Antalya eğitim ve araştırma hastanesinde kronik hepatit C hastalarının genotip dağılımının araştırılması

SERTÖZ YAZAN, Rüçhan; Gür, Nilgün; Altuglu, Imre; Çekin, Yeşim; ÇEKİN, Ayhan Hilmi

Antalya eğitim ve araştırma hastanesinde kronik hepatit C hastalarının genotip dağılımının araştırılması

Yeşim ÇEKİN, (Sağlık Bakanlığı, Antalya Eğitim ve Araştırma Hastanesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Kliniği, Antalya, Türkiye)

Nilgün GÜR, (Sağlık Bakanlığı, Antalya Eğitim ve Araştırma Hastanesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Kliniği, Antalya, Türkiye)

Ayhan Hilmi ÇEKİN, (Sağlık Bakanlığı, Antalya Eğitim ve Araştırma Hastanesi, İç Hastalıkları Bölümü, Antalya, Türkiye)

İmre ALTUĞLU, (Ege Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, İzmir, Türkiye)

Rüçhan SERTÖZ YAZAN (Ege Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, İzmir, Türkiye)

Mikrobiyoloji Bülteni

26 0

Yıl: 2014 Cilt: 48 Sayı: 3 Sayfa Aralığı: 484 - 490 Metin Dili: Türkçe İndeks Tarihi: 29-07-2022

Antalya eğitim ve araştırma hastanesinde kronik hepatit C hastalarının genotip dağılımının araştırılması

Öz:

Hepatit C virusu (HCV), yüksek kronikleşme oranı, ciddi karaciğer hastalıklarına neden olması, kesin bir tedavi ve etkin bir aşısının olmaması gibi nedenlerden dolayı tüm dünyada ciddi bir sağlık sorunudur. HCV genomu yüksek derecede değişkenlik göstermekte olup, filogenetik olarak HCV’nin en az altı majör genotipi ve birçok alt tipinin bulunduğu bilinmektedir. HCV genotip dağılımı coğrafi ve epidemiyolojik farklılık göstermektedir. Doz ve tedavi süresi farklı genotipler için değişken olabileceğinden, tedavi öncesinde genotiplerin belirlenmesi klinik açıdan önemlidir. Bu çalışmada, hastanemizde izlenen kronik hepatit C’li hastalarda HCV genotiplerinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Çalışmaya, Antalya Eğitim ve Araştırma Hastanesi Mikrobiyoloji Laboratuvarına, 01 Ocak 2011-30 Haziran 2013 tarihleri arasında, farklı servislerden gönderilen anti-HCV ve HCV-RNA pozitif toplam 148 kronik hepatit C’li hasta (67 kadın, 81 erkek; yaş ortalaması: 50.5 ± 10.8, yaş aralığı: 17-73 yıl) dahil edilmiştir. Hastaların epidemiyolojik verileri ve HCV genotip çalışmaları retrospektif olarak değerlendirilmiştir. Viral genotipler gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (Rt-PCR) yöntemiyle (Abbott Molecular Diagnostic, ABD) belirlenmiştir. Bu yöntemle her örnek, 6 genotip (Gt) ve alt tip 1a ve 1b için test edilmiştir. Hastaların 119 (%80.4)’unda Gt-1 saptanmış; bunların %15.9 (19/119)’u 1a, %75.6 (90/119)’sı 1b olarak tiplendirilmiştir. Gt-2, -3 ve -4 prevalans oranları sırasıyla %3.4 (n= 5), %11.5 (n= 17) ve %2 (n= 3) olarak bulunmuş; Gt-6’ya ise rastlanmamıştır. Rt-PCR yöntemiyle çalışılan hastaların 4 (%2.7)’ünde karışık tip tespit edilmiş; bu örnekler RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism) ve dizi analizi yöntemiyle çalışıldığında üçü Gt-1, biri ise Gt-2 olarak tiplendirilmiştir. Çalışmamızda saptanan yüksek Gt-3 prevalansının (%11.5), yabancı uyruklu 13 hastanın yedisinde saptanan Gt-3 pozitifliğinden kaynaklanmış olabileceği düşünülmüştür. Bu çalışmada kullanılan Rt-PCR yöntemi, kullanıcıdan bağımsız, standart otomatize ve hızlı sonuç veren güvenilir bir yöntemdir; ancak karışık tip saptanan örneklerin başka bir yöntemle doğrulanması gerekmektedir. Sonuç olarak, hastanemizde izlenen kronik hepatit C’li hastalar arasında en yaygın genotipin Gt-1b olduğu, Gt-3’ün ise şimdiye kadar bildirilmiş en yüksek oran olduğu söylenebilir.

Anahtar Kelime:

Konular: Mikrobiyoloji Biyoteknoloji ve Uygulamalı Mikrobiyoloji Viroloji Enfeksiyon Hastalıkları

Investigation of hepatitis C virus genotype distribution in patients with chronic hepatitis C infections in Antalya Training and research hospital, Turkey

Öz:

Hepatitis C virus (HCV) infection is a major global health problem due to high chronicity rates, occurrence of severe hepatic diseases, and absence of an accurate therapy and effective vaccine. It is well known that viral genome is highly variable and HCV has at least six genotypes, each of them containing a series of subtypes. HCV genotypes exhibit geographical and epidemiological distribution. Genotype identification is clinically important to decide the dosage and duration of treatment since different geno- types exhibit variable response to treatment. The aim of this study was to determine the HCV genotypes in chronic HCV patients who were followed-up in Antalya Research and Training Hospital, Turkey. Anti- HCV and HCV-RNA positive blood samples obtained from 148 chronic hepatitis C patients (67 female, 81 male; mean age: 50.5 ± 10.8, age range: 17-73 years) who were admitted to Antalya Research and Training Hospital Microbiology Laboratory during January 2011-June 2013, were included in the study. Epidemiological data of the patients and HCV genotype results were evaluated retrospectively. Viral genotypes were determined by real-time (Rt) PCR assay (Abbott Molecular Diagnostic, USA). HCV genotype (Gt)-1 was detected in 119 (80.4%) of the patients, of them 15.9% (19/119) were identified as subtype 1a and 75.6% (90/119) were subtype 1b. The prevalence rates of Gt-2, -3, and -4 were found as 3.4% (n= 5), 11.5% (n= 17), and 2% (n= 3), respectively. Gt-6 was not detected in our patients. Mixed infection with HCV types was detected in four patients (2.7%) by Rt-PCR; of these three were detected as Gt-1 and one was Gt-2 by RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism) and sequenc- ing. The high prevalence of Gt-3 (11.5%) obtained in this study was attributed to the determination of Gt-3 in seven of 13 foreign national subjects. Rt-PCR method used in this study is user independent, standardized, automated, rapid and reliable method, however in case of detection of mixed types, the samples should be confirmed by other methods. In conclusion, we reported that the majority of the chronic hepatitis C infected patients had Gt-1b, and Gt-3 exhibited the highest rate ever reported by other studies from Turkey.

Anahtar Kelime:

Konular: Mikrobiyoloji Biyoteknoloji ve Uygulamalı Mikrobiyoloji Viroloji Enfeksiyon Hastalıkları

Belge Türü: Makale Makale Türü: Kısa Bildiri Erişim Türü: Bibliyografik

1. Aman W, Mousa S, Shiha G, Mousa SA. Current status and future directions in the management of chronic hepatitis C. Virol J 2012; 9: 57.
2. Zein NN. Clinical significance of hepatitis C virus genotypes. Clin Microbiol Rev 2000; 13(2): 223-35.
3. Lee CM, Hung CH, Lu SN, Changchien CS. Hepatitis C virus genotypes: clinical relevance and therapeutic implications. Chang Gung Med J 2008; 31(1): 16-25.
4. Noorali S, Pace DG, Bagasra O. Of lives and livers: emerging responses to the hepatitis C virus. J Infect Dev Ctries 2011; 5(1): 1-17.
5. Pol S, Vallet-Pichard A, Corouge M, Mallet VO. Hepatitis C: epidemiology, diagnosis, natural history and therapy. Contrib Nephrol 2012; 176(1): 1-9.
6. Abacioglu YH, Davidson F, Tuncer S, et al. The distribution of hepatitis C virus genotypes in Turkish patients. J Viral Hepat 1995; 2(6): 297-301.
7. Bozdayi AM, Aslan N, Bozdayi G, et al. Molecular epidemiology of hepatitis B, C and D viruses in Turkish patients. Arch Virol 2004; 149(11): 2115-29.
8. McOmish F, Chan SW, Dow BC, et al. Detection of three types of hepatitis C virus in blood donors: investigation of type-specific differences in serological reactivity and rate of alanine aminotransferase abnormalities. Transfusion 1993; 33(1): 7-13.
9. McOmish F, Yap P, Dow BC, et al. Geographical distribution of hepatitis C virus genotypes in blood donors: an international collaborative survey. J Clin Microbiol 1994; 32(4): 884-92.
10. Altuglu I , Soyler I, Ozacar T, Erensoy S. Distribution of hepatitis C virus genotypes in patients with chronic hepatitis C infection in Western Turkey. Int J Infect Dis 2008; 12(3): 239-44.
11. Combet C, Garnier N, Charavay C, et al. euHCVdb: the European hepatitis C virus database. Nucleic Acids Res 2007; 35(Database issue): D363-6.
12. Bruno S, Crosignani A, Maisonneuve P, Rossi S, Silini E, Mondelli MU. Hepatitis C virus genotype 1b as a major risk factor associated with hepatocellular carcinoma in patients with cirrhosis: a seventeen-year prospective cohort study. Hepatology 2007; 46(5): 1350-6.
13. Ural O, Arslan U, Findik D. Konya bölgesinde hepatit C virusu genotip dağılımı. Turkish J Infect 2007; 21(4): 175-81.
14. Çil T, Özekinci T, Göral V, Altıntaş A. Güneydoğu Anadolu Bölgesi’nde hepatit C virusu genotipleri. Turkiye Klinikleri J Med Sci 2007; 27(4): 496-500.
15. Ozbek E, Ozekinci T, Mese S, Atmaca S. Hepatitis C virus genotypes are changing in the Southeast of Turkey. Biotechnol Biotechnol Eq 2009; 23(4): 1521-3.
16. Şanlıdağ T, Akcali S, Ozbakkaloğlu B, Ertekin D, Akduman E. Distribution of hepatitis C virus genotypes in Manisa region, Turkey. Mikrobiyol Bul 2009; 43(4): 613-8.
17. Küçüköztaş MF, Ozgünes N, Yazici S. Investigation of the relationship between hepatitis C virus (HCV) genotypes with HCV-RNA and alanine aminotransferase levels in chronic hepatitis C patients. Mikrobiyol Bul 2010; 44(1): 111-5.
18. Çelik C, Bakıcı MZ, Kaygusuz R, Ertürk R. Sivas yöresindeki HCV genotip dağılımlarının araştırılması. Viral Hepatit Derg 2010; 16(3): 106-10.
19. Kalayci R, Altindiş M, Gülamber G, Demirtürk N, Akcan Y, Demirdal T. Genotype distribution of chronic hepatitis B and hepatitis C patients and investigation of the resistance patterns in hepatitis B cases. Mikrobiyol Bul 2010; 44(2): 237-43.
20. Aktaş E, Ogedey ED, Külah C, Beğendik Cömert F. Hepatitis C virus genotypes in a province of Western Black-Sea region, Turkey. Mikrobiyol Bul 2010; 44(4):647-50.
21. Karslıgil T, Savaş E, Savaş MC. Genotype distribution and 5’ UTR nucleotide changes in hepatitis C virus. Balkan Med J 2011; 28(3): 232-6.
22. Kayman T, Karakükçü C, Karaman A, Gözütok F. Kayseri bölgesinde hepatit C virus enfeksiyonunun genotip dağılımı. Türk Mikrobiyol Cem Derg 2012; 42(1): 21-6.
23. Tezcan S, Ulger M, Aslan G, et al. Determination of hepatitis C virus genotype distribution in Mersin province, Turkey. Mikrobiyol Bul 2013; 47(2): 332-8.
24. Rubbia-Branth L, Quadri R, Abid K, et al. Hepatocyte steatosis is a cytopathic effect of hepatitis C virus genotype 3. J Hepatol 2000; 33(1): 106-15.
25. Özen Karataylı SC, Bozdayı MA. Hepatit C virüsü virolojisi, genotipleri ve subtipleri tanısı. Turkiye Klinikleri J Gastroenterohepatol-Special Topics 2010; 3(1): 70-6.
26. Ciotti M, Marcuccilli F, Guenci T, et al. A multicenter evaluation of the Abbott RealTime HCV Genotype II assay. J Virol Methods 2010; 167(2): 205-7.
27. Sohn YH, Ko SY, Kim MH, Oh HB. Performance evaluation of the Abbott RealTime HCV Genotype II for hepatitis C virus genotyping. Clin Chem Lab Med 2010; 48(4): 469-74.

APA	Çekin Y, Gür N, ÇEKİN A, Altuglu I, SERTÖZ YAZAN R (2014). Antalya eğitim ve araştırma hastanesinde kronik hepatit C hastalarının genotip dağılımının araştırılması. , 484 - 490.
Chicago	Çekin Yeşim,Gür Nilgün,ÇEKİN Ayhan Hilmi,Altuglu Imre,SERTÖZ YAZAN Rüçhan Antalya eğitim ve araştırma hastanesinde kronik hepatit C hastalarının genotip dağılımının araştırılması. (2014): 484 - 490.
MLA	Çekin Yeşim,Gür Nilgün,ÇEKİN Ayhan Hilmi,Altuglu Imre,SERTÖZ YAZAN Rüçhan Antalya eğitim ve araştırma hastanesinde kronik hepatit C hastalarının genotip dağılımının araştırılması. , 2014, ss.484 - 490.
AMA	Çekin Y,Gür N,ÇEKİN A,Altuglu I,SERTÖZ YAZAN R Antalya eğitim ve araştırma hastanesinde kronik hepatit C hastalarının genotip dağılımının araştırılması. . 2014; 484 - 490.
Vancouver	Çekin Y,Gür N,ÇEKİN A,Altuglu I,SERTÖZ YAZAN R Antalya eğitim ve araştırma hastanesinde kronik hepatit C hastalarının genotip dağılımının araştırılması. . 2014; 484 - 490.
IEEE	Çekin Y,Gür N,ÇEKİN A,Altuglu I,SERTÖZ YAZAN R "Antalya eğitim ve araştırma hastanesinde kronik hepatit C hastalarının genotip dağılımının araştırılması." , ss.484 - 490, 2014.
ISNAD	Çekin, Yeşim vd. "Antalya eğitim ve araştırma hastanesinde kronik hepatit C hastalarının genotip dağılımının araştırılması". (2014), 484-490.

APA	Çekin Y, Gür N, ÇEKİN A, Altuglu I, SERTÖZ YAZAN R (2014). Antalya eğitim ve araştırma hastanesinde kronik hepatit C hastalarının genotip dağılımının araştırılması. Mikrobiyoloji Bülteni, 48(3), 484 - 490.
Chicago	Çekin Yeşim,Gür Nilgün,ÇEKİN Ayhan Hilmi,Altuglu Imre,SERTÖZ YAZAN Rüçhan Antalya eğitim ve araştırma hastanesinde kronik hepatit C hastalarının genotip dağılımının araştırılması. Mikrobiyoloji Bülteni 48, no.3 (2014): 484 - 490.
MLA	Çekin Yeşim,Gür Nilgün,ÇEKİN Ayhan Hilmi,Altuglu Imre,SERTÖZ YAZAN Rüçhan Antalya eğitim ve araştırma hastanesinde kronik hepatit C hastalarının genotip dağılımının araştırılması. Mikrobiyoloji Bülteni, vol.48, no.3, 2014, ss.484 - 490.
AMA	Çekin Y,Gür N,ÇEKİN A,Altuglu I,SERTÖZ YAZAN R Antalya eğitim ve araştırma hastanesinde kronik hepatit C hastalarının genotip dağılımının araştırılması. Mikrobiyoloji Bülteni. 2014; 48(3): 484 - 490.
Vancouver	Çekin Y,Gür N,ÇEKİN A,Altuglu I,SERTÖZ YAZAN R Antalya eğitim ve araştırma hastanesinde kronik hepatit C hastalarının genotip dağılımının araştırılması. Mikrobiyoloji Bülteni. 2014; 48(3): 484 - 490.
IEEE	Çekin Y,Gür N,ÇEKİN A,Altuglu I,SERTÖZ YAZAN R "Antalya eğitim ve araştırma hastanesinde kronik hepatit C hastalarının genotip dağılımının araştırılması." Mikrobiyoloji Bülteni, 48, ss.484 - 490, 2014.
ISNAD	Çekin, Yeşim vd. "Antalya eğitim ve araştırma hastanesinde kronik hepatit C hastalarının genotip dağılımının araştırılması". Mikrobiyoloji Bülteni 48/3 (2014), 484-490.