)’sında, üreaz testiyle %55.2 (80/145)’sinde, HpSA testiyle %57 (65/114)’sinde ve PCR ile %71.3 (102/143)’ünde H.pylori pozitifliği tespit edilmiştir. H.pylori tanısında altın standart olarak; tek başına kültür yönteminin pozitif olması ya da kültürün negatif olduğu durumlarda, diğer üç testten (üreaz testi, PCR ve HpSA) en az ikisinin pozitif olması kabul edilmiştir. Buna göre kültür, PCR, HpSA ve üreaz testi yöntemlerinin duyarlılık ve özgüllükleri sırasıyla %52.4 ve %100, %96.3 ve %62.3, %80.3 ve %81.4, %86.6 ve %85.7 olarak saptanmıştır. E-test ile yapılan antibiyotik duyarlılık testinde klaritromisine %18.2, tetrasikline %9.1, metronidazole %45.5, levofloksasine %18.2 oranında direnç saptanırken amoksisiline karşı direnç bulunmamıştır. PCR pozitif 102 örneğin 94’ünde RFLP yöntemiyle klaritromisin direnci araştırılmış ve 17 (%18.1)’sinde klaritromisine direnç saptanmıştır. Bu suşların 11 (%64.7)’inde A2144G (2144. nükleotidde), 6 (%35.3)’sında ise A2143G (2143. nükleotidde) olmak üzere nokta mutasyonları belirlenmiştir. Çalışmamızda, H.pylori tanısında en duyarlı yöntemin PCR olduğu görülmüş; ancak özgüllüğünün düşük olması nedeniyle en az bir farklı yöntemle daha desteklenmesi gerektiği düşünülmüştür. Kültür yönteminin özgüllüğünün yüksek, duyarlılığının ise diğer yöntemlere göre oldukça düşük olduğu izlenmiş; üreaz ve HpSA testlerinin duyarlılık ve özgüllükleri birbirine benzer bulunmuştur. Sonuç olarak, endoskopinin yapılamadığı olgularda invazif olmayan, kolay uygulanabilir ve hızlı sonuç veren bir yöntem olan HpSA testinin tanı ve tedavinin takibinde kullanılabileceği kanısına varılmış; tedavi başarısızlığı durumunda ise kültür yapılarak antibiyotik duyarlılığının araştırılmasının gerektiği vurgulanmıştır.
Anahtar Kelime:

Konular: Mikrobiyoloji Biyoteknoloji ve Uygulamalı Mikrobiyoloji Gastroenteroloji ve Hepatoloji

Detection of Helicobacter pylori and antimicrobial resistance in gastric biopsy specimens

Öz:
Helicobacter pylori is reported as the etiological agent of gastritis, gastric and duodenal ulcer, gastric adenoid carcinoma and mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma. In the diagnosis of H.pylori infections invasive (culture, histopathological examination, rapid urease test and molecular tests) and non-invasive (urea breath test, serological tests, stool culture and stool antigen/nucleic acid tests) methods may be used. Clarithromycin, amoxicillin and combination of metronidazole and protonpump inhibitor or ranitidine bismuth citrate triple treatment protocol is applied in order to treat and eradicate the infection. However, increasing rates of antibiotic resistance among H.pylori strains reduces the success of eradication therapy. The aim of this study was to investigate the presence of H.pylori in the gastric antral biopsy specimens and to determine the antimicrobial resistance of the isolates. A total of 149 gastric antral biopsy specimens obtained from patients (age range: 17-83 years; 73 were male) who admitted to Mersin University Faculty of Medicine Department of Internal Medicine Gastroenterology clinic with dyspeptic complaints were included in the study. H.pylori presence was investigated by culture, polymerase chain reaction (PCR) and urease test from gastric biopsy specimens, and H.pylori-specific antigen (HpSA) was investigated by ELISA in the stool samples of patients. Resistance to tetracycline, amoxicillin, metronidazole and levofloxacin was determined with E-test method. Clarithromycin resistance was determined both by E-test and PCR-RFLP (restriction fragment length polymorphism) methods. H.pylori was detected in 29.6% (43/145) of patients with culture, 55.2% (80/145) of patients with urease test, 57% (65/114) of patients with HpSA test and 71.3% (102/143) of patients with PCR. The sensitivity and specificity of culture, PCR, HpSA and urease tests were determined as 52.4% and 100%, 96.3% and 62.3%, 80.3% and 81.4%, 86.6% and 85.7%, respectively. According to the E-test results, resistance to clarithromycin was 18.2%, to tetracycline 9.1%, to metronidazole 45.5%, to levofloxacin 18.2% and no resistance was determined to amoxicillin. Clarithromycin resistance was searched in 94 of PCR positive 102 samples, and 17 (18.1%) of them yielded clarithromycin resistance. Of them 11 (64.7%) harbored A2144G (at 2144. nucleotide), and 6 (%35.3) harbored A2143G (at 2143. nucleotide) point mutations. In our study, PCR was determined as the most sensitive method, however due to its low specificity, the results should be confirmed with at least one of the other methods. The specificity of culture method was high, but sensitivity was found to be quite low compared with other methods. The sensitivity and specificity of urease and HpSA tests were found to be similar. In conclusion, in cases which endoscopy could not be done, non-invasive, rapid and practical HpSA method can be used in diagnosis and monitorization of the treatment. In the case of treatment failure, culture should be performed for antibiotic susceptibility testing of the isolate.
Anahtar Kelime:

Konular: Mikrobiyoloji Biyoteknoloji ve Uygulamalı Mikrobiyoloji Gastroenteroloji ve Hepatoloji
Belge Türü: Makale Makale Türü: Araştırma Makalesi Erişim Türü: Bibliyografik
  • 1. Kadanalı A, Özkurt Z. Helicobacter pylori infeksiyonu: Epidemiyoloji, patogenez ve ilişkili hastalıkları. Klimik Derg 2004; 17(3): 146-50.
  • 2. Kusters JG, van Vliet AHM, Kuipers EJ. Pathogenesis of Helicobacter pylori infection. Clin Microbiol Rev 2006; 19(3): 449-90.
  • 3. Versalovic J. Helicobacter pylori. Pathology and diagnostic strategies. Am J Clin Pathol 2003; 119(3): 403- 12.
  • 4. Ciacci C, Mazzacca G. The history of Helicobacter pylori: a reflection on the relationship between the medical community and industry. Dig Liver Dis 2006; 38(10): 778-80.
  • 5. Hirschl AM, Makristathis A. Methods to detect Helicobacter pylori from culture to molecular biology. Helicobacter 2007; 12(Suppl 2): 6-11.
  • 6. Uyanık MH, Aktaş O. Helicobacter pylori’nin mikrobiyolojik tanısı. EAJM 2007; 39(3): 205-9.
  • 7. Suzuki H, Nishizawa T, Hibi T. Helicobacter pylori eradication therapy. Future Microbiol 2010; 5(4): 639-48.
  • 8. Rimbara E, Fischbach LA, Graham DY. Optimal therapy for Helicobacter pylori infections. Nat Rev Gastroenterol Hepatol 2011; 8(2): 79-88.
  • 9. De Francesco V, Giorgio F, Hassan C, et al. Worldwide H.pylori antibiotic resistance: a systematic review. J Gastrointestin Liver Dis 2010; 19(4): 409-14.
  • 10. Farshad S, Alborzi A, Japoni A, et al. Antimicrobial susceptibility of Helicobacter pylori strains isolated from patients in Shiraz, Southern Iran. World J Gastroenterol 2010; 16(45): 5746-51.
  • 11. Matsumura M, Hikiba Y, Ogura K, et al. Rapid detection of mutations in the 23S rRNA gene of Helicobacter pylori that confers resistance to clarithromycin treatment to the bacterium. J Clin Microbiol 2001; 39(2): 691-5.
  • 12. Sandikci MU, Doran F, Koksal F, et al. Helicobacter pylori prevalence in a routine upper gastrointestinal endoscopy population. Br J Clin Pract 1993; 47(4): 187-9.
  • 13. Us D, Hasçelik G. Seroprevalence of Helicobacter pylori infection in an asymptomatic Turkish population. J Infect 1998; 37(2): 148-50.
  • 14. Altındiş M. Afyon bölgesinde Helicobacter pylori infeksiyon sıklığı. Genel Tıp Derg 2001; 11(3): 109-13.
  • 15. Özden A, Bozdayi G, Özkan M, Köse KS. Changes in the seroepidemiological pattern of Helicobacter pylori infection over the last 10 years in Turkey. Turk J Gastroenterol 2004; 15(3): 156-8.
  • 16. Saribasak H, Salih BA, Yamaoka Y, Sander E. Analysis of Helicobacter pylori genotypes and correlation with clinical outcome in Turkey. J Clin Microbiol 2004; 42(4): 1648-51.
  • 17. Yücel T, Aygin D, Şen S, Yücel O. The prevalence of Helicobacter pylori and related factors among university students in Turkey. Jpn J Infect Dis 2008; 61(3): 179-83.
  • 18. van IJzendoorn MC, Laheij RJ, de Boer WA, Jansen JB. The importance of corpus biopsies for the determination of Helicobacter pylori infecion. Neth J Med 2005; 63(4): 141-5.
  • 19. Mégraud F, Lehours P. Helicobacter pylori detection and antimicrobial susceptibility testing. Clin Microbiol Rev 2007; 20(2): 280-322.
  • 20. Gisbert JP, Pajares JM. Stool antigen test for the diagnosis of Helicobacter pylori infection: a systematic review. Helicobacter 2004; 9(4): 347-68.
  • 21. Durmaz-Çetin B, Gündüz A, Erdem L, Seber E, Sökmen M. Helicobacter pylori infeksiyonları ve dışkı antijen testinin tanıdaki değeri. Klimik Derg 2004; 17(3): 177-80.
  • 22. Arikan S, Kocakusak A, Barut G, et al. Helicobacter pylori stool antigen test: results of a prospective study. Surg Today 2004; 34(4): 318-22.
  • 23. Aktepe OC, Ciftçi IH, Safak B, Uslan I, Dilek FH. Five methods for detection of Helicobacter pylori in the Turkish population. World J Gastroenterol 2011; 17(47): 5172-6.
  • 24. Ceken N, Yurtsever SG, Baran N, et al. Comparison of Helicobacter pylori antibody detection in stool with other diagnostic tests for infection. Asian Pac J Cancer Prev 2011; 12(4):1077-81.
  • 25. Storskrubb T, Aro P, Ronkainen J, et al. Antimicrobial susceptibility of Helicobacter pylori strains in a random adult Swedish population. Helicobacter 2006; 11(4): 224-30.
  • 26. Gisbert JP, Abraira V. Accuracy of Helicobacter pylori diagnostic tests in patients with bleeding peptic ulcer: a systematic review and meta-analysis. Am J Gastroenterol 2006; 101(4): 848-63.
  • 27. Tankovic J, Chaumette-Planckaert MT, Deforges L, et al. Routine use of real-time PCR for detection of Helicobacter pylori and of clarithromycin resistance mutations. Gastroenterol Clin Biol 2007; 31(10): 792-5.
  • 28. Shin CM, Kim N, Lee HS, et al. Validation of diagnostic tests for Helicobacter pylori with regard to grade of atrophic gastritis and/or intestinal metaplasia. Helicobacter 2009; 14(6): 512-9.
  • 29. Özçay F, Koçak N, Temizel IN, et al. Helicobacter pylori infection in Turkish children: comparison of diagnostic tests, evaluation of eradication rate, and changes in symptoms after eradication. Helicobacter 2004; 9(3): 242-8.
  • 30. Kaklıkkaya N, Çubukçu K, Yazıcı Y, et al. Gastrointestinal yakınması olan hastalarda gram boyama, üreaz ve kültür testleri ile Helicobacter pylori varlığının belirlenmesi. İnfeksiyon Derg 2003; 17(3): 329-32.
  • 31. Lage AP, Godfroid E, Fauconnier A, et al. Diagnosis of Helicobacter pylori infection by PCR: comparison with invasive techniques and detection of cagA gene in gastric biopsy specimens. J Clin Microbiol 1995; 33(10): 2752-6.
  • 32. Uyanık MH, Aktaş O, Özbek A, Yılmaz Ö, Ayyıldız A. Helicobacter pylori tanısında çeşitli yöntemlerin karşılaştırılması. İnfeksiyon Derg 2007; 21(3): 123-8.
  • 33. Weiss J, Tsang TK, Meng X, et al. Detection of Helicobacter pylori gastritis by PCR: correlation with inflammation scores and immunohistochemical and CLOtest findings. Am J Clin Pathol 2008; 129(1): 89-96.
  • 34. Kalem F, Ozdemir M, Baysal B. Investigation of the presence of Helicobacter pylori by different methods in patients with dyspeptic complaints. Mikrobiyol Bul 2010; 44(1): 29-34.
  • 35. Glupczynski Y, Broutet N, Cantagrel A, et al. Comparison of the E test and agar dilution method for antimicrobial suceptibility testing of Helicobacter pylori. Eur J Clin Microbiol Infect Dis 2002; 21(7): 549-52.
  • 36. Best LM, Haldane DJ, Keelan M, et al. Multilaboratory comparison of proficiencies in susceptibility testing of Helicobacter pylori and correlation between agar dilution and E test methods. Antimicrob Agents Chemother 2003; 47(10): 3138-44.
  • 37. Boyanova L, Mentis A, Gubina M, et al. The status of antimicrobial resistance of Helicobacter pylori in eastern Europe. Clin Microbial Infect 2002; 8(7): 388-96.
  • 38. Thyagarajan SP, Ray P, Das BK, et al. Resistant Helicobacter pylori. Geographical difference in antimicrobial resistance pattern of Helicobacter pylori clinical isolates from Indian patients: Multicentric study. J Gastroenterol Hepatol 2003; 18(12): 1373-8.
  • 39. Hu CT, Wu CC, Lin CY, et al. Resistance rate to antibiotics of Helicobacter pylori isolates in eastern Taiwan. J Gastroenterol Hepatol 2007; 22(5): 720-3.
  • 40. Kantarçeken B, Yıldırım B, Karıncaoğlu M, Aladağ M, Hilmioğlu F. Helicobacter pylori and antibiotic resistance. Turk J Gastroenterol 2000; 11(2): 141-5.
  • 41. Göral V, Yıldız Zeyrek F, Gül K. Helicobacter pylori infeksiyonunda antibiyotik direnci. T Klin Gastroenterohepatol 2000; 11(2): 87-92.
  • 42. Kim JJ, Reddy R, Lee M, et al. Analysis of metronidazole, clarithromycin, and tetracycline resistance of Helicobacter pylori isolates from Korea. J Antimicrob Chemother 2001; 47(4): 459-61.
  • 43. Rozynek E, Dzierzanowska-Fangrat K, Celinska-Cedro D, et al. Primary resistance of Helicobacter pylori to antimicrobial agents in Polish children. Acta Microbiol Pol 2002; 51(3): 255-63.
  • 44. Lang L, Garcia F. Comparison of E- test and disk diffusion assay to evaluate resistance of Helicobacter pylori isolates to amoxicillin, clarithromycin, metronidazole and tetracycline in Costa Rica. Int J Antimicrob Agents 2004; 24(6): 572-7.
  • 45. Branca G, Spanu T, Cammarota G, et al. High levels of dual resistance to clarithromycin and metronidazole and in vitro activity of levofloxacin against Helicobacter pylori isolates after failure of therapy. Int J Antimicrob Agents 2004; 24(5): 433-8.
  • 46. Elviss N, Owen R, Breathnach A, Palmer C, Shetty N. Helicobacter pylori antibiotic resistance patterns and risk factors in adult dyspeptic patients from ethnically diverse populations in central and south London during 2000. J Med Microbiol 2005; 54 (Pt 6): 567-74.
  • 47. Bağlan PH, Özden A. Helicobacter pylori’nin antibiyotiklere direnci. Güncel Gastroenteroloji 2003; 7(3): 220- 3.
  • 48. Ahmad N, Zakaria WR, Abdullah SA, Ahmad RM. Characterization of clarithromycin resistance in Malaysian isolates of Helicobacter pylori. World J Gastroenterol 2009; 15(25): 3161-5.
  • 49. Liu Z, Shen J, Zhang L, et al. Prevalence of A2143G mutation of H.pylori- 23S rRNA in Chinese subjects with and without clarithromycin use history. BMC Microbiol 2008; 8: 81.
  • 50. Alvarez A, Moncayo JI, Santacruz JJ, et al. Antimicrobial susceptibility and mutations involved in clarithromycin resistance in Helicobacter pylori isolates from patients in the Western Central Region of Colombia. Antimicrob Chemother 2009; 53(9): 4022-4.
  • 51. Sezgin O, Aslan G, Altıntaş E, et al. Detection of point mutations on 23S rRNA of Helicobacter pylori and resistance to clarithromycin with PCR-RFLP in gastric biopsy specimens in Mersin, Turkey. Turk J Gastroenterol 2008; 19(3): 163-7.
APA ÇAĞDAŞ U, OTAĞ F, TEZCAN ÜLGER S, Sezgin O, ASLAN G, EMEKDAŞ G (2012). Mide biyopsi örneklerinden helicobacter pylori’nin tanımlanması ve antimikrobiyal direncinin araştırılması. , 398 - 409.
Chicago ÇAĞDAŞ Umut,OTAĞ Feza,TEZCAN ÜLGER Seda,Sezgin Orhan,ASLAN GÖNÜL,EMEKDAŞ Gürol Mide biyopsi örneklerinden helicobacter pylori’nin tanımlanması ve antimikrobiyal direncinin araştırılması. (2012): 398 - 409.
MLA ÇAĞDAŞ Umut,OTAĞ Feza,TEZCAN ÜLGER Seda,Sezgin Orhan,ASLAN GÖNÜL,EMEKDAŞ Gürol Mide biyopsi örneklerinden helicobacter pylori’nin tanımlanması ve antimikrobiyal direncinin araştırılması. , 2012, ss.398 - 409.
AMA ÇAĞDAŞ U,OTAĞ F,TEZCAN ÜLGER S,Sezgin O,ASLAN G,EMEKDAŞ G Mide biyopsi örneklerinden helicobacter pylori’nin tanımlanması ve antimikrobiyal direncinin araştırılması. . 2012; 398 - 409.
Vancouver ÇAĞDAŞ U,OTAĞ F,TEZCAN ÜLGER S,Sezgin O,ASLAN G,EMEKDAŞ G Mide biyopsi örneklerinden helicobacter pylori’nin tanımlanması ve antimikrobiyal direncinin araştırılması. . 2012; 398 - 409.
IEEE ÇAĞDAŞ U,OTAĞ F,TEZCAN ÜLGER S,Sezgin O,ASLAN G,EMEKDAŞ G "Mide biyopsi örneklerinden helicobacter pylori’nin tanımlanması ve antimikrobiyal direncinin araştırılması." , ss.398 - 409, 2012.
ISNAD ÇAĞDAŞ, Umut vd. "Mide biyopsi örneklerinden helicobacter pylori’nin tanımlanması ve antimikrobiyal direncinin araştırılması". (2012), 398-409.
APA ÇAĞDAŞ U, OTAĞ F, TEZCAN ÜLGER S, Sezgin O, ASLAN G, EMEKDAŞ G (2012). Mide biyopsi örneklerinden helicobacter pylori’nin tanımlanması ve antimikrobiyal direncinin araştırılması. Mikrobiyoloji Bülteni, 46(3), 398 - 409.
Chicago ÇAĞDAŞ Umut,OTAĞ Feza,TEZCAN ÜLGER Seda,Sezgin Orhan,ASLAN GÖNÜL,EMEKDAŞ Gürol Mide biyopsi örneklerinden helicobacter pylori’nin tanımlanması ve antimikrobiyal direncinin araştırılması. Mikrobiyoloji Bülteni 46, no.3 (2012): 398 - 409.
MLA ÇAĞDAŞ Umut,OTAĞ Feza,TEZCAN ÜLGER Seda,Sezgin Orhan,ASLAN GÖNÜL,EMEKDAŞ Gürol Mide biyopsi örneklerinden helicobacter pylori’nin tanımlanması ve antimikrobiyal direncinin araştırılması. Mikrobiyoloji Bülteni, vol.46, no.3, 2012, ss.398 - 409.
AMA ÇAĞDAŞ U,OTAĞ F,TEZCAN ÜLGER S,Sezgin O,ASLAN G,EMEKDAŞ G Mide biyopsi örneklerinden helicobacter pylori’nin tanımlanması ve antimikrobiyal direncinin araştırılması. Mikrobiyoloji Bülteni. 2012; 46(3): 398 - 409.
Vancouver ÇAĞDAŞ U,OTAĞ F,TEZCAN ÜLGER S,Sezgin O,ASLAN G,EMEKDAŞ G Mide biyopsi örneklerinden helicobacter pylori’nin tanımlanması ve antimikrobiyal direncinin araştırılması. Mikrobiyoloji Bülteni. 2012; 46(3): 398 - 409.
IEEE ÇAĞDAŞ U,OTAĞ F,TEZCAN ÜLGER S,Sezgin O,ASLAN G,EMEKDAŞ G "Mide biyopsi örneklerinden helicobacter pylori’nin tanımlanması ve antimikrobiyal direncinin araştırılması." Mikrobiyoloji Bülteni, 46, ss.398 - 409, 2012.
ISNAD ÇAĞDAŞ, Umut vd. "Mide biyopsi örneklerinden helicobacter pylori’nin tanımlanması ve antimikrobiyal direncinin araştırılması". Mikrobiyoloji Bülteni 46/3 (2012), 398-409.