Distribution of HCV Genotypes in Patients of with Chronic Hepatitis C in the Eastern Anatolia Region

Aydin, Hakan; ÖZKÜLEKCİ, Mehmet Beyhan; ÖZBEK, Ahmet; AKTAŞ, Osman

Distribution of HCV Genotypes in Patients of with Chronic Hepatitis C in the Eastern Anatolia Region

Osman AKTAŞ, (Atatürk Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Erzurum, Türkiye)

Ahmet ÖZBEK, (Sakarya Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Sakarya, Türkiye)

Hakan AYDIN, (Atatürk Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Erzurum, Türkiye)

Mehmet Beyhan ÖZKÜLEKCİ (Atatürk Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Erzurum, Türkiye)

Viral Hepatitis Journal

0 0

Yıl: 2014 Cilt: 20 Sayı: 3 Sayfa Aralığı: 91 - 94 Metin Dili: Türkçe İndeks Tarihi: 29-07-2022

Distribution of HCV Genotypes in Patients of with Chronic Hepatitis C in the Eastern Anatolia Region

Öz:

Amaç: Hepatit C virüsü (HCV) kan yoluyla bulaşan, tüm dünyada geniş kitlelerietkileyen, kronik hepatit, siroz ve hepatoselüler karsinom gibi hastalıklarınönemli etkenlerinden biridir. Hepatit C virüsünün genotipik değişkenliği hepatit Chastalarının takibinde ve tedavisinde yol gösterici olmaktadır. Daha önce Doğu veKuzey-Doğu Anadolu bölgesi hastalarında hepatit C virüs genotiplendirilmesiyleilişkili bir sonuç verilmemiştir. Bu çalışma, yöremizdeki hastalarda hepatit C virüsgenotip prevalansının belirlenmesi amacıyla planlanmıştır.Gereç ve Yöntemler: Bu çalışma Doğu Anadolu bölge illerinden Ocak 2011-Şubat2014 tarihleri arasında Atatürk Üniversitesi Araştırma Hastanesine başvurankronik hepatit C hastalarının serum örnekleri üzerinde gerçekleştirilmiştir. Anti- HCV antikorları enzim immunoassay kitleri (Dia. Pro Diagnostic Bioprobes Srl,Milano, Italy) ile otomatik analizörde (Radim/Alisei®, Calenzano-Firenze, Italy);HCV-RNA yükü kantitatif PCR (Qiagen©, Germany) ile araştırıldı. HCV genotipleripirosekanslama yöntemi ile (Pyromark Q24 kit, Qiagen©, Germany) kitleri veotomatik analizörü kullanılarak araştırılmıştır.Bulgular: Bu çalışmada, Doğu Anadolu bölgesi sınırları içindeki yedi farklı ildeyaşayan kronik hepatit Cli olgularda 1b (%87,0), 1a (%8,3), 3a (%3,7) ve 4d (%1)olmak üzere dört farklı HCV subgenotipi tespit edilmiştir. Bölgemizde en yaygın anagenotipin genotip 1 olduğu görülmüştür.Sonuç: Doğu Anadolu illerindeki kronik hepatit Cli hastalarda HCV genotiplerininprevalansı ilk kez bildirilmiştir. Bu çalışmanın, HCV genotiplerine ilişkin bölgeselepidemiyolojik verilere ve bölgemizdeki HCVli hastaların tedavi stratejilerininbelirlenmesine katkı sağlayacağını düşünüyoruz.

Anahtar Kelime:

Konular: Gastroenteroloji ve Hepatoloji

Doğu Anadolu Bölgesindeki Kronik Hepatit C Hastalarında HCV Genotiplerinin Dağılımı

Öz:

Objectives: Hepatitis C is a blood-borne virus affecting a large number of peopleall over the world. Hepatitis C virus (HCV) is one of the important causative agentsof chronic hepatitis, cirrhosis, and hepatocellular carcinoma. Its viral genotypesvariability affects response to interferon treatment. Therefore, identification ofviral genotypes is key to management and treatment of hepatitis C infection. Inour region, there has been no study on genotyping of the virus yet. This study wasdesigned to determine the prevalence of HCV genotypes in our region.Materials and Methods: This study was conducted on the serum specimens ofpatients with chronic hepatitis C in the provinces of the Eastern Anatolia Region whoattended Atatürk University between January 2011 and February 2014. Anti-HCVantibodies in the serum specimens were identified using an enzyme immunoassaykit (Dia. Pro Diagnostic Bioprobes Srl, Milan, Italy) and automatic analyzer, (Radim/ Alisei®, Calenzano-Firenze, Italy). HCV-RNA load was detected by quantitative PCR(Qiagen©, Germany). HCV genotypes were determined by pyrosequencing methodusing Pyromark Q24 kit and automatic analyzer (Qiagen©, Germany). Results: Four different HCV subgenotypes including 1b (87.0%), 1a (8.3%), 3a (3.7%)and 4d (1%) have been identified in seven different provinces within the EasternAnatolia Region. Genotype 1 was found to be the most common major genotype.Conclusion: The prevalence of HCV genotypes in patients in the Eastern AnatoliaRegion was reported for the first time. We assume that the results obtained fromthis study may contribute to regional epidemiological data on HCV genotypes and tothe treatment strategies for patients with hepatitis C in our region.

Anahtar Kelime:

Konular: Gastroenteroloji ve Hepatoloji

Belge Türü: Makale Makale Türü: Araştırma Makalesi Erişim Türü: Erişime Açık

1. hazari S, Taylor l, haque S, Garry RF, Florman S, luftig R, Regenstein F, Dash S. Reduced expression of Jak-1 and Tyk-2 proteins leads to interferon resistance in hepatitis C virus replicon. virol J. 2007; 4: 89.
2. Quer J, Buti M, Cubero M, Guardia J, esteban R, esteban JI. new strategies for the treatment of hepatitis C virus infection and implications of resistance to new direct-acting antiviral agents. Infect Drug Resist. 2010; 3: 133-145.
3. nwankiti oo, ndako Ja, echeonwu onG, olabode ao, nwosuh CI, onovoh eM, okeke la, akinola Jo, Duru Bn, nwagbo Io, agada Go, Chukwuedo aa. hepatitis C virus infection in apparentenly healthy individuals with family history of diabetes in vom, Plateau State nigeria. virol J. 2009; 6: 110.
4. Buck M. Direct Infection and Replication of naturally occurring hepatitis C virus Genotypes 1, 2, 3 and 4 in normal human hepatocyte Cultures. PloS one. 2008; 3(7):2660.
5. Gonzalez-Candelas F, lopez-labrador FX, Bracho Ma. Recombination in hepatitis C virus. viruses. 2011; 3(10): 2006-2024.
6. Idrees M, Riazuddin S. Frequency distribution of hepatitis C virus genotypes in different geographical regions of Pakistan and their possible routes of transmission. BMC Infect Dis. 2008; 8: 69.
7. Barut hŞ, Günal ö. Global and national epidemiology of hepatitis C. klimik Derg. 2009; 22(2): 38-43.
8. usluer G. Diagnosis in Chronic hepatitis. ankem Derg 2006; 20 (ek 2): 200-202.
9. abacioglu Yh, Davidson F, Tuncer S, Yap Pl, ustacelebi S, Yulug n, Simmonds P. The distribution of hepatitis C virus genotypes in Turkish patients. J viral hepat. 1995; 2(6): 297-301.
10. özacar T, altuğlu İ, zeytinoğlu a, Sayıner aa, akarca u, erensoy S, et al. kronik C hepatitinde hCv genotiplerinin dağılımı. Mikrobiyol Bul. 2001; 35(3): 451-8.
11. erensoy S, Göksel S, akarca uS, özkahya M, Canatan D. hepatit C virüsün polimeraz zincir reaksiyonu ürünlerinin doğrudan dizi analizi ile genotiplendirilmesi. Flora. 2002; 7(2): 104-111.
12. altuglu I, Soyler I, ozacar T, erensoy S. Distribution of hepatitis C virus genotypes in patients with chronic hepatitis C infection in Western Turkey. Int J Infect Dis. 2008; 12(3): 239-244.
13. Sanlidağ T, akçali S, ozbakkaloğlu B, ertekin D, akduman e. Distribution of hepatitis C virus genotypes in Manisa region, Turkey. Mikrobiyol Bul. 2009; 43(4): 613-618.
14. Çiftçi İh, er h, aşık G, aktepe oC, altındiş M. hepatit C virusu (hCv) Rna pozitif olgularda genotip dağılımı. kocatepe Tıp Derg. 2009; 10(1-2-3): 21-24.
15. kalayci R, altindiş M, Gülamber G, Demirtürk n, akcan Y, Demirdal T. Genotype distribution of chronic hepatitis B and hepatitis C patients and investigation of the resistance patterns in hepatitis B cases. Mikrobiyol Bul. 2010; 44(2): 237-243.
16. Bozdayı aM, aslan n, Bozdayı G, Türkyılmaz aR, Şengezer T, Wend u, erkan o, aydemir F, zakirhodjaev S, orucov S, Bozkaya h, Gerlich W, karayalçin S, Yurdaydin C, uzunalimoğlu o. Molecular epidemiology of hepatitis B, C and D viruses in Turkish patients. arch virol. 2004; 149(11): 2115-2129.
17. Gökahmetoğlu S, atalay Ma, kılınç a. hepatit C virüs genotiplerinin pirosekanslama yöntemi ile belirlenmesi. erciyes Tıp Derg. 2011; 33(2):99-102.
18. ural o, arslan u, Fındık D. konya bölgesinde hepatit C virusu genotip dağılımı. İnfeks Derg. 2007; 21(4): 175-181.
19. Çelik C, Bakıcı Mz, kaygusuz R, ertürk R. Sivas yöresindeki hCv genotip dağılımlarının araştırılması. vir hep Derg. 2010; 16(3): 106-110.
20. aktaş e, ogedey eD, külah C, Beğendik Cömert F. hepatitis C virus genotypes in a province of western Black-Sea region, Turkey. Mikrobiyol Bul. 2010; 44(4): 647-650.
21. Buruk Ck, Bayramoğlu G, reis a, kaklıkkaya n, Tosun İ, aydın F. Determination of hepatitis C virus genotypes among hepatitis C patients in eastern Black Sea Region, Turkey. Mikrobiyol Bul. 2013; 47(4): 650-657.
22. Yarkın F, hafta a. kronik hepatit C infeksiyonu olan hastalarda hepatit C virus genotiplerinin dağılımı. vir hep Derg. 2000; 6(3): 164-167.
23. özbek e, özekinci T, Meşe S, atmaca S. hepatitis C virus genotypes are changing in the southeast of Turkey. Biotechnol & Biotechnol eq. 2009; 23(4): 1521-1523.
24. karslıgil T, Savaş e, Savaş MC. hepatit C virüsü genotip dağılımı ve 5uTR nükleotid değişiklikleri. Balkan Med J. 2011; 28(3): 232-236.
25. kirişçi ö, Çalışkan a, koçtürk Sa, erdoğmuş P, Gül M. kahramanmaraş ili hepatit C virüs ile enfekte bireylerde genotip dağılımı ve genotipin hCv-Rna yükü ve alT-aST ilişkisi. viral hepatit Derg. 2013; 19(2): 67-70.
26. kücüköztaş MF, ozgunes n, Yazici S. Investigation of the relationship between hepatitis C virus (hCv) genotypes with hCv-Rna and alanine aminotransferase levels in chronic hepatitis C patients. Mikrobiyol Bul. 2010; 44(1): 111-115.
27. altindis M, Yilmaz S, Dikengil T, acemoglu h, hosoglu S. Seroprevalence and genotyping of hepatitis B, hepatitis C and hIv among healthy population and Turkish soldiers in northern Cyprus. World J Gastroenterol. 2006; 12(42): 6792-6796.
28. Sievert W, altraif I, Razavi ha, abdo a, ahmed ea, alomair a, amarapurkar D, Chen Ch, Dou X, el khayat h, elshazly M, esmat G, Guan R, han kh, koike k, largen a, McCaughan G, Mogawer S, Monis a, nawaz a, Piratvisuth T, Sanai FM, Sharara aI, Sibbel S, Sood a, Suh DJ, Wallace C, Young k, negro F. Systematic review of hepatitis C virus epidemiology in asia, australia and egypt. liver Int. 2011;31(Suppl 2): 61-80.
29. khalid o, Bacon BR. Management of the treatment-experienced patient infected with hepatitis C virus genotype 1: options and considerations. Clin liver Dis. 2011; 15(3): 573-583.
30. Tsubota a, Fujise k, namiki Y, Tada n. Peginterferon and ribavirin treatment for hepatitis C virus infection. World J Gastroenterol. 2011; 17(4): 419-432.
31. vermehren J, Sarrazin C. new hepatitis C therapies in clinical development. eur J Med Res. 2011; 16(7): 303-314.

APA	AKTAŞ O, ÖZBEK A, Aydin H, ÖZKÜLEKCİ M (2014). Distribution of HCV Genotypes in Patients of with Chronic Hepatitis C in the Eastern Anatolia Region. , 91 - 94.
Chicago	AKTAŞ Osman,ÖZBEK Ahmet,Aydin Hakan,ÖZKÜLEKCİ Mehmet Beyhan Distribution of HCV Genotypes in Patients of with Chronic Hepatitis C in the Eastern Anatolia Region. (2014): 91 - 94.
MLA	AKTAŞ Osman,ÖZBEK Ahmet,Aydin Hakan,ÖZKÜLEKCİ Mehmet Beyhan Distribution of HCV Genotypes in Patients of with Chronic Hepatitis C in the Eastern Anatolia Region. , 2014, ss.91 - 94.
AMA	AKTAŞ O,ÖZBEK A,Aydin H,ÖZKÜLEKCİ M Distribution of HCV Genotypes in Patients of with Chronic Hepatitis C in the Eastern Anatolia Region. . 2014; 91 - 94.
Vancouver	AKTAŞ O,ÖZBEK A,Aydin H,ÖZKÜLEKCİ M Distribution of HCV Genotypes in Patients of with Chronic Hepatitis C in the Eastern Anatolia Region. . 2014; 91 - 94.
IEEE	AKTAŞ O,ÖZBEK A,Aydin H,ÖZKÜLEKCİ M "Distribution of HCV Genotypes in Patients of with Chronic Hepatitis C in the Eastern Anatolia Region." , ss.91 - 94, 2014.
ISNAD	AKTAŞ, Osman vd. "Distribution of HCV Genotypes in Patients of with Chronic Hepatitis C in the Eastern Anatolia Region". (2014), 91-94.

APA	AKTAŞ O, ÖZBEK A, Aydin H, ÖZKÜLEKCİ M (2014). Distribution of HCV Genotypes in Patients of with Chronic Hepatitis C in the Eastern Anatolia Region. Viral Hepatitis Journal, 20(3), 91 - 94.
Chicago	AKTAŞ Osman,ÖZBEK Ahmet,Aydin Hakan,ÖZKÜLEKCİ Mehmet Beyhan Distribution of HCV Genotypes in Patients of with Chronic Hepatitis C in the Eastern Anatolia Region. Viral Hepatitis Journal 20, no.3 (2014): 91 - 94.
MLA	AKTAŞ Osman,ÖZBEK Ahmet,Aydin Hakan,ÖZKÜLEKCİ Mehmet Beyhan Distribution of HCV Genotypes in Patients of with Chronic Hepatitis C in the Eastern Anatolia Region. Viral Hepatitis Journal, vol.20, no.3, 2014, ss.91 - 94.
AMA	AKTAŞ O,ÖZBEK A,Aydin H,ÖZKÜLEKCİ M Distribution of HCV Genotypes in Patients of with Chronic Hepatitis C in the Eastern Anatolia Region. Viral Hepatitis Journal. 2014; 20(3): 91 - 94.
Vancouver	AKTAŞ O,ÖZBEK A,Aydin H,ÖZKÜLEKCİ M Distribution of HCV Genotypes in Patients of with Chronic Hepatitis C in the Eastern Anatolia Region. Viral Hepatitis Journal. 2014; 20(3): 91 - 94.
IEEE	AKTAŞ O,ÖZBEK A,Aydin H,ÖZKÜLEKCİ M "Distribution of HCV Genotypes in Patients of with Chronic Hepatitis C in the Eastern Anatolia Region." Viral Hepatitis Journal, 20, ss.91 - 94, 2014.
ISNAD	AKTAŞ, Osman vd. "Distribution of HCV Genotypes in Patients of with Chronic Hepatitis C in the Eastern Anatolia Region". Viral Hepatitis Journal 20/3 (2014), 91-94.