Akdeniz Üniversitesi hastanesinde kronik hepatit C enfeksiyonu olan hastalarda hepatit C virus genotipleri: Beş yıllık sonuçların değerlendirilmesi
Yıl: 2014 Cilt: 48 Sayı: 3 Sayfa Aralığı: 429 - 437 Metin Dili: Türkçe İndeks Tarihi: 29-07-2022
Akdeniz Üniversitesi hastanesinde kronik hepatit C enfeksiyonu olan hastalarda hepatit C virus genotipleri: Beş yıllık sonuçların değerlendirilmesi
Öz: Hepatit C virusu (HCV) kronik hepatitlerin en önemli nedenlerinden biridir. HCV’ye bağlı kronik hepatitlerin seyrinde ve tedavinin planlanmasında HCV genotipleri önem taşımaktadır. Bu çalışmada, Akdeniz Üniversitesi Hastanesi Mikrobiyoloji Laboratuvarında yapılan HCV genotiplendirilmesine ait sonuçların retrospektif olarak değerlendirilmesi ve son beş yıl içinde genotip dağılımındaki değişimin incelenmesi amaçlanmıştır. Çalışmaya, 2009-2013 yılları arasında laboratuvarımıza HCV genotip tayini için gönderilen, HCV-RNA pozitif kronik hepatit C’li 422 hastaya (219 erkek, 203 kadın; yaş aralığı: 8-79 yıl, yaş ortalaması 46.3 ± 15.5 yıl) ait kan örnekleri dahil edilmiştir. Genotiplendirme için, plazma örneklerinden HCV-RNA ekstraksiyonu otomatize sistem (EZ1 Virus Mini Kit v2.0, Qiagen, Almanya) ile yapılmış ve ters hibridizasyon esaslı ticari bir “line prob assay” (LIPA; GEN-C RT-PCR, İtalya) yöntemi uygulanmıştır. Viral yük tayini için ise, HCV-RNA düzeyleri gerçek zamanlı PCR yöntemi (Cobas TaqMan HCV, Roche Diagnostics, Almanya) ile araştırılmıştır. Hastaların demografik verileri, hastane elektronik bilgi sisteminden ve hasta dosyalarından elde edilmiştir. Hastaların %63.3 (n= 267)’ünde genotip 1b, %14.7 (n= 62)’sinde genotip 1a, %11.1 (n= 47)’inde genotip 3a, %0.9 (n= 4)’unda genotip 2b ve %0.2 (n= 1)’sinde genotip 4e saptanmış; 1 hastada (%0.2) ise genotip 1 ve 4 birlikteliği izlenmiştir. Genotip 1, 2 ve 4 ile enfekte hastaların sırasıyla; %5.4 (n= 23), %2.6 (n= 11) ve %1.4 (n= 6)’ünde alt tip tayini yapılamamıştır. Kırk hastanın yabancı uyruklu olduğu (Rusya’dan 16; Ukrayna ve Gürcistan’dan dörder; Türkmenistan, Kırgızistan ve Almanya’dan üçer; Tacikistan, Azerbaycan, Özbekistan, Çeçenistan, Moldova, İsviçre ve Romanya’dan birer hasta) belirlenmiş; bu hastalarda en sık genotip 3a (19/40; %47.5) tespit edilmiş, genotip 1b ise ikinci sırayı (17/40; %42.5) almıştır. Ortanca HCV viral yük değerleri; tüm hastalar için 668.500 IU/ml (aralık 2.000-9.630.000), genotip 1 ile enfekte hastalar için 732.000 IU/ml (aralık 2.000-9.630.000) ve diğer genotipler ile enfekte hastalar için 444.000 IU/ml (aralık: 2.650- 8.330.000) olarak hesaplanmıştır (p> 0.05). Genotip 1 ile enfekte hastaların, diğer genotiplerle enfekte hastalara göre daha ileri yaşta oldukları (sırasıyla, 47 ± 15.7 yıl ve 39.5 ± 12.2 yıl; p< 0.001) görülmüştür. Farklı genotiplerle enfekte hastalar arasında cinsiyet dağılımı açısından anlamlı bir fark bulunmamıştır (p> 0.05). HCV genotiplerinin belirlenmesi, kronik HCV enfeksiyonlarının tedavisinde yol göstericidir, aynı zamanda HCV epidemiyolojisindeki değişikliklerin izlenmesine de olanak sağlamaktadır. Bu çalışmada, HCV genotip 1b en yüksek oranda görülmekle birlikte, genotip 1 dışındaki genotipler de saptanmış ve bu durumun bölgemizde yaşayan yabancı uyruklu kişilerle ve bölgemizin bir turizm merkezi olmasıyla ilgili olabileceği düşünülmüştür.
Anahtar Kelime: Konular:
Distribution of hepatitis C virus genotypes among patients with chronic hepatitis C infection in Akdeniz University Hospital, Antalya, Turkey: A five-year evaluation
Öz: Hepatitis C virus (HCV) is one of the major causes of chronic hepatitis. It is important to know the genotypes of HCV in the decision of the HCV related chronic hepatitis therapy. The aim of this study was to evaluate the HCV genotypes determined at the Microbiology Laboratory of Akdeniz University Hospital, and to evaluate the changes in the distribution of the genotypes within the last five years. A total of 422 blood samples from HCV-RNA positive chronic hepatitis C patients (219 male, 203 fema- le; age range: 8-79 yrs, mean age 46.3 ± 15.5 yrs) which were sent to our laboratory for genotyping between 2009-2013 period, were analyzed retrospectively. HCV-RNA extractions were performed in an automated system (EZ1 Virus Mini Kit v2.0, Qiagen, Germany), and a commercial reverse hybridizati- on line probe-based assay (LIPA; GEN-C RT-PCR, Italy) was carried out for genotyping, For viral load determinations, a real-time PCR method (Cobas TaqMan HCV, Roche Diagnostics, Germany) was used. Demographic data of the patients were obtained from the hospital information systems and electronic patients’ files. Out of the 422 patients, genotype 1b was detected in 63.3% (n= 267), genotype 1a in 14.7% (n= 62), genotype 3a in 11.1% (n= 47), genotype 2b in 0.9% (n= 4), genotype 4e in 0.2% (n= 1). The subtypes couldn’t be determined for 5.4% (n= 23), 2.6% (n= 11) and 1.4% (n= 6) of the patients infected with genotype 1, 2 and 4, respectively. One (0.2%) patient, was coinfected with genotype 1 and 4. Of the patients, 40 were foreign-born (16 cases from Russia; 4 of each from Ukraine and Georgia; 3 of each from Turkmenistan, Kyrgyzstan, and Germany; one of each from Tajikistan, Azerbaijan, Uzbekistan, Chechnya, Moldova, Switzerland and Romania) and among these patients genotype 3a (19/40; 47.5%) was the most common genotype followed by genotype 1b (17/40; 42.5%). Median values of HCV viral load were 668.500 IU/ml (range: 2.000-9.630.000) in the whole group; while it was 732.000 IU/ml (range: 2.000-9.630.000) in patients infected with genotype 1 and 444.000 IU/ml (range: 2.650- 8.330.000) in patients infected with the other genotypes (p> 0.05). Patients infected with genotype 1 were found to be older than those infected with other genotypes (47 ± 15.7 and 39.5 ± 12.2, respectively; p< 0.001). Among patients infected with different genotypes, there was no statistically significant difference in terms of genders (p> 0.05). In conclusion, the determination of HCV genotypes is of crucial importance for treatment decision-making of chronic HCV infection. Besides, it also allows monitoring the changes in the epidemiology of HCV. In this study, although genotype 1b was determined as the most common HCV genotype, the detection of other genotypes was remarkable. This finding was attributed to the presence of many foreign national people in Antalya region which was a high capacity tourism area in Turkey.
Anahtar Kelime: Konular:
Belge Türü: Makale Makale Türü: Araştırma Makalesi Erişim Türü: Bibliyografik
- 1. Alter MJ, Margolis HS, Krawczynski K, et al. The natural history of community-acquired hepatitis C in the United States. The Sentinel Counties Chronic non-A, non-B Hepatitis Study Team. N Engl J Med 1992; 327(27): 1899-905.
- 2. Tremolada F, Casarin C, Alberti A, et al. Long-term follow-up of non-A, non-B (type C) post-transfusion hepatitis. J Hepatol. 1992; 16(3): 273-81.
- 3. Booth JC, O’Grady J, Neuberger J; The Royal College of Physicians of London and the British Society of Gastroenterology. Clinical guidelines on the management of hepatitis C. Gut 2001; 49 Suppl 1: I1-21.
- 4. Ohno O, Mizokami M, Wu RR, et al. New hepatitis C virus (HCV) genotyping system that allows for identification of HCV genotypes 1a, 1b, 2a, 2b, 3a, 3b,
- 4, 5a, and 6a. J Clin Microbiol 1997; 35(1): 201-7.
- 5. McOmish F, Yap PL, Dow BC, et al. Geographical distribution of hepatitis C virus genotypes in blood donors: an international collaborative survey. J Clin Microbiol 1994; 32(4): 884-92.
- 6. Barut HŞ, Günal Ö. Dünyada ve ülkemizde hepatit C epidemiyolojisi. Klimik Derg 2009; 22(2): 38-43.
- 7. Magiorkinis G, Magiorkinis E, Paraskevis D, et al. The global spread of hepatitis C virus 1a and 1b: a phylodynamic and phylogeographic analysis. PLoS Med 2009; 6(12): e1000198.
- 8. Simmonds P, Holmes EC, Cha TA, et al. Classification of hepatitis C virus into six major genotypes and a series of subtypes by phylogenetic analysis of the NS-5 region. J Gen Virol 1993; 74(Pt 11): 2391-9.
- 9. Zarkesh-Esfahani SH, Kardi MT, Edalati M. Hepatitis C virus genotype frequency in Isfahan province of Iran: a descriptive cross-sectional study. Virol J 2010; 7: 69.
- 10. Buruk CK, Bayramoğlu G, Reis A, Kaklıkkaya N, Tosun I, Aydın F. Determination of hepatitis C virus genotypes among hepatitis C patients in Eastern Black Sea region, Turkey. Mikrobiyol Bul 2013; 47(4): 650-7.
- 11. Kabakçı SG. Hepatit C virusunun Türkiye’de dağılımı ve NS5b, E1 ve 5’UTR bölgelerine göre filogenetik analiz ile genotiplerinin belirlenmesi. Yüksek Lisans Tezi, 2011. Ankara Üniversitesi Biyoteknoloji Enstitüsü, Ankara.
- 12. Altındiş M, Aktepe OM, Cetinkaya Z, Ciftçi İH. Short communication: determination of hepatitis C virus genotypes by INNO-LIPA and sequence analysis methods. Mikrobiyol Bul 2007; 41(1): 121-6.
- 13. Abacıoglu YH, Davidson F, Tuncer S, et al. The distribution of hepatitis C virus genotypes in Turkish patients. J Viral Hepat 1995; 2(6): 297-301.
- 14. Kendal Y, Değertekin H, Akkız H. HCV genotypes in HCV related chronic hepatitis in Southeast Anatolia. Turk J Gastroenterol 1999; 10(3): 249-52.
- 15. Yarkın F, Hafta A. Kronik hepatit C enfeksiyonu olan hastalarda hepatit C virus genotiplerinin dağılımı. Viral Hepatit Derg 2000; 6(3): 164-7.
- 16. Bozdayi AM, Aslan N, Bozdayi G, et al. Molecular epidemiology of hepatitis B, C and D viruses in Turkish patients. Arch Virol 2004; 149(11): 2115-29.
- 17. Ural O, Arslan U, Fındık D. Konya bölgesinde hepatit C virusu genotip dağılımı. İnfeksiyon Derg 2007; 21(4): 175-81.
- 18. Altuglu I, Soyler I, Ozacar T, Erensoy S. Distribution of hepatitis C virus genotypes in patients with chronic hepatitis C infection in Western Turkey. Int J Infect Dis 2008; 12(3): 239-44.
- 19. Sanlidağ T, Akçali S, Ozbakkaloğlu B, Ertekin D, Akduman E. Distribution of hepatitis C virus genotypes in Manisa region, Turkey. Mikrobiyol Bul 2009; 43(4): 613-8.
- 20. Çiftci İH, Er H, Aşık G, Aktepe OC, Altındiş M. Hepatit C virusu (HCV) RNA pozitif olgularda genotip dağılımı. Kocatepe Tıp Derg 2009; 10(1-3): 21-4.
- 21. Aktaş E, Ogedey ED, Külah C, Beğendik Cömert F. Hepatitis C virus genotypes in a province of western Black-Sea region, Turkey. Mikrobiyol Bul 2010; 44(4): 647-50.
- 22. Gökahmetoğlu S, Atalay MA, Kılınç A. Hepatit C virus genotiplerinin pirosekanslama yöntemi ile belirlenmesi. Erciyes Tıp Derg 2011; 33(2): 99-102.
- 23. Kayman T, Karakükçü Ç, Karaman A, Gözütok F. Kayseri bölgesinde hepatit C virus enfeksiyonunun genotip dağılımı.Türk Mikrobiyol Cem Derg 2012; 42(1): 21-6.
- 24. Kirişçi Ö, Çalışkan A, Alkış Koçtürk S, Erdoğmuş P, Gül M. Kahramanmaraş ili hepatit C virus ile enfekte bireylerde genotip dağılımı ve genotipin HCV-RNA yükü ve ALT-AST ilişkisi. Viral Hepatit Derg 2013; 19(2): 67-70.
- 25. Altuğlu I, Sertöz R, Aksoy A, Gürsel D, Tüzüner U, Günşar F. Possible transmission risks and genotype distribution of hepatitis C virus infection in Western Turkey. Turk J Gastroenterol 2013; 24(5): 349-55.
- 26. Tezcan S, Ulger M, Aslan G, et al. Determination of hepatitis C virus genotype distribution in Mersin province, Turkey. Mikrobiyol Bul 2013; 47(2): 332-8.
- 27. Özcan A, Dağlar D, Öngüt G, Öğünç D, Gültekin M, Çolak D. Hepatit C virus (HCV) RNA pozitif olguların HCV genotiplerinin ‘’Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP)” yöntemiyle araştırılması. Uluslararası Katılımlı 2. Ulusal Viroloji Kongresi,13-17 Eylül 2005, Kemer, Antalya. Kongre Kitabı, s: 277, P28.
- 28. Kuzin SN, Samokhvalov EI, Zabotina EE, et al. Hepatitis virus genotype structure in patients with chronic hepatitis C. Zh Mikrobiol Epidemiol Immunobiol 2011; (3): 33-8.
- 29. Türkiye İstatistik Kurumu Veritabanları. Erişim: http://www.tuik.gov.tr
- 30. Küçüköztaş MF. Hepatit C virus genotip dağılımının alanin aminotransferaz ve HCV-RNA ile ilişkisi. Uzmanlık Tezi, 2008. Göztepe Eğitim ve Araştırma Hastanesi, İstanbul.
- 31. Selcuk H, Kanbay M, Korkmaz M, et al. Distribution of HCV genotypes in patients with end-stage renal disease according to type of dialysis treatment. Dig Dis Sci 2006; 51(8): 1420-5.
APA | Sağlık İ, MUTLU D, ÖNGÜT G, İNAN D, ÖĞÜNÇ M, SARINOĞLU CAN R, BAYSAN ÖZHAK B, GÜLTEKİN M, Çolak D (2014). Akdeniz Üniversitesi hastanesinde kronik hepatit C enfeksiyonu olan hastalarda hepatit C virus genotipleri: Beş yıllık sonuçların değerlendirilmesi. , 429 - 437. |
Chicago | Sağlık İmran,MUTLU Derya,ÖNGÜT Gözde,İNAN DİLARA,ÖĞÜNÇ MERAL DİLARA,SARINOĞLU CAN Rabia,BAYSAN ÖZHAK Betil,GÜLTEKİN Meral,Çolak Dilek Akdeniz Üniversitesi hastanesinde kronik hepatit C enfeksiyonu olan hastalarda hepatit C virus genotipleri: Beş yıllık sonuçların değerlendirilmesi. (2014): 429 - 437. |
MLA | Sağlık İmran,MUTLU Derya,ÖNGÜT Gözde,İNAN DİLARA,ÖĞÜNÇ MERAL DİLARA,SARINOĞLU CAN Rabia,BAYSAN ÖZHAK Betil,GÜLTEKİN Meral,Çolak Dilek Akdeniz Üniversitesi hastanesinde kronik hepatit C enfeksiyonu olan hastalarda hepatit C virus genotipleri: Beş yıllık sonuçların değerlendirilmesi. , 2014, ss.429 - 437. |
AMA | Sağlık İ,MUTLU D,ÖNGÜT G,İNAN D,ÖĞÜNÇ M,SARINOĞLU CAN R,BAYSAN ÖZHAK B,GÜLTEKİN M,Çolak D Akdeniz Üniversitesi hastanesinde kronik hepatit C enfeksiyonu olan hastalarda hepatit C virus genotipleri: Beş yıllık sonuçların değerlendirilmesi. . 2014; 429 - 437. |
Vancouver | Sağlık İ,MUTLU D,ÖNGÜT G,İNAN D,ÖĞÜNÇ M,SARINOĞLU CAN R,BAYSAN ÖZHAK B,GÜLTEKİN M,Çolak D Akdeniz Üniversitesi hastanesinde kronik hepatit C enfeksiyonu olan hastalarda hepatit C virus genotipleri: Beş yıllık sonuçların değerlendirilmesi. . 2014; 429 - 437. |
IEEE | Sağlık İ,MUTLU D,ÖNGÜT G,İNAN D,ÖĞÜNÇ M,SARINOĞLU CAN R,BAYSAN ÖZHAK B,GÜLTEKİN M,Çolak D "Akdeniz Üniversitesi hastanesinde kronik hepatit C enfeksiyonu olan hastalarda hepatit C virus genotipleri: Beş yıllık sonuçların değerlendirilmesi." , ss.429 - 437, 2014. |
ISNAD | Sağlık, İmran vd. "Akdeniz Üniversitesi hastanesinde kronik hepatit C enfeksiyonu olan hastalarda hepatit C virus genotipleri: Beş yıllık sonuçların değerlendirilmesi". (2014), 429-437. |
APA | Sağlık İ, MUTLU D, ÖNGÜT G, İNAN D, ÖĞÜNÇ M, SARINOĞLU CAN R, BAYSAN ÖZHAK B, GÜLTEKİN M, Çolak D (2014). Akdeniz Üniversitesi hastanesinde kronik hepatit C enfeksiyonu olan hastalarda hepatit C virus genotipleri: Beş yıllık sonuçların değerlendirilmesi. Mikrobiyoloji Bülteni, 48(3), 429 - 437. |
Chicago | Sağlık İmran,MUTLU Derya,ÖNGÜT Gözde,İNAN DİLARA,ÖĞÜNÇ MERAL DİLARA,SARINOĞLU CAN Rabia,BAYSAN ÖZHAK Betil,GÜLTEKİN Meral,Çolak Dilek Akdeniz Üniversitesi hastanesinde kronik hepatit C enfeksiyonu olan hastalarda hepatit C virus genotipleri: Beş yıllık sonuçların değerlendirilmesi. Mikrobiyoloji Bülteni 48, no.3 (2014): 429 - 437. |
MLA | Sağlık İmran,MUTLU Derya,ÖNGÜT Gözde,İNAN DİLARA,ÖĞÜNÇ MERAL DİLARA,SARINOĞLU CAN Rabia,BAYSAN ÖZHAK Betil,GÜLTEKİN Meral,Çolak Dilek Akdeniz Üniversitesi hastanesinde kronik hepatit C enfeksiyonu olan hastalarda hepatit C virus genotipleri: Beş yıllık sonuçların değerlendirilmesi. Mikrobiyoloji Bülteni, vol.48, no.3, 2014, ss.429 - 437. |
AMA | Sağlık İ,MUTLU D,ÖNGÜT G,İNAN D,ÖĞÜNÇ M,SARINOĞLU CAN R,BAYSAN ÖZHAK B,GÜLTEKİN M,Çolak D Akdeniz Üniversitesi hastanesinde kronik hepatit C enfeksiyonu olan hastalarda hepatit C virus genotipleri: Beş yıllık sonuçların değerlendirilmesi. Mikrobiyoloji Bülteni. 2014; 48(3): 429 - 437. |
Vancouver | Sağlık İ,MUTLU D,ÖNGÜT G,İNAN D,ÖĞÜNÇ M,SARINOĞLU CAN R,BAYSAN ÖZHAK B,GÜLTEKİN M,Çolak D Akdeniz Üniversitesi hastanesinde kronik hepatit C enfeksiyonu olan hastalarda hepatit C virus genotipleri: Beş yıllık sonuçların değerlendirilmesi. Mikrobiyoloji Bülteni. 2014; 48(3): 429 - 437. |
IEEE | Sağlık İ,MUTLU D,ÖNGÜT G,İNAN D,ÖĞÜNÇ M,SARINOĞLU CAN R,BAYSAN ÖZHAK B,GÜLTEKİN M,Çolak D "Akdeniz Üniversitesi hastanesinde kronik hepatit C enfeksiyonu olan hastalarda hepatit C virus genotipleri: Beş yıllık sonuçların değerlendirilmesi." Mikrobiyoloji Bülteni, 48, ss.429 - 437, 2014. |
ISNAD | Sağlık, İmran vd. "Akdeniz Üniversitesi hastanesinde kronik hepatit C enfeksiyonu olan hastalarda hepatit C virus genotipleri: Beş yıllık sonuçların değerlendirilmesi". Mikrobiyoloji Bülteni 48/3 (2014), 429-437. |