Doğu Karadeniz bölgesi hepatit C hastalarında hepatit C virusu genotiplerinin belirlenmesi
Yıl: 2013 Cilt: 47 Sayı: 4 Sayfa Aralığı: 650 - 657 Metin Dili: Türkçe İndeks Tarihi: 29-07-2022
Doğu Karadeniz bölgesi hepatit C hastalarında hepatit C virusu genotiplerinin belirlenmesi
Öz: Hepatit C virusu (HCV), transfüzyonla ilişkili kronik hepatitin majör etkeni olup, tüm dünyada olduğu gibi Türkiye’de de önemli bir halk sağlığı sorunudur. Altı majör genotipi ve çok sayıda yakın ilişkili alttipleri olan HCV’nin genotiplendirmesi; epidemiyolojik verilerin toplanması, antiviral tedavinin şekillendirilmesi ve prognozun belirlenmesinde büyük önem taşımaktadır. Bu çalışmada, Türkiye’nin Doğu Karadeniz Bölgesi illerinde yaşayan HCV-RNA pozitif bireylerde, HCV genotip dağılımının belirlenmesi amaçlanmıştır. Çalışmaya, Ocak 2009-Aralık 2012 tarihleri arasında Karadeniz Teknik Üniversitesi Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Hasta Hizmetleri Laboratuvarı Moleküler Mikrobiyoloji Birimine kabul edilen, HCV-RNA pozitif 304 hasta (151 erkek, 153 kadın; yaş aralığı: 11-93 yıl, yaş ortalaması: 55.2 ± 13.3 yıl) dahil edilmiştir. Hastalara ait plazma örneklerinde HCV genotipleri ticari yöntemler [INNO-Li- PA HCV II (Innogenetics, Belçika) veya Abbott RealTime HCV Genotype II (Abbott Molecular Inc, ABD)] kullanılarak belirlenmiştir. Bu yöntemler ile bazı örneklerde ortaya çıkan şüpheli genotip sonuçları nedeniyle, çalışmada ayrıca genotipe özgül primerlerin kullanıldığı “in house” bir multipleks polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) yöntemi de uygulanmıştır. Çalışmamızda, ülkemizin genel verilerine paralel olarak, Doğu Karadeniz Bölgesi’nde illere göre değişen oranlarda dört genotipin (1, 2, 3 ve 4) var olduğu; baskın genotipin 1 (%92.8) ve baskın alttipin 1b (%87.5) olduğu gösterilmiştir. HCV alttip 1a, genotip 2, 3 ve 4 prevalansı ise sırasıyla %5.3, %1.6, %4.9 ve %0.7 oranlarında belirlenmiştir. Ayrıca çalışmada, göreceli olarak daha az göç alan Giresun, Gümüşhane ve Bayburt’ta HCV genotip 1’in daha yüksek olduğu ve Trabzon, Rize ve Artvin’e ait verilerin yabancı uyruklu hasta yerleşiminden etkilendiği gözlenmiştir. Bu çalışma, Doğu Karadeniz Bölgesi illerinde yaşayan kronik hepatit C hastalarındaki HCV genotip dağılımı verilerinin sunulduğu ilk araştırmadır. Ayrıca bu çalışmada, HCV genotiplendirmesinde kullanılan ticari “line probe assay” (LiPA) testinde karşılaşılan “hayalet bant” ve gerçek zamanlı PCR testinde karşılaşılan genotip 4 içeren çoklu genotip saptanması gibi yöntemsel sorunların çözümünde, genotipe özgül multipleks PCR yönteminin Türkiye’de görülen genotipleri tanımlamada yararlı olabileceği kanısına varılmıştır.
Anahtar Kelime: Konular:
Determination of hepatitis C virus genotypes among hepatitis C patients in eastern black sea region, Turkey
Öz: Hepatitis C virus (HCV), the major cause of transfusion-associated hepatitis, is an important public health problem in the world as well as in Turkey. HCV is grouped as six distinct genotypes and a large number of closely-related subtypes. Genotyping of HCV is an important tool for providing epidemiological data, prediction of prognosis, and optimization of antiviral therapy. This study was carried out to determine the distribution of HCV genotypes in hepatitis C patients residing in different provinces of the Eastern Black Sea Region, Turkey. A total of 304 HCV-RNA positive cases (151 male, 153 female; age range: 11-93 years, mean age: 55.2 ± 13.3 years) who were admitted to the Molecular Microbiology Unit of Department of Medical Microbiology, Karadeniz Technical University Faculty of Medicine, between January 2009 to December 2012, were included in the study. HCV genotypes were detected in plasma samples of the patients by using commercial assays [INNO-LiPA HCV II (Innogenetics, Belgium) or Abbott RealTime HCV Genotype II (Abbott Molecular Inc, USA)]. Due to the ambiguous genotyping results in some samples with these methods, an in-house multiplex polymerase chain reaction (PCR) assay with genotype-specific primers was also used in the study. Similar to the previous reports from Turkey, our results showed that four HCV genotypes (1, 2, 3, and 4) prevailed in the Eastern Black Sea Region and the predominant genotype and subtype were genotype 1 (92.8%) and 1b (87.5%), respectively. Distrubution of genotypes were observed to vary according to the province. Prevalences of subtype 1a, genotype 2, 3, and 4 were noted as 5.3%, 1.6%, 4.9%, and 0.7%, respectively. Furthermore, the samples from Giresun, Gumushane and Bayburt provinces, which are relatively less immigrated, had higher genotype 1, and the prevalence rates in the region was affected by the presence of non-citizen residents. This study is the first report on distribution of HCV genotypes in chronic hepatitis C patients living in the provinces of Eastern Black Sea Region. Moreover, genotype-specific multiplex PCR assay could be useful in resolving certain methodological problems such as “ghost bands” encountered in line probe assay (Li- PA) and multiple genotypes (including genotype 4) observed in real-time PCR during the characterization of HCV genotypes seen in Turkey.
Anahtar Kelime: Konular:
Belge Türü: Makale Makale Türü: Araştırma Makalesi Erişim Türü: Bibliyografik
- 1. Kuo G, Choo QL, Alter HJ, et al. An assay for circulating antibodies to a major etiologic virus of human non- A, non-B hepatitis. Science Apr 1989; 244(4902): 362-4.
- 2. Simmonds P, Bukh J, Combet C, et al. Consensus proposals for a unified system of nomenclature of hepatitis C virus genotypes. Hepatology 2005; 42(4): 962-73.
- 3. Sünbül M. HCV enfeksiyonunun epidemiyolojisi ve korunma, s: 208-19. Tabak F, Tekeli E, Balık İ (ed), Viral Hepatit 2007. 2007, 1. baskı. Deniz Ofset, İstanbul.
- 4. Hnatyszyn HJ. Chronic hepatitis C and genotyping: the clinical significance of determining HCV genotypes. Antivir Ther 2005; 10(1): 1-11.
- 5. Abacıoglu YH, Davidson F, Tuncer S, et al. The distribution of hepatitis C virus genotypes in Turkish patients. J Viral Hepat 1995; 2(6): 297-301.
- 6. Özaçar T, Altuglu I, Zeytinoglu A ve ark. Kronik C hepatitinde HCV genotiplerinin dağılımı. Mikrobiyol Bul 2001; 35 (3): 451-8.
- 7. Kalayci R, Altindiş M, Gülamber G, Demirtürk N, Akcan Y, Demirdal T. Kronik hepatit B ve hepatit C'li hastalarda genotip dağılımı ve hepatit B olgularında direnç paterninin araştırılması. Mikrobiyol Bul 2010; 44(2): 237-43.
- 8. Şanlıdağ T, Akçalı S, Özbakkaloğlu B, Ertekin D, Akduman E. Manisa bölgesinde hepatit C virus genotiplerinin dağılımı. Mikrobiyol Bul 2009; 43(4): 613-8.
- 9. Küçüköztaş MF, Özgüneş N, Yazıcı S. Kronik hepatit C'li hastalarda hepatit C virusu (HCV) genotipleri ile alanin aminotransferaz ve HCV-RNA düzeyleri arasındaki ilişkinin araştırılması. Mikrobiyol Bul 2010; 44(1): 111-5.
- 10. Aktaş E, Ogedey ED, Külah C, Beğendik Cömert F. Zonguldak bölgesinde hepatit C virusu genotipleri. Mikrobiyol Bul 2010; 44(4): 647-50.
- 11. Bozdayı G, Verdi H, Rota S ve ark. Hemodiyaliz hastalarında hepatit C virus enfeksiyon varlığının araştırılması ve HCV genotip dağılımının belirlenmesi. Mikrobiyol Bul 2002; 36 (3): 291-304.
- 12. Ural O, Arslan U, Fındık D. Konya bölgesinde hepatit C virusu genotip dağılımı. İnfeksiyon Dergisi 2007; 21(4): 175-81.
- 13. Çelik C, Bakıcı MZ, Kaygusuz R, Ertürk R. Sivas yöresindeki HCV genotip dağılımlarının araştırılması. Viral Hepatit Derg 2010; 16(3): 106-10.
- 14. Gökahmetoğlu S, Atalay MA, Kılınç A. Hepatit C virüs genotiplerinin pirosekanslama yöntemi ile belirlenmesi. Erciyes Tıp Derg 2011; 33(2): 99-102.
- 15. Yarkın F, Hafta A. Kronik hepatit C enfeksiyonu olan hastalarda hepatit C virüs (HCV) genotiplerinin dağılımı. Viral Hepatit Derg 2000; 6(3): 164-8.
- 16. Çil T, Özekinci T, Göral V, Altıntaş A. Güneydoğu Anadolu Bölgesi’nde hepatit C virüsü genotipleri. Turkiye Klinikleri J Med Sci 2007; 27(4): 496-500.
- 17. Kayman T, Karakükçü Ç, Karaman A, Gözütok F. Kayseri bölgesinde hepatit C virüs enfeksiyonunun genotip dağılımı. Türk Mikrobiyol Cem Derg 2012; 42(1): 21-6.
- 18. Tezcan S, Ulger M, Aslan G ve ark. Mersin ilinde hepatit C virusu genotip dağılımının belirlenmesi. Mikrobiyol Bul 2013;47(2):332-8.
- 19. EASL International Consensus Conference on Hepatitis C. Paris, 26-28 February 1999, Consensus Statement. European Association for the Study of the Liver. J Hepatol 1999; 30(5): 956-61.
- 20. Mangia A, Ricci GL, Persico M, et al. A randomized controlled trial of pegylated interferon alpha-2a (40 KD) or interferon alpha-2a plus ribavirin and amantadine vs interferon alpha-2a and ribavirin in treatment-na- ïve patients with chronic hepatitis C. J Viral Hepat 2005;12(3): 292-9.
- 21. Kim SR, El-Shamy A, Imoto S, et al. Prediction of response to pegylated interferon/ribavirin combination therapy for chronic hepatitis C genotype 1b and high viral load. J Gastroenterol 2012; 47(10): 1143-51.
- 22. Foster GR, Hézode C, Bronowicki JP, et al. Telaprevir alone or with peginterferon and ribavirin reduces HCV RNA in patients with chronic genotype 2 but not genotype 3 infections. Gastroenterology 2011; 141(3): 881-9.
- 23. Cantaloube JF, Gallian P, Attoui H, Biagini P, De Micco P, de Lamballerie X. Genotype distribution and molecular epidemiology of hepatitis C virus in blood donors from southeast France. J Clin Microbiol 2005; 43(8): 3624-9.
- 24. Weck K. Molecular methods of hepatitis C genotyping. Expert Rev Mol Diagn 2005; 5(4): 507-20.
- 25. Ghany MG, Strader DB, Thomas DL, Seeff LB. Diagnosis, management, and treatment of hepatitis C: an update. Hepatology 2009; 49(4): 1335-74.
- 26. Ohno O, Mizokami M, Wu RR, et al. New hepatitis C virus (HCV) genotyping system that allows for identification of HCV genotypes 1a, 1b, 2a, 2b, 3a, 3b, 4, 5a, and 6a. J Clin Microbiol 1997; 35(1): 201-7.
- 27. Furione M, Simoncini L, Gatti M, et al. HCV genotyping by three methods: analysis of discordant results based on sequencing. J Clin Virol 1999; 13(3): 121-30.
- 28. Ciotti M, Marcuccilli F, Guenci T, et al. A multicenter evaluation of the Abbott RealTime HCV Genotype II assay. J Virol Methods 2010; 167(2): 205-7.
- 29. Schutzbank TE, Sefers SE, Kahmann N, Li H, Tang YW. Comparative evaluation of three commercially ava- ilable methodologies for hepatitis C virus genotyping. J Clin Microbiol 2006; 44(10): 3797-8.
- 30. Nolte FS, Green AM, Fiebelkorn KR, et al. Clinical evaluation of two methods for genotyping hepatitis C virus based on analysis of the 5' noncoding region. J Clin Microbiol 2003; 41(4): 1558-64.
APA | BURUK C, BAYRAMOĞLU G, REİS A, KAKLIKKAYA N, TOSUN I, Aydın F (2013). Doğu Karadeniz bölgesi hepatit C hastalarında hepatit C virusu genotiplerinin belirlenmesi. , 650 - 657. |
Chicago | BURUK Celal Kurtuluş,BAYRAMOĞLU Gülçin,REİS Ahu,KAKLIKKAYA NESE,TOSUN Ilknur,Aydın Faruk Doğu Karadeniz bölgesi hepatit C hastalarında hepatit C virusu genotiplerinin belirlenmesi. (2013): 650 - 657. |
MLA | BURUK Celal Kurtuluş,BAYRAMOĞLU Gülçin,REİS Ahu,KAKLIKKAYA NESE,TOSUN Ilknur,Aydın Faruk Doğu Karadeniz bölgesi hepatit C hastalarında hepatit C virusu genotiplerinin belirlenmesi. , 2013, ss.650 - 657. |
AMA | BURUK C,BAYRAMOĞLU G,REİS A,KAKLIKKAYA N,TOSUN I,Aydın F Doğu Karadeniz bölgesi hepatit C hastalarında hepatit C virusu genotiplerinin belirlenmesi. . 2013; 650 - 657. |
Vancouver | BURUK C,BAYRAMOĞLU G,REİS A,KAKLIKKAYA N,TOSUN I,Aydın F Doğu Karadeniz bölgesi hepatit C hastalarında hepatit C virusu genotiplerinin belirlenmesi. . 2013; 650 - 657. |
IEEE | BURUK C,BAYRAMOĞLU G,REİS A,KAKLIKKAYA N,TOSUN I,Aydın F "Doğu Karadeniz bölgesi hepatit C hastalarında hepatit C virusu genotiplerinin belirlenmesi." , ss.650 - 657, 2013. |
ISNAD | BURUK, Celal Kurtuluş vd. "Doğu Karadeniz bölgesi hepatit C hastalarında hepatit C virusu genotiplerinin belirlenmesi". (2013), 650-657. |
APA | BURUK C, BAYRAMOĞLU G, REİS A, KAKLIKKAYA N, TOSUN I, Aydın F (2013). Doğu Karadeniz bölgesi hepatit C hastalarında hepatit C virusu genotiplerinin belirlenmesi. Mikrobiyoloji Bülteni, 47(4), 650 - 657. |
Chicago | BURUK Celal Kurtuluş,BAYRAMOĞLU Gülçin,REİS Ahu,KAKLIKKAYA NESE,TOSUN Ilknur,Aydın Faruk Doğu Karadeniz bölgesi hepatit C hastalarında hepatit C virusu genotiplerinin belirlenmesi. Mikrobiyoloji Bülteni 47, no.4 (2013): 650 - 657. |
MLA | BURUK Celal Kurtuluş,BAYRAMOĞLU Gülçin,REİS Ahu,KAKLIKKAYA NESE,TOSUN Ilknur,Aydın Faruk Doğu Karadeniz bölgesi hepatit C hastalarında hepatit C virusu genotiplerinin belirlenmesi. Mikrobiyoloji Bülteni, vol.47, no.4, 2013, ss.650 - 657. |
AMA | BURUK C,BAYRAMOĞLU G,REİS A,KAKLIKKAYA N,TOSUN I,Aydın F Doğu Karadeniz bölgesi hepatit C hastalarında hepatit C virusu genotiplerinin belirlenmesi. Mikrobiyoloji Bülteni. 2013; 47(4): 650 - 657. |
Vancouver | BURUK C,BAYRAMOĞLU G,REİS A,KAKLIKKAYA N,TOSUN I,Aydın F Doğu Karadeniz bölgesi hepatit C hastalarında hepatit C virusu genotiplerinin belirlenmesi. Mikrobiyoloji Bülteni. 2013; 47(4): 650 - 657. |
IEEE | BURUK C,BAYRAMOĞLU G,REİS A,KAKLIKKAYA N,TOSUN I,Aydın F "Doğu Karadeniz bölgesi hepatit C hastalarında hepatit C virusu genotiplerinin belirlenmesi." Mikrobiyoloji Bülteni, 47, ss.650 - 657, 2013. |
ISNAD | BURUK, Celal Kurtuluş vd. "Doğu Karadeniz bölgesi hepatit C hastalarında hepatit C virusu genotiplerinin belirlenmesi". Mikrobiyoloji Bülteni 47/4 (2013), 650-657. |