Nevşehir Yöresindeki Yeni Doğan İshalli Buzağılarda Cryptosporidiosis'in Real Time PCR ve Nested PCR Yöntemleri ile Saptanması

CILOGLU, ARIF; İNCİ, Abdullah; ŞİMŞEK, Ahmet Tuncay; DUZLU, Onder; BİŞKİN, Zuhal; Yıldırım, Alparslan

Nevşehir Yöresindeki Yeni Doğan İshalli Buzağılarda Cryptosporidiosis'in Real Time PCR ve Nested PCR Yöntemleri ile Saptanması

Ahmet Tuncay ŞİMŞEK, (Erciyes Üniversitesi, Sağlık Bilimleri Enstitüsü, Erciyes Üniversitesi Merkez Kampüsü, Kayseri-TÜRKİYE)

Abdullah İNCİ, (Erciyes Üniversitesi, Veteriner Fakültesi, Parazitoloji Anabilim Dalı, Kayseri-TÜRKİYE)

Alparslan YILDIRIM, (Erciyes Üniversitesi, Veteriner Fakültesi, Parazitoloji Anabilim Dalı, Kayseri-TÜRKİYE)

Arif ÇİLOĞLU, (Erciyes Üniversitesi, Veteriner Fakültesi, Parazitoloji Anabilim Dalı, Kayseri-TÜRKİYE)

Zuhal BİŞKİN, (Erciyes Üniversitesi, Veteriner Fakültesi, Parazitoloji Anabilim Dalı, Kayseri-TÜRKİYE)

Önder DÜZLÜ (Erciyes Üniversitesi, Veteriner Fakültesi, Parazitoloji Anabilim Dalı, Kayseri-TÜRKİYE)

Erciyes Üniversitesi Veteriner Fakültesi Dergisi

3 0

Yıl: 2012 Cilt: 9 Sayı: 2 Sayfa Aralığı: 79 - 87 Metin Dili: Türkçe İndeks Tarihi: 29-07-2022

Nevşehir Yöresindeki Yeni Doğan İshalli Buzağılarda Cryptosporidiosis'in Real Time PCR ve Nested PCR Yöntemleri ile Saptanması

Öz:

Bu çalışma, Nevşehir yöresindeki ishalli buzağılarda cryptosporidiosis'in real time PCR ve nested PCR teknikleri ile saptanması amacıyla yapılmıştır. Bu amaçla 2010-2011 yılları arasında Nevşehir'in farklı ilçe ve köylerinden 150 ishalli buzağıdan dışkı örneği tekniğine uygun olarak toplanmıştır. Toplanan örneklerden genomik DNA ekstraksiyonu yapılmıştır. Elde edilen genomik DNA'lar Cryptosporidium soy spesifik 18S rRNA parsiyel gen bölgesini amplifiye eden JVAF, JVAR primerleri ve JVAP TaqMan probuyla, C. parvum spesifik JVAGF, JVAGR primerleri ve JVAGP2 probu ile real time PCR analizine tabii tutulmuşlardır. Nested PCR analizlerinde de Cryptosporidium türlerinin 18S rRNA gen bölgesini amplifiye eden spesifik primerler kullanılmıştır. Real time PCR analizleri sonucu 23'ü (%15.3) C. parvum, 8'i (%5.3) ise Cryptosporidium spp. olmak üzere toplam 31 (%20.7) örnekte cryptosporidiosis pozitifliği saptanmıştır. Örneklerin nested PCR analizleri sonucunda ise 29'u (%19.3) Cryptosporidium spp. pozitif bulunmuştur. Real time PCR tekniği altın standart test kabul edilerek nested PCR tekniğinin duyarlılığı %93.5 ve özgüllüğü ise %100 olarak belirlenmiş, iki teknik arasında %95.8 uyum saptanmıştır. Cryptosporidiosis'in en yüksek %23.2 ile 1-2 aylık buzağılarda belirlenmiş bunu sırasıyla %19.3 ve %16.7 ile 0-1 ve 2-3 aylık buzağılar izlemiştir. Enfeksiyonun erkek buzağılarda %21.5, dişilerde ise %19.7, Holştayn, Simental ve Montofon ırkında sırasıyla %32.6, %25 ve %11.1 yaygın olduğu görülmüştür. Bu çalışma Türkiye'de sığırlarda cryptosporidiosis'in real time PCR tekniği ile araştırıldığı ilk çalışmadır. Çalışmada Türkiye'de ilk kez Cryptosporidium soy ve C. parvum pozitifliği eşzamanlı olarak ortaya konmuştur.

Anahtar Kelime:

Konular: Biyoloji

Detection of Cryptosporidiosis in Diarrhoeic Neonatal Calves in Nevşehir District by Real Time PCR and Nested PCR Techniques

Öz:

The aim of this study was to detect cryptosporidiosis in calves with diarrhea in Nevşehir district by real time and nested PCR techniques. For this aim, between the 2010 and 2011 years, 150 fecal samples in total were techniqually collected from calves with diarrhea in different localities of Nevşehir province. After the genomic DNA extraction from the fecal samples, real time PCR analyses were carried out with Cryptosporidium spp. and C. parvum's specific primer pairs (JVAF, JVAR primers, JVAP TaqMan prob and JVAGF, JVAGR primers, JVAGP2 prob, respectively) which amplifies to different size regions of partial 18S rRNA gene. Specific primers that amplifies 18S rRNA gene of Cryptosporidium species were used in the nested PCR analyses. According to results detected by real time PCR analyses, Cryptosporidium spp. were found to be positive in 31 (20.7%) samples, which were 23 (15.3%) C. parvum and 8 (5.3%) Cryptosporidium spp. Whereas 29 (19.3%) out of examined samples were found to be positive by nested PCR analyses. Real time PCR was used as a gold test in the determination of the sensitivity and specificity of the tests. Sensitivity and specificity of nested PCR technique were determined as 93.5% and 100% when comparing with the gold test real time PCR and the compatibility between two techniques was found to be 95.8%. The highest rate of cryptosporidiosis was determined in 1-2 months old calves with a ratio of 23.2% and this was followed by 0-1 and 23 months old calves with the ratios of 19.3% and 16.7%, respectively. The infection was found as 21.5% in male and 19.7% in female calves. The occurrence of infection in Holstein, Simental and Montofon breeds was found as 32.6%, 25% and 11.1%, respectively. This study was the first investigation of bovine cryptosporidiosis by real time PCR technique in Turkey. Besides Cryptosporidium genus and C. parvum positivities were determined simultaneously for the first time in Turkey.

Anahtar Kelime:

Konular: Biyoloji

Belge Türü: Makale Makale Türü: Araştırma Makalesi Erişim Türü: Erişime Açık

1. Arslan MÖ, Erdoğan HM, Tanrıverdi S. Neonatal buzağılarda cryptosporidiosis'in epidemiyolojisi. 13. Ulusal Parazitoloji Kongresi, Program ve Özet Kitabı, SB6-01, Konya 2003; s. 186.
2. Arslan MÖ, Gıcık Y, Erdoğan HM, Sarı B. Prevalence of Cryptosporidium spp. oocysts in diarrhoeic calves in Kars province Turkey. Turk J Vet Anim Sci. 2001; 25: 161-64.
3. Burgu A. Türkiye'de buzağılarda Cryptosporidium'ların bulunuşu ile ilgili ilk çalış- malar. Ankara Üniv Vet Fak Derg 1984; 31(3): 573-85.
4. Calderaro A, Montecchini S, Gorrini C, Dettori G, Chezzi C. Similar diagnostic performances of antigen detection and nucleic acid detection of Cryptosporidium spp. in a low-prevalence setting. Diagn Microbiol Infect Dis 2011; 70 (1):72-7.
5. Castro-Hermida JA, Gonzales-Losada YA, Ares-Mazas E. Prevalence of and risk factors involved in the spread of neonatal bovine cryptosporidiosis in Galicia (NW Spain). Vet Parasitol 2002; 106: 1-10.
6. Çeliksöz A, Çelik S. Cumhuriyet Üniversitesi Hastanesi'nde gastroenteritli ve malnütrisyonlu hastalarda Cryptosporidium spp. araştırması. T Parazitol Derg 2003; 27: 85-8.
7. Çitil M, Arslan MÖ, Güneş V, Erdoğan HM. Neonatal buzağı ishallerinde Cryptosporidium ve Eimeria enfeksiyonlarının rolü. Kafkas Üniv Vet Fak Derg 2004; 10(1): 59-64.
8. Değerli S, Çeliksöz A, Kalkan K, Özçelik S. Prevalence of Cryptosporidium spp. and Giardia spp. in cows and calves in Sivas. Turk J Vet Anim Sci 2005; 29: 995-9.
9. Dirim Erdoğan D, Dağci H, Turgay N, Akarca US, Alkan MZ. The molecular diagnosis of cryptosporidiosis in fresh and formalin preserved fecal samples. Turkiye Parazitol Derg 2009; 33(2): 120-4.
10. Fayer R, Santı´n M, Trout JM: Cryptosporidium ryanaen sp. (Apicomplexa: Cryptosporidiidae) in cattle (Bos taurus). Vet Parasitol 2008; 156: 191-8.
11. Fayer R. Cryptosporidium: a water-borne zoonotic parasite. Vet Parasitol 2004; 126: 37 -56.
12. Göz Y, Gül A, Aydn A. Hakkari yöresinde sığırlarda Cryptosporidium sp.'nin yaygınlığı. YYU Veteriner Fakültesi Dergisi 2007; 18 (2): 37-40.
13. Gül A, Çiçek M, Kılınç Ö. Prevalence of Eimeria spp., Cryptosporidium spp. and Giardia spp. in calves in the Van Province. T Parazitol Derg 2008; 32(3): 202-4.
14. Hadfield SJ, Robinson G, Elwin K, Chalmers RM. Detection and differentiation of Cryptosporidium spp. in human clinical samples by use of real-time PCR J Clin Microbiol 2011; 49(3): 918-24.
15. Jothikumar N, da Silva AJ, Moura I, Qvarnstrom Y, Hill VR. Detection and differentiation of Cryptosporidium hominis and Cryptosporidium parvum by dual TaqMan assays. J Med Microbiol 2008; 57(Pt 9):1099-105.
16. Lalkhen AG, McCluskey A. Clinical tests: sensitivity and specificity. Critical Care & Pain 2008; 8(6): 221-3
17. Maldonado-Camargo S, Atwill ER, Saltijeral-Oaxaca JA, Herrera-Alonso LC. Prevalence of and risk factors forshedding of Cryptosporidium parvum in Holştayn Freisian dairycalves in central Mexico. Prev Vet Med 1998; 36: 95-107.
18. Ondrácková Z, Kvác M, Sak B, Kvetonová D, Rost M. Prevalence and molecular characterization of Cryptosporidium spp. in dairy cattle in South Bohemia, the Czech Republic. Vet Parasitol 2009; 165(1-2): 141- 4.
19. Özer E, Erdoğmuş SZ, Köroğlu E. Elazığ yöresinde buzağı ve kuzularda bulunan Cryptosporidium'un yayılışı üzerinde araştırmalar. Turk J Vet Anim Sci 1990; 14: 439-45.
20. Özlem MB, Eren H, Kaya O. Aydın yöresi buzağılarda Cryptosporidium'ların varlığının araştırılması. Bornova Vet Kont Araş Enst Derg 1997; 22: 15-22.
21. Paul S, Chandra D, Tewari AK, Banerjee PS, Ray DD, Boral R, Rao JR. Comparative evaluation and economic assessment of coprological diagnostic methods and PCR for detection of Cryptosporidium spp. in bovines. Vet Parasitol 2009; 164(2-4): 291-5.
22. Ramirez NE, Ward LA, Sreevatsan S. Review of the biology and epidemiology of cryptosporidiosis in humans and animals. Microbes and Infection 2004; 6: 773-85.
23. Ryan U, Xiao L, Read C, Zhou L, Lal AA, Pavlasek I. Identification of novel Cryptosporidium genotypes from the Czech Republic. Appl Environ Microbiol 2003; 69 (7): 4302-7.
24. Sahal M, Karaer Z, Yasa Duru S, Cizmeci S, Tanyel B. Cryptosporidiosis in newborn calves in Ankara region: clinical, haematological findings and treatment with LasalocidNA. Dtsch Tierarztl Wochenschr 2005; 112 (6): 203-8.
25. Sakarya Y, Kar S, Tanyuksel M. Detection of Cryptosporidium spp. in humans and calves through Nested PCR and carbol fuchsin staining methods in Ankara, Turkey. Kafkas Univ Vet Fak Derg 2010; 16 (6): 977-80.
26. Santı´n M, Trout JM. Livestock. In: Fayer R, Xiao L. Cryptosporidium and Cryptosporidiosis. Boca Raton FL, CRC Press 2007; 451- 83.
27. Sari B, Aktaş MS, Arslan MO. The prevalence of Cryptosporidium spp. in calves in Erzurum province. T Parazitol Derg 2008; 32(2): 116-9.
28. Sari B, Arslan MO, Gicik Y, Kara M, Taşçi GT. The prevalence of Cryptosporidium species in diarrhoeic lambs in Kars province and potential risk factors. Trop Anim Health Prod 2009; 41(5): 819-26.
29. Sevinç F, Irmak K, Sevinç M. The prevalence of Cryptosporidium parvum infection in the diarrhoiec and nondiarrhoeic calves. Revue Med Vet 2003; 154(5): 357-61.
30. Sungur T, Kar S, Güven E, Aktaş M, Karaer Z, Vatansever Z. Detection of Cryptosporidium spp. in feces with nested PCR and carbol fuchsin staining method. T Parazitol Derg 2008; 32(4): 305-8.
31. Tanrıverdi S, Arslan MÖ, Akiyoshi DE, Tzipori S, Widmer G. Identification of genotypically mixed Cryptosporidium parvum populations in humans and calves. Mol Biochem Parasitol 2003; 130(1): 13-22.
32. Tanrıverdi S, Markovics A, Arslan MÖ, Gtik A, Shkap V, Widmer G. Emergence of distinct genotypes of Cryptosporidium parvum in structured host populations. Appl Enviro Microbiol 2006; 72(4): 2507-13.
33. Thompson RCA, Olson ME, Zhu G, Enomoto S, Abrahamsen MS, Hijjawi NS. Cryptosporidium and Cryptosporidiosis. Adv Parasitol 2005; 59: 77-158.
34. Xiao L, Feng Y: Zoonotic cryptosporidiosis. FEMS Immunol. Med Microbiol 2008; 52: 309 -23.
35. Xiao L. Molecular epidemiology of cryptospoidiosis: an update. Exp Parasitol 2010; 124: 80-9.

APA	ŞİMŞEK A, İNCİ A, Yıldırım A, CILOGLU A, BİŞKİN Z, DUZLU O (2012). Nevşehir Yöresindeki Yeni Doğan İshalli Buzağılarda Cryptosporidiosis'in Real Time PCR ve Nested PCR Yöntemleri ile Saptanması. , 79 - 87.
Chicago	ŞİMŞEK Ahmet Tuncay,İNCİ Abdullah,Yıldırım Alparslan,CILOGLU ARIF,BİŞKİN Zuhal,DUZLU Onder Nevşehir Yöresindeki Yeni Doğan İshalli Buzağılarda Cryptosporidiosis'in Real Time PCR ve Nested PCR Yöntemleri ile Saptanması. (2012): 79 - 87.
MLA	ŞİMŞEK Ahmet Tuncay,İNCİ Abdullah,Yıldırım Alparslan,CILOGLU ARIF,BİŞKİN Zuhal,DUZLU Onder Nevşehir Yöresindeki Yeni Doğan İshalli Buzağılarda Cryptosporidiosis'in Real Time PCR ve Nested PCR Yöntemleri ile Saptanması. , 2012, ss.79 - 87.
AMA	ŞİMŞEK A,İNCİ A,Yıldırım A,CILOGLU A,BİŞKİN Z,DUZLU O Nevşehir Yöresindeki Yeni Doğan İshalli Buzağılarda Cryptosporidiosis'in Real Time PCR ve Nested PCR Yöntemleri ile Saptanması. . 2012; 79 - 87.
Vancouver	ŞİMŞEK A,İNCİ A,Yıldırım A,CILOGLU A,BİŞKİN Z,DUZLU O Nevşehir Yöresindeki Yeni Doğan İshalli Buzağılarda Cryptosporidiosis'in Real Time PCR ve Nested PCR Yöntemleri ile Saptanması. . 2012; 79 - 87.
IEEE	ŞİMŞEK A,İNCİ A,Yıldırım A,CILOGLU A,BİŞKİN Z,DUZLU O "Nevşehir Yöresindeki Yeni Doğan İshalli Buzağılarda Cryptosporidiosis'in Real Time PCR ve Nested PCR Yöntemleri ile Saptanması." , ss.79 - 87, 2012.
ISNAD	ŞİMŞEK, Ahmet Tuncay vd. "Nevşehir Yöresindeki Yeni Doğan İshalli Buzağılarda Cryptosporidiosis'in Real Time PCR ve Nested PCR Yöntemleri ile Saptanması". (2012), 79-87.

APA	ŞİMŞEK A, İNCİ A, Yıldırım A, CILOGLU A, BİŞKİN Z, DUZLU O (2012). Nevşehir Yöresindeki Yeni Doğan İshalli Buzağılarda Cryptosporidiosis'in Real Time PCR ve Nested PCR Yöntemleri ile Saptanması. Erciyes Üniversitesi Veteriner Fakültesi Dergisi, 9(2), 79 - 87.
Chicago	ŞİMŞEK Ahmet Tuncay,İNCİ Abdullah,Yıldırım Alparslan,CILOGLU ARIF,BİŞKİN Zuhal,DUZLU Onder Nevşehir Yöresindeki Yeni Doğan İshalli Buzağılarda Cryptosporidiosis'in Real Time PCR ve Nested PCR Yöntemleri ile Saptanması. Erciyes Üniversitesi Veteriner Fakültesi Dergisi 9, no.2 (2012): 79 - 87.
MLA	ŞİMŞEK Ahmet Tuncay,İNCİ Abdullah,Yıldırım Alparslan,CILOGLU ARIF,BİŞKİN Zuhal,DUZLU Onder Nevşehir Yöresindeki Yeni Doğan İshalli Buzağılarda Cryptosporidiosis'in Real Time PCR ve Nested PCR Yöntemleri ile Saptanması. Erciyes Üniversitesi Veteriner Fakültesi Dergisi, vol.9, no.2, 2012, ss.79 - 87.
AMA	ŞİMŞEK A,İNCİ A,Yıldırım A,CILOGLU A,BİŞKİN Z,DUZLU O Nevşehir Yöresindeki Yeni Doğan İshalli Buzağılarda Cryptosporidiosis'in Real Time PCR ve Nested PCR Yöntemleri ile Saptanması. Erciyes Üniversitesi Veteriner Fakültesi Dergisi. 2012; 9(2): 79 - 87.
Vancouver	ŞİMŞEK A,İNCİ A,Yıldırım A,CILOGLU A,BİŞKİN Z,DUZLU O Nevşehir Yöresindeki Yeni Doğan İshalli Buzağılarda Cryptosporidiosis'in Real Time PCR ve Nested PCR Yöntemleri ile Saptanması. Erciyes Üniversitesi Veteriner Fakültesi Dergisi. 2012; 9(2): 79 - 87.
IEEE	ŞİMŞEK A,İNCİ A,Yıldırım A,CILOGLU A,BİŞKİN Z,DUZLU O "Nevşehir Yöresindeki Yeni Doğan İshalli Buzağılarda Cryptosporidiosis'in Real Time PCR ve Nested PCR Yöntemleri ile Saptanması." Erciyes Üniversitesi Veteriner Fakültesi Dergisi, 9, ss.79 - 87, 2012.
ISNAD	ŞİMŞEK, Ahmet Tuncay vd. "Nevşehir Yöresindeki Yeni Doğan İshalli Buzağılarda Cryptosporidiosis'in Real Time PCR ve Nested PCR Yöntemleri ile Saptanması". Erciyes Üniversitesi Veteriner Fakültesi Dergisi 9/2 (2012), 79-87.