Hepatit C Virüsü (HCV), tüm dünyada yaklaşık 185 milyon insanı enfekte ettiği tahmin edilen ve her yıl 350 000 kişinin ölümüne sebep olan bir virüstür. HCV’nin yedi genotipi ve 100’den fazla alt tipi bulunmaktadır. HCV tedavisinde hedef, kalıcı virolojik yanıt (KVY) olup, KVY’yi belirleyen en önemli viro- lojik faktörler, genotip ve başlangıçtaki HCV-RNA düzeyleridir. Bu araştırmayla, “line probe assay (LIPA)” yöntemiyle saptanan HCV genotiplerinin ve alt tiplerinin, dizi analiziyle karşılaştırılması amaçlanmıştır. Kronik hepatit C enfeksiyonu tanısı almış, HCV RNA viral yükü 104 IU/ml ve üzeri olan 212 hasta örneğin- de LIPA (NLM analytica, İtalya) ve dizi analizi yöntemleriyle HCV genotip ve alt tipleri araştırılmıştır. LIPA yönteminde 5’UTR ve kor bölgeleri, dizi analizi yönteminde ise NS5B gen bölgesi çalışılmıştır. NS5B gen bölgesinde 340 bp’lik bölge hemi-nested polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) yöntemiyle çoğaltıldıktan sonra, dizi analizi işlemleri (ABI 3500 Genetic Analyzer, Applied Biosystems, ABD) gerçekleştirilmiştir. İsta- tistiksel analizler, TURCOSA Analytics programı kullanılarak yapılmıştır. Çalışmada, LIPA yöntemiyle HCV genotip ve alt tipleri araştırılan 212 hastanın 40 (%18.8)’ında Genotip 1a, 97 (%45.75)’sinde genotip 1b, 7 (%3.3)’sinde genotip 2, 12 (%5.6)’sinde genotip 2a/c, 2 (%0.94)’sinde genotip 2b, 19 (%8.96)’unda genotip 3, 16 (%7.55)’sında genotip 4, 1 (%0.47)’inde genotip 4a, 15(%7.5)’inde genotip 4c/d, 1 (%0.47)’inde genotip 4h ve 2 (%0.94)’sinde genotip 5 bulunmuştur. Dizi analizi yöntemiyle değerlendi- rilen 212 hastanın 20 (%9.43)’sinde genotip 1a, 118 (%55.6)’inde genotip 1b, 16 (%7.55)’sında genotip2a, 4 (%1.89)’ünde genotip 2b, 1 (%0.47)’inde genotip 2k, 21 (%9.91)’inde genotip 3a, 2 (%0.94)’sin- de genotip 4a, 28 (%13.21)’inde genotip 4d ve 2 (%0.94)’sinde genotip 5a saptanmıştır. İki yöntem arasındaki sonuç farklılığı istatistiksel olarak anlamlı bulunmuştur (p< 0.001). Viral yük-genotip ilişkisine göre, en yüksek viral yük genotip 1a hastalarında saptanmıştır (p< 0.001). Sonuç olarak, çalışmamızda HCV genotip ve alt tiplerinin belirlenmesi amacıyla, LIPA ve dizi analizi yöntemleri karşılaştırılmış ve iki yöntem arasındaki genotip uyumu; genotip bazında %97.5, alt tip bazında %19 olarak saptanmıştır. Kronik HCV hastalarında direkt etkili antiviral (DEA) tedavi protokolü, genotip/alt tip tayinine göre plan- landığından, rutinde yaygın olarak çalışılan LIPA yönteminde elde edilen sonuçların dizi analizi yöntemiyle uyumsuzluğu dikkate değerdir ve bu sonuçların daha fazla sayıda örnek içeren çalışmalarla desteklenmesi gerektiği kanaatine varılmıştır.