Agarda Dilüsyon ve Deneme Aşamasındaki EUCAST Disk Difüzyon Yöntemi ile Saptanan Bacteroides fragilis Grubu İzolatlarına Ait Antimikrobiyal Duyarlılık Sonuçlarının Karşılaştırılması
Yıl: 2021 Cilt: 51 Sayı: 2 Sayfa Aralığı: 109 - 118 Metin Dili: Türkçe DOI: 10.5222/TMCD.2021.30075 İndeks Tarihi: 20-05-2022
Agarda Dilüsyon ve Deneme Aşamasındaki EUCAST Disk Difüzyon Yöntemi ile Saptanan Bacteroides fragilis Grubu İzolatlarına Ait Antimikrobiyal Duyarlılık Sonuçlarının Karşılaştırılması
Öz: Amaç: Bu çalışmada, yakın zamanda European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing (EUCAST) tarafından anaeroplar için geliştirilen disk diffüzyon testi ve Clinical Laboratory Standart Institude (CLSI) tarafından anaerop bakteriler için önerilen standart, agarda dilüsyon yöntemleriyle enfeksiyon etkeni Bacteroides fragilis grubu (BFG) bakterilerin antimikrobiyallere duyarlılıklarının belirlenmesi amaçlanmış, iki testin sonuçları arasında uyumluluk araştırılmıştır. Yöntem: Hastanemiz mikrobiyoloji laboratuvarında, Ocak 2017 ile Aralık 2018 tarihleri arasında çeşitli klinik örneklerden izole edilen ve MALDI-TOF MS ile tanımlanan 56 BFG izolatlarının ampisilin, ampisilin/sulbaktam, sefoksitin, imipenem, klindamisin, tigesiklin, moksifloksasin ve metronidazole duyarlılıkları koyun kanıyla zenginleştirilmiş Brucella agar kullanılarak agarda dilüsyon yöntemiyle, at kanı ile zenginleştirilmiş Fastidius Anaerobic Agar (FAA) besiyeri kullanılarak disk difüzyon yöntemiyle belirlenmiştir. Bulgular: Batın içi apsesi (n=24), kan (n=10) ve doku biyopsi örneği (n=11) gibi çeşitli klinik materyallerden izole edilen, çoğunluğu Bacteroides fragilis (n=34, %61) ve Bacteroides thetaiotaomicron (n=11, %20) izolatlarından oluşan altı BFG türü tanımlanmıştır. Agarda dilüsyon yöntem sonuçlarına göre izolatlar üzerine en etkili antimikrobiyaller %98.2 duyarlılık oranlarıyla imipenem ve metronidazol olmuş, bunu sırasıyla %89.3 ve %66.1 oranlarıyla tigesiklin ve ampisilin/sulbaktam izlemiştir. Moksifloksasine duyarlı olanların oranı %57.1, klindamisine ise %46.4 bulunmuştur. İki yöntemin, izolatların antimikrobiyallere duyarlılık durumlarını belirleme performansları metronidazol için %100, imipenem ve tigesiklin için %89.8 uyumlu bulunmuştur. Diğer antibiyotikler için kabul edilebilir uyum saptanmamıştır. Sonuç: BFG bakterilerinin metronidazol, imipenem ve tigesikline duyarlılıklarını belirlemede disk diffüzyon yönteminin; klinik mikrobiyoloji laboratuvarlarında kolaylıkla uygulanabilir, hızlı ve güvenilir bir yöntem olduğunu söyleyebiliriz. Ancak, bir standardın oluşturulması adına, özellikle diğer antimikrobiyaller için daha fazla izolatın ele alındığı, deney koşullarının optimize edildiği çalışmaların gerektiğini düşünüyoruz.
Anahtar Kelime: Comparison of the Antimicrobial Susceptibility Results of Bacteroides fragilis Group Isolates Determined by Agar Dilution and the Tentative EUCAST Disk Diffusion Method
Öz: Objective: In this study it was aimed to determine the antimicrobial susceptibility of Bacteroides fragilis group (BFG) bacteria using recently developed European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing (EUCAST) disc diffusion method and agar dilution method recommended by Clinical Laboratory Standart Institude (CLSI) for anaerobes and to investigate the agreement of the results of two tests. Method: The antimicrobial susceptibilities of a total of 56 BFG strains isolated from clinical samples and identified by MALDI-TOF MS analysis between January 2017 and December 2018, were tested to ampicillin, ampicillin/sulbactam, cefoxitin, imipenem, clindamycin, tigecycline, moxifloxacin and metronidazole MICs were determined by agar dilution method using sheep blood supplemented Brucella agar and disk diffusion test using host blood supplemented Fastidius Anaerobic Agar (FAA). Results: Six different BFG species consisting mostly strains of Bacteroides fragilis (n=34, 61%) and Bacteroides thetaiotaomicron (n=11, 20%) isolated from various clinical samples such as intraabdominal abscess (n= 24), blood (n=10) and tissue biopsy samples (n=11).were identified. Imipenem and metronidazole were the most effective antimicrobials with 98.2% susceptibility rates, followed by tigecycline, ampicillin/sulbactam, moxifloxacin and clindamycin with susceptibility rates of 89.3%, 66.1%, 57.1% and 46.4%, respectively. Most concordant results were obtained with metronidazole (100%), imipenem (89.8%) and tigecycline (89.8%). Acceptable compliance rates were not found for other antimicrobials. Conclusion: We can say that disc diffusion method is a fast, easy-to-apply, and reliable method used in clinical microbiology laboratories to determine the susceptibility of BFG bacteria to metronidazole, imipenem and tigecycline. However, to evolve a standard method especially for other antimicrobials, the experimental conditions should be optimized with studies dome with greater number of isolates.
Anahtar Kelime: Belge Türü: Makale Makale Türü: Araştırma Makalesi Erişim Türü: Erişime Açık
- 1. Wexler HM. Bacteroides: the good, the bad, and the nitty-gritty. Clin Microbiol Rev. 2007;20(4):593-621. https://doi.org/10.1128/CMR.00008-07
- 2. Schuetz AN. Antimicrobial resistance and susceptibility testing of anaerobic bacteria. Clin Infect Dis. 2014;59(5):698-705. https://doi.org/10.1093/cid/ciu395
- 3. Cooley L, Teng J. Anaerobic resistance: should we be worried? Curr Opin Infect Dis. 2019;32(6):523-30. https://doi.org/10.1097/QCO.0000000000000595
- 4. Boyanova L, Kolarov R, Mitov I. Recent evolution of antibiotic resistance in the anaerobes as compared to previous decades. Anaerobe. 2015; 31:4-10. https://doi.org/10.1016/j.anaerobe.2014.05.004
- 5. Snydman DR, Jacobus NV, McDermott LA, et al. Trends in antimicrobial resistance among Bacteroides species and Parabacteroides species in the United States from 2010-2012 with comparison to 2008-2009. Anaerobe. 2017; 43:21-6. https://doi.org/10.1016/j.anaerobe.2016.11.003
- 6. Nagy E, Urbán E, Nord CE, et al. Antimicrobial susceptibility of Bacteroides fragilis group isolates in Europe: 20 years of experience. Clin Microbiol Infect. 2011;17(3):371-9. https://doi.org/10.1111/j.1469-0691.2010.03256.x
- 7. Sóki J, Hedberg M, Patrick S, et al. Emergence and evolution of an international cluster of MDR Bacteroides fragilis isolates. J Antimicrob Chemother. 2016;71(9):2441-8. https://doi.org/10.1093/jac/dkw175
- 8. Merchan C, Parajuli S, Siegfried J, Scipione MR, Dubrovskaya Y, Rahimian J. Multidrug-resistant Bacteroides fragilis bacteremia in a US resident: An emerging challenge. Case Rep Infect Dis. 2016; 2016:3607125. https://doi.org/10.1155/2016/3607125
- 9. Nagy E, Schuetz A. Is there a need for the antibiotic susceptibility testing of anaerobic bacteria? Anaerobe. 2015;31:2-3. https://doi.org/10.1016/j.anaerobe.2014.11.002
- 10. Nagy E, Justesen US, Eitel Z, et al. Development of EUCAST disk diffusion method for susceptibility testing of the Bacteroides fragilis group isolates. Anaerobe. 2015;31:65-71. https://doi.org/10.1016/j.anaerobe.2014.10.008
- 11. Nagy E, Boyanova L, Justesen US, et al. How to isolate, identify and determine antimicrobial susceptibility of anaerobic bacteria in routine laboratories, Clin Microbiol Infect. 2018;24(11):1139-48. https://doi.org/10.1016/j.cmi.2018.02.008
- 12. CLSI. Methods for Antimicrobial Susceptibility Testing of Anaerobic Bacteria, Approved Standards-7th Edition, M11-A7, Clinical and Laboratory Standards Institute, Pennsylvania, ABD, 2007.
- 13. EUCAST. European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing, Clinical breakpoints 2017. http:// www.eucast.org/clinical_breakpoints/
- 14. Tygacil® , 2010 Federal Drug Administration, Product İnformation, Pfizer Inc., Collegeville, PA, ABD.
- 15. Bavelaar B, Matuschek E, Morris T, et al. Performance of a new EUCAST disk diffusion method using fastidious anaerobe agar (FAA) for clinical Bacteroides fragilis group isolates. 28th European Congress of Clinical Microbiology and Infectious Diseases (ECCMID), 21-24 Nisan 2018, Madrid, İspanya: P0161.
- 16. Citron DM, Ostovari MI, Karlsson A, Goldstein EJ, Evaluation of the E test for susceptibility testing of anaerobic bacteria, J Clin Microbiol. 1991;29(10):2197- 203. https://doi.org/10.1128/JCM.29.10.2197-2203.1991
- 17. Erikstrup LT, Danielsen TK, Hall V, et al, Antimicrobial susceptibility testing of Clostridium difficile using EUCAST epidemiological cut-off values and disk diffusion correlates. Clin Microbiol Infect. 2012;18(8): E266-72. https://doi.org/10.1111/j.1469-0691.2012.03907.x
- 18. Holt HM, Danielsen TK, Justesen US. Routine disc diffusion antimicrobial susceptibility testing of Clostridium difficile and association with PCR ribotype 027. Eur J Clin Microbiol Infect Dis. 2015;34(11): 2243-6. https://doi.org/10.1007/s10096-015-2475-x
- 19. Luu H, Thomsen MD, Hansen F, Citron DM, Kahlmeter G, Justesen US. Disc diffusion antimicrobialsusceptibility testing of the Bacteroides fragilis group using EUCAST clinical minimum inhibitory concentration (MIC) breakpoints, 23rd European Congress of Clinical Microbiology and Infectious Diseases (ECCMID), 27-30 April 2013, Berlin, Almanya: P1577.
- 20. Dubreuil L, Members of the CA-SFM 2019. Improvement of a disk diffusion method for antibiotic susceptibility testing of anaerobic bacteria, French recommendations revisited for 2020. Anaerobe. 2020;64:102213. https://doi.org/10.1016/j.anaerobe.2020.102213
- 21. Ho PL, Yau CY, Ho LY, et al. Antimicrobial susceptibility of Bacteroides fragilis group organisms in Hong Kong by the tentative EUCAST disc diffusion method. Anaerobe. 2017;47:51-6. https://doi.org/10.1016/j.anaerobe.2017.04.005
- 22. Bavelaar H, Justesen US, Morris T, Kahlmeter G, Matuschek E. Development of a EUCAST disk diffusion method for rapidly growing anaerobic bacteria using fastidious anaerobe agar (FAA). 28th European Congress of Clinical Microbiology and Infectious Diseases (ECCMID), 21-24 Nisan 2018, Madrid, İspanya: P0160.
- 23. Kim J, Lee Y, Park Y, et al. Anaerobic bacteremia: Impact of inappropriate therapy on mortality. Infect Chemother. 2016;48(2):91-8. https://doi.org/10.3947/ic.2016.48.2.91
- 24. Nguyen MH, Yu VL, Morris AJ, et al, Antimicrobial resistance and clinical outcome of Bacteroides bacteremia: findings of a multicenter prospective observational trial. Clin Infect Dis. 2000;30(6):870-6. https://doi.org/10.1086/313805
- 25. Toprak NU, Uzunkaya OD, Sóki J, Soyletir G. Susceptibility profiles and resistance genes for carbapenems (cfiA) and metronidazole (nim) among Bacteroides species in a Turkish University Hospital. Anaerobe. 2012;18(1):169-71. https://doi.org/10.1016/j.anaerobe.2011.10.004
- 26. Toprak Ülger N, Sayın E, Soyad A, Dane F, Söyletir G. Marmara Üniversitesi Hastanesi’nde izole edilen ilk metronidazole dirençli Bacteroides kökeni: Bacteroides thetaiotaomicron. Mikrobiyol Bul. 2013;47(4):717-21. https://doi.org/10.5578/mb.5064
- 27. Ulger Toprak N, Celik C, Cakici O, Soyletir G. Antimicrobial susceptibilities of Bacteroides fragilis and Bacteroides thetaiotaomicron strains isolated from clinical specimens and human intestinal microbiota. Anaerobe. 2004;10(5):255-9. https://doi.org/10.1016/j.anaerobe.2004.05.005
- 28. Doğan M, Baysal B. Çeşitli klinik örneklerden izole edilen anaerop bakterilerin tanımlanması ve antibiyotik duyarlılıklarının belirlenmesi. Mikrobiyol Bul. 2010;44(2):211-9.
- 29. Demir C, Keşli R. Çeşitli klinik örneklerden izole edilen gram-negatif anaerop basillerin tiplendirilmesi ve antibiyotik direnç profillerinin E-test yöntemi ile belirlenmesi. Mikrobiyol Bul. 2018;52(1):72-9. https://doi.org/10.5578/mb.66175
- 30. Demirci M, Gemicioglu B, Saribas S, et al. A retrospective analysis of anaerobic bacteria isolated in 236 cases of pleural empyema and their prevalance of antimicrobial resistance in Turkey. Clin Lab. 2018;64(7):1269-77. https://doi.org/10.7754/Clin.Lab.2018.180317
| APA | Eminoğlu S, TEKEŞ B, Sayın E, Ulger Toprak N (2021). Agarda Dilüsyon ve Deneme Aşamasındaki EUCAST Disk Difüzyon Yöntemi ile Saptanan Bacteroides fragilis Grubu İzolatlarına Ait Antimikrobiyal Duyarlılık Sonuçlarının Karşılaştırılması. , 109 - 118. 10.5222/TMCD.2021.30075 |
| Chicago | Eminoğlu Semra,TEKEŞ Bermal,Sayın Elvan,Ulger Toprak Nurver Agarda Dilüsyon ve Deneme Aşamasındaki EUCAST Disk Difüzyon Yöntemi ile Saptanan Bacteroides fragilis Grubu İzolatlarına Ait Antimikrobiyal Duyarlılık Sonuçlarının Karşılaştırılması. (2021): 109 - 118. 10.5222/TMCD.2021.30075 |
| MLA | Eminoğlu Semra,TEKEŞ Bermal,Sayın Elvan,Ulger Toprak Nurver Agarda Dilüsyon ve Deneme Aşamasındaki EUCAST Disk Difüzyon Yöntemi ile Saptanan Bacteroides fragilis Grubu İzolatlarına Ait Antimikrobiyal Duyarlılık Sonuçlarının Karşılaştırılması. , 2021, ss.109 - 118. 10.5222/TMCD.2021.30075 |
| AMA | Eminoğlu S,TEKEŞ B,Sayın E,Ulger Toprak N Agarda Dilüsyon ve Deneme Aşamasındaki EUCAST Disk Difüzyon Yöntemi ile Saptanan Bacteroides fragilis Grubu İzolatlarına Ait Antimikrobiyal Duyarlılık Sonuçlarının Karşılaştırılması. . 2021; 109 - 118. 10.5222/TMCD.2021.30075 |
| Vancouver | Eminoğlu S,TEKEŞ B,Sayın E,Ulger Toprak N Agarda Dilüsyon ve Deneme Aşamasındaki EUCAST Disk Difüzyon Yöntemi ile Saptanan Bacteroides fragilis Grubu İzolatlarına Ait Antimikrobiyal Duyarlılık Sonuçlarının Karşılaştırılması. . 2021; 109 - 118. 10.5222/TMCD.2021.30075 |
| IEEE | Eminoğlu S,TEKEŞ B,Sayın E,Ulger Toprak N "Agarda Dilüsyon ve Deneme Aşamasındaki EUCAST Disk Difüzyon Yöntemi ile Saptanan Bacteroides fragilis Grubu İzolatlarına Ait Antimikrobiyal Duyarlılık Sonuçlarının Karşılaştırılması." , ss.109 - 118, 2021. 10.5222/TMCD.2021.30075 |
| ISNAD | Eminoğlu, Semra vd. "Agarda Dilüsyon ve Deneme Aşamasındaki EUCAST Disk Difüzyon Yöntemi ile Saptanan Bacteroides fragilis Grubu İzolatlarına Ait Antimikrobiyal Duyarlılık Sonuçlarının Karşılaştırılması". (2021), 109-118. https://doi.org/10.5222/TMCD.2021.30075 |
| APA | Eminoğlu S, TEKEŞ B, Sayın E, Ulger Toprak N (2021). Agarda Dilüsyon ve Deneme Aşamasındaki EUCAST Disk Difüzyon Yöntemi ile Saptanan Bacteroides fragilis Grubu İzolatlarına Ait Antimikrobiyal Duyarlılık Sonuçlarının Karşılaştırılması. Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti Dergisi, 51(2), 109 - 118. 10.5222/TMCD.2021.30075 |
| Chicago | Eminoğlu Semra,TEKEŞ Bermal,Sayın Elvan,Ulger Toprak Nurver Agarda Dilüsyon ve Deneme Aşamasındaki EUCAST Disk Difüzyon Yöntemi ile Saptanan Bacteroides fragilis Grubu İzolatlarına Ait Antimikrobiyal Duyarlılık Sonuçlarının Karşılaştırılması. Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti Dergisi 51, no.2 (2021): 109 - 118. 10.5222/TMCD.2021.30075 |
| MLA | Eminoğlu Semra,TEKEŞ Bermal,Sayın Elvan,Ulger Toprak Nurver Agarda Dilüsyon ve Deneme Aşamasındaki EUCAST Disk Difüzyon Yöntemi ile Saptanan Bacteroides fragilis Grubu İzolatlarına Ait Antimikrobiyal Duyarlılık Sonuçlarının Karşılaştırılması. Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti Dergisi, vol.51, no.2, 2021, ss.109 - 118. 10.5222/TMCD.2021.30075 |
| AMA | Eminoğlu S,TEKEŞ B,Sayın E,Ulger Toprak N Agarda Dilüsyon ve Deneme Aşamasındaki EUCAST Disk Difüzyon Yöntemi ile Saptanan Bacteroides fragilis Grubu İzolatlarına Ait Antimikrobiyal Duyarlılık Sonuçlarının Karşılaştırılması. Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti Dergisi. 2021; 51(2): 109 - 118. 10.5222/TMCD.2021.30075 |
| Vancouver | Eminoğlu S,TEKEŞ B,Sayın E,Ulger Toprak N Agarda Dilüsyon ve Deneme Aşamasındaki EUCAST Disk Difüzyon Yöntemi ile Saptanan Bacteroides fragilis Grubu İzolatlarına Ait Antimikrobiyal Duyarlılık Sonuçlarının Karşılaştırılması. Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti Dergisi. 2021; 51(2): 109 - 118. 10.5222/TMCD.2021.30075 |
| IEEE | Eminoğlu S,TEKEŞ B,Sayın E,Ulger Toprak N "Agarda Dilüsyon ve Deneme Aşamasındaki EUCAST Disk Difüzyon Yöntemi ile Saptanan Bacteroides fragilis Grubu İzolatlarına Ait Antimikrobiyal Duyarlılık Sonuçlarının Karşılaştırılması." Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti Dergisi, 51, ss.109 - 118, 2021. 10.5222/TMCD.2021.30075 |
| ISNAD | Eminoğlu, Semra vd. "Agarda Dilüsyon ve Deneme Aşamasındaki EUCAST Disk Difüzyon Yöntemi ile Saptanan Bacteroides fragilis Grubu İzolatlarına Ait Antimikrobiyal Duyarlılık Sonuçlarının Karşılaştırılması". Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti Dergisi 51/2 (2021), 109-118. https://doi.org/10.5222/TMCD.2021.30075 |
