Klinik Örneklerden Soyutlanan ve DNA Dizi Analizi ile Tanımlanan Tüberküloz Dışı Mikobakterilerin Dağılımı

SÜRÜCÜOĞLU, Süheyla; ÇAVUSOGLU, CENGIZ; ÖZKÜTÜK, Nuri; ÖZÇOLPAN, O Olcay

Klinik Örneklerden Soyutlanan ve DNA Dizi Analizi ile Tanımlanan Tüberküloz Dışı Mikobakterilerin Dağılımı

O Olcay ÖZÇOLPAN, (Balıkesir Devlet Hastanesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarı, Balıkesir, Türkiye)

Süheyla SÜRÜCÜOĞLU, (Celal Bayar Üniversitesi Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Manisa, Türküye)

Nuri ÖZKÜTÜK, (Celal Bayar Üniversitesi Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Manisa, Türküye)

Cengiz ÇAVUŞOĞLU (Ege Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, İzmir, Türkiye)

Mikrobiyoloji Bülteni

1 0

Yıl: 2015 Cilt: 49 Sayı: 4 Sayfa Aralığı: 484 - 493 Metin Dili: Türkçe İndeks Tarihi: 29-07-2022

Klinik Örneklerden Soyutlanan ve DNA Dizi Analizi ile Tanımlanan Tüberküloz Dışı Mikobakterilerin Dağılımı

Öz:

Bu çalışmada, çeşitli klinik örneklerden soyutlanan tüberküloz dışı mikobakteri (TDM)'lerin dizi analizi ile tanımlanması ve elde edilen verilerin epidemiyolojik yönden değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Nisan 2007-Temmuz 2011 yılları arasında tüberküloz ön tanısı ile Celal Bayar Üniversitesi Mikobakteriyoloji Laboratuvarına gönderilen 5122 klinik örneğin 225'inde (%4.39) Mycobacterium tuberculosis kompleks ve 126'sında (%2.46) TDM tanımlaması yapılmıştır. TDM'lerin 101'i Ege Üniversitesi Mikobakteriyoloji Laboratuvarında hsp65 ve 16SrDNA genlerini hedef alan DNA dizi analizi ile incelenmiş ve veriler RIDOM ve GenBLAST veri tabanları kullanılarak değerlendirilmiştir. TDM suşları sıklık sırasıyla; 40 M.porcinum (%39.60), 36 M.lentifl avum (%35.64), altı M.abscessus (%5.64), beş M.peregrinum (%4.95), dört M.gordonae (%3.96), üç M.fortuitum (%2.97), iki M.chelonae (%1.98), birer M.alvei (%0.99), M.scrofulaceum (%0.99) ve M.kansasii (%0.99) olarak tanımlanmıştır. İki suş ise veri tabanlarındaki diğer mikobakterilerle %95-98 arasında uyumlu bulunmuş, ancak kesin tanımlama yapılamamıştır. TDM'ler içinde en sık (%75.24) izole edilen türler olan M.lentifl avum ve M.porcinum suşlarından 72'si (%94.73) bronkoalveoler lavaj (BAL) sıvısından elde edilmiştir. ATS/IDSA kriterlerine göre iki hastanın balgam örneklerinden izole edilen M.abscessus suşu (%2) hastalık etkeni kabul edilmiş, 99 suşun ise hastaların klinik bilgileri yetersiz olduğundan etken oldukları kanıtlanamamıştır. Araştırmada 2010 yılında diğer yıllara oranla daha fazla (%5.33) TDM izole edildiği görülmüştür. Bu yıla ait veriler değerlendirildiğinde, en sık izole edilen M.porcinum ve M.lentifl avum suşlarının tümünün BAL örneklerinden üretildiği görülmüştür. Bu durum, aynı yıl hastanemizde otomatize bronkoskop yıkama cihazının kullanılmaya başlaması ile paralellik göstermektedir. Sonuç olarak, tüberküloz ön tanısı ile incelenen klinik örneklerin %2.46'sından TDM izole edilmiş, DNA dizi analizi ile TDM suşlarının 10 farklı türe ait oldukları gösterilmiştir. En sık izole edilen TDM türleri antibiyotiklere dirençli ve insanlarda hastalık etkeni olabilmeleri ile tanınan M.lentifl avum ve M.porcinum olarak bulunmuştur. Bu suşların çoğunlukla BAL sıvısından izole edilmesi, hastane su sistemlerinin veya bronkoskop yıkama cihazlarının kontaminasyonunun araştırılması gerektiğini düşündürmektedir. TDM'lerin etken veya kontaminant olduklarının ayırt edilememesi çalışmada kısıtlayıcı olmakla birlikte, çevresel mikobakterilerin hastane enfeksiyonlarına yol açabildiği bilindiğinden, elde edilen verilerin bölgemizdeki TDM enfeksiyonlarının epidemiyolojisine ait bilgilere katkı sağlayacağı düşünülmüştür

Anahtar Kelime:

Konular: Biyoloji Mikrobiyoloji Biyoteknoloji ve Uygulamalı Mikrobiyoloji

Distribution of Nontuberculous Mycobacteria Isolated from Clinical Specimens and Identifi ed with DNA Sequence Analysis

Öz:

The aims of the study were to perform the identifi cation of nontuberculous mycobacteria (NTM) isolated from different clinical specimens in the Mycobacteriology Laboratory of Celal Bayar University, Manisa (located at Aegean region of Turkey), by DNA sequence analysis, and to discuss the epidemiological aspects of the data obtained. Out of 5122 clinical specimens sent to the laboratory with the initial diagnosis of tuberculosis in the period April 2007 to July 2011, M.tuberculosis complex and NTM were identifi ed in 225 (4.39%) and 126 (2.46%) samples, respectively. DNA sequence analysis by targeting hsp65 and 16S rDNA gene regions was performed on 101 of the NTM strains in Mycobacteriology Laboratory of Ege University, Izmir. DNA sequence analysis data was evaluated using RIDOM and GenBLAST data bases. NTM strains were identifi ed as 40 M.porcinum (39.60%), 36 M.lentifl avum (35.65%), six M.abscessus (5.64%), fi ve M.peregrinum (4.95%), four M.gordonae (3.96%), three M.fortuitum (2.97%), two M.chelonae (1.98%), and one for each M.alvei (0.99%), M.scrofulaceum (0.99%), M.kansasii (0.99%) species. Two strains which were both 95-98% compatible with other mycobacteria in the data bases could not be identifi ed with certainty. Seventy-two (94.73%) strains of M.lentifl avum and M.porcinum, which were the most frequent (75.24%) species in the study, were isolated from bronchoalveolar lavage (BAL) specimens. The remaining 99 strains examined could not be proven as the cause of the disease due to absence of patients' clinical data, whereas two M.abscessus strains isolated from the sputum were considered as the cause of the disease according to the ATS/IDSA criteria. The isolation rate of NTM in 2010 was found signifi cantly higher (5.33%) than previous years. Review of the 2010 data showed that all strains of M.porcinum and M.lentifl avum, which were the most frequently identifi ed strains were isolated from BAL specimens. This situation is in line with the start of using of an automatic bronchoscope washing machine in our hospital in the same year. In conclusion, NTM were isolated in 2.46% of the clinical specimens of the patients with the initial diagnosis of tuberculosis and these strains belonged to 10 different NTM species. The two NTM species most frequently isolated in our study were M.lentifl avum and M.porcinum which are known for their potential to cause human infections and antibiotic resistance. As these strains were mostly isolated in BAL specimens, it is concluded that automatic bronchoscope washing machines and water delivery system in the hospitals should be examined in terms of contamination by NTM. The isolated NTM strains could not be distinguished as the cause of the disease or a contaminant, which is the limiting factor in this study. However, knowing that the environmental mycobacteria can cause hospital infections, the data obtained in this study can contribute to epidemiology of NTM infections in Turkey

Anahtar Kelime:

Konular: Biyoloji Mikrobiyoloji Biyoteknoloji ve Uygulamalı Mikrobiyoloji

Belge Türü: Makale Makale Türü: Araştırma Makalesi Erişim Türü: Bibliyografik

Couto I, Machado D, Viveiros M, et al. Identifi cation of nontuberculous mycobacteria in clinical samples using molecular methods: a 3-year study. Clin Microbiol Infect 2010; 16(8): 1161-4.
Chan ED, Iseman MD. Underlying host risk factors for nontuberculous mycobacterial lung disease. Semin Respit Crit Care Med 2013; 34(1): 110-2.
Kendall BA, Winthrop KL. Update on the epidemiology of pulmonary nontuberculous mycobacterial infections. Semin Respir Crit Care Med 2013; 34(1): 87-94.
Tortoli E. Microbiological features and clinical relevance of new species of the genus Mycobacterium. Clin Microbiol Rev 2014; 27(4): 727-52.
Aitken ML, Limaye A, Pottinger P, et al. Respiratory outbreak of Mycobacterium abscessus subspecies massiliense in a lung transplant and cystic fi brosis center. Am J Respir Crit Care Med 2012; 185(2): 231-2.
Bryant JM, Grogono DM, Greaves D, et al. Whole-genome sequencing to identify transmission of Mycobacterium abscessus between patients with cystic fi brosis: a retrospective cohort study. Lancet 2013; 381(9877): 1551-6.
Gubler JGH, Salfi nger M, von Graevenitz A. Pseudoepidemic of nontuberculous mycobacteria due to a contaminated bronchoscope cleaning machine. Report of an outbreak and review of the literature. Chest 1992; 101(5): 1245-9.
Kovaleva J, Peters FTM, van der Mei HC, Degener JE. Transmission of infection by fl exible gastrointestinal endoscopy and bronchoscopy. Clin Microbiol Rev 2013; 26(2): 231-54.
Wang H, Yue J, Han M, Yang J, Zhao Y. Rapid method for identifi cation of six common species of mycobacteria based on multiplex SNP analysis. J Clin Microbiol 2010; 48(1): 247-50.
Satana D, Erkose GG, Tamay Z, Uzun M, Guler N, Erturan Z. Prevalence and drug resistance of mycobacteria in Turkish cystic fi brosis patients. Ann Clin Microbiol Antimicrob 2014; 13: 28.
Gunaydin M, Yanik K, Eroglu C, et al. Distribution of nuntuberculous mycobacteria. Ann Clin Microbiol Antimicrob 2013; 12: 33.
Genc GE, Richter E, Erturan Z. Isolation of nontuberculous mycobacteria from hospital waters in Turkey. APMIS 2013; 121(12): 1192-7.
Albayrak N, Simşek H, Sezen F, Arslantürk A, Tarhan G, Ceyhan I. Evaluation of the distribution of non- tuberculous mycobacteria strains isolated in National Tuberculosis Reference Laboratory in 2009-2010, Turkey. Mikrobiyol Bul 2012; 46(4): 560-7.
Bicmen C, Coskun M, Gunduz AT, Senol G, Cirak AK, Tibet G. Nontuberculous mycobacteria isolated from pulmonary specimens between 2004 and 2009: causative agent or not? New Microbiol 2010; 33(4): 399- 403.
Cafri U, Aslan G, Direkel S, Tarhan G, Ceyhan I, Emekdaş G. Identifi cation and isolation of non-tuberculous mycobacteria from environmental samples. Mikrobiyol Bul 2010; 44(3): 395-403.
Çavuşoğlu C, Tortoli E. Characterization of two new pigmented mycobacteria species. Mikrobiyol Bul 2006; 40(3): 185-94.
Telenti A, Marchesi F, Balz M, Bally F, Böttger EC, Bodmer T. Rapid identifi cation of mycobacteria to the species level by polymerase chain reaction and restriction enzyme analysis. J Clin Microbiol 1993; 31(2): 175-8.
Prevots DR, Shaw PA, Strickland D, et al. Nontuberculous mycobacterial lung disease prevalence at four integrated health care delivery systems. Am J Respir Crit Care Med 2010; 182(7): 970-6.
Mirsaeidi M, Farshidpour M. Allen MB, Ebrahimi G, Falkinham JO. Highlight on advances in nontuberculous mycobacterial disease in North America. Biomed Res Int 2014; 2014: 919474.
Somoskovi A, Salfi nger M. Nontuberculous mycobacteria in respiratory infections: advances in diagnosis and identifi cation. Clin Lab Med 2014; 34(2): 271-95.
Kurtoğlu M, Özdemir M, Keşli R, Özkalp B, Baysal B. Isolation rate of Mycobacterium tuberculosis complex from patients with suspected tuberculosis and identifi cation of the strains with BACTEC NAP and immunochromatographic TB Ag MPT64 Rapid Tests. Mikrobiyol Bul 2011; 45(2): 266-73.
Zer Y, Çiçek H, Mehli M, Bayıl S, Balcı I. Gaziantep Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi'nde 2004-2006 yılları arasında tüberküloz hastalarından soyutlanan mikobakterilerin antitüberküloz İlaç direnci. Klimik Derg 2007; 20(1): 20-2.
Köksalan OK, Aydin MD, Eraslan S, Bekiroglu N. Reliability of cord formation in BACTEC 12B/13A media for presumptive identifi cation of Mycobacterium tuberculosis complex in laboratories with a high prevalence of Mycobacterium tuberculosis. Eur J Clin Microbiol Infect Dis 2002; 21(4): 314-7.
Baylan O, Kısa Ö, Albay A, Doğancı L. Mikobakteriyoloji laboratuvarımızda 2002 yılında tüberküloz olgularından izole edilen Mycobacterium tuberculosis kompleks suşları ve antitüberküloz ilaç duyarlılık sonuçları. Gülhane Tıp Derg 2003; 45(3): 256-62.
Martin-Casabona N, Bahrmand AR, Bennedsen J, et al. Non-tuberculous mycobacteria: patterns of isolation. A multi-country retrospective survey. Int J Tuberc Lung Dis 2004; 8(10): 1186-93.
Griffi th DE, Aksamit T, Brown-Elliott BA, et al. An offi cial ATS/IDSA Statement: diagnosis, treatment, and prevention of nontuberculous mycobacterial diseases. Am J Respir Crit Care Med 2007; 175(4): 367-416.
Shin JH, Lee EJ, Lee HR, et al. Prevalence of non-tuberculosis mycobacteria in a hospital environment. J Hosp Infect 2007; 65(2): 143-8.
Tortoli E, Mattei R, Russo C, Scarparo C. Mycobacterium lentifl avum, an emerging pathogen? J Infect 2006; 52(6): 185-7.
Marshall HM, Carter R, Torbey MJ, et al. Mycobacterium lentifl avum in drinking water supplies, Australia. Emerg Infect Dis 2011; 17(3): 395-402.
Brown-Elliott BA, Wallace RJ Jr, Tichindelean C, et al. Five-year outbreak of community- and hospital- acquired Mycobacterium porcinum infections related to public water supplies. J Clin Microbiol 2011; 49(12): 4231-8.

APA	ÖZÇOLPAN O, SÜRÜCÜOĞLU S, ÖZKÜTÜK N, ÇAVUSOGLU C (2015). Klinik Örneklerden Soyutlanan ve DNA Dizi Analizi ile Tanımlanan Tüberküloz Dışı Mikobakterilerin Dağılımı. , 484 - 493.
Chicago	ÖZÇOLPAN O Olcay,SÜRÜCÜOĞLU Süheyla,ÖZKÜTÜK Nuri,ÇAVUSOGLU CENGIZ Klinik Örneklerden Soyutlanan ve DNA Dizi Analizi ile Tanımlanan Tüberküloz Dışı Mikobakterilerin Dağılımı. (2015): 484 - 493.
MLA	ÖZÇOLPAN O Olcay,SÜRÜCÜOĞLU Süheyla,ÖZKÜTÜK Nuri,ÇAVUSOGLU CENGIZ Klinik Örneklerden Soyutlanan ve DNA Dizi Analizi ile Tanımlanan Tüberküloz Dışı Mikobakterilerin Dağılımı. , 2015, ss.484 - 493.
AMA	ÖZÇOLPAN O,SÜRÜCÜOĞLU S,ÖZKÜTÜK N,ÇAVUSOGLU C Klinik Örneklerden Soyutlanan ve DNA Dizi Analizi ile Tanımlanan Tüberküloz Dışı Mikobakterilerin Dağılımı. . 2015; 484 - 493.
Vancouver	ÖZÇOLPAN O,SÜRÜCÜOĞLU S,ÖZKÜTÜK N,ÇAVUSOGLU C Klinik Örneklerden Soyutlanan ve DNA Dizi Analizi ile Tanımlanan Tüberküloz Dışı Mikobakterilerin Dağılımı. . 2015; 484 - 493.
IEEE	ÖZÇOLPAN O,SÜRÜCÜOĞLU S,ÖZKÜTÜK N,ÇAVUSOGLU C "Klinik Örneklerden Soyutlanan ve DNA Dizi Analizi ile Tanımlanan Tüberküloz Dışı Mikobakterilerin Dağılımı." , ss.484 - 493, 2015.
ISNAD	ÖZÇOLPAN, O Olcay vd. "Klinik Örneklerden Soyutlanan ve DNA Dizi Analizi ile Tanımlanan Tüberküloz Dışı Mikobakterilerin Dağılımı". (2015), 484-493.

APA	ÖZÇOLPAN O, SÜRÜCÜOĞLU S, ÖZKÜTÜK N, ÇAVUSOGLU C (2015). Klinik Örneklerden Soyutlanan ve DNA Dizi Analizi ile Tanımlanan Tüberküloz Dışı Mikobakterilerin Dağılımı. Mikrobiyoloji Bülteni, 49(4), 484 - 493.
Chicago	ÖZÇOLPAN O Olcay,SÜRÜCÜOĞLU Süheyla,ÖZKÜTÜK Nuri,ÇAVUSOGLU CENGIZ Klinik Örneklerden Soyutlanan ve DNA Dizi Analizi ile Tanımlanan Tüberküloz Dışı Mikobakterilerin Dağılımı. Mikrobiyoloji Bülteni 49, no.4 (2015): 484 - 493.
MLA	ÖZÇOLPAN O Olcay,SÜRÜCÜOĞLU Süheyla,ÖZKÜTÜK Nuri,ÇAVUSOGLU CENGIZ Klinik Örneklerden Soyutlanan ve DNA Dizi Analizi ile Tanımlanan Tüberküloz Dışı Mikobakterilerin Dağılımı. Mikrobiyoloji Bülteni, vol.49, no.4, 2015, ss.484 - 493.
AMA	ÖZÇOLPAN O,SÜRÜCÜOĞLU S,ÖZKÜTÜK N,ÇAVUSOGLU C Klinik Örneklerden Soyutlanan ve DNA Dizi Analizi ile Tanımlanan Tüberküloz Dışı Mikobakterilerin Dağılımı. Mikrobiyoloji Bülteni. 2015; 49(4): 484 - 493.
Vancouver	ÖZÇOLPAN O,SÜRÜCÜOĞLU S,ÖZKÜTÜK N,ÇAVUSOGLU C Klinik Örneklerden Soyutlanan ve DNA Dizi Analizi ile Tanımlanan Tüberküloz Dışı Mikobakterilerin Dağılımı. Mikrobiyoloji Bülteni. 2015; 49(4): 484 - 493.
IEEE	ÖZÇOLPAN O,SÜRÜCÜOĞLU S,ÖZKÜTÜK N,ÇAVUSOGLU C "Klinik Örneklerden Soyutlanan ve DNA Dizi Analizi ile Tanımlanan Tüberküloz Dışı Mikobakterilerin Dağılımı." Mikrobiyoloji Bülteni, 49, ss.484 - 493, 2015.
ISNAD	ÖZÇOLPAN, O Olcay vd. "Klinik Örneklerden Soyutlanan ve DNA Dizi Analizi ile Tanımlanan Tüberküloz Dışı Mikobakterilerin Dağılımı". Mikrobiyoloji Bülteni 49/4 (2015), 484-493.